深度学习在生物医药领域的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	算法框架	模型架构	性能指标	计算资源
381	2025-10-06	Deep Learning for Detection of Pneumothorax and Pleural Effusion on Chest Radiographs: Validation Against Computed Tomography, Impact on Resident Reading Time, and Interreader Concordance 2024-May-01, Journal of thoracic imaging IF:2.0Q3 DOI:10.1097/RTI.0000000000000746 PMID:37884394	研究论文	评估人工智能在胸部X光片上检测气胸和胸腔积液的表现，并与CT结果对比	首次使用CT作为金标准对AI检测胸膜病变进行体积量化验证，并评估AI辅助对住院医师阅片时间和诊断一致性的影响	回顾性研究设计，样本量相对有限（362例）	验证AI在胸部X光片上检测胸膜病变的性能	接受胸部X光检查的患者	医学影像分析	胸膜疾病	胸部X光摄影，计算机断层扫描	深度学习	医学影像	362例（96例对照组，165例胸腔积液，101例气胸）	NA	INSIGHT CXR	AUROC, Fleiss kappa, 阅片时间, 检测错误率	NA
382	2025-10-06	VAULT: vault accuracy using deep learning technology: new image-based artificial intelligence model for predicting implantable collamer lens postoperative vault 2024-May-01, Journal of cataract and refractive surgery IF:2.6Q1 DOI:10.1097/j.jcrs.0000000000001386 PMID:38651696	研究论文	开发基于深度学习的人工智能模型，用于预测有晶状体眼植入式Collamer透镜(ICL)术后拱高	首次结合术前极高频数字超声图像和患者人口统计学数据，通过神经网络预测ICL术后拱高	13.7 mm尺寸ICL因数据不足被排除在研究之外	开发准确预测ICL术后拱高的深度学习模型	221例连续患者的437只眼，接受ICL植入手术	计算机视觉	眼科疾病	极高频数字超声成像	神经网络	图像, 临床数据	221名患者的437只眼，共3059张图像	NA	NA	平均绝对误差, 预测准确率	NA
383	2025-10-06	Prediction of preeclampsia from retinal fundus images via deep learning in singleton pregnancies: a prospective cohort study 2024-04-01, Journal of hypertension IF:3.3Q1 DOI:10.1097/HJH.0000000000003658 PMID:38230614	研究论文	本研究通过深度学习分析视网膜眼底图像预测单胎妊娠中的先兆子痫	首次将视网膜眼底图像与深度学习结合用于先兆子痫的早期预测	样本仅来自单一医疗中心，需多中心验证	评估基于视网膜眼底图像的深度学习算法预测先兆子痫的可行性	单胎妊娠孕妇	计算机视觉	先兆子痫	视网膜眼底成像	深度学习	图像	1138名孕妇（92例发展为妊娠期高血压疾病，其中66例为先兆子痫）	NA	NA	AUC, 敏感性, 特异性	NA
384	2025-10-06	Comparative study of the glistening between four intraocular lens models assessed by OCT and deep learning 2024-01-01, Journal of cataract and refractive surgery IF:2.6Q1 DOI:10.1097/j.jcrs.0000000000001316 PMID:37702457	研究论文	本研究使用光学相干断层扫描和深度学习算法对四种不同类型人工晶状体的微泡现象进行量化评估和比较	开发了基于深度学习的原创量化算法，首次系统比较四种人工晶状体模型的微泡严重程度	横断面研究设计，样本量相对有限（325只眼睛）	评估四种人工晶状体模型中微泡现象的存在和严重程度	人工晶状体植入患者的325只眼睛	医学影像分析	眼科疾病	光学相干断层扫描	深度学习	OCT图像	325只眼睛（ReSTOR+3 SN6AD1: 41例，SN60WF: 110例，PanOptix TFNT: 128例，Vivity DFT015: 46例）	NA	NA	组内相关系数（≥0.829）	NA
385	2025-10-06	Automated Characterization of Abdominal MRI Exams Using Deep Learning 2024-Dec-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5334453/v1 PMID:39711527	研究论文	本研究开发了一种基于卷积神经网络的深度学习方法，用于自动分类腹部MRI图像的序列、方向和对比度	针对腹部MRI开发了三个专门的CNN模型，能够同时分类12种序列、4种方向和2种对比度类别	研究仅针对腹部MRI，未验证在其他身体部位的适用性	开发标准化的MRI序列识别和标注方法，以支持多中心MRI数据的机器学习研究	腹部磁共振成像图像	计算机视觉	NA	磁共振成像	CNN	图像	NA	NA	CNN	准确率	NA
386	2025-10-06	Assessment of Gender Differences in Letters of Recommendation for Physical Therapy Residency Applications 2024-Dec-01, Journal, physical therapy education DOI:10.1097/JTE.0000000000000337 PMID:38640081	研究论文	本研究通过自然语言处理分析物理治疗住院医师申请推荐信中的性别差异	首次在物理治疗住院医师申请中采用综合自然语言处理方法识别推荐信的性别差异	仅分析单一机构的三个住院医师项目，样本来源有限	评估物理治疗住院医师申请推荐信中存在的性别差异和潜在隐性偏见	768封来自256份物理治疗住院医师申请的推荐信	自然语言处理	NA	自然语言处理	深度学习	文本	768封推荐信（2014-2020年来自3个物理治疗住院医师项目）	NA	NA	词数统计、主题分析、心理语言学分析	NA
387	2025-10-06	Generative Adversarial Network-Based Augmentation With Noval 2-Step Authentication for Anti-Coronavirus Peptide Prediction 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3431688 PMID:39037884	研究论文	本研究利用生成对抗网络进行抗病毒肽数据增强，并通过新型两步认证方法提升抗冠状病毒肽预测性能	提出结合生成对抗网络的数据增强方法和新型两步认证流程，用于验证合成肽的抗病毒活性	未明确说明数据集的样本数量限制和模型泛化能力验证	开发更准确的抗病毒肽预测方法，特别是针对抗冠状病毒肽的识别	抗病毒肽和抗冠状病毒肽	机器学习	冠状病毒感染	生成对抗网络，NCBI-BLAST比对	GAN, CNN	肽序列数据	NA	NA	1-D CNN	准确率, AUC, MCC	NA
388	2025-10-06	Enhancing Generalizability in Biomedical Entity Recognition: Self-Attention PCA-CLS Model 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3429234 PMID:39012749	研究论文	提出一种结合全局自注意力和字符级CNN的PCA-CLS模型，用于提升生物医学实体识别的泛化能力	提出PCA-CLS模型，结合全局自注意力和字符级卷积神经网络技术，解决生物医学文本中的词汇外挑战	NA	提升生物医学实体识别任务的泛化能力	生物医学文本中的基因、药物、疾病和物种等实体	自然语言处理	NA	实体识别	CNN,LSTM,Self-Attention	文本	八个不同的生物医学领域数据集	NA	PCA-CLS (Position and Contextual Attention with CNN-LSTM-Softmax)	F-score	NA
389	2025-10-06	Bi-SeqCNN: A Novel Light-Weight Bi-Directional CNN Architecture for Protein Function Prediction 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3426491 PMID:38990747	研究论文	提出一种新型轻量级双向CNN架构Bi-SeqCNN用于蛋白质功能预测	首次将双向CNN应用于通用时序数据分析而不仅限于蛋白质序列，并采用集成方法提升预测效果	NA	开发更高效的蛋白质功能预测框架	蛋白质序列	机器学习	NA	深度学习	CNN	序列数据	三个基准蛋白质序列数据集	NA	Bi-SeqCNN	准确率提升	NA
390	2025-10-06	Transcription Factor Binding Site Prediction Using CnNet Approach 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3411024 PMID:38848239	研究论文	本研究提出名为CnNet的方法，结合MEME技术和卷积神经网络预测转录因子结合位点	提出结合MEME技术和CNN的CnNet新方法，在转录因子结合位点预测准确率上优于现有方法	NA	开发新的计算方法预测转录因子结合位点	DNA基因序列数据集	机器学习	NA	MEME, 深度学习	CNN	DNA序列数据	NA	NA	卷积神经网络	准确率	NA
391	2025-10-06	Prediction of Inter-Residue Multiple Distances and Exploration of Protein Multiple Conformations by Deep Learning 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3411825 PMID:38857126	研究论文	提出基于深度学习的残基间多距离预测方法DeepMDisPre，用于探索蛋白质多重构象	整合三角形更新、轴向注意力和ResNet的改进网络架构，首次实现残基间多距离预测	仅在393个蛋白质（114个多重构象+279个单结构）上测试，样本规模有限	开发蛋白质多重构象探索的深度学习方法	蛋白质残基对的距离分布和构象变化	生物信息学	NA	深度学习	深度学习网络	蛋白质结构数据	393个蛋白质（114个多重构象蛋白+279个单结构蛋白）	NA	改进网络（整合三角形更新、轴向注意力、ResNet）	接触精度、TM-score	NA
392	2025-10-06	DMAMP: A Deep-Learning Model for Detecting Antimicrobial Peptides and Their Multi-Activities 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3439541 PMID:39106141	研究论文	提出一种名为DMAMP的深度学习模型，用于同时检测抗菌肽及其多种活性	采用多任务学习框架同时处理抗菌肽识别和活性预测两个相关任务，通过共享特征提取和特定任务学习相结合的方式提升性能	NA	开发计算模型以降低抗菌肽及其活性检测的实验成本	抗菌肽及其多种生物活性	机器学习	传染病	深度学习	CNN	肽序列	NA	NA	卷积神经网络,残差块,全连接层	马修斯相关系数	NA
393	2025-10-06	Deep Learning in Gene Regulatory Network Inference: A Survey 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3442536 PMID:39137088	综述	本文对12种基于深度学习模型的基因调控网络推断方法进行了全面分析	首次系统性地对基于深度学习的GRN推断方法进行分类和评估，并追踪了这些方法的发展演变	仅分析了12种方法，可能未能涵盖该领域所有相关研究	为生命科学家选择合适的基因调控网络推断方法提供指导	基因调控网络推断方法	机器学习	NA	深度学习	NA	基因表达数据	NA	NA	NA	有效性，可扩展性	NA
394	2025-10-06	KGRACDA: A Model Based on Knowledge Graph from Recursion and Attention Aggregation for CircRNA-Disease Association Prediction 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3447110 PMID:39167510	研究论文	提出基于知识图谱和注意力聚合的KGRACDA模型，用于预测环状RNA与疾病关联	结合图结构的显式特征和隐式嵌入信息，通过递归方法构建多跳子图并优化图注意力机制，挖掘局部深度信息	未明确说明模型在特定疾病类型上的泛化能力	预测环状RNA与疾病之间的关联关系	环状RNA和人类疾病	生物信息学	人类疾病	知识图谱，深度学习	图注意力网络	多源异质数据，知识图谱	大规模多源异质数据集	NA	递归注意力聚合，多头注意力机制	预测准确率	NA
395	2025-10-06	Parallel Convolutional Contrastive Learning Method for Enzyme Function Prediction 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3447037 PMID:39167509	研究论文	提出一种并行卷积对比学习方法用于酶功能预测	结合卷积神经网络与对比学习的并行架构，能更好处理类别不平衡问题	NA	提高酶功能预测的精度	酶蛋白序列	生物信息学	NA	蛋白质语言模型	CNN, 对比学习	蛋白质序列	NA	NA	并行CNN, ESM-2	AUC	NA
396	2025-10-06	CTsynther: Contrastive Transformer Model for End-to-End Retrosynthesis Prediction 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3455381 PMID:39240741	研究论文	提出了一种用于单步逆合成预测的端到端深度学习模型CTsynther	在Transformer架构中引入对比学习概念，采用混合全局和局部注意力机制，无需外部反应模板或专业知识	NA	有机化学和药物合成中的逆合成预测	化学分子SMILES表示	自然语言处理	NA	深度学习	Transformer	文本(SMILES)	NA	NA	Transformer	准确率	NA
397	2025-10-06	CMCN: Chinese medical concept normalization using continual learning and knowledge-enhanced 2024-11, Artificial intelligence in medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.artmed.2024.102965 PMID:39241561	研究论文	本研究提出了一种结合持续学习和知识增强的中文医学概念规范化模型	利用多态语义信息和多任务学习进行知识增强，并通过持续学习保留重要医学特征	中文医学语义和本体资源匮乏，中文疾病数据集的规模有限	中文医学概念规范化研究	中文疾病名称	自然语言处理	多种疾病	深度学习	GCBM-BSCL	文本	自建的中文疾病数据集	NA	多任务学习，持续学习	Accuracy@1, Accuracy@5, Accuracy@10	NA
398	2025-10-06	GenoM7GNet: An Efficient N7-Methylguanosine Site Prediction Approach Based on a Nucleotide Language Model 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459870 PMID:39302806	研究论文	提出一种基于核苷酸语言模型的高效N7-甲基鸟苷位点预测方法GenoM7GNet	首次将BERT预训练模型应用于RNA序列的m7G位点预测，结合一维CNN进行特征学习和分类	未明确说明模型在其他类型RNA修饰预测中的泛化能力	开发高效的m7G位点预测方法以替代耗时耗能的传统实验方法	RNA序列中的N7-甲基鸟苷修饰位点	生物信息学	NA	RNA测序	BERT, CNN	RNA序列数据	NA	NA	BERT, 一维卷积神经网络	准确率, 灵敏度, 特异性, 马修斯相关系数, AUC	NA
399	2025-10-06	RECOMED: A comprehensive pharmaceutical recommendation system 2024-11, Artificial intelligence in medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.artmed.2024.102981 PMID:39306906	研究论文	开发了一个综合药物推荐系统RECOMED，通过考虑人群、疾病和药物特征向医生和患者推荐药物	结合矩阵分解和深度学习模型，整合药物相互作用知识和情感分析，相比传统方法显著提升推荐准确率	系统准确性与临床准确性不同，需要更大数据集以获得更精确结果	构建高精度的药物推荐系统，辅助医生和患者用药决策	患者、医生、药物信息	自然语言处理	NA	情感分析，自然语言处理	神经网络，矩阵分解	文本，评分数据，药物信息	2304名患者作为训练集，660名患者作为验证集	Python	NA	准确率，灵敏度，命中率	NA
400	2025-10-06	Improving Antifreeze Proteins Prediction With Protein Language Models and Hybrid Feature Extraction Networks 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3467261 PMID:39316498	研究论文	提出一种结合蛋白质语言模型和混合特征提取网络的深度学习新方法AFP-Deep，用于提高抗冻蛋白预测性能	整合预训练蛋白质语言模型的嵌入表示和进化上下文特征，通过混合特征提取网络增强嵌入与抗冻模式的相关性	NA	开发更准确的抗冻蛋白预测方法	抗冻蛋白	机器学习	NA	蛋白质序列分析	深度学习,混合神经网络	蛋白质序列	NA	NA	混合特征提取网络	AUPRC	NA