深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-05-01	Development and external validation of deep learning clinical prediction models using variable-length time series data 2024-May-20, Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA IF:4.7Q1 DOI:10.1093/jamia/ocae088 PMID:38679906	研究论文	比较和外部验证了用于可变长度时间序列数据的深度学习模型架构和数据转换方法在三个临床任务中的表现	比较了三种特征工程方法和三种深度学习架构在临床任务中的表现，发现LSTM/GRU架构与PLE-DT转换数据结合在所有任务中表现最佳	研究仅基于两个医疗中心的数据，可能缺乏更广泛的代表性	开发和外部验证深度学习临床预测模型，用于预测临床恶化、严重急性肾损伤和疑似感染	医院住院患者	机器学习	急性肾损伤、感染	深度学习	LSTM/GRU, TDW-CNN, 时间卷积网络	时间序列数据	训练集373,825例住院患者，测试集256,128例住院患者
742	2025-05-01	Improving resolution of panoramic radiographs: super-resolution concept 2024-04-29, Dento maxillo facial radiology DOI:10.1093/dmfr/twae009 PMID:38483289	研究论文	本研究利用深度学习超分辨率技术提升牙科全景X光片的分辨率，以支持更精确的诊断和治疗计划	采用四种先进的深度学习模型（SRCNN、Efficient Sub-Pixel CNN、SRGAN和Autoencoder）进行牙科图像超分辨率重建，并比较其性能	当图像缩放比例较高时，性能会下降	提升牙科全景X光片的分辨率，以改善诊断和治疗计划的精确性	牙科全景X光片	计算机视觉	牙科疾病	深度学习超分辨率技术	SRCNN, Efficient Sub-Pixel CNN, SRGAN, Autoencoder	图像	1714张全景X光片（训练集1364张，测试集350张）
743	2025-05-01	Artificial intelligence system for automatic maxillary sinus segmentation on cone beam computed tomography images 2024-04-29, Dento maxillo facial radiology DOI:10.1093/dmfr/twae012 PMID:38502963	研究论文	开发基于nnU-Net v2的人工智能模型，用于在锥形束计算机断层扫描（CBCT）图像中自动分割上颌窦	使用nnU-Net v2深度学习模型实现上颌窦的自动分割，并在CBCT图像上评估其性能	样本量较小（101例CBCT扫描），可能影响模型的泛化能力	开发并评估一种自动分割上颌窦的人工智能模型	上颌窦	计算机视觉	NA	CBCT	nnU-Net v2	图像	101例CBCT扫描（80例训练，11例验证，10例测试）
744	2025-05-01	Histopathological evaluation of abdominal aortic aneurysms with deep learning 2024-Apr-24, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.04.23.24306178 PMID:38712033	研究论文	利用深度学习技术对腹主动脉瘤的组织病理学标本进行数字全切片图像分析	首次在血管病理学中全面评估深度学习技术的应用，特别是在预测炎症特征、纤维化等级和剩余弹性纤维方面	研究仅基于三个欧洲中心的369名患者样本，可能存在样本多样性和代表性的限制	探索深度学习在血管疾病计算病理学中的应用，以改善对腹主动脉瘤病理生理学的理解和治疗策略的个性化	腹主动脉瘤患者的组织病理学标本	数字病理学	心血管疾病	深度学习	NA	图像	369名患者的腹主动脉瘤样本
745	2025-05-01	An Intelligent Channel Estimation Algorithm Based on Extended Model for 5G-V2X 2024-04, Big data IF:2.6Q2 DOI:10.1089/big.2022.0029 PMID:36848263	研究论文	提出了一种基于扩展模型的智能信道估计算法，用于5G-V2X车联网系统	基于信道脉冲响应的稀疏性建立适用于高速移动场景的扩展模型，并设计了一种基于深度学习的信道估计算法，结合多层CNN和双向GRU提高估计精度	未提及实际场景测试结果或与其他深度学习方法的对比	提高5G-V2X车联网系统的信道估计精度和降低误码率	5G-V2X车联网系统的信道估计	机器学习	NA	深度学习	CNN, 双向GRU	信道数据	NA
746	2025-05-01	Topical hidden genome: discovering latent cancer mutational topics using a Bayesian multilevel context-learning approach 2024-Mar-27, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae030 PMID:38682463	研究论文	提出了一种基于贝叶斯多层次上下文学习的方法，用于发现潜在的癌症突变主题	利用计算语言学中的主题模型对突变上下文进行降维，产生可解释、去相关的元特征主题	突变上下文的体积、相关性和不可解释性使得原则性统计推断不可行	推断超罕见、全基因组体细胞突变的癌症类型特异性	全基因组体细胞突变	机器学习	癌症	贝叶斯多层次上下文学习、主题模型	hidden genome模型	基因组数据	数千个肿瘤中的数千万个变异
747	2025-05-01	Development and validation of a deep learning system for detection of small bowel pathologies in capsule endoscopy: a pilot study in a Singapore institution 2024-03-01, Singapore medical journal IF:1.7Q2 DOI:10.4103/singaporemedj.SMJ-2023-187 PMID:38527297	研究论文	开发并验证了一种用于胶囊内窥镜中小肠病理检测的深度学习系统	在新加坡机构中首次应用深度学习模型进行胶囊内窥镜图像分析，提出了一种结合预训练模型和本地数据的方法	样本量较小（总样本72例），且仅在单一机构进行验证	提高胶囊内窥镜诊断效率，缩短诊断时间	小肠胶囊内窥镜图像	计算机视觉	小肠疾病	胶囊内窥镜	CNN（基于ResNet50架构）	图像	72例（43例来自开源数据集Kvasir-Capsule，29例为本地收集数据）
748	2025-05-01	Utilisation of ChatGPT and other Artificial Intelligence tools among medical faculty in Uganda: a cross-sectional study 2024, MedEdPublish (2016) DOI:10.12688/mep.20554.2 PMID:39911314	研究论文	评估乌干达医学院教师对ChatGPT及其他AI工具的使用情况	首次在乌干达医学院教师中调查AI工具的使用情况，并分析了不同年龄段教师的使用差异	样本仅来自四所公立大学，可能无法代表所有医学院教师	了解AI工具在医学教育中的应用现状	乌干达四所公立大学的医学院教师	自然语言处理	NA	问卷调查	NA	问卷调查数据	224名医学院教师
749	2025-04-29	Deep learning-based classification of gallbladder lesions in patients with non-diagnostic (GB-RADS 0) ultrasound 2024-Dec, Clinical and experimental hepatology IF:1.5Q3 DOI:10.5114/ceh.2024.145424 PMID:40290528	研究论文	本研究评估了深度学习模型在非诊断性超声图像中对胆囊病变进行分类的诊断性能	首次在非诊断性胆囊超声图像中应用多种深度学习模型（包括CNN、Transformer及混合模型）进行良恶性分类	模型性能仍需进一步提升以达到临床应用标准，测试样本量较小（26名患者）	提高非诊断性胆囊超声（GB-RADS 0）中病变的良恶性分类准确性	因胆囊因素导致超声检查非诊断性的患者	数字病理	胆囊疾病	超声成像	ResNet50, GBCNet, ViT, RadFormer, MedViT	图像	训练集1004张图像，验证集251张图像，测试集26名患者（304张图像）
750	2025-04-27	CT-Based Lung Size Matching in Delayed Chest Closure for Systemic Sclerosis Lung Transplantation 2024-Dec, Clinical transplantation IF:1.9Q3 DOI:10.1111/ctr.70041 PMID:39601250	research paper	本研究探讨了系统性硬化症患者肺移植中延迟胸廓闭合的临床结果、风险因素及基于CT的肺大小匹配参数	首次在系统性硬化症患者中研究延迟胸廓闭合的临床结果，并利用深度学习算法自动计算CT影像中的肺和胸腔体积	研究为回顾性设计，样本量相对较小（92例患者）	评估系统性硬化症患者肺移植中延迟胸廓闭合的临床效果和预测因素	92例接受双侧肺移植的系统性硬化症患者	digital pathology	systemic sclerosis	CT成像和深度学习算法	深度学习算法（未指定具体模型）	CT影像和临床数据	92例系统性硬化症患者（年龄51±10岁，61%为女性）
751	2025-04-27	Advances in artificial intelligence-based technologies for increasing the quality of medical products 2024-Nov-30, Daru : journal of Faculty of Pharmacy, Tehran University of Medical Sciences IF:2.5Q3 DOI:10.1007/s40199-024-00548-5 PMID:39613923	综述	本文综述了人工智能在提高医疗产品质量方面的最新技术进展	探讨了AI在预测药物靶蛋白行为、优化药物物理化学特性及加速产品开发方面的创新应用	未具体说明AI技术在医疗产品应用中面临的技术或伦理挑战	概述AI技术在医疗领域中的应用及其对提高产品质量、成本效益和安全性的潜力	医疗产品及其开发过程	人工智能在医学中的应用	NA	机器学习（ML）、深度学习	NA	NA	NA
752	2025-04-27	High-throughput optimized prime editing mediated endogenous protein tagging for pooled imaging of protein localization 2024-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.16.613361 PMID:39345511	研究论文	开发了一种基于prime editing的高通量内源蛋白标记方法，用于大规模测量蛋白质亚细胞定位	首次将prime editing与光学读出和测序技术结合，实现了蛋白质组组织的大规模并行分析	仅测试了60种蛋白质，覆盖范围有限	开发一种可扩展的蛋白质亚细胞定位测量技术	60种具有不同定位模式的内源蛋白质	数字病理学	NA	prime editing, 高通量测序, 深度学习图像分析	深度学习	图像, 测序数据	17,280个pegRNAs设计的文库，覆盖60种蛋白质
753	2025-04-27	Fully Automated OCT-based Tissue Screening System 2024-May-15, ArXiv PMID:38800655	research paper	介绍了一种基于光学相干断层扫描（OCT）的全自动组织筛查系统，用于体外组织培养的高通量筛选应用	系统配备了定制设计的电动平台和组织检测能力，结合基于Transformer的深度学习分割算法，实现了自动化、连续成像和高效读取	目前仅在小鼠视网膜变性模型的视网膜外植体培养中进行了验证，尚未在其他组织或模型中测试	开发一种高效、可靠的全自动组织筛查系统，以推动药物发现及相关研究领域的发展	小鼠视网膜变性模型的视网膜外植体培养	digital pathology	retinal degeneration	optical coherence tomography (OCT)	Transformer-based deep learning segmentation algorithms	image	小鼠视网膜外植体培养样本（具体数量未提及）
754	2025-04-27	A Multicenter Evaluation of the Impact of Therapies on Deep Learning-based Electrocardiographic Hypertrophic Cardiomyopathy Markers 2024-Mar-03, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.01.15.24301011 PMID:38293023	研究论文	评估手术或经皮室间隔减容术（SRT）和口服药物mavacamten对肥厚型心肌病（HCM）患者AI-ECG评分的影响	首次利用AI-ECG模型评估不同治疗方法对HCM患者心电图标记物的影响，为HCM治疗监测提供新方法	样本量相对有限，且仅在三家医疗中心进行	评估SRT和mavacamten治疗对HCM患者的生物学反应	接受SRT或mavacamten治疗的HCM患者	数字病理学	心血管疾病	AI-ECG	深度学习模型	心电图图像	SRT组：YNHHS 70例，CCF 100例，AHS 145例；mavacamten组：YNHHS 36例
755	2025-04-27	EvoAI enables extreme compression and reconstruction of the protein sequence space 2024-Feb-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3930833/v1 PMID:38464127	研究论文	本文介绍了一种名为EvoAI的混合实验计算方法，用于极端压缩和重建蛋白质序列空间	提出了EvoScan方法全面分割和扫描高适应性序列空间以获取关键锚点，并结合深度学习和大型语言模型准确重建序列空间	方法仅适用于能够与转录输出耦合的生物分子功能	探索蛋白质序列与功能之间的关系，实现高效压缩序列空间并预测新型高适应性序列	蛋白质序列空间	机器学习	NA	深度学习和大型语言模型	NA	蛋白质序列数据	82个锚点
756	2025-04-26	What makes human cortical pyramidal neurons functionally complex 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.17.628883 PMID:39763809	研究论文	提出功能性复杂性指数(FCI)来量化人类皮层锥体神经元的功能复杂性，并比较了人类与大鼠神经元的差异	首次提出基于深度学习的FCI框架来量化神经元功能复杂性，揭示了人类神经元在结构和生物物理特性上的独特优势	仅比较了人类和大鼠的皮层锥体神经元，未涉及其他物种或神经元类型	探究人类皮层神经元功能复杂性与其高级认知能力的关系	人类和大鼠的皮层锥体神经元	神经科学	NA	深度学习	深度学习框架	神经元形态和生理特性数据	人类和大鼠皮层不同层次的锥体神经元
757	2025-04-26	Impact of Emerging Deep Learning-Based MR Image Reconstruction Algorithms on Abdominal MRI Radiomic Features 2024 Nov-Dec 01, Journal of computer assisted tomography IF:1.0Q4 DOI:10.1097/RCT.0000000000001648 PMID:39190703	研究论文	本研究评估了基于深度学习的MRI图像重建技术对腹部MRI影像组学特征的影响，并与传统重建技术进行比较	首次系统评估深度学习重建算法对不同器官/组织影像组学特征的影响差异	仅使用单一厂商(MRI)平台数据，样本量较小(17例)	评估深度学习重建算法对MRI影像组学特征的影响	腹部MRI图像及提取的影像组学特征	医学影像分析	NA	深度学习图像重建(MRI)	DL-based reconstruction(SmartSpeed系列)	MRI图像	17例儿科和成人受试者的腹部T2加权MRI图像
758	2025-04-26	Generative Biomedical Event Extraction With Constrained Decoding Strategy 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3480088 PMID:39401115	研究论文	本文提出了一种基于预训练语言模型T5的生物医学事件生成模型，采用序列到序列的生成范式，并结合约束解码算法和课程学习算法	首次将生成式建模应用于生物医学事件提取任务，并引入约束解码算法和课程学习算法以提高模型性能	仅在Genia 2011和Genia 2013两个公开基准数据集上进行了评估，可能需要更多数据集验证泛化能力	改进生物医学事件提取方法，提高提取准确率	生物医学事件	自然语言处理	NA	约束解码算法，课程学习算法	T5	文本	Genia 2011和Genia 2013数据集
759	2025-04-26	Dynamic Glucose Enhanced Imaging using Direct Water Saturation 2024-Oct-22, ArXiv PMID:39502884	research paper	该研究提出了一种利用直接水饱和曲线的交换性线宽增宽进行动态葡萄糖增强成像的新方法，以克服现有化学交换饱和转移或自旋锁定技术的局限性	提出利用直接水饱和曲线的交换性线宽增宽进行动态葡萄糖增强成像，相比现有方法具有更高的效应大小和对运动不敏感的优势	目前仅在4例脑肿瘤患者中进行了初步验证，样本量较小	开发一种新型的动态葡萄糖增强MRI成像技术，用于评估D-葡萄糖摄取情况	脑肿瘤患者的脑组织（灰质、白质、脑脊液和恶性肿瘤组织）	医学影像	脑肿瘤	动态Z谱采集、深度学习洛伦兹拟合	深度学习	MRI影像数据	4例脑肿瘤患者
760	2025-04-26	Evaluating Performance of Different RNA Secondary Structure Prediction Programs Using Self-cleaving Ribozymes 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae043 PMID:39317944	研究论文	本文通过比较七种RNA二级结构预测工具在自切割核酶序列上的准确性，评估了不同RNA二级结构预测程序的性能	首次系统比较了包括深度学习方法在内的多种RNA二级结构预测工具在复杂RNA折叠问题上的表现	研究仅针对特定类别的自切割核酶序列进行测试，结果可能不适用于其他RNA类型	评估不同RNA二级结构预测程序的准确性和适用性	自切割核酶序列的RNA二级结构	生物信息学	NA	RNA二级结构预测算法	深度学习模型	RNA序列数据	数十个自切割核酶序列