深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-08-05	Insight into Automatic Image Diagnosis of Ear Conditions Based on Optimized Deep Learning Approach 2024-Apr, Annals of biomedical engineering IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s10439-023-03422-8 PMID:38097895	研究论文	这篇文章提出了一种基于优化深度学习的方法用于耳部疾病的自动图像诊断	本文创新性地使用了贝叶斯超参数优化与CNN架构相结合，提高了耳部疾病自动诊断的准确性	文章没有提及该方法在真实临床环境中的应用限制	研究旨在改善耳部疾病的自动诊断方法	研究对象为615张耳部内窥镜图像，分类为正常、耳膜硬化、耳垢堵塞和慢性中耳炎	计算机视觉	耳部疾病	CNN	CNN	图像	616张耳部内窥镜图像用于训练，264张用于测试
262	2024-08-05	Retrieval augmented scientific claim verification 2024-Apr, JAMIA open IF:2.5Q3 DOI:10.1093/jamiaopen/ooae021 PMID:38455840	研究论文	本文旨在使用PubMed摘要自动化科学声明验证	开发了CliVER系统，并使用检索增强技术来自动检索相关的临床试验摘要	需进一步测试CliVER的临床效用	自动化科学声明验证	临床试验摘要和科学声明	自然语言处理	NA	检索增强技术	集成深度学习模型	文本	189648个PubMed摘要
263	2024-08-05	Three-dimensional reconstruction of fetal rhesus macaque kidneys at single-cell resolution reveals complex inter-relation of structures 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570622 PMID:38106004	研究论文	该文章展示了在单细胞分辨率下对胎猴肾脏进行三维重建，以揭示复杂的结构相互关系	该研究利用深度学习技术对肾脏的多种微结构进行了全面标记，展示了深度学习在3D组织图像上的应用潜力	以往的研究依赖于抗体或自发荧光技术，限制了对肾脏多种细微结构的比较能力	研究肾小管与肾血管结构之间的空间相互关系	胎猕猴的肾脏结构	数字病理学	NA	深度学习	NA	3D组织图像	胎猕猴肾脏
264	2024-08-05	A Transformer Approach for Cognitive Impairment Classification and Prediction 2024 Apr-Jun 01, Alzheimer disease and associated disorders DOI:10.1097/WAD.0000000000000619 PMID:38757560	研究论文	本研究探讨了一种变压器方法用于阿尔茨海默病和轻度认知障碍的分类和预测	使用无特征选择的掩蔽变压器编码器处理稀疏输入数据进行预测	模型对输入特征的敏感性分析结果未详细讨论	旨在非侵入性地早期分类和预测阿尔茨海默病和轻度认知障碍	使用国家阿尔茨海默协调中心的数据集进行样本分类和未来诊断预测	机器学习	阿尔茨海默病	变压器	掩蔽变压器编码器	特征数据	涉及的样本数量未具体说明
265	2024-08-05	An efficient lightweight network for image denoising using progressive residual and convolutional attention feature fusion 2024-Apr-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60139-x PMID:38664440	研究论文	提出了一种高效轻量级的逐步残差与卷积注意力特征融合网络，用于图像去噪	创新性地将逐步残差融合与卷积注意力机制结合，显著减少网络参数同时提高去噪性能	处理的噪声类型主要集中在高斯噪声和自然噪声，可能对其他噪声类型的适应性不足	研究旨在提升图像去噪技术的效率和效果	主要针对高斯和自然图像噪声进行去噪处理	计算机视觉	NA	卷积神经网络	逐步残差网络与卷积注意力机制融合网络	图像	涉及六个不同数据集的超过20种现有方法的结果优化比较
266	2024-08-05	From big data to big insights: statistical and bioinformatic approaches for exploring the lipidome 2024-Apr, Analytical and bioanalytical chemistry IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s00216-023-04991-2 PMID:37875675	review	该文章旨在全面描述脂质组学研究的统计和生物信息学方法	提供了关于脂质组数据分析的统计方法和生物信息学工具的框架	脂质组数据分析面临大数据和高度相关的数据结构导致的挑战	探讨脂质组学数据分析的方法和工具	脂质组学中的细胞脂质	数字病理学	NA	统计分析和深度学习	NA	数据集	NA
267	2024-08-05	Deep learning algorithm for predicting preterm birth in the case of threatened preterm labor admissions using transvaginal ultrasound 2024-Apr, Journal of medical ultrasonics (2001) DOI:10.1007/s10396-023-01394-9 PMID:38097857	研究论文	本研究构建深度学习模型，以预测威胁性早产的超声图像中的早产风险	提出了使用深度学习算法分析经阴道超声图像来预测早产的创新方法	研究中患者样本量较小，可能限制了结果的广泛适用性	旨在改善早产预测的准确性，从而优化围产期护理	纳入了因威胁性早产或宫颈缩短住院的患者	计算机视觉	早产	经阴道超声	卷积神经网络（CNN）和视觉变换器（Vit）	图像	共纳入59名患者，早产组30例，全期组29例
268	2024-08-05	Artifact reduction in photoacoustic images by generating virtual dense array sensor from hemispheric sparse array sensor using deep learning 2024-Apr, Journal of medical ultrasonics (2001) DOI:10.1007/s10396-024-01413-3 PMID:38480548	研究论文	本研究利用深度学习技术生成虚拟密集阵列传感器信号，以减少光声成像中的伪影	通过在不同方向上安装虚拟传感器，采用2D卷积神经网络生成信号，从而克服了使用稀疏阵列传感器带来的技术和成本问题	使用3D卷积神经网络生成信号需要巨大的计算成本，且在此应用中不切实际	研究如何减少光声成像中的伪影，以提高血管成像的质量	本研究主要针对光声成像中的伪影问题进行技术改进	数字病理学	NA	深度学习	2D卷积神经网络	模拟数据与人手掌测量数据	NA
269	2024-08-05	Systematic identification and characterization of exon-intron circRNAs 2024-04-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278590.123 PMID:38609186	研究论文	本研究系统性地识别和表征了保留内含子的外显子-内含子环状RNA（EIciRNAs）	提出了FEICP框架，有效检测高通量测序数据中的EIciRNAs，并揭示了CIRs和EIciRNAs的多种特征	EIciRNAs的全球特征主要未被探索，缺乏生物信息学工具	研究EIciRNAs的特征及其在神经元分化中的功能	外显子-内含子环状RNA（EIciRNAs）及其生物生成	数字病理学	NA	高通量测序（HTS）	深度学习分析	NA	NA
270	2024-08-05	PheSeq, a Bayesian deep learning model to enhance and interpret the gene-disease association studies 2024-04-16, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01330-7 PMID:38627848	研究论文	本文介绍了一种名为PheSeq的贝叶斯深度学习模型，用于增强和解释基因-疾病关联研究	PheSeq模型通过整合和感知表型描述，提高了基因-疾病关联研究的稳健性和解释能力	未提及具体的局限性	旨在提高基因-疾病关联研究的可靠性和可解释性	研究对象包括阿尔茨海默病、乳腺癌和肺癌的基因	机器学习	阿尔茨海默病; 乳腺癌; 肺癌	贝叶斯深度学习	NA	NA	三个案例研究涉及多个基因，阿尔茨海默病1024个基因，乳腺癌818个基因，肺癌566个基因
271	2024-08-05	Single cell lineage tracing reveals clonal dynamics of anti-EGFR therapy resistance in triple negative breast cancer 2024-04-11, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01327-2 PMID:38605363	研究论文	本研究揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）中针对EGFR治疗抵抗的克隆动态	通过单细胞转录组学和细胞条形码技术，揭示了EGFR扩增的TNBC细胞在afatinib处理下的亚克隆动态	NA	阐明三阴性乳腺癌中EGFR治疗抵抗的机制	EGFR扩增的三阴性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	深度学习	NA	NA
272	2024-08-05	Sequence basis of transcription initiation in the human genome 2024-Apr-26, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0116 PMID:38662817	research paper	本文探讨了人类基因组中转录起始的序列基础	提出了一种深度学习启发的可解释模型Puffin，以预测转录起始，并识别人类启动子活动的关键序列模式	仍缺乏对所有转录起始位点的统一理解	旨在理解人类基因组中转录起始的序列模式和规则	研究人类基因组中转录起始的序列特征及其对转录活性的影响	NA	NA	深度学习	Puffin	序列数据	NA
273	2024-08-05	A transformer-based pyramid network for coronary calcified plaque segmentation in intravascular optical coherence tomography images 2024-04, Computerized medical imaging and graphics : the official journal of the Computerized Medical Imaging Society IF:5.4Q1 DOI:10.1016/j.compmedimag.2024.102347 PMID:38341945	研究论文	提出了一种基于变换器的金字塔网络AFS-TPNet用于从血管内光学相干断层扫描图像中分割冠状动脉钙化斑块	结合了增强特征分离模块和残差卷积位置编码机制，改进了变换器在捕捉细粒度特征和全局上下文方面的能力	CNN在上下文推理方面固有的局限性可能会影响现有方法的性能	研究如何利用OCT图像进行冠状动脉钙化斑块的端到端分割	冠状动脉钙化斑块的自动分割	计算机视觉	动脉粥样硬化	OCT	变换器	图像	广泛的实验，具体样本数量未提及
274	2024-08-05	A new strategy for groundwater level prediction using a hybrid deep learning model under Ecological Water Replenishment 2024-Apr, Environmental science and pollution research international DOI:10.1007/s11356-024-32330-0 PMID:38436858	研究论文	本文提出了一种基于混合深度学习模型的地下水位预测新策略。	引入了STL-IWOA-GRU模型，结合了LOESS季节趋势分解算法、改进的鲸鱼优化算法和门控递归单元，以提高地下水位预测的准确性。	研究未提及模型在其他生态水补充背景下的适用性和验证。	旨在在生态水补充的背景下准确预测地下水位变化。	使用从永定河流域（北京段）21个监测井收集的地下水位、降水和地表径流数据。	机器学习	NA	深度学习	STL-IWOA-GRU	时间序列数据	731天中的21个监测井数据
275	2024-08-05	Comparative study for coastal aquifer vulnerability assessment using deep learning and metaheuristic algorithms 2024-Apr, Environmental science and pollution research international DOI:10.1007/s11356-024-32706-2 PMID:38436856	研究论文	本研究评估了伊朗西北部拉希简地区沿海含水层的脆弱性。	将生物地理优化（BBO）和灰狼优化（GWO）技术与卷积神经网络（CNN）相结合，用于生成脆弱性地图（VM），这一综合方法在CAVA模型的改进方面尚属首次。	尽管进行了深度学习算法的应用，但对OGM参数权重的修改仍然有限。	评估沿海含水层的脆弱性，减轻海水入侵的影响。	拉希简地区沿海含水层的脆弱性。	数字路径学	NA	深度学习，生物地理优化，灰狼优化	卷积神经网络（CNN）	地图	使用了原始GALDIT模型（OGM）派生的水文地质参数
276	2024-08-05	Parkinson's disease diagnosis using deep learning: A bibliometric analysis and literature review 2024-04, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102285 PMID:38554785	综述	本文进行了一项关于深度学习在帕金森病诊断中的应用的文献计量分析和文献综述	通过文献计量分析展示了深度学习在帕金森病诊断领域的显著进展和关键研究点	对于增量学习及大数据分析相关的深度学习方法的研究存在空白	研究深度学习在帕金森病诊断中的应用发展	已发表的关于帕金森病及深度学习的研究论文	计算机视觉	帕金森病	深度学习	NA	文献	检索并分析了Scopus数据库中的可用研究论文
277	2024-08-05	Comparative Performance of ChatGPT 3.5 and GPT4 on Rhinology Standardized Board Examination Questions 2024 Apr-Jun, OTO open IF:1.8Q2 DOI:10.1002/oto2.164 PMID:38938507	研究论文	本研究评估了ChatGPT 3.5和GPT4在耳鼻喉科标准化考试问题上的表现	评估新一代大型语言模型在医学教育中的应用潜力	仅使用了一小部分问题进行分析，样本量有限	评价大型语言模型在耳鼻喉科教育中的表现	耳鼻喉科标准化考试的问题以及相关的住院医生	计算机视觉	NA	深度学习	ChatGPT 3.5和GPT4	文本和图像	127道问题，93道文本题和34道图像题
278	2024-08-05	Thermal mapping the eye: A critical review of advances in infrared imaging for disease detection 2024-Apr, Journal of thermal biology IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jtherbio.2024.103867 PMID:38744026	review	对红外成像在眼病检测中的进展进行了关键性回顾	探讨了机器学习和深度学习算法在IRT眼科检查中的整合	未详细说明具体的限制因素	理解IRT在眼科检查中的应用、优势、局限性和最新发展	分析与眼科相关的红外热成像技术	数字病理学	干眼症、糖尿病视网膜病、青光眼、过敏性结膜炎和炎症疾病	红外热成像（IRT）	NA	图像	192篇文献
279	2024-08-07	Beyond the AJR: Deep Learning Shows Promise in the Detection of Retinal Hemorrhage on Pediatric Head CT 2024-04, AJR. American journal of roentgenology DOI:10.2214/AJR.23.30096 PMID:37610781	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
280	2024-08-05	The Success of Deep Learning Modalities in Evaluating Modic Changes 2024-04, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2024.01.129 PMID:38296043	研究论文	本研究分析了使用深度学习模式检测的MRI中Modic变化。	该文章创新性地应用了多种卷积神经网络（CNN）架构来分类和分割Modic变化，有助于降低放射科医师的工作量。	NA	调查深度学习在MRI中评估Modic变化的有效性。	307名接受MRI检查的患者，涵盖不同年龄段的男女。	计算机视觉	NA	MRI	CNN	图像	307名患者的MRI图像数据