深度学习在生物医药领域的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	算法框架	模型架构	性能指标	计算资源
601	2024-09-30	Time Sequence Deep Learning Model for Ubiquitous Tabular Data with Unique 3D Tensors Manipulation 2024-Sep-12, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e26090783 PMID:39330116	研究论文	本文提出了一种利用堆叠双向LSTM深度学习算法处理表格数据的方法，通过定制的3D张量建模来提高模型性能	本文创新性地将时间序列深度学习模型应用于表格数据处理，通过3D张量建模提高了模型在表格数据上的表现	本文仅在六个公开数据集上进行了验证，未来需要在更多不同类型的数据集上进行测试	提出一种新的方法，利用深度学习算法提高表格数据模型的性能	表格数据及其在深度学习模型中的应用	机器学习	NA	深度学习	堆叠双向LSTM	表格数据	六个公开数据集，每个数据集的大小和学习目标不同	NA	NA	NA	NA
602	2024-09-30	NMGrad: Advancing Histopathological Bladder Cancer Grading with Weakly Supervised Deep Learning 2024-Sep-11, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11090909 PMID:39329651	研究论文	本文提出了一种用于膀胱癌分级的新方法，通过弱监督深度学习技术提高病理切片的分级准确性	引入了嵌套多实例学习方法和注意力机制，以提高模型对不同恶性程度区域的区分能力	NA	提高膀胱癌分级的准确性和一致性	膀胱癌病理切片	数字病理学	膀胱癌	卷积神经网络	CNN	图像	NA	NA	NA	NA	NA
603	2024-09-30	A Deep Learning-Enhanced Compartmental Model and Its Application in Modeling Omicron in China 2024-Sep-10, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11090906 PMID:39329648	研究论文	本文提出了一种结合深度学习的分室模型，并应用于预测中国Omicron疫情的发展	利用深度学习技术估计分室模型中的随机参数，减少了对特定数据的依赖，并内置了时空移动过程，有效捕捉了传染病的时空和移动维度	NA	探索深度学习技术在传染病动力学预测中的应用	Omicron疫情在中国的发展	机器学习	NA	深度学习	DNN, LSTM	NA	28天（2022年6月4日至7月1日）	NA	NA	NA	NA
604	2024-09-30	Achieving Real-Time Prediction of Paroxysmal Atrial Fibrillation Onset by Convolutional Neural Network and Sliding Window on R-R Interval Sequences 2024-Sep-10, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11090903 PMID:39329645	研究论文	本文提出了一种基于卷积神经网络和滑动窗口技术的端到端深度学习模型，用于实时预测阵发性房颤的发作	本文的创新点在于将滑动窗口技术与卷积神经网络结合，实现了对心电图R-R间期序列的实时处理和预测	本文的局限性在于仅使用了公开的心电图数据库进行训练和验证，未涉及实际临床数据	本研究旨在开发一种能够实时预测阵发性房颤发作的深度学习模型	本研究的对象是阵发性房颤患者的心电图R-R间期序列	机器学习	心血管疾病	卷积神经网络	CNN	序列数据	共收集了56,381个PAF类型和56,900个N类型的R-R间期片段	NA	NA	NA	NA
605	2024-09-30	An Enhanced IDBO-CNN-BiLSTM Model for Sentiment Analysis of Natural Disaster Tweets 2024-Sep-04, Biomimetics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/biomimetics9090533 PMID:39329555	研究论文	提出了一种增强的IDBO-CNN-BiLSTM模型，用于自然灾害推文的情绪分析	结合了群智能优化算法和深度学习方法，改进了Dung Beetle Optimization (DBO)算法，并将其应用于优化CNN-BiLSTM模型的超参数	未提及	提高推文中情绪极性识别的准确性，以帮助政府或救援组织更好地理解公众需求并做出适当响应	自然灾害推文的情绪倾向分类	自然语言处理	NA	深度学习	CNN-BiLSTM	文本	与飓风哈维事件相关的推文	NA	NA	NA	NA
606	2024-09-30	Harnessing the Missing Spectral Correlation for Metasurface Inverse Design 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308807 PMID:38946621	研究论文	本文揭示了电磁超表面光谱中实部和虚部之间的内在相关性，并通过双向信息流在神经网络空间中模拟这种关系，用于超表面的逆向设计	本文利用Kramers-Kronig关系揭示了光谱中实部和虚部之间的内在相关性，并通过双向循环神经网络模拟这种关系，有效提取关键特征	NA	研究如何利用物理信息增强深度学习在电磁超表面逆向设计中的应用	电磁超表面的逆向设计	机器学习	NA	深度学习	双向循环神经网络	光谱数据	NA	NA	NA	NA	NA
607	2024-09-30	AI-Powered Synthesis of Structured Multimodal Breast Ultrasound Reports Integrating Radiologist Annotations and Deep Learning Analysis 2024-Sep-01, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11090890 PMID:39329632	研究论文	本研究提出了一种半自动方法，通过整合放射科医生的注释和深度学习分析结果，生成结构化的多模态乳腺超声报告	该方法结合了放射科医生的注释和深度学习算法分析结果，显著减少了报告生成时间，并提高了分类准确性	未提及具体的局限性	旨在通过自动化方法减轻放射科医生的工作负担，提高乳腺超声报告的生成效率	乳腺超声报告的生成过程	计算机视觉	乳腺癌	深度学习	DenseNet-121	图像	未提及具体样本数量	NA	NA	NA	NA
608	2024-09-30	Automated Classification System Based on YOLO Architecture for Body Condition Score in Dairy Cows 2024-Sep-01, Veterinary sciences IF:2.0Q2 DOI:10.3390/vetsci11090399 PMID:39330779	研究论文	本文提出了一种基于YOLOv8x深度学习架构的自动分类系统，用于评估奶牛的体况评分（BCS）	使用YOLOv8x深度学习架构自动分类奶牛的体况评分，提高了评估的准确性和效率	仅在Holstein和Simmental奶牛品种上进行了测试，样本量有限	开发一种自动化的方法来评估奶牛的体况评分，以提高动物福利和生产效率	Holstein和Simmental奶牛的体况评分	计算机视觉	NA	YOLOv8x深度学习架构	YOLOv8x	图像	126张奶牛图像，其中102张正确分类	NA	NA	NA	NA
609	2024-09-30	The synergistic effect of artificial intelligence technology in the evolution of visual communication of new media art 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38008 PMID:39328541	研究论文	研究探讨了人工智能技术在新媒体艺术视觉传播演化中的协同效应，并提出了一种基于卷积神经网络的AI布局设计方法	提出了基于卷积神经网络的AI布局设计模型，并通过实验验证了其在新媒体艺术视觉传播设计中的有效性	研究样本仅为20名设计学生，样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨人工智能技术在新媒体艺术视觉传播中的应用，并提出一种新的布局设计方法	新媒体艺术的视觉传播设计	计算机视觉	NA	卷积神经网络	卷积神经网络	图像	20名设计学生	NA	NA	NA	NA
610	2024-09-30	A systematic analyses of different bioinformatics pipelines for genomic data and its impact on deep learning models for chromatin loop prediction 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae009 PMID:38555493	研究论文	本文系统分析了用于基因组数据的不同生物信息学管道及其对染色质环预测深度学习模型的影响	本文创新性地整合了六个不同管道的两个蛋白质因子特异性环相互作用数据集，提供了对基因组特征分析方法的全面视角	本文主要集中在染色质环和结构的分析，未涵盖所有基因组数据分析的方面	研究基因组数据分析中生物信息学管道对深度学习模型性能的影响	染色质环和结构分析的生物信息学管道及其对深度学习模型的影响	生物信息学	NA	深度学习	深度学习模型	基因组数据	36个多样化的数据集	NA	NA	NA	NA
611	2024-09-30	A comprehensive review of machine learning techniques for multi-omics data integration: challenges and applications in precision oncology 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae013 PMID:38600757	综述	本文综述了机器学习技术在多组学数据整合中的应用，特别是在精准肿瘤学中的挑战和应用	本文探讨了深度学习和网络方法在整合多组学数据中的潜力，并提供了一个整合多组学数据在精准肿瘤学中的路线图	NA	总结和分类机器学习技术在多组学数据整合中的进展，特别是在精准肿瘤学中的应用	多组学数据（基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学）以及临床数据	机器学习	NA	机器学习	深度学习	多组学数据	NA	NA	NA	NA	NA
612	2024-09-30	A deep learning method for simultaneous denoising and missing wedge reconstruction in cryogenic electron tomography 2024-Sep-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51438-y PMID:39313517	研究论文	提出了一种用于低温电子断层扫描中同时去噪和缺失楔形重建的深度学习方法	提出了一种名为DeepDeWedge的深度学习方法，无需真实数据，通过自监督损失拟合神经网络，简化了当前最先进方法的复杂性，并在去噪和缺失楔形重建方面表现出色	未提及	解决低温电子断层扫描中由于噪声和缺失楔形信息导致的重建困难	低温电子断层扫描中的2D投影数据	计算机视觉	NA	深度学习	神经网络	图像	未提及	NA	NA	NA	NA
613	2024-09-30	PreAlgPro: Prediction of allergenic proteins with pre-trained protein language model and efficient neutral network 2024-Sep-23, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.135762 PMID:39322150	研究论文	本文介绍了一种基于预训练蛋白质语言模型和深度学习技术的过敏原蛋白质识别方法PreAlgPro	采用ProtT5模型提取蛋白质嵌入特征，替代了手动特征提取步骤，并设计了Attention-CNN神经网络架构来识别潜在特征	NA	提高过敏原蛋白质识别的准确性和效率	过敏原蛋白质的识别	机器学习	NA	深度学习	Attention-CNN	蛋白质序列	四个独立测试集和收集的过敏原蛋白质样本	NA	NA	NA	NA
614	2024-09-27	Multi-Cover Persistence (MCP)-based machine learning for polymer property prediction 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae465 PMID:39323091	研究论文	本文介绍了一种基于多覆盖持久性（MCP）的分子表示方法，并将其与梯度提升树（GBT）模型结合，用于聚合物性质预测	首次引入多覆盖持久性（MCP）作为分子表示方法，利用Delaunay切片和菱形平铺来表征复杂的几何和拓扑信息	NA	开发一种新的分子表示方法，以提高聚合物性质预测的准确性和效率	聚合物及其性质	机器学习	NA	多覆盖持久性（MCP）	梯度提升树（GBT）	聚合物数据	聚合物基准数据集	NA	NA	NA	NA
615	2024-09-30	Aggregation Rules of Short Peptides 2024-Sep-23, JACS Au IF:8.5Q1 DOI:10.1021/jacsau.4c00501 PMID:39328768	研究论文	本文研究了短肽（如四肽和五肽）的聚集规则，并基于transformer深度学习模型预测的聚集倾向值，推导了四肽和五肽在整个序列空间中的综合聚集规则	本文扩展了现有的三肽序列聚集规则，涵盖了数百万个四肽和五肽序列，为实验人员提供了明确的路线图，用于微调短肽的聚集行为	NA	阐明短肽的聚集规则，以便精确操控聚集行为	四肽和五肽的聚集规则	机器学习	NA	transformer深度学习模型	transformer	序列数据	超过20,000个四肽	NA	NA	NA	NA
616	2024-09-30	An ensemble machine learning model assists in the diagnosis of gastric ectopic pancreas and gastric stromal tumors 2024-Sep-19, Insights into imaging IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13244-024-01809-2 PMID:39320559	研究论文	开发了一种基于多相计算机断层扫描（MPCT）的集成机器学习（eML）模型，用于区分胃异位胰腺（GEP）和胃间质瘤（GIST）	首次通过放射组学和深度学习方法区分这些肿瘤，揭示了病变中潜在的不同表型	研究样本量较小，且仅限于小于3厘米的病变	开发一种能够有效区分胃异位胰腺和胃间质瘤的机器学习模型	胃异位胰腺和胃间质瘤	机器学习	胃肠道疾病	多相计算机断层扫描（MPCT）	集成机器学习（eML）	图像	138名患者的多相计算机断层扫描图像	NA	NA	NA	NA
617	2024-09-30	Explainable breast cancer molecular expression prediction using multi-task deep-learning based on 3D whole breast ultrasound 2024-Sep-19, Insights into imaging IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13244-024-01810-9 PMID:39320560	研究论文	本文研究了使用多任务深度学习模型基于3D全乳腺超声图像预测乳腺癌分子表达，并提高了模型的可解释性	本文提出了一个多任务深度学习模型，结合肿瘤分割与生物标志物预测，以提高模型的可解释性和预测性能	NA	非侵入性地估计三种乳腺癌生物标志物（ER、PR和HER2）的表达，并提高预测性能和可解释性	乳腺癌患者的ER、PR和HER2生物标志物表达	计算机视觉	乳腺癌	3D全乳腺超声系统（3DWBUS）	多任务深度学习模型	图像	388名乳腺癌患者	NA	NA	NA	NA
618	2024-09-30	δ-Conotoxin Structure Prediction and Analysis through Large-Scale Comparative and Deep Learning Modeling Approaches 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404786 PMID:39033537	研究论文	本文通过大规模比较和深度学习建模方法预测和分析δ-芋螺毒素的结构	利用AlphaFold和RosettaCM两种方法对18种未表征的δ-芋螺毒素进行建模，提供了对这些肽结构方面的有用见解	NA	预测和分析δ-芋螺毒素的结构，为药物开发提供参考	δ-芋螺毒素的结构和功能	生物信息学	NA	深度学习建模	AlphaFold, RosettaCM	蛋白质结构	18种未表征的δ-芋螺毒素	NA	NA	NA	NA
619	2024-09-30	Stretchable Piezoresistive Pressure Sensor Array with Sophisticated Sensitivity, Strain-Insensitivity, and Reproducibility 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405374 PMID:39013112	研究论文	研究开发了一种新型10x10传感器阵列，包含100个压力传感器像素，通过创新设计传感器结构，实现了高达888.79 kPa的显著灵敏度	采用聚丁二烯-尿烷（PBU）和MXene纳米片合成导电织物，通过预应变方法确保电极的应变免疫性，并引入深度学习方法提高长期传感精度	NA	提升可拉伸压阻式压力传感器的可靠性和性能	可拉伸压阻式压力传感器	传感器技术	NA	电纺丝技术	深度学习	传感器数据	100个压力传感器像素	NA	NA	NA	NA
620	2024-09-30	Automatic Clinical Assessment of Swallowing Behavior and Diagnosis of Silent Aspiration Using Wireless Multimodal Wearable Electronics 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404211 PMID:38981027	研究论文	研究报告了一种无线多模态可穿戴系统，利用机器学习自动准确评估吞咽行为并诊断无声误吸	开发了一种包含kirigami结构电极和带有凝胶层的麦克风的无线多模态可穿戴系统，能够抑制皮肤接触阻抗的变化并有效阻隔外部噪音，实现高质量的肌电图和吞咽声音测量	未提及	开发一种自动准确评估吞咽行为并诊断无声误吸的无线多模态可穿戴系统	吞咽障碍患者	可穿戴电子设备	NA	机器学习	深度学习算法	肌电图和吞咽声音	未提及	NA	NA	NA	NA