深度学习在生物医药领域的应用

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 算法框架 模型架构 性能指标 计算资源
81 2025-10-07
Deep learning assisted single particle tracking for automated correlation between diffusion and function
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出DeepSPT深度学习框架,用于自动分析细胞内颗粒的扩散行为与功能关联 首次开发出能够仅通过扩散行为自动提取功能信息的深度学习框架,实现秒级分析而非传统所需的数周时间 NA 开发自动化工具来关联亚细胞颗粒扩散行为与生物学功能 病毒感染的早期事件、内体细胞器、网格蛋白包被小窝和囊泡 计算机视觉 病毒感染 光学显微镜,单颗粒追踪 深度学习 2D/3D时间序列图像 NA NA DeepSPT 准确率 NA
82 2025-10-07
SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures
2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL,用于分析空间转录组数据 开发了首个集成细胞类型反卷积、空间域识别和3D对齐的深度学习工具包 未明确说明方法在特定组织类型或技术平台上的局限性 解决多个空间转录组切片的联合分析和3D组织架构重建的挑战 空间转录组数据 生物信息学 NA 空间转录组技术 多层感知机, 图卷积网络, 对抗学习 空间转录组数据 模拟和真实ST数据集,涉及多种组织和ST技术 NA 多层感知机, 图卷积网络 细胞类型反卷积性能, 空间域识别性能, 3D对齐性能 NA
83 2025-10-07
PET/CT based cross-modal deep learning signature to predict occult nodal metastasis in lung cancer
2023-11-18, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 基于PET/CT的跨模态深度学习特征预测肺癌隐匿性淋巴结转移 开发了基于PET/CT的跨模态深度学习特征,在预测隐匿性淋巴结转移方面显著优于单模态模型、临床模型和医生判断 NA 预测临床分期N0非小细胞肺癌的隐匿性淋巴结转移 非小细胞肺癌患者 数字病理 肺癌 PET/CT成像 深度学习 医学影像 内部队列1911例,外部队列355例,前瞻性队列999例 NA 跨模态深度学习 AUC NA
84 2025-10-07
Deep learning of human polyadenylation sites at nucleotide resolution reveals molecular determinants of site usage and relevance in disease
2023-11-15, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 开发深度学习模型在核苷酸分辨率下识别人类基因组中的多聚腺苷酸化位点并分析其分子决定因素 首次在核苷酸级别分辨率下识别全基因组多聚腺苷酸化位点,并定量测量位置特异性基序重要性及其相互作用 NA 解析人类基因组中多聚腺苷酸化位点优化的分子机制及其在疾病中的作用 人类基因组中的多聚腺苷酸化位点 机器学习 人类疾病 深度学习,机器学习 深度学习模型 基因组数据 NA NA NA NA NA
85 2025-10-07
Genome-wide association analysis of left ventricular imaging-derived phenotypes identifies 72 risk loci and yields genetic insights into hypertrophic cardiomyopathy
2023-11-30, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过深度学习算法分析心脏磁共振图像,识别左心室区域壁厚度的遗传决定因素及其与肥厚型心肌病的关联 开发新型深度学习算法精确计算12个左心室区域壁厚度,首次在42,194人群体中发现72个与左心室壁厚度相关的遗传位点 研究样本仅来自UK Biobank数据库,需要其他人群验证 探索左心室区域壁厚度的遗传基础及其与肥厚型心肌病的因果关系 UK Biobank数据库中的42,194名个体的心脏磁共振图像 医学影像分析 心血管疾病 心脏磁共振成像, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化分析 深度学习 医学影像 42,194名UK Biobank参与者 NA NA P值, 遗传相关性, 多基因风险评分 NA
86 2025-10-07
TransformEHR: transformer-based encoder-decoder generative model to enhance prediction of disease outcomes using electronic health records
2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出基于Transformer的编码器-解码器生成模型TransformEHR,通过新型预训练目标提升电子健康记录疾病预测性能 采用预测患者未来就诊时所有疾病和结果的创新预训练目标,结合编码器-解码器框架实现最先进性能 未明确说明模型在更广泛疾病预测任务中的泛化能力限制 开发能够准确预测临床疾病结果的深度学习模型 电子健康记录中的患者纵向医疗数据 自然语言处理 胰腺癌、创伤后应激障碍 电子健康记录分析 Transformer 电子健康记录文本数据 NA NA Transformer编码器-解码器 精确召回曲线下面积 NA
87 2025-10-07
Label-free identification of protein aggregates using deep learning
2023-11-28, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出一种基于深度学习的无标记蛋白质聚集体识别方法LINA 无需荧光标记即可在活细胞中识别未标记的Httex1蛋白质聚集体 NA 开发无标记识别神经退行性疾病相关蛋白质聚集体的方法 亨廷顿蛋白Httex1在活细胞中形成的蛋白质聚集体 计算机视觉 神经退行性疾病 透射光成像 深度学习 图像 NA NA NA 特异性 NA
88 2025-10-07
Identification of Drug Compounds for Capsular Contracture Based on Text Mining and Deep Learning
2023-11-01, Plastic and reconstructive surgery IF:3.2Q1
研究论文 通过文本挖掘和深度学习识别治疗包膜挛缩的候选药物化合物 首次结合文本挖掘、基因富集分析和DeepPurpose深度学习框架系统性地筛选包膜挛缩治疗药物 研究基于计算预测,缺乏实验验证;候选药物数量有限 探索包膜挛缩的非手术治疗方法,识别潜在治疗药物 包膜挛缩相关基因和靶向药物 生物信息学, 药物发现 包膜挛缩 文本挖掘, 基因富集分析, 蛋白质相互作用分析, 深度学习 DeepPurpose 基因数据, 药物靶点数据, 文本数据 55个相关基因, 8个候选基因, 100个候选药物 DeepPurpose, GeneCodis, Cytoscape NA 预测结合亲和力 NA
89 2025-04-06
Automatic Detection of Tooth-Gingiva Trim Lines on Dental Surfaces
2023-11, IEEE transactions on medical imaging IF:8.9Q1
research paper 提出了一种两阶段几何深度学习框架,用于自动检测牙齿-牙龈修剪线 提出了一个两阶段框架,包括修剪线提议网络(TLP-Net)和修剪线细化网络(TLR-Net),能够充分利用高分辨率牙科表面数据 未提及具体样本量或临床验证的广泛性 自动检测牙齿-牙龈修剪线以支持牙科治疗规划和矫正器3D打印 牙齿-牙龈修剪线 computer vision NA 几何深度学习 U-Net, LDDMM 3D牙科表面数据 NA NA NA NA NA
90 2025-10-07
Data-efficient resting-state functional magnetic resonance imaging brain mapping with deep learning
2023-11-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1
研究论文 开发基于深度学习的静息态功能磁共振成像脑图谱映射方法,用于术前功能定位 提出使用3D卷积神经网络在少量RS-fMRI数据下实现语言和运动静息态网络的体素级映射 研究样本主要来自健康成年人,脑肿瘤患者样本量较小(仅5例) 开发能够用最少RS-fMRI数据可靠映射静息态网络的深度学习模型 健康成年人(2252名)和脑胶质母细胞瘤患者(5名) 医学影像分析 脑肿瘤 静息态功能磁共振成像(RS-fMRI) CNN 医学影像 2257名参与者(2252名健康成年人,5名脑肿瘤患者) NA 3DCNN 准确率,真阳性率 NA
91 2025-10-07
Convolutional Neural Networks for Segmentation of Malignant Pleural Mesothelioma: Analysis of Probability Map Thresholds (CALGB 30901, Alliance)
2023-Nov-30, ArXiv
PMID:38076518
研究论文 评估概率图阈值对卷积神经网络分割恶性胸膜间皮瘤肿瘤的影响 首次系统分析CNN概率图阈值对MPM肿瘤分割体积和空间重叠度的影响 CNN在特定疾病表现(如严重胸腔积液或胸膜裂隙疾病)存在分割缺陷,未找到同时优化肿瘤体积和DSC的最佳单一阈值 评估深度学习自动分割方法在恶性胸膜间皮瘤肿瘤测量中的可靠性 恶性胸膜间皮瘤患者的CT扫描图像 计算机视觉 肺癌 CT扫描 CNN 医学图像 21名MPM患者的88次CT扫描 NA VGG16,U-Net Dice相似系数,体积百分比差异 NA
92 2025-03-21
A full-stack platform for spiking deep learning
2023-Nov, Nature computational science IF:12.0Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
93 2025-03-21
Accurately predicting molecular spectra with deep learning
2023-Nov, Nature computational science IF:12.0Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
94 2025-10-07
A deep learning model for predicting selected organic molecular spectra
2023-Nov, Nature computational science IF:12.0Q1
研究论文 开发了一种结合E(3)等变群和自注意力机制的深度学习模型DetaNet,用于高效预测分子光谱 结合E(3)等变群和自注意力机制,能够生成包括标量、向量及高阶张量在内的多种分子性质,达到量子化学计算精度 基于QM9S数据集进行验证,尚未在其他数据集上测试泛化能力 提高分子光谱预测的效率和准确性 有机分子光谱 机器学习 NA 深度学习 图神经网络 分子结构数据 130,000个分子物种 NA E(3)-等变网络,自注意力机制 量子化学计算精度 NA
95 2025-10-07
Deep Learning-Based Diagnostic System for Velopharyngeal Insufficiency Based on Videofluoroscopy in Patients With Repaired Cleft Palates
2023 Nov-Dec 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3
研究论文 本研究开发了基于视频荧光检查的深度学习诊断系统,用于评估腭裂修复术后患者的腭咽闭合不全 首次将六种深度学习算法应用于视频荧光检查数据诊断VPI,并与人类专家诊断结果进行系统比较 回顾性研究设计,样本量相对有限,需要进一步前瞻性验证 开发基于深度学习的腭咽闭合不全自动诊断系统 腭裂修复术后接受腭咽功能评估的患者 计算机视觉 腭咽闭合不全 视频荧光检查 CNN 视频图像 714例病例(2010年1月至2019年6月) NA VGGNet, ResNet, Xception, ResNext, DenseNet, SENet AUC NA
96 2025-10-07
Automated classification of fat-infiltrated axillary lymph nodes on screening mammograms
2023-Nov, The British journal of radiology
研究论文 开发基于深度学习的自动化流程对筛查性乳腺X线摄影中的脂肪浸润腋窝淋巴结进行分类 首次使用自动化深度学习方法对脂肪浸润淋巴结进行分类 标记数据稀缺可能限制模型泛化能力 开发快速可推广的工具辅助数据标注,支持大规模研究 筛查性乳腺X线摄影中的脂肪浸润腋窝淋巴结 计算机视觉 肥胖相关疾病 乳腺X线摄影 深度学习 医学影像 886张内部机构乳腺X线片和外部数据库子集 NA 两阶段深度学习模型 准确率, AUC NA
97 2025-02-21
A two-dimensional hydrodynamics prediction framework for mantle-undulated propulsion robot using multiple proper orthogonal decomposition and long short term memory neural network
2023-11-29, Bioinspiration & biomimetics IF:3.1Q2
研究论文 本文开发了一个基于深度学习的框架,用于预测在波动推进机器人(MUPRo)上的流体动力 提出了多重本征正交分解(MPOD)算法,有效识别MUPRo波动表面附近流体的全局和局部特征,并开发了基于MPOD算法和长短期记忆神经网络的流体动力预测框架 NA 开发一个能够经济且可靠地预测波动推进机器人流体动力的框架 波动推进机器人(MUPRo) 机器学习 NA 多重本征正交分解(MPOD)算法,长短期记忆神经网络(LSTM) LSTM 流体动力数据 NA NA NA NA NA
98 2025-02-21
Application of bidirectional long short-term memory network for prediction of cognitive age
2023-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究应用双向长短期记忆网络(BLSTM)算法分析台北慈济医院儿科脑电图实验室的EEG数据,以预测认知年龄 首次将BLSTM算法应用于EEG数据的认知年龄预测,并验证了其在识别不同年龄段儿童和青少年EEG数据中的有效性 对于智力障碍患者的EEG样本,预测准确率显著降低,表明个体智力在年龄预测中起主要作用 探讨深度学习工具在EEG分类中的应用,特别是用于预测认知年龄 儿童和青少年的EEG数据 机器学习 NA EEG BLSTM EEG数据 来自台北慈济医院儿科脑电图实验室的EEG样本 NA NA NA NA
99 2025-02-21
An Adaptive Intrusion Detection System in the Internet of Medical Things Using Fuzzy-Based Learning
2023-Nov-17, Sensors (Basel, Switzerland)
研究论文 本文提出了一种基于模糊学习的自适应长短期记忆(LSTM)入侵检测系统(IDS),用于医疗物联网(IoMT)中的攻击检测 提出了一种动态调整训练周期和使用早停策略的模糊自调LSTM模型,以提高入侵检测的准确性和预测性 未提及具体的数据集规模或实验环境的局限性 开发更高效和准确的入侵检测系统,以应对医疗物联网中的网络攻击 医疗物联网(IoMT)设备 机器学习 NA 模糊学习,LSTM LSTM 网络日志数据 未提及具体样本数量 NA NA NA NA
100 2025-02-21
Novel integrated modelling based on multiplicative long short-term memory (mLSTM) deep learning model and ensemble multi-criteria decision making (MCDM) models for mapping flood risk
2023-Nov-01, Journal of environmental management IF:8.0Q1
研究论文 本文提出了一种基于乘法长短期记忆(mLSTM)深度学习模型和多准则决策(MCDM)集成模型的新方法,用于绘制伊朗南部Minab-Shamil平原的洪水风险图 创新点在于首次将mLSTM深度学习模型与MCDM集成模型结合,用于生成高分辨率的洪水风险图 研究仅限于Minab-Shamil平原,未在其他地区验证模型的普适性 研究目的是开发一种集成方法,用于精确绘制洪水风险图,以支持洪水管理和减灾 研究对象是Minab-Shamil平原的洪水风险 机器学习 NA 深度学习,多准则决策 mLSTM, CODAS, EDAS, MOOSRA 地理空间数据 70%训练数据,30%测试数据 NA NA NA NA
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