深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-10-16	Protein structure prediction with in-cell photo-crosslinking mass spectrometry and deep learning 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01704-z PMID:36941363	研究论文	本文介绍了一种改进的AlphaFold2算法AlphaLink，通过结合实验距离约束信息来提高蛋白质结构预测的准确性	AlphaLink通过引入稀疏实验接触点作为锚点，改进了AlphaFold2在预测具有构象变化或同源序列较少的蛋白质结构方面的性能	NA	提高蛋白质结构预测的准确性	具有构象变化或同源序列较少的蛋白质	计算机视觉	NA	光交联质谱法	AlphaFold2	蛋白质结构数据	NA
262	2024-10-16	Enhancing Interoperability and Harmonisation of Nuclear Medicine Image Data and Associated Clinical Data 2023-Dec, Nuklearmedizin. Nuclear medicine DOI:10.1055/a-2187-5701 PMID:37907246	综述	本文综述了核医学图像数据及其相关临床数据的互操作性和标准化现状	探讨了提高数据兼容性和集成性的各种方法和标准，包括结构化临床历史、图像采集和重建的标准化以及图像数据评估的标准化准备	未详细讨论具体的技术实现细节和实际应用中的挑战	研究核医学图像数据及其相关临床数据的互操作性和标准化问题	核医学图像数据及其相关临床数据	计算机视觉	NA	NA	NA	图像	NA
263	2024-10-16	Scaling deep learning for materials discovery 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06735-9 PMID:38030720	研究论文	本文展示了通过大规模训练的图网络模型，显著提高了材料发现的效率	通过大规模数据和计算，图网络模型实现了前所未有的泛化能力，将材料发现的效率提高了数量级	NA	提高材料发现的效率，扩展已知稳定材料的范围	无机晶体材料	机器学习	NA	图网络	图网络	晶体结构数据	48,000个稳定晶体，220万个新结构
264	2024-10-16	Usefulness of machine learning and deep learning approaches in screening and early detection of breast cancer 2023-Dec, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22427 PMID:38076050	研究论文	本文系统分析了机器学习和深度学习方法在乳腺癌筛查和早期检测中的应用	本文提出了一个全面的分类法，将临床诊断方法与机器学习技术相结合，用于乳腺癌诊断	本文讨论了使用机器学习技术的优缺点以及未解决的问题	本文旨在为医疗专业人员和技术人员提供新的筛查和诊断工具及方法的深入理解，并识别该领域的新挑战和流行方法	本文研究对象为乳腺癌的筛查和早期检测	机器学习	乳腺癌	机器学习、深度学习	神经网络、深度学习	临床数据	NA
265	2024-10-16	Enhancing Ligand Pose Sampling for Molecular Docking 2023-Nov-30, ArXiv PMID:38076510	研究论文	本文介绍了两种改进的配体姿态采样协议，用于分子对接中的姿态预测和虚拟筛选	提出了GLOW和IVES两种新的姿态采样技术，显著提高了采样准确姿态的可能性，特别是在结合口袋形状变化较大的情况下	当前的采样协议在生成候选姿态时经常失败，除非提供正确的姿态信息	改进分子对接中的配体姿态采样方法，提高评分函数的准确性	配体姿态采样协议及其在分子对接中的应用	分子对接	NA	分子对接	NA	蛋白质-配体对接数据	约5000个蛋白质-配体对接对
266	2024-10-16	H-Packer: Holographic Rotationally Equivariant Convolutional Neural Network for Protein Side-Chain Packing 2023-Nov-28, ArXiv PMID:38013891	研究论文	本文提出了一种基于全息旋转等变卷积神经网络的蛋白质侧链包装算法H-Packer	H-Packer通过联合回归侧链的真实自由度（二面角）来解决蛋白质侧链包装问题，并利用轻量级的旋转等变神经网络进行高效计算	NA	开发一种高效且准确的蛋白质侧链包装算法	蛋白质侧链的构象预测	机器学习	NA	卷积神经网络	CNN	结构数据	CASP13和CASP14目标数据集
267	2024-10-16	The regulatory landscape of 5' UTRs in translational control during zebrafish embryogenesis 2023-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.23.568470 PMID:38045294	研究论文	研究了斑马鱼胚胎发育早期5' UTR在翻译调控中的作用	首次使用大规模并行报告基因测定和多聚核糖体分析，揭示了5' UTR在翻译起始中的时间动态调控机制	NA	研究5' UTR在斑马鱼胚胎发育早期的翻译调控机制	斑马鱼胚胎发育早期的5' UTR	生物信息学	NA	大规模并行报告基因测定，多聚核糖体分析	深度学习模型	序列数据	18,154个序列
268	2024-10-16	Sign Language Motion Generation from Sign Characteristics 2023-Nov-23, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s23239365 PMID:38067738	研究论文	本文提出并评估了一种基于transformer的深度学习架构，用于从手语音素生成手语动作	使用手语音素生成高细节的手语动作，并引入停止检测模块预测生成过程的结束	NA	开发一种能够从手语音素生成手语动作的自动化系统	手语动作生成和停止检测	自然语言处理	NA	transformer	transformer	序列数据	NA
269	2024-10-16	Molecular geometric deep learning 2023-11-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100621 PMID:37875121	研究论文	本文提出了一种分子几何深度学习模型，用于预测分子性质，综合考虑了共价和非共价相互作用	本文创新性地将更广泛的分子表示引入几何深度学习模型，以全面考虑分子中的共价和非共价相互作用	NA	研究分子性质预测	分子中的共价和非共价相互作用	机器学习	NA	几何深度学习	几何深度学习模型	分子数据	十四种常用的基准数据集
270	2024-10-16	Removing Radiographic Markers Using Deep Learning to Enable Image Sharing 2023-Nov, Radiology. Artificial intelligence DOI:10.1148/ryai.230369 PMID:38074775	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
271	2024-10-16	A Deep Learning Decision Support Tool to Improve Risk Stratification and Reduce Unnecessary Biopsies in BI-RADS 4 Mammograms 2023-Nov, Radiology. Artificial intelligence DOI:10.1148/ryai.220259 PMID:38074778	研究论文	评估一种名为iBRISK的智能增强乳腺癌风险计算器的性能，以改善BI-RADS 4乳腺X光片的分层风险并减少不必要的活检	开发了一种基于深度学习的决策支持工具iBRISK，用于提高乳腺癌风险分层和减少不必要的活检	研究仅限于BI-RADS 4类病变，且结果基于回顾性数据	评估iBRISK模型在多中心患者数据集上的性能	BI-RADS 4类乳腺X光片	机器学习	乳腺癌	深度学习	NA	图像	4209名女性（中位年龄56岁）
272	2024-10-16	Enhancing corrosion-resistant alloy design through natural language processing and deep learning 2023-Aug-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adg7992 PMID:37566657	研究论文	本文提出了一种结合自然语言处理和深度学习的方法，用于增强耐腐蚀合金设计的机器能力	开发了一种全自动的自然语言处理方法，将文本数据转换为深度神经网络可兼容的形式，显著提高了点蚀电位预测的准确性	NA	增强机器在耐腐蚀合金设计中的能力	耐腐蚀合金的点蚀电位预测	自然语言处理	NA	深度学习	深度神经网络	文本数据	NA
273	2024-10-16	Tumor detection under cystoscopy with transformer-augmented deep learning algorithm 2023-08-07, Physics in medicine and biology IF:3.3Q1 DOI:10.1088/1361-6560/ace499 PMID:37548023	研究论文	开发了一种基于变压器增强的深度学习算法，用于在白光膀胱镜（WLC）下准确检测膀胱肿瘤	引入了变压器增强的深度学习算法，通过自注意力机制和特征金字塔网络（FPN）的多尺度激活图，提高了肿瘤检测的准确性	NA	开发一种成本效益高、基于变压器增强的深度学习算法，用于在WLC下准确检测膀胱肿瘤，并评估其在患者数据上的性能	膀胱肿瘤的检测	计算机视觉	膀胱癌	深度学习	变压器增强的卷积神经网络（CNN）	图像	训练集包含510帧WLC图像，来自54名患者；测试集包含101帧WLC图像，来自13名患者
274	2024-10-16	A Conditional Normalizing Flow for Accelerated Multi-Coil MR Imaging 2023-Jul, Proceedings of machine learning research PMID:38084206	研究论文	本文提出了一种用于加速多线圈磁共振成像的条件归一化流（CNF）方法	本文创新性地设计了一种条件归一化流（CNF）模型，用于从测量操作符的零空间中推断信号成分，并结合测量数据生成完整的图像	NA	本文旨在通过加速磁共振成像技术减少采集时间，并提供更全面的下游推断信息	本文的研究对象是磁共振成像中的信号成分和图像重建	计算机视觉	NA	条件归一化流（CNF）	条件归一化流（CNF）	图像	使用了fastMRI脑部和膝关节数据
275	2024-10-16	Direct prediction of Homologous Recombination Deficiency from routine histology in ten different tumor types with attention-based Multiple Instance Learning: a development and validation study 2023-Mar-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.03.08.23286975 PMID:36945540	研究论文	研究开发了一种基于注意力加权的多实例学习（attMIL）的深度学习管道，用于从常规组织学图像中直接预测同源重组缺陷（HRD）状态	首次展示了使用常规组织学图像直接预测HRD状态的可行性，并验证了其在多种肿瘤类型中的适用性	研究仅在十种肿瘤类型中进行了验证，未来需要进一步扩展到更多肿瘤类型	探索深度学习技术在常规组织学图像中预测HRD状态的可行性	十种不同类型的肿瘤	数字病理	NA	深度学习	注意力加权的多实例学习（attMIL）	图像	4565名患者
276	2024-10-16	Accurate prediction of functional effect of single amino acid variants with deep learning 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.017 PMID:38074467	研究论文	本文介绍了一种名为Rep2Mut-V2的新型深度学习模型，用于准确预测蛋白质单氨基酸变体的功能效应	利用transformer模型的学习表示，显著提高了对蛋白质变体功能效应的预测准确性	NA	开发一种能够准确预测蛋白质单氨基酸变体功能效应的计算方法	蛋白质单氨基酸变体的功能效应	机器学习	NA	深度学习	transformer模型	蛋白质序列数据	38个蛋白质数据集，包含118,933个单氨基酸变体
277	2024-10-16	AMSF: attention-based multi-view slice fusion for early diagnosis of Alzheimer's disease 2023, PeerJ. Computer science DOI:10.7717/peerj-cs.1706 PMID:38077590	研究论文	本文提出了一种基于注意力机制的多视角切片融合方法（AMSF），用于阿尔茨海默病的早期诊断	本文创新性地结合了三维全局特征和多视角二维切片特征，并通过注意力机制引导切片特征的融合，生成全面的MRI图像表示	本文未提及具体的局限性	旨在提高阿尔茨海默病早期诊断的准确性	阿尔茨海默病	计算机视觉	神经退行性疾病	注意力机制	深度神经网络	MRI图像	使用了公开数据集进行实验
278	2024-10-16	Deep learning Binary/Multi classification for music's brainwave entrainment beats 2023, PeerJ. Computer science DOI:10.7717/peerj-cs.1642 PMID:38077584	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的音乐脑波同步节拍分类方法，使用VGGish和YAMNET模型进行二分类和多分类	本文的创新点在于提出了一种基于音乐信号元素而非依赖EEG的分类方法，并开发了适用于移动设备的低功耗低延迟模型	本文的局限性在于需要生成新的数据集进行训练和测试，且未验证所有音乐数据集的EEG相关性	研究音乐脑波同步节拍对听众心理和生理影响的分类方法	音乐脑波同步节拍及其对人类脑波的影响	机器学习	NA	深度学习	CNN	音频	两个数据集，Brainwave Entrainment Beats (BWEB) 和 Brainwave Music Manipulation (BWMM)，用于分类训练和测试
279	2024-10-15	Attaching organic fibers to mineral: The case of the avian eggshell 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108425 PMID:38034363	研究论文	研究鸟类蛋壳中有机纤维膜与无机矿物质之间的结构附着机制	通过3D多尺度成像技术结合深度学习特征分割，揭示了有机纤维膜如何嵌入和锚定到蛋壳矿物质中	NA	理解有机纤维膜如何附着到蛋壳矿物质上，以支持鸟类胚胎发育和孵化	鸟类蛋壳中的有机纤维膜和无机矿物质	生物学	NA	X射线和电子断层扫描	深度学习	图像	NA
280	2024-10-15	Abdominal fat quantification using convolutional networks 2023-Dec, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-023-09865-w PMID:37436508	研究论文	本文介绍了使用全卷积网络（FCN）自动量化腹部磁共振成像（MRI）数据中脂肪组织的软件，并评估了其性能	本文提出的方法在脂肪组织量化方面显著优于常见的半自动化方法，减少了依赖性和工作量	NA	开发和评估一种自动化的方法来量化腹部MRI数据中的脂肪组织	肥胖患者的腹部脂肪组织	计算机视觉	肥胖	全卷积网络（FCN）	UNet	图像	331个完整的腹部图像系列