深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-10	Tumor gene expression data classification via sample expansion-based deep learning 2017-Dec-12, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.22762 PMID:29312636	研究论文	本文提出了一种基于样本扩展的深度学习方法用于肿瘤基因表达数据分类	本文提出了样本扩展方法，通过随机清洗部分损坏的输入多次来获得大量样本，解决了基因表达数据训练样本不足的问题	NA	研究如何有效区分肿瘤样本和正常样本	肿瘤基因表达数据	机器学习	NA	深度学习	堆叠自编码器 (SAE) 和一维卷积神经网络 (1DCNN)	基因表达数据	NA
2	2024-10-11	Chemical Selectivity and Sensitivity of a 16-Channel Electronic Nose for Trace Vapour Detection 2017-Dec-08, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s17122845 PMID:29292764	研究论文	本文介绍了基于16个差分微电容器的16通道电子鼻的设计、构建和测量，用于检测目标分子的蒸汽痕迹	提出了使用不同硅烷表面功能化的微电容器来增强化学选择性，并探讨了使用人工智能深度学习方法进一步提高选择性的可能性	NA	研究电子鼻的化学选择性和灵敏度，以可靠检测爆炸物和其他有害物质	16通道电子鼻及其对TNT、RDX、DNT等分子的检测能力	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3	2024-10-10	ANI-1: an extensible neural network potential with DFT accuracy at force field computational cost 2017-Apr-01, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/c6sc05720a PMID:28507695	研究论文	本文介绍了一种名为ANI-1的可扩展神经网络势能模型，能够在力场计算成本下实现DFT精度	ANI-1利用深度神经网络和量子力学DFT计算，实现了对有机分子的高精度且可转移的势能预测	ANI-1的训练数据集仅限于包含最多8个重原子的有机分子，可能限制了其在更大分子系统中的应用	开发一种能够在力场计算成本下实现DFT精度的神经网络势能模型	有机分子及其势能预测	机器学习	NA	深度神经网络	神经网络	分子数据	训练数据集包含最多8个重原子的有机分子
4	2024-10-09	Infer Cause of Death for Population Health Using Convolutional Neural Network 2017-Aug, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine DOI:10.1145/3107411.3107447 PMID:32642743	研究论文	本文利用卷积神经网络（CNN）推断人口死亡原因，以改善公共卫生报告和提高患者护理质量	采用数据驱动的方法分析和改进死亡报告流程，构建了先进的深度学习模型CNN，并提供了模型解释	模型准确率为75%，仍有提升空间	推断人口死亡原因，改善公共卫生报告和患者护理质量	人口死亡原因	机器学习	NA	卷积神经网络（CNN）	卷积神经网络（CNN）	医疗数据	未明确提及具体样本数量
5	2024-09-13	[Study of attention deficit/hyperactivity disorder classification based on convolutional neural networks] 2017-Feb, Sheng wu yi xue gong cheng xue za zhi = Journal of biomedical engineering = Shengwu yixue gongchengxue zazhi PMID:29717596	研究论文	本文提出了一种基于卷积神经网络的注意力缺陷/多动障碍（ADHD）分类算法	利用粗分割和深度学习方法，提高了ADHD分类的准确性，并简化了计算过程	未提及具体的局限性	解决ADHD诊断中高误诊率和漏诊率的问题	ADHD患者和正常人群的分类	计算机视觉	精神疾病	卷积神经网络	CNN	图像	未提及具体样本数量
6	2024-08-07	Deep learning with convolutional neural networks for EEG decoding and visualization 2017-11, Human brain mapping IF:3.5Q1 DOI:10.1002/hbm.23730 PMID:28782865	研究论文	本文研究了使用卷积神经网络（ConvNets）进行脑电图（EEG）解码和可视化的深度学习方法	提出了使用批量归一化和指数线性单元等机器学习领域的最新进展，以及裁剪训练策略，提高了深度ConvNets的解码性能	需要进一步理解如何设计和训练ConvNets以进行端到端的EEG解码，并可视化ConvNets学习到的信息性EEG特征	探索如何设计和训练ConvNets以从原始EEG中解码任务相关信息，并展示深度ConvNets结合先进可视化技术在基于EEG的脑映射中的潜力	研究了不同架构的深度ConvNets，用于从原始EEG解码想象或执行的任务	机器学习	NA	卷积神经网络（ConvNets）	CNN	脑电图（EEG）	未具体说明样本数量
7	2024-08-07	ShortFuse: Biomedical Time Series Representations in the Presence of Structured Information 2017-Aug, Proceedings of machine learning research PMID:30882086	研究论文	本文介绍了一种名为ShortFuse的方法，该方法通过显式建模时间序列与结构化协变量之间的时间交互和依赖关系，提高了深度学习模型在时间序列上的准确性	ShortFuse引入了混合卷积和LSTM单元，通过在时间域上共享权重的协变量来整合结构化信息	NA	提高深度学习模型在医疗应用中时间序列数据的准确性	预测与骨关节炎相关的软骨退化和脑瘫患者的手术结果	机器学习	NA	NA	CNN, LSTM	时间序列	NA
8	2024-08-07	Corrigendum: Characterisation of mental health conditions in social media using Informed Deep Learning 2017-05-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep46813 PMID:28507325	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
9	2024-08-07	Characterisation of mental health conditions in social media using Informed Deep Learning 2017-03-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep45141 PMID:28327593	研究论文	本研究利用深度学习技术分析社交媒体平台Reddit上的帖子，以识别和分类与心理疾病相关的帖子	首次使用深度学习方法自动识别社交媒体中的心理疾病相关帖子，并分类到11种疾病主题	研究仅限于Reddit平台上的帖子，且样本集是平衡的	开发方法以表征大量用户生成内容，支持内容管理和针对性干预	社交媒体平台Reddit上的心理健康相关帖子	自然语言处理	NA	深度学习	神经网络	文本	平衡的数据集
10	2024-08-05	Deep Auto-context Convolutional Neural Networks for Standard-Dose PET Image Estimation from Low-Dose PET/MRI 2017-Dec-06, Neurocomputing IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.neucom.2017.06.048 PMID:29217875	研究论文	本文提出了一种深度学习架构，从低质量低剂量PET图像和MRI的T1加权成像中估计高质量标准剂量PET图像。	本研究创新性地结合了低剂量PET图像和MRI数据，通过卷积神经网络的多模块自适应策略实现精准图像估计。	未提及具体的临床试验数据量以及可能的局限性。	降低患者的辐射暴露风险的同时，保持PET图像的高质量。	低剂量PET图像和MRI中的T1加权成像。	计算机视觉	NA	深度学习	卷积神经网络	图像	真实人脑PET/MRI数据
11	2024-08-05	A two-step convolutional neural network based computer-aided detection scheme for automatically segmenting adipose tissue volume depicting on CT images 2017-Jun, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2017.03.017 PMID:28495009	研究论文	本研究开发并测试了一种基于深度学习的计算机辅助检测方案，能够自动分割CT图像中的亚胚脂肪和内脏脂肪区域	提出了一种两步卷积神经网络（CNN）框架，克服了传统方法对单一CT图像切片评估脂肪区域的限制	该研究使用的CT图像数据集是回顾性收集的，可能受到数据选择偏差的影响	研究目的在于提高CT图像中脂肪区域自动分割的准确性	研究对象为人类的CT图像，尤其是涉及亚胚脂肪区域和内脏脂肪区域的图像	计算机视觉	肿瘤风险	深度学习	卷积神经网络（CNN）	CT图像	2,240个CT切片用于选择，84,000个像素补丁用于分割
12	2024-08-05	Marginal Shape Deep Learning: Applications to Pediatric Lung Field Segmentation 2017-Feb-11, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.2254412 PMID:28592911	研究论文	本文提出了边缘形状深度学习（MaShDL）框架，旨在通过深度分类器实现可变形物体的分割。	该框架结合了统计形状模型的优势和深度学习的自动特征学习架构，是首个使用深度学习框架进行参数化形状学习以 delineate 可变形物体的示范。	尽管该框架在高复杂性多参数估计问题上表现良好，但具体的实现细节和效果在不同场景中的普遍适用性尚需进一步验证。	研究通过深度学习改善 deformable 对象的分割效果。	本研究的对象是314幅正常与异常的小儿胸部 X 光片中的肺野。	数字病理学	肺癌	深度学习	深度分类器	医学影像	314幅小儿胸部 X 光片
13	2024-08-05	A deep learning based strategy for identifying and associating mitotic activity with gene expression derived risk categories in estrogen receptor positive breast cancers 2017-06, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23065 PMID:28192639	研究论文	本文探讨了一种基于深度学习的策略，用于识别和关联雌激素受体阳性乳腺癌中的有丝分裂活性与基因表达相关风险类别	提出了一种深度学习分类器，以识别ER+乳腺癌的有丝分裂图像，并与Oncotype DX风险类别相关联	BR等级存在显著的观察者间变异性，可能会影响结果的准确性	开发深度学习分类器以识别ER+乳腺癌全切片图像中的有丝分裂图像	使用174个早期ER+乳腺癌的全切片图像进行研究	数字病理学	乳腺癌	深度学习	支持向量机	图像	174个全切片图像
14	2024-08-05	Deep ensemble learning of sparse regression models for brain disease diagnosis 2017-04, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2017.01.008 PMID:28167394	研究论文	本文提出了一种结合稀疏回归模型和深度学习的新框架用于阿尔茨海默病和轻度认知障碍的诊断和预后	这是第一个将稀疏回归模型与深度神经网络结合的工作	NA	研究稀疏回归与深度学习在脑疾病诊断中的应用	阿尔茨海默病和轻度认知障碍患者	机器学习	阿尔茨海默病	NA	深度卷积神经网络	脑成像数据	ADNI队列的样本
15	2024-08-05	GRAM: Graph-based Attention Model for Healthcare Representation Learning 2017-Aug, KDD : proceedings. International Conference on Knowledge Discovery & Data Mining DOI:10.1145/3097983.3098126 PMID:33717639	研究论文	提出了一种图基注意力模型GRAM，用于医疗表示学习	GRAM利用医疗本体的层级信息补充电子健康记录，以提高深度学习在医疗预测建模中的表现	研究可能受到样本量不足的限制，尽管GRAM在低数据量情况下表现良好	提升医疗领域深度学习模型在预测建模中的表现	比较了GRAM与多种方法在疾病预测任务中的表现	医疗病理学	心力衰竭	深度学习	RNN	电子健康记录	使用数量级更少的训练数据进行实验
16	2024-08-05	A new method for enhancer prediction based on deep belief network 2017-Oct-16, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-017-1828-0 PMID:29072144	研究论文	本文提出了一种基于深度置信网络的增强子预测新方法	该研究提出了一种结合多种特征的新计算方法，称为EnhancerDBN，在增强子预测中表现优于现有的13种方法	目前的研究可能受限于计算模型在不同细胞系间的不一致性	旨在提高增强子预测的准确性和性能	关注增强子作为基因表达调控的重要元素	计算生物学	NA	深度学习	深度置信网络	DNA序列特征、DNA甲基化、组蛋白修饰	NA
17	2024-08-05	Multi-categorical deep learning neural network to classify retinal images: A pilot study employing small database 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0187336 PMID:29095872	研究论文	这项研究使用深度学习卷积神经网络自动检测多种视网膜疾病	首次将转移学习与集成分类器结合，提升了多类别视网膜疾病的分类性能	由于数据集规模较小，本研究中的深度学习技术难以应用于临床	探讨深度学习在多种视网膜疾病检测中的应用	视网膜图像的多类别分类	计算机视觉	视网膜疾病	深度学习	CNN	图像	使用来自STARE数据库的10个类别的有限样本
18	2024-08-05	A deep convolutional neural network-based automatic delineation strategy for multiple brain metastases stereotactic radiosurgery 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0185844 PMID:28985229	研究论文	本研究提出了一种基于深度卷积神经网络的自动化脑转移瘤轮廓绘制策略。	开发了用于对比增强T1加权磁共振成像数据集进行脑转移瘤分割的深度学习卷积神经网络算法，并将其集成到自动化分割工作流中。	在患者案例的分割结果中，DICE系数平均值略低，可能需要进一步优化算法。	旨在提升立体定向放射外科（SRS）的治疗规划效率和效果。	针对脑转移瘤进行目标 delineation 的自动化流程。	数字病理学	脑部疾病	磁共振成像(MRI)	CNN	图像	BRATS数据及临床患者数据
19	2024-08-05	A DEEP LEARNING APPROACH FOR CANCER DETECTION AND RELEVANT GENE IDENTIFICATION 2017, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing DOI:10.1142/9789813207813_0022 PMID:27896977	研究论文	本文提出了一种深度学习方法用于癌症检测和乳腺癌关键基因识别	使用堆叠去噪自编码器深入提取高维基因表达特征，并通过监督分类模型验证其在癌症检测中的有效性	未提及具体的样本数量和数据集来源，可能影响结果的普遍适用性	研究癌症检测及乳腺癌诊断所需的基因识别	乳腺癌相关的基因及其在临床诊断中的作用	数字病理学	乳腺癌	深度学习	堆叠去噪自编码器(SDAE)	基因表达数据	NA
20	2024-08-05	Protein Function Prediction Using Deep Restricted Boltzmann Machines 2017, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2017/1729301 PMID:28744460	研究论文	本文探讨了使用深层限制玻尔兹曼机预测部分注释蛋白质的缺失功能注释	首次将深层限制玻尔兹曼机应用于蛋白质功能注释的预测	未提及具体的实验样本规模和数据集的详细信息	研究深度学习技术在蛋白质功能预测中的应用	部分注释的蛋白质	机器学习	NA	深层限制玻尔兹曼机	深层限制玻尔兹曼机	图像, 文本	NA