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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1141 | 2024-08-07 |
A mini-review on perturbation modelling across single-cell omic modalities
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.058
PMID:38721585
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综述 | 本文回顾了单细胞组学领域中扰动建模的主要目标,并总结了基于遗传操作如CRISPR或化合物的单细胞扰动新技术,跨越不同组学模式 | 讨论了大型基础模型在单细胞扰动建模中的兴起,灵感来源于大型语言模型,并介绍了多种计算方法,从经典的统计推断到各种机器学习和深度学习架构 | 随着工具和数据集的激增,实验生物学家和计算科学家难以跟上这一迅速扩展领域的最新进展 | 全面掌握外部影响如疾病发作或分子敲除对细胞生理的影响,特别是在转录因子、信号转导器、生物途径和动态细胞状态上 | 单细胞组学数据中的扰动现象 | 机器学习 | NA | CRISPR | 浅层模型、自编码器 | 单细胞数据 | NA |
1142 | 2024-08-07 |
Finding and following: a deep learning-based pipeline for tracking platelets during thrombus formation in vivo and ex vivo
2024-Dec, Platelets
IF:2.5Q2
DOI:10.1080/09537104.2024.2344512
PMID:38722090
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的分析流程,用于在体内和体外血栓形成过程中追踪血小板 | 该流程包括检测、追踪、追踪准确性评估和血小板指标量化四个步骤,使用深度学习网络进行图像分割和标准粒子追踪算法,提高了追踪准确性 | NA | 开发一种新的分析流程,用于在血栓形成过程中追踪血小板 | 血小板在血栓形成过程中的动态行为 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | CNN | 图像 | NA |
1143 | 2024-08-07 |
A contrastive learning approach to integrate spatial transcriptomics and histological images
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.039
PMID:38707535
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的模型ConGcR,用于整合基因表达、空间位置和组织形态学数据,以进行数据表示和空间组织结构识别 | 提出了ConGcR模型,结合图卷积和ResNet作为编码器,并进一步通过图自编码器ConGaR增强模型,以更好地建模空间嵌入表示 | NA | 旨在有效整合空间多模态数据,提高组织结构识别的准确性 | 基因表达、空间位置和组织形态学数据 | 计算机视觉 | NA | 对比学习 | 图卷积网络、ResNet | 基因表达数据、图像 | 16个人脑样本、4个鸡心样本、8个乳腺癌样本和30个人类肺部空间转录组样本 |