深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-10-13	Complexities of deep learning-based undersampled MR image reconstruction 2023-10-04, European radiology experimental IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s41747-023-00372-7 PMID:37789241	综述	本文综述了基于深度学习的欠采样磁共振图像重建方法	探讨了深度学习在解决图像重建等逆问题中的潜力	重建图像的鲁棒性和诊断质量难以评估	帮助研究人员和放射科医生开发新方法或提供有价值的反馈	基于深度学习的磁共振图像重建方法	机器学习	NA	深度学习	NA	图像	NA
102	2024-10-13	Retrosynthesis prediction with an interpretable deep-learning framework based on molecular assembly tasks 2023-Oct-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41698-5 PMID:37788995	研究论文	本文提出了一种基于分子组装任务的可解释深度学习框架RetroExplainer，用于逆合成预测	将逆合成任务形式化为分子组装过程，并引入了多感官和多尺度图变换器、结构感知的对比学习和动态自适应多任务学习单元，提高了模型的鲁棒性和解释性	NA	加速数字实验室中有机化学研究的自动化逆合成预测	逆合成预测任务	机器学习	NA	深度学习	图变换器	分子数据	12个大规模基准数据集
103	2024-10-13	plotnineSeqSuite: a Python package for visualizing sequence data using ggplot2 style 2023-Oct-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09677-8 PMID:37789265	研究论文	介绍了一个名为plotnineSeqSuite的Python包，用于使用ggplot2风格的API可视化序列数据	plotnineSeqSuite是首个在Python中实现ggplot2风格序列相关图形可视化的包，增强了R和Python之间编程绘图的统一性	NA	开发一个Python包，提供类似于R语言中ggseqlogo的API，以降低学习成本并增强编程方法的统一性	序列数据的可视化	生物信息学	NA	NA	NA	序列数据	NA
104	2024-10-13	A deep learning model to triage and predict adenocarcinoma on pancreas cytology whole slide imaging 2023-10-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-42045-w PMID:37783684	研究论文	本文提出了一种深度学习框架MIPCL，用于胰腺细胞学全切片成像中腺癌的分类和预测	MIPCL模型在所有评估指标上显著优于其他两种深度学习模型，并且能够恢复对最终预测贡献最大的切片区域	NA	开发一种辅助筛查工具，用于预测胰腺细胞学全切片成像中腺癌的存在与否	胰腺细胞学全切片成像中的腺癌	数字病理	胰腺癌	深度学习	深度学习框架	图像	通过数据集优化策略增加了训练样本数量
105	2024-10-13	SurfFlow: A Flow-Based Approach for Rapid and Accurate Cortical Surface Reconstruction from Infant Brain MRI 2023-Oct, Medical image computing and computer-assisted intervention : MICCAI ... International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention DOI:10.1007/978-3-031-43993-3_37 PMID:39380670	研究论文	本文介绍了一种基于流的方法，用于从婴儿脑部MRI快速准确地重建皮层表面	提出了一种针对婴儿脑部MRI的皮层表面重建方法，利用三个无缝连接的变形块，能够在一秒内重建高分辨率的皮层表面网格	NA	开发一种能够准确重建婴儿脑部皮层表面的方法，以理解早期大脑发育过程中皮层形态学的快速变化	婴儿脑部的皮层表面	计算机视觉	NA	流形变形	NA	MRI图像	0到12个月大的婴儿MRI数据集
106	2024-10-13	The Impact of Artificial Intelligence on Optimizing Diagnosis and Treatment Plans for Rare Genetic Disorders 2023-Oct, Cureus DOI:10.7759/cureus.46860 PMID:37954711	研究论文	探讨人工智能和机器学习在优化罕见遗传病诊断和治疗方案中的变革性影响	强调人工智能在分析大数据集和加速诊断方面的能力，以及在个性化治疗方案和药物发现中的应用	讨论了人工智能在医疗中的挑战和局限性，包括伦理、法律、技术和人类方面的考虑	探索人工智能和机器学习在解决罕见遗传病诊断和治疗复杂性中的作用	罕见遗传病及其诊断和治疗方案	机器学习	罕见遗传病	人工智能、机器学习、深度学习	NA	数据集	NA
107	2024-10-12	Superior Auto-Identification of Trypanosome Parasites by Using a Hybrid Deep-Learning Model 2023-10-27, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65557 PMID:37955392	研究论文	本文介绍了一种利用混合深度学习模型自动识别锥虫寄生虫的方法	引入了一种基于混合深度学习技术的AI程序，能够从油浸显微图像中识别和分类三种锥虫物种	NA	开发一种自动化的诊断工具，以提高锥虫病的监测和控制效率	锥虫物种Trypanosoma cruzi, T. brucei, 和 T. evansi	计算机视觉	NA	混合深度学习技术	混合深度学习模型	图像	NA
108	2024-10-12	A Knowledge Graph Approach to Elucidate the Role of Organellar Pathways in Disease via Biomedical Reports 2023-10-13, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65084 PMID:37902366	研究论文	本文介绍了一种名为CaseOLAP LIFT的计算管道，用于通过提取用户选择的文本数据集中的信息来研究细胞成分及其与疾病的关联	提出了CaseOLAP LIFT计算管道，通过知识图谱自动构建和深度学习模型预测蛋白质与疾病之间的未报告关系	NA	揭示细胞途径在疾病中的作用	细胞成分及其与疾病的关联	自然语言处理	心血管疾病	知识图谱构建	深度学习模型	文本	约3400万篇文本文档
109	2024-10-09	Super-resolution segmentation network for inner-ear tissue segmentation 2023-Oct, Simulation and synthesis in medical imaging : ... International Workshop, SASHIMI ..., held in conjunction with MICCAI ..., proceedings. SASHIMI (Workshop) DOI:10.1007/978-3-031-44689-4_2 PMID:38560492	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的超分辨率分割网络，用于内耳组织分割	本文提出的方法能够使用患者CT图像获得μCT级别的组织标签，并在内耳组织分割任务中表现优异	NA	研究如何使用深度学习方法从CT图像中提取高分辨率的内耳组织信息	内耳组织	计算机视觉	NA	深度学习	超分辨率分割网络	图像	NA
110	2024-10-04	Quantification of spatially localized MRS by a novel deep learning approach without spectral fitting 2023-10, Magnetic resonance in medicine IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mrm.29711 PMID:37183798	研究论文	提出了一种新的端到端深度学习模型，用于从体内J-点分辨光谱（JPRESS）中量化绝对代谢物浓度，无需使用光谱拟合	该模型通过深度学习直接从JPRESS数据中预测代谢物浓度和单个代谢物信号，无需光谱拟合，消除了传统方法中浓度估计与噪声水平及代谢物之间的相关性	该研究仅在20个人体脑样本上进行了体内测试，样本量较小	开发一种新的深度学习方法，用于从体内JPRESS数据中直接量化代谢物浓度，无需光谱拟合	体内JPRESS数据中的代谢物浓度	机器学习	NA	深度学习	编码器-解码器神经网络	时间域数据	训练数据集包含100,000个样本，验证数据集包含2,000个样本，体内测试数据集包含20个人体脑样本
111	2024-10-04	Methodology reporting improved over time in 176,469 randomized controlled trials 2023-10, Journal of clinical epidemiology IF:7.3Q1 DOI:10.1016/j.jclinepi.2023.08.004 PMID:37562729	研究论文	本文分析了176,469项随机对照试验（RCT）的方法学报告随时间的变化趋势	使用基于深度学习的句子分类模型，根据CONSORT声明评估RCT报告的质量，并分析了报告趋势随时间的变化	某些方法信息的报告仍需改进，如序列生成和分配隐藏的报告率较低	研究随机对照试验方法学报告随时间的变化趋势	176,469项随机对照试验报告	机器学习	NA	深度学习	句子分类模型	文本	176,469项随机对照试验报告
112	2024-10-04	Investigating Transformer Encoding Techniques to Improve Data-Driven Volume-to-Surface Liver Registration for Image-Guided Navigation 2023-Oct, Data engineering in medical imaging : first MICCAI Workshop, DEMI 2023, Held in Conjunction with MICCAI 2023, Vancouver, BC, Canada, October 8, 2023, Proceedings. DEMI (Workshop) (1st : 2023 : Vancouver, B.C.) DOI:10.1007/978-3-031-44992-5_9 PMID:39139984	研究论文	研究利用Transformer编码技术改进基于数据的体积到表面肝脏配准，以提高图像引导导航的准确性	采用基于Transformer的分割网络来预测非刚性配准的最佳位移场，显著提高了配准的准确性和鲁棒性	研究仅限于体积到表面肝脏配准，未涉及其他器官或更复杂的配准任务	提高腹腔镜肝脏手术中图像引导导航的准确性	肝脏的体积图像与表面图像的非刚性配准	计算机视觉	NA	深度学习	Transformer	图像	涉及多种数据集，具体样本数量未明确说明
113	2024-10-04	Improving Medical Image Classification in Noisy Labels Using only Self-supervised Pretraining 2023-Oct, Data engineering in medical imaging : first MICCAI Workshop, DEMI 2023, Held in Conjunction with MICCAI 2023, Vancouver, BC, Canada, October 8, 2023, Proceedings. DEMI (Workshop) (1st : 2023 : Vancouver, B.C.) DOI:10.1007/978-3-031-44992-5_8 PMID:39144367	研究论文	本文探讨了在带有噪声标签的医学图像分类中使用自监督预训练来提高分类性能	首次研究了其他自监督方法（如基于 pretext 任务的预训练）对带有噪声标签的学习的影响，并探讨了仅使用自监督预训练方法在医学图像中的应用	仅在两个医学数据集上进行了实验，结果的普适性有待验证	研究自监督预训练在带有噪声标签的医学图像分类中的应用	组织病理学图像和胸部 X 光图像	计算机视觉	NA	自监督学习	深度学习分类模型	图像	两个医学数据集
114	2024-10-04	Scanning Laser Ophthalmoscopy Demonstrates Disc and Peripapillary Strain During Horizontal Eye Rotation in Adults 2023-10, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2023.06.008 PMID:37343739	研究论文	使用扫描激光眼底镜（SLO）和深度学习分析技术，研究了成年人在水平眼球旋转过程中视盘和视网膜及脉络膜血管的机械应变	首次使用自动化图像分析和深度学习技术来量化视盘和视网膜及脉络膜血管在水平眼球旋转过程中的应变	研究仅限于健康成年人的水平眼球旋转，未涉及其他眼球运动或疾病状态	研究水平眼球旋转过程中视盘和视网膜及脉络膜血管的机械应变	视盘、视网膜和脉络膜血管在水平眼球旋转过程中的应变	计算机视觉	NA	扫描激光眼底镜（SLO）	深度学习	图像	22名年轻（平均±标准误，26 ± 5岁）和19名年长（64 ± 10岁）健康志愿者
115	2024-10-04	Towards Accurate Microstructure Estimation via 3D Hybrid Graph Transformer 2023-Oct, Medical image computing and computer-assisted intervention : MICCAI ... International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention DOI:10.1007/978-3-031-43993-3_3 PMID:39219989	研究论文	本文提出了一种基于3D混合图变换器的微结构估计模型，通过整合3D空间信息和角度信息，改进了现有方法的性能	提出了3D混合图变换器（3D-HGT）模型，能够充分利用3D空间信息和角度信息，并通过简化的图神经网络模型和3D变换器模块提高了计算效率	现有方法忽略了3D空间信息，仅依赖于2D切片进行训练	提高微结构估计的准确性，特别是在使用欠采样的扩散MRI数据时	微结构估计	计算机视觉	NA	扩散MRI（dMRI）	混合图变换器（HGT）	图像	来自人类连接组项目的数据
116	2024-10-04	Min-Max Similarity: A Contrastive Semi-Supervised Deep Learning Network for Surgical Tools Segmentation 2023-10, IEEE transactions on medical imaging IF:8.9Q1 DOI:10.1109/TMI.2023.3266137 PMID:37037256	研究论文	提出了一种基于对比学习的半监督深度学习网络用于手术工具分割	引入了Min-Max相似度（MMS），通过双视图训练构建正负特征对，将学习问题转化为MMS问题	NA	解决医学图像分割中像素级标注数据获取困难的问题	手术工具的分割	计算机视觉	NA	对比学习	NA	图像	测试了四个公开的内窥镜手术工具分割数据集和一个手动标注的耳蜗植入手术数据集
117	2024-10-04	Deep learning denoising of digital breast tomosynthesis: Observer performance study of the effect on detection of microcalcifications in breast phantom images 2023-Oct, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.16439 PMID:37145996	研究论文	本文研究了深度学习去噪技术在数字乳腺断层合成（DBT）图像中对微钙化（MCs）检测的影响	开发了一种基于深度学习的去噪器，用于提高DBT图像质量，并通过观察者性能研究验证了其在微钙化检测中的可行性	研究结果的普适性需要进一步在临床环境中对人类受试者和患者群体进行验证	研究深度学习去噪技术在DBT图像中对微钙化检测的影响	数字乳腺断层合成（DBT）图像中的微钙化（MCs）	计算机视觉	乳腺癌	深度学习	深度学习模型	图像	六个5厘米厚的乳腺假体，嵌入了144个模拟的微钙化簇，由七名乳腺放射科医生进行评估
118	2024-10-04	A scoping review on multimodal deep learning in biomedical images and texts 2023-10, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2023.104482 PMID:37652343	综述	本文对多模态深度学习在生物医学图像和文本中的应用进行了综述	本文首次系统性地综述了多模态深度学习在生物医学图像和文本中的应用，并指出了未来的研究方向	本文主要关注了生物医学图像和文本的联合学习，未涵盖其他类型的多模态数据	旨在系统性地综述多模态深度学习在生物医学图像和文本中的应用，并指出当前研究的局限性和未来的研究方向	多模态深度学习在生物医学图像和文本中的应用	自然语言处理	NA	多模态深度学习	NA	图像和文本	NA
119	2024-10-04	Effect of Averaging Measurements From Multiple MRI Pulse Sequences on Kidney Volume Reproducibility in Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease 2023-10, Journal of magnetic resonance imaging : JMRI IF:3.3Q1 DOI:10.1002/jmri.28593 PMID:36645114	研究论文	研究通过使用多种MRI脉冲序列的平均测量值来提高常染色体显性多囊肾病（ADPKD）患者肾脏体积（TKV）测量的可重复性	利用人工智能算法自动分割肾脏，并在多个MRI脉冲序列上进行测量平均，显著提高了TKV测量的可重复性	研究样本量较小，且仅限于ADPKD患者	提高ADPKD患者肾脏体积测量的可重复性	常染色体显性多囊肾病患者的肾脏体积测量	计算机视觉	肾脏疾病	MRI	2D U-net	图像	397名患者（356名ADPKD患者，41名非ADPKD患者），其中75%用于训练，25%用于验证，40名ADPKD患者用于测试，17名ADPKD患者用于评估可重复性
120	2024-10-04	DeepSWI: Using Deep Learning to Enhance Susceptibility Contrast on T2*-Weighted MRI 2023-10, Journal of magnetic resonance imaging : JMRI IF:3.3Q1 DOI:10.1002/jmri.28622 PMID:36733222	研究论文	使用深度学习从T2*加权磁共振图像生成合成SWI图像，并评估其与传统SWI图像的相似性和检测放射相关微出血的能力	提出了一种使用深度学习从T2*加权图像生成合成SWI图像的方法，提高了神经血管和微出血的磁敏感对比度，且无残留磁敏感伪影	研究样本量较小，且仅限于放射相关微出血的患者	开发一种从临床T2*加权图像生成合成SWI图像的工具，并评估其性能	放射相关微出血的成人患者	计算机视觉	NA	深度学习	NA	图像	145名成人患者（87名男性/58名女性；平均年龄43.9岁），用于训练（16,093个补丁/121名患者）、验证（484个补丁/4名患者）和测试（2420个补丁/20名患者）