深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-05	Deep Learning Enabled SERS Identification of Gaseous Molecules on Flexible Plasmonic MOF Nanowire Films 2024-02-23, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.3c02519 PMID:38299870	研究论文	本文介绍了一种基于柔性金属有机框架薄膜的气体分子SERS检测技术	该研究利用深度学习和柔性纸基表面增强拉曼光谱技术实现了对低密度高速气体分子的准确识别	研究主要集中在气体分析的实验室环境中，实际应用场景可能存在环境干扰	探索表面增强拉曼光谱在气体分析中的应用，特别是在非侵入性结直肠癌筛查中的潜力	研究气体生物标志物的SERS检测，尤其是与结直肠癌相关的气体分子	数字病理	结直肠癌	表面增强拉曼光谱（SERS）	人工神经网络	光谱数据	使用了多种气体分析物的混合样本，具体样本数量未明确指定
182	2024-08-05	A Deep Learning Framework for Predicting Patient Decannulation on Extracorporeal Membrane Oxygenation Devices: Development and Model Analysis Study 2024-Feb-02, JMIR biomedical engineering DOI:10.2196/48497 PMID:38875691	研究论文	本研究开发了一个基于深度学习的模型，帮助临床医生判断是否应将患者从VV-ECMO上切离。	本研究首次提出了CEVVO模型，它结合了离散临床信息和ECMO设备的连续数据，以预测VV-ECMO患者的离管成功率。	虽然模型的逐患者预测能力可能不足以直接应用于临床，但患者风险分类系统显示出更大的潜力。	研究旨在协助临床医生做出患者是否应离开ECMO的决策。	研究对象为在哥伦比亚大学欧文医学中心接受VV-ECMO支持的118名患者。	机器学习	呼吸系统疾病	深度学习	长短时记忆网络 (LSTM)	临床数据	118名患者
183	2024-08-05	TomoNet: A streamlined cryoET software pipeline with automatic particle picking on flexible lattices 2024-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.17.580557 PMID:38464049	研究论文	TomoNet是一种流线型的cryoET软件管道，具有自动粒子拾取功能，能够在灵活的晶格上进行操作	开发了具有现代图形用户界面的软件包，集成了自动粒子拾取和3D分类功能以提高分辨率	NA	通过提高分辨率来准确定位和平均生物复杂体的结构	病毒样颗粒、细胞层内的细菌表面层和装饰核排出蛋白复合物的膜	数字病理学	NA	cryoET	深度学习	3D图像	多个数据集，具体数目未提及
184	2024-08-05	Defining the boundaries: challenges and advances in identifying cells in microscopy images 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103055 PMID:38142646	研究论文	本文讨论了在显微镜图像中识别细胞的分割挑战与进展	引入深度学习工具以提高细胞分割的准确性和用户友好性	对传统分割方法的依赖可能限制了技术的适用性	提高显微镜图像中细胞识别的准确性和效率	显微镜图像中的细胞	数字病理学	NA	深度学习	Cellpose	图像	NA
185	2024-08-05	Deep-learning enabled smart insole system aiming for multifunctional foot-healthcare applications 2024-Feb, Exploration (Beijing, China) DOI:10.1002/EXP.20230109 PMID:38854485	研究论文	提出了一种深度学习驱动的智能鞋垫系统，旨在实现多功能足部健康监测应用。	该文章创新性地结合了深度学习与智能鞋垫，实现了动态和静态足底压力的高效监测与分析。	传统智能鞋垫仅依赖基本的数据分析方法，无法满足用户对全面足部健康保护的多样化需求。	旨在提高生活质量与预防足部相关疾病。	研究对象为智能鞋垫系统自身及其在足部健康监测中的应用。	数字病理学	足部疾病	深度学习	分割方法辅助的深度学习模型	传感数据	使用了长期的足部压力数据进行分析，具体样本数量未详细说明
186	2024-08-05	Deep Learning Techniques to Characterize the RPS28P7 Pseudogene and the Metazoa-SRP Gene as Drug Potential Targets in Pancreatic Cancer Patients 2024-Feb-08, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12020395 PMID:38397997	研究论文	本研究旨在发现潜在的新标记和药物靶点，以帮助分层和延长胰腺癌早期死亡患者的预期生存时间	提出了RPS28P7伪基因作为可以被小分子或RNA技术调节的药物靶点	未在死亡组中观察到相应蛋白质的上调或下调，且强调需在目标人群中进一步验证	探讨某些胰腺癌患者早亡和晚亡的分子机制，寻找新的生物标志物和药物靶点	死于胰腺癌的患者与存活患者的基因拷贝数、基因表达和蛋白表达数据	数字病理学	胰腺癌	深度学习算法	NA	基因拷贝数数据、基因表达数据和蛋白表达数据	来自GDC队列的胰腺癌死亡与存活患者的数据对比
187	2024-08-05	Role of Optimization in RNA-Protein-Binding Prediction 2024-Feb-04, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46020087 PMID:38392205	研究论文	本文探讨了优化在RNA-蛋白质结合预测中的角色。	通过使用不同的优化方法对RNA-蛋白质结合CNN预测模型进行研究，提供了优化器在提高 RNA-蛋白质结合预测性能方面的证据。	未提及具体的局限性	了解优化在RNA结合蛋白分类问题中的影响。	主要研究RNA结合蛋白及其绑定位点。	机器学习	NA	深度学习，卷积神经网络（CNN）	CNN	RNA-Seq数据	使用了24个数据集的平均AUC为85.30
188	2024-08-05	A CT-based Deep Learning Radiomics Nomogram for the Prediction of EGFR Mutation Status in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2024-02, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2023.06.026 PMID:37481418	研究论文	本文构建并验证了一种基于CT的深度学习放射组学游程图，以预测头颈部鳞状细胞癌的EGFR突变状态	使用了基于对比增强计算机断层扫描的深度学习放射组学游程图，结合了关键临床因素和特征数据以提高EGFR突变状态的预测准确性	NA	准确评估头颈部鳞状细胞癌患者的EGFR突变状态，以指导预后和治疗选择	300名接受对比增强CT扫描的头颈部鳞状细胞癌患者	计算机视觉	NA	CECT，深度学习	GoogLeNet	影像	300名头颈部鳞状细胞癌患者，其中训练集200名，测试集100名
189	2024-08-05	Lifelike PixelPrint phantoms for assessing clinical image quality and dose reduction capabilities of a deep learning CT reconstruction algorithm 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006547 PMID:38836183	研究论文	本文提出使用逼真的3D打印PixelPrint幽灵来评估深度学习CT重建算法的性能和辐射剂量降低能力	采用3D打印PixelPrint幽灵进行评估，提供比传统幽灵更真实的组织特征	未提及研究的具体局限性	评估深度学习CT重建算法在降低辐射剂量方面的有效性	定制的PixelPrint肺幽灵和不同辐射暴露下的成像比较	医学影像学	NA	深度学习CT重建（DLR）	NA	图像	使用多种辐射剂量进行比较（CTDI：0.5到20 mGy）
190	2024-08-05	Deep Learning-Based CT Reconstruction Kernel Conversion in the Quantification of Interstitial Lung Disease: Effect on Reproducibility 2024-02, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2023.06.008 PMID:37516583	研究论文	本研究探讨了不同CT重建核对间质性肺病定量分析的影响，并验证了基于深度学习的核转换是否能减少不同CT核之间自动定量结果的变异性	该研究首次量化了不同CT重建核对间质性肺病定量的影响，并提出了使用深度学习算法进行核转换以提高测量重现性的创新方法	本研究的局限性在于其为回顾性分析，且仅使用了三种重建核，可能无法覆盖所有临床场景	研究旨在评估不同CT重建核对间质性肺病定量分析的影响	回顾性纳入了194名患有间质性肺病或间质性肺部异常的患者	数字病理学	间质性肺病	深度学习算法	NA	图像	共涉及194名患者
191	2024-08-05	Preoperatively Predicting Ki67 Expression in Pituitary Adenomas Using Deep Segmentation Network and Radiomics Analysis Based on Multiparameter MRI 2024-02, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2023.05.023 PMID:37330356	研究论文	本研究探讨了使用深度分割网络和基于多参数MRI的放射组学分析预测垂体腺瘤中Ki67增殖指数的可行性	采用cfVB-Net自自动分割模型并结合放射组学特征对垂体腺瘤患者的Ki67表达进行预测	研究主要依赖于单中心数据，可能限制结果的广泛适用性	研究旨在评估基于多参数MRI的深度分割网络在预测垂体腺瘤Ki67增殖指数的有效性	1214名垂体腺瘤患者被分类为高Ki67表达组和低Ki67表达组	数字病理学	NA	多参数MRI	cfVB-Net	医学影像	1214名患者
192	2024-08-05	Predicting EGFR Mutation Status in Non-Small Cell Lung Cancer Using Artificial Intelligence: A Systematic Review and Meta-Analysis 2024-02, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2023.03.040 PMID:37120403	meta-analysis	本文系统评估了人工智能算法在预测非小细胞肺癌患者EGFR突变状态中的表现和质量	本文创新点在于比较了传统机器学习和深度学习算法在EGFR突变状态预测中的性能，并提出了改进诊断表现的因素	研究可能受限于纳入的文献数量和质量	评估人工智能算法（包括传统机器学习和深度学习）在非小细胞肺癌患者EGFR突变预测中的性能	非小细胞肺癌患者的EGFR突变状态	自然语言处理	肺癌	人工智能算法	深度学习与传统机器学习	影像数据	纳入42个研究，共涉及多年收集的临床数据
193	2024-08-07	Deep Learning-Based CT Noise Reduction for Perivascular Adipose Tissue Evaluation 2024-02, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2023.11.035 PMID:38177033	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
194	2024-08-05	Multi-scale V-net architecture with deep feature CRF layers for brain extraction 2024-Feb-23, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-024-00452-8 PMID:38396078	研究论文	本文提出了一种高效的V-net架构EVAC+，用于脑部提取	引入了一种智能增强策略，独特的条件随机场递归层使用方法，以及额外的损失函数以优化分割输出	训练数据集仅包含健康成人，限制了对临床和儿童数据的泛化能力	提高脑部影像数据的脑部提取精度	使用脑部影像数据进行脑部提取的研究者	计算机视觉	NA	深度学习	V-net	影像	训练数据集仅包含健康成人，样本量未明
195	2024-08-05	Automated detection of incidental abdominal aortic aneurysms on computed tomography 2024-02, Abdominal radiology (New York) DOI:10.1007/s00261-023-04119-1 PMID:38091064	研究论文	本文探讨了在一大群无症状成人患者中使用全自动深度学习软件检测和评估腹主动脉瘤（AAA）	提出了一种由全自动深度学习模型训练的腹主动脉分割和AAA检测的方法	研究在现有的外部验证数据集上进行，但可能未涵盖所有人群特征	研究旨在评估全自动检测腹主动脉瘤的可行性和准确性	研究对象为9172名无症状患者，这些患者接受了结肠癌筛查的CT扫描	数字病理学	NA	深度学习	NA	CT图像	9172名无症状患者的CT扫描
196	2024-08-05	Tooth morphology, internal fit, occlusion and proximal contacts of dental crowns designed by deep learning-based dental software: A comparative study 2024-02, Journal of dentistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jdent.2023.104830 PMID:38163455	研究论文	本研究比较了通过两种深度学习(DL)基础的牙科软件自动生成的牙冠与由经验丰富的牙科技师使用传统软件手动设计的牙冠在牙齿形态、内部适配性、咬合和邻接接触点的表现	首次对使用深度学习生成的牙冠设计与人工作业相比，在内部适配性和接触点数量上进行了系统比较	样本规模较小，仅使用了30个部分拱形扫描	评估深度学习软件在牙冠设计中的有效性和临床适用性	使用不同设计方法的牙冠，包括两种DL方法和一种手动技术师方法	数字病理学	NA	深度学习	NA	三维扫描	30个准备好的后牙部分拱形扫描
197	2024-08-05	AI-based dental caries and tooth number detection in intraoral photos: Model development and performance evaluation 2024-02, Journal of dentistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jdent.2023.104821 PMID:38145804	研究论文	本研究旨在利用级联区域基础深度卷积神经网络模型在全口内摄影图像中集成牙齿数量识别和龋齿检测	提出了一种深度学习模型，实现了全口内摄影图像中牙齿数量识别和龋齿检测的自动化	研究主要依赖于标注的图像数据，可能缺乏多样性和广泛的样本代表性	旨在促进人工智能驱动的自动龋齿检测在临床实践中的应用	包含24,578张内口图像的数据集，用于牙齿数量和龋齿的识别	计算机视觉	NA	级联区域基础深度卷积神经网络 (R-CNN)	深度学习模型	图像	24,578张图像
198	2024-08-07	Deep Learning-Based H-Score Quantification of Immunohistochemistry-Stained Images 2024-Feb, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2023.100398 PMID:38043788	研究论文	本文开发了一种基于深度学习的算法，用于自动量化免疫组化染色图像的H评分	该算法通过深度学习模型自动识别特定细胞区域的蛋白表达，提高了免疫组化图像分析的速度和准确性	NA	提高免疫组化染色图像分析的效率和准确性	免疫组化染色图像中的蛋白表达水平	数字病理学	NA	免疫组化染色	深度学习模型	图像	NA
199	2024-08-07	Transformer-based deep learning denoising of single and multi-delay 3D arterial spin labeling 2024-Feb, Magnetic resonance in medicine IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mrm.29887 PMID:37849048	研究论文	本文介绍了一种基于Swin Transformer的深度学习模型（SwinIR）用于单延迟和多延迟3D动脉自旋标记（ASL）的去噪，并将其性能与卷积神经网络（CNN）和其他基于Transformer的方法进行了比较	SwinIR模型在去噪单延迟和多延迟3D ASL数据方面优于CNN和其他基于Transformer的网络	文章未明确提及具体的局限性	开发和评估一种新的深度学习模型用于3D ASL数据的去噪	单延迟和多延迟3D ASL数据的去噪性能	机器学习	NA	动脉自旋标记（ASL）	Swin Transformer	图像	训练集包含66名受试者（119次扫描），测试集包含39名受试者（44次扫描）；多延迟ASL数据集包含6名受试者（10次扫描）
200	2024-08-07	Detecting major depressive disorder presence using passively-collected wearable movement data in a nationally-representative sample 2024-Feb, Psychiatry research IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.psychres.2023.115693 PMID:38194801	研究论文	本研究利用手腕佩戴的活动记录仪数据结合机器学习和深度学习技术，探索了在大规模代表性样本中检测重度抑郁症（MDD）的方法	本研究首次在大规模代表性样本中使用被动收集的活动记录仪数据结合机器学习和深度学习技术来检测MDD	研究仅使用了活动记录仪数据，可能忽略了其他重要的生理或心理指标	探索使用活动记录仪数据和机器学习技术在早期检测重度抑郁症的可能性	重度抑郁症（MDD）的早期检测	机器学习	心理疾病	机器学习, 深度学习	CNN	活动记录仪数据	8,378名参与者，其中766名进行了MDD筛查