深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-09-28	Generic Interpretable Reaction Condition Predictions with Open Reaction Condition Datasets and Unsupervised Learning of Reaction Center 2023, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0231 PMID:37849643	研究论文	本文提出了一个基于Transformer的反应条件预测模型Parrot，并创建了两个标准化的反应条件数据集	提出了一个强大的、可解释的Transformer模型Parrot，用于反应条件预测，并创建了两个标准化的反应条件数据集	训练数据集的多样性可能仍然有限	解决深度学习辅助合成规划中反应条件预测的挑战	反应条件预测模型和标准化数据集	机器学习	NA	Transformer	Transformer	文本	两个标准化的反应条件数据集，涵盖广泛的反应类别
182	2024-09-28	Deep learning-empowered crop breeding: intelligent, efficient and promising 2023, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2023.1260089 PMID:37860239	研究论文	本文探讨了深度学习在作物育种中的应用，旨在提高育种效率和作物品质	提出了基于深度学习的作物育种策略，以加速作物改良和提高育种效率	当前面临数据复杂性、数据获取困难和预测精度低等挑战	提高作物育种效率和作物品质	作物育种过程	机器学习	NA	深度学习	NA	NA	NA
183	2024-09-28	Nucleotide-level prediction of CircRNA-protein binding based on fully convolutional neural network 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1283404 PMID:37867600	研究论文	本文提出了一种基于全卷积神经网络的CircRNA-蛋白质结合位点预测方法	将CircRNA-蛋白质结合位点预测视为核苷酸级别的二分类任务，并使用全卷积神经网络进行预测	现有方法在准确预测具有特殊功能的motif位点方面表现不佳	研究CircRNA-蛋白质结合位点的预测及其在基因表达调控中的作用	CircRNA-蛋白质结合位点及其motif功能	计算机视觉	NA	全卷积神经网络	全卷积神经网络	序列	NA
184	2024-09-28	Stacked ensemble deep learning for pancreas cancer classification using extreme gradient boosting 2023, Frontiers in artificial intelligence IF:3.0Q2 DOI:10.3389/frai.2023.1232640 PMID:37876961	研究论文	本文介绍了一种用于胰腺CT图像分类的堆叠集成深度学习方法	提出了堆叠集成深度学习（SEDL）方法，结合Inception V3、VGG16和ResNet34作为弱学习器，并使用极端梯度提升（XGBoost）作为强学习器进行最终分类	未提及具体限制	提高胰腺CT图像分类的预测性能	胰腺CT医学图像	计算机视觉	胰腺癌	极端梯度提升（XGBoost）	堆叠集成模型	图像	222张图像，来自80个胰腺CT扫描，分辨率为512*512像素，包括53名男性和27名女性
185	2024-09-28	Convolutional neural network model by deep learning and teaching robot in keyboard musical instrument teaching 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0293411 PMID:37883500	研究论文	研究通过深度学习和教学机器人在键盘乐器教学中的应用，提出了一种卷积神经网络模型，以改进学前教育的键盘乐器教学	提出了将智能技术与键盘乐器教学相结合的方法，通过教学机器人和深度学习模型实现个性化教学	未详细说明教学机器人的具体设计和实现细节，以及深度学习模型的训练数据和评估方法	探讨当前学前教育中键盘乐器教学的现状，提出改进方案，并验证教学机器人在键盘乐器教学中的应用效果	学前教育中的键盘乐器教学	机器学习	NA	深度学习	卷积神经网络（CNN）	图像	参与键盘乐器教学的学生
186	2024-09-28	Revealing the impact of psychiatric comorbidities on treatment outcome in early psychosis using counterfactual model explanation 2023, Frontiers in psychiatry IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fpsyt.2023.1237490 PMID:37900290	研究论文	研究利用多模态深度学习架构和反事实模型解释技术，探讨精神共病对早期精神病治疗结果的影响	引入反事实模型解释技术，分析MINI评分对缓解概率的影响，并识别出对缓解概率影响最大的特定共病	研究结果主要基于OPTiMiSE研究的多中心样本，可能存在样本偏倚	探讨精神共病对早期精神病治疗结果的影响，并改进个体化预测模型	早期精神病患者及其精神共病	机器学习	精神病	多模态深度学习	深度学习模型	文本	来自OPTiMiSE研究的多中心早期精神病患者样本
187	2024-09-27	Retracted: The Use of Deep Learning Model for Effect Analysis of Conventional Friction Power Confinement 2023, Computational and mathematical methods in medicine DOI:10.1155/2023/9817901 PMID:37771401	correction	该文章已被撤回	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
188	2024-09-27	Quantitative approaches for decoding the specificity of the human T cell repertoire 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1228873 PMID:37781387	综述	本文综述了用于解码人类T细胞受体（TCR）特异性的定量方法	本文介绍了当前用于预测TCR-pMHC相互作用的高通量免疫学和结构评估数据，并探讨了各种统计学习方法的应用	本文主要讨论了现有方法的数学方法、预测性能和局限性，未提出新的技术或模型	探讨当前用于识别TCR-pMHC识别对的理论、计算和深度学习方法	T细胞受体（TCR）与肽-主要组织相容性复合物（pMHC）的相互作用	机器学习	NA	统计学习	NA	蛋白质序列和结构数据	NA
189	2024-09-27	Global research of artificial intelligence in strabismus: a bibliometric analysis 2023, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2023.1244007 PMID:37799591	研究论文	本文使用文献计量学方法分析了全球范围内人工智能在斜视领域的研究成果	本文首次使用文献计量学方法全面分析了人工智能在斜视领域的研究趋势和热点	研究仅基于Web of Science数据库，可能存在数据不全的问题	分析全球范围内人工智能在斜视领域的研究趋势和热点	人工智能在斜视领域的研究文献	机器学习	NA	文献计量学	NA	文本	146篇相关文献
190	2024-09-27	Automatic sleep staging by a hybrid model based on deep 1D-ResNet-SE and LSTM with single-channel raw EEG signals 2023, PeerJ. Computer science DOI:10.7717/peerj-cs.1561 PMID:37810362	研究论文	本文提出了一种基于深度1D-ResNet-SE和LSTM的混合模型，用于使用单通道原始EEG信号进行自动睡眠分期	提出了一个轻量级的序列到序列深度学习模型1D-ResNet-SE-LSTM，结合了卷积神经网络和长短期记忆网络，以克服梯度消失和爆炸问题，并提高EEG信号的特征表示能力	模型是序列到序列网络，需要输入EEG时段序列；损失函数中的权重系数可以进一步优化以平衡每个睡眠阶段的分类性能；除了通道注意力机制外，引入更多高级注意力机制可以增强模型的有效性	开发一种自动睡眠分期模型，以提高睡眠质量评估和睡眠障碍诊断的效率	使用单通道原始EEG信号进行睡眠分期	机器学习	NA	深度学习	1D-ResNet-SE-LSTM	信号	Sleep-EDF Expanded数据集包含153个夜间PSG记录，来自78名健康受试者；ISRUC-Sleep数据集包含100个PSG记录，来自100名患有各种睡眠障碍的受试者
191	2024-09-27	Selecting the best optimizers for deep learning-based medical image segmentation 2023, Frontiers in radiology DOI:10.3389/fradi.2023.1175473 PMID:37810757	研究论文	本文探讨了在医学图像分割中，深度学习模型的最佳优化器选择	提出了基于Nesterov加速梯度优化器的新优化函数，结合了循环学习和最优学习率与动量率	NA	探索医学图像分割中深度学习模型的最佳优化器，并提供有效的优化策略指导	医学图像分割中的优化器选择	计算机视觉	NA	深度学习	CNN	图像	使用了MICCAI 2017 ACDC挑战赛的心脏影像数据集
192	2024-09-27	Retracted: Big Data Analysis of Benign Interaction of Great Power Relations and New International Relations Based on Deep Learning 2023, Journal of environmental and public health DOI:10.1155/2023/9763601 PMID:37811409	correction	该文章已被撤回	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
193	2024-09-27	Erratum to "A Low-Cost High-Performance Data Augmentation for Deep Learning-Based Skin Lesion Classification" 2023, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0011 PMID:37849679	correction	对文章《一种低成本高性能的深度学习皮肤病变分类数据增强方法》的勘误	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
194	2024-09-26	Deep learning based automated epidermal growth factor receptor and anaplastic lymphoma kinase status prediction of brain metastasis in non-small cell lung cancer 2023, Exploration of targeted anti-tumor therapy DOI:10.37349/etat.2023.00158 PMID:37745691	研究论文	研究使用深度学习算法对非小细胞肺癌脑转移的表皮生长因子受体和间变性淋巴瘤激酶状态进行分类	首次使用卷积神经网络Efficient Net模型对脑转移的EGFR和ALK状态进行分类，并与基于语义特征的分类方法进行比较	研究样本量较小，且仅使用了MRI序列数据	探讨开发深度学习算法对非小细胞肺癌脑转移的EGFR和ALK状态进行分类的可行性	非小细胞肺癌脑转移患者的EGFR和ALK状态	计算机视觉	肺癌	MRI	CNN	图像	117名患者，其中33名EGFR阳性，43名ALK阳性，41名无突变
195	2024-09-26	A review on deep learning applications in highly multiplexed tissue imaging data analysis 2023, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2023.1159381 PMID:37564726	综述	本文综述了深度学习在高度多重组织成像数据分析中的应用及其对肿瘤学的影响	本文强调了使用高度多重图像（空间蛋白质组数据）相对于单染色传统病理图像的优势，前者能够提供后者无法获得的深层机制洞察，即使借助可解释的人工智能	NA	探讨人工智能与空间组学技术结合在肿瘤学中的影响，特别是深度学习在生物医学图像分析中的应用	细胞分割、细胞表型识别、癌症预后和治疗预测	计算机视觉	肿瘤学	深度学习	NA	图像	NA
196	2024-09-26	An approach to the diagnosis of lumbar disc herniation using deep learning models 2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2023.1247112 PMID:37731760	研究论文	本文研究了使用深度学习模型在磁共振成像（MRI）中诊断腰椎间盘突出（LDH）的方法	本文创新性地使用了YOLOv5、YOLOv6和YOLOv7模型来检测不同腰椎间盘区域的LDH，并比较了不同模型的性能	本文未详细讨论模型的泛化能力和在不同数据集上的表现	验证YOLO系列模型在MRI图像中检测LDH的有效性	腰椎间盘突出的检测	计算机视觉	腰椎间盘突出	深度学习	YOLOv5, YOLOv6, YOLOv7	图像	550个数据集，包括增强和非增强数据
197	2024-09-26	A curated census of pathogenic and likely pathogenic UTR variants and evaluation of deep learning models for variant effect prediction 2023, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2023.1257550 PMID:37745687	研究论文	本文开发了一个高置信度的致病性和可能致病性UTR变异集，并评估了深度学习模型对变异效应预测的性能	本文首次系统地收集和评估了3'和5' UTR的致病性和可能致病性变异，并利用深度学习模型进行预测，验证了这些变异的致病性	本文的局限性在于仅使用了ClinVar数据库中的变异数据，可能存在数据偏差	评估深度学习模型对UTR变异效应预测的准确性，并提供一个高置信度的致病性和可能致病性UTR变异集	3'和5' UTR的致病性和可能致病性变异	数字病理学	罕见病	深度学习	深度学习模型	序列数据	295个3' UTR变异和188个5' UTR变异，其中26个3' UTR变异和68个5' UTR变异被分类为致病性或可能致病性
198	2024-09-26	Low-Latency Active Noise Control Using Attentive Recurrent Network 2023, IEEE/ACM transactions on audio, speech, and language processing DOI:10.1109/taslp.2023.3244528 PMID:37746522	研究论文	本文提出了一种使用注意力循环网络（ARN）的低延迟主动噪声控制（ANC）方法	引入了延迟补偿训练和改进的重叠相加方法，以减少深度ANC的算法延迟	NA	解决主动噪声控制中的低延迟问题	主动噪声控制系统	机器学习	NA	注意力循环网络（ARN）	循环神经网络（RNN）	音频信号	NA
199	2024-09-25	Coronavirus covid-19 detection by means of explainable deep learning 2023-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-27697-y PMID:36627339	研究论文	本文设计并实现了一种基于深度学习的方法，用于从CT医学图像中自动检测新型冠状病毒肺炎（COVID-19）	提出了一种基于深度学习的自动检测方法，能够从CT医学图像中快速诊断COVID-19，并自动标记感染区域	实验数据来自不同机构，但未详细说明样本数量和多样性	提供一种全自动且更快速的COVID-19诊断方法	COVID-19患者的CT医学图像	计算机视觉	新型冠状病毒肺炎	深度学习	NA	图像	来自不同机构的医学图像，未详细说明数量
200	2024-09-25	Region-based evidential deep learning to quantify uncertainty and improve robustness of brain tumor segmentation 2023, Neural computing & applications IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s00521-022-08016-4 PMID:37724130	研究论文	本文提出了一种基于区域的证据深度学习框架，用于量化不确定性并提高脑肿瘤分割的鲁棒性	引入了一种新的基于区域的证据深度学习方法，能够生成可靠的不确定性图和准确的分割结果，对噪声和图像损坏具有鲁棒性	NA	提高脑肿瘤分割的可靠性和鲁棒性	脑肿瘤的分割和不确定性量化	计算机视觉	脑肿瘤	证据深度学习 (EDL)	神经网络	图像	BraTS 2020数据集