深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-23	Transfer learning to leverage larger datasets for improved prediction of protein stability changes 2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.27.550881 PMID:37547004	研究论文	本文介绍了一种名为ThermoMPNN的深度神经网络，用于预测蛋白质点突变对稳定性的影响，并展示了如何利用大规模数据集进行训练	本文引入了ThermoMPNN模型，并利用迁移学习技术结合两个不同数据集进行训练，以提高预测蛋白质稳定性变化的准确性	NA	开发一种能够准确预测蛋白质稳定性变化的计算方法	蛋白质点突变对稳定性的影响	机器学习	NA	深度学习	深度神经网络	蛋白质结构数据	使用了两个大规模数据集进行训练
42	2024-09-23	An innovative ensemble model based on deep learning for predicting COVID-19 infection 2023-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-39408-8 PMID:37516796	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的创新集成模型WOCLSA，用于预测COVID-19感染	WOCLSA模型结合了ANN、CNN和LSTM，并使用鲸鱼优化算法优化模型参数，提高了预测准确性	NA	提高COVID-19感染预测的准确性，并扩展医疗疾病预测模型的应用	COVID-19感染预测	机器学习	COVID-19	深度学习	WOCLSA（ANN、CNN、LSTM的集成模型）	患者指标	18个患者指标
43	2024-09-23	Improved delineation model of a standard 12-lead electrocardiogram based on a deep learning algorithm 2023-07-28, BMC medical informatics and decision making IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s12911-023-02233-0 PMID:37507698	研究论文	本文提出了一种基于深度学习算法的12导联心电图信号分割模型	采用卷积神经网络和双向长短期记忆网络相结合的方法，实现了对心电图波形和边界的自动分类	NA	提高12导联心电图信号分割的自动化程度，以辅助心脏病临床实践	12导联心电图信号的P波、QRS波群和T波的分割	机器学习	心血管疾病	深度学习算法	卷积神经网络和双向长短期记忆网络	心电图信号	共14,588个心电图信号
44	2024-09-23	MSBooster: improving peptide identification rates using deep learning-based features 2023-07-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40129-9 PMID:37500632	研究论文	本文介绍了一种名为MSBooster的新工具，通过深度学习特征提升液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）实验中的肽段鉴定率	MSBooster利用深度学习预测的肽段特性（如LC保留时间、离子迁移率和MS/MS谱图）来重新评分肽段与谱图的匹配	NA	提升LC-MS/MS实验中的肽段鉴定率	肽段与谱图的匹配	机器学习	NA	液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）	深度学习	谱图数据	NA
45	2024-09-23	A transfer learning-based multimodal neural network combining metadata and multiple medical images for glaucoma type diagnosis 2023-07-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27045-6 PMID:37495578	研究论文	本文提出了一种基于迁移学习的多模态神经网络，结合元数据和多种医学图像用于青光眼类型诊断	构建了新的多模态青光眼数据集，并提出了新的多模态神经网络GMNNnet，用于解决单模态方法的不准确性和数据标注困难的问题	NA	解决青光眼类型诊断中的数据标注困难和单模态方法的不准确性问题	青光眼类型诊断	计算机视觉	青光眼	迁移学习	CNN	图像	包含五种最重要的青光眼标签、电子病历和四种高分辨率医学图像的多模态数据集
46	2024-09-23	Super High-Throughput Screening of Enzyme Variants by Spectral Graph Convolutional Neural Networks 2023-Jul-25, Journal of chemical theory and computation IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jctc.2c01227 PMID:36961994	研究论文	本文展示了使用图卷积神经网络（GCN）预测酶变体结合能的方法	利用GCN模型仅使用序列信息预测酶变体的结合能，并通过预训练的语言模块提高预测准确性	NA	开发一种高效筛选酶变体的方法	酶变体的结合能预测	机器学习	NA	图卷积神经网络（GCN）	图卷积神经网络（GCN）	序列信息	20-20个变体作为训练数据
47	2024-09-23	Deep Learning-Based Prediction of Contact Maps and Crystal Structures of Inorganic Materials 2023-Jul-25, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.3c02115 PMID:37521616	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的无机材料接触图和晶体结构预测算法AlphaCrystal	受AlphaFold算法启发，AlphaCrystal结合深度残差神经网络模型和遗传算法进行三维结构重建，显著加速了晶体结构预测	NA	解决材料科学中晶体结构预测的主要难题	无机材料的晶体结构	机器学习	NA	深度残差神经网络	深度残差神经网络	结构数据	20个基准结构
48	2024-09-23	Validation of bone mineral density measurement using quantitative CBCT image based on deep learning 2023-07-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-38943-8 PMID:37488135	研究论文	本研究验证了基于深度学习的定量锥束CT（CBCT）图像在骨密度（BMD）测量中的准确性和可靠性	本研究开发了一种基于深度学习的定量CBCT图像方法，用于骨密度测量，相比传统CBCT图像，显示出更高的准确性、线性和均匀性	本研究仅在30名患者的临床数据上进行了验证，样本量相对较小	验证基于深度学习的定量CBCT图像在骨密度测量中的准确性和可靠性	骨密度测量在牙科植入手术前的骨质量评估	计算机视觉	NA	深度学习	QCBCT-NET	图像	30名患者，包含7500对CT和CBCT轴向切片图像
49	2024-09-23	Unique Hyperspectral Response Design in High-Speed Photodetectors Enabled by Periodic Surface Textures 2023-Jul-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3140578/v1 PMID:37503247	研究论文	本文介绍了一种利用光子陷阱表面纹理（PTSTs）设计高速光电探测器的光谱响应方法，实现了系统的小型化和高性能	通过集成PTSTs，消除了对外部衍射光学器件的需求，实现了高性价比的硅光电探测器，适用于宽带多/高光谱成像系统	NA	开发一种新型的光谱响应设计方法，以实现高性能、小型化的光电探测器	光子陷阱表面纹理（PTSTs）和硅光电探测器	计算机视觉	NA	光子陷阱表面纹理（PTSTs）	NA	光谱数据	NA
50	2024-09-23	A Deep Learning Approach for Atrial Fibrillation Classification Using Multi-Feature Time Series Data from ECG and PPG 2023-Jul-21, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics13142442 PMID:37510187	研究论文	本文提出了一种利用多特征时间序列数据（来自ECG和PPG）进行房颤分类的深度学习方法	本文首次将深度学习方法应用于PPG信号，并结合ECG信号进行房颤分类	NA	开发一种非侵入性方法，利用ECG和PPG信号进行房颤检测	房颤和非房颤的分类	机器学习	心血管疾病	深度学习	1D CNN和BiLSTM	时间序列数据	NA
51	2024-09-23	Recent trends in RNA informatics: a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery 2023-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad186 PMID:37232359	综述	本文综述了机器学习和深度学习在RNA二级结构预测和RNA药物发现中的最新趋势	机器学习方法在RNA二级结构预测中取得了显著进展，提高了预测精度，并在RNA-蛋白质相互作用分析中做出了重要贡献	NA	探讨机器学习和深度学习在RNA信息学中的应用及其未来发展方向	RNA二级结构预测、RNA适配体和RNA药物发现	机器学习	NA	机器学习、深度学习	NA	序列	NA
52	2024-09-23	DCiPatho: deep cross-fusion networks for genome scale identification of pathogens 2023-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad194 PMID:37249547	研究论文	本文介绍了一种基于深度交叉融合网络的病原体检测方法DCiPatho	通过深度交叉融合、残差和深度神经网络的结合，DCiPatho能够处理长基因组序列并准确识别病原体	NA	开发一种能够准确检测病原体的深度学习算法	病原体检测	机器学习	NA	深度学习	深度交叉融合网络	基因组数据	使用了已知和未知的病原体物种的基因组和宏基因组数据
53	2024-09-23	iAMPCN: a deep-learning approach for identifying antimicrobial peptides and their functional activities 2023-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad240 PMID:37369638	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的框架iAMPCN，用于识别抗菌肽及其功能活性	iAMPCN能够预测抗菌肽的22种相关功能活性，相较于现有方法显著提高了预测性能	NA	开发一种新的计算方法来识别抗菌肽及其功能活性	抗菌肽及其功能活性	机器学习	NA	深度学习	CNN	序列	涉及22种功能活性的抗菌肽数据集
54	2024-09-23	Contextualized Small Target Detection Network for Small Target Goat Face Detection 2023-Jul-20, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani13142365 PMID:37508141	研究论文	本文提出了一种用于山羊面部小目标检测的新型神经网络	通过结合上下文信息和特征融合互补，解决了低图像分辨率、小目标和特征不明显的问题	未提及具体限制	提高山羊面部检测的准确性和效率，为智能畜牧管理系统提供基础	山羊面部检测	计算机视觉	NA	深度学习	神经网络	图像	未提及具体样本数量
55	2024-09-23	Detecting Dementia from Face-Related Features with Automated Computational Methods 2023-Jul-20, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering10070862 PMID:37508889	研究论文	本文研究了如何利用面部相关特征通过自动化计算方法检测痴呆症	本文首次探索了面部相关特征在痴呆症检测中的应用，并展示了其潜在的重要作用	本文的实验结果仅基于PROMPT数据集，可能存在数据集偏差	研究面部相关特征在自动化痴呆症检测中的有效性	痴呆症患者面部特征	计算机视觉	老年病	NA	传统机器学习模型和深度学习模型	视频	PROMPT数据集中的痴呆症患者
56	2024-09-23	SinusC-Net for automatic classification of surgical plans for maxillary sinus augmentation using a 3D distance-guided network 2023-07-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-38273-9 PMID:37468515	研究论文	本文提出了一种基于3D距离引导网络的自动分类手术计划方法，用于上颌窦底提升术	本文创新性地使用了3D距离引导网络进行手术计划的自动分类，并提出了改进的ABC分类方法	NA	自动分类上颌窦底提升术的手术计划	上颌窦底提升术的手术计划分类	计算机视觉	NA	3D距离引导网络	卷积神经网络	图像	NA
57	2024-09-23	Latest Developments in Adapting Deep Learning for Assessing TAVR Procedures and Outcomes 2023-Jul-19, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm12144774 PMID:37510889	综述	本文综述了用于评估TAVR手术和结果的经典计算模型、医学影像和深度学习方法	提出了一个端到端的智能深度学习框架，用于实时评估和推荐最佳的BHV设计	未提及具体的技术限制	探讨深度学习在TAVR手术规划和结果评估中的应用	TAVR手术和生物心脏瓣膜（BHV）	机器学习	心血管疾病	深度学习（DL）	NA	医学影像	未提及具体样本数量
58	2024-09-23	Detecting SNP markers discriminating horse breeds by deep learning 2023-07-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-38601-z PMID:37464049	研究论文	本研究评估了不同人工神经网络（ANN）方法在从高通量基因分型数据中选择信息性SNP标记以追踪未知样本真实品种的潜力	本研究首次使用深度神经网络（DNN）、Garson和Olden方法进行特征选择，并展示了其在品种鉴定中的高效性	研究仅使用了Illumina SNP 50k Bead芯片的数据，未涵盖其他基因分型技术	评估不同人工神经网络方法在选择信息性SNP标记以确定个体真实品种来源中的潜力	795只来自37个品种的马匹，使用Illumina SNP 50k Bead芯片进行基因分型	机器学习	NA	深度神经网络（DNN）、Garson和Olden方法	深度神经网络（DNN）	基因分型数据	795只马匹，来自37个品种
59	2024-09-23	The Cardiovascular Impact and Genetics of Pericardial Adiposity 2023-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.07.16.23292729 PMID:37502935	研究论文	研究评估了心包脂肪组织（PAT）与心血管疾病的关系，并揭示了PAT的遗传基础	首次在大规模人群队列中评估PAT与心血管疾病的关联，并发现了5个新的PAT遗传位点	研究主要基于UK Biobank和FinnGen的数据，可能存在样本选择偏倚	评估PAT与心血管疾病的关联，并揭示PAT的遗传基础	心包脂肪组织（PAT）与心血管疾病的关系及其遗传基础	数字病理学	心血管疾病	磁共振成像（MRI）	深度学习模型	图像	44,725名UK Biobank参与者，453,733名FinnGen研究参与者
60	2024-09-23	Enhancing Breast Ultrasound Segmentation through Fine-tuning and Optimization Techniques: Sharp Attention UNet 2023-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.14.549040 PMID:37503223	研究论文	本文通过比较图像预处理和不同优化技术对不同UNet分割模型在乳腺超声图像分割中的影响，提出了一种新的Sharp Attention UNet模型	本文提出了一种结合Sharp UNet和Attention UNet的新模型Sharp Attention UNet，并在乳腺超声图像分割中取得了更好的性能	NA	提高乳腺超声图像分割的准确性	乳腺超声图像中的肿块分割	计算机视觉	乳腺疾病	深度学习	UNet	图像	NA