深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2024-10-25	Explainable artificial intelligence and domain adaptation for predicting HIV infection with graph neural networks 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2407063 PMID:39417227	研究论文	研究使用图神经网络和领域适应方法预测HIV感染，并评估模型的可解释性和跨数据集的可转移性	首次将可解释的人工智能和领域适应方法应用于图神经网络，以预测HIV感染，并评估模型在不同数据集间的转移能力	研究仅限于两个城市的年轻性少数男性群体，且数据收集时间较短	探索可解释深度学习方法在图神经网络中预测HIV感染的应用，并评估模型在不同数据集间的转移能力	年轻性少数男性群体的社交网络数据	机器学习	HIV感染	图神经网络	图注意力网络（GAT）	网络数据	两个城市的年轻性少数男性群体，数据收集时间为2014至2016年
1222	2024-10-25	Enhanced bone assessment of the shoulder using zero-echo time MRI with deep-learning image reconstruction 2024-Dec, Skeletal radiology IF:1.9Q3 DOI:10.1007/s00256-024-04690-8 PMID:38658419	研究论文	评估深度学习重建算法在1.5特斯拉肩部零回波时间MRI中的应用，以改善骨性病变的描绘	引入了一种基于深度学习的重建算法（DLRecon），用于增强零回波时间MRI图像质量，特别是在骨性病变的描绘上	研究为回顾性，样本量相对较小，且仅限于肩部MRI	评估深度学习重建算法在肩部零回波时间MRI中的效果，以提高骨性病变的诊断准确性	肩部MRI图像及其骨性病变	计算机视觉	NA	零回波时间MRI	深度学习	图像	63次肩部MRI检查，涉及52名患者（28名女性）
1223	2024-10-24	Microbial community dynamics in different floc size aggregates during nitrogen removal process upgrading in a full-scale landfill leachate treatment plant 2024-Dec, Bioresource technology IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.biortech.2024.131484 PMID:39277056	研究论文	研究了在垃圾渗滤液处理厂升级过程中，不同絮凝体大小对微生物群落动态和氮去除效率的影响	使用16S rRNA基因测序和深度学习模型（卷积神经网络）预测氮去除效率，揭示了微生物群落动态和相互作用	NA	优化垃圾渗滤液处理厂的氮去除过程，并理解基于絮凝体大小的微生物群落动态	不同絮凝体大小的微生物群落及其在氮去除过程中的作用	环境科学	NA	16S rRNA基因测序	卷积神经网络 (CNN)	微生物群落数据	NA
1224	2024-10-24	Analysis of data of COVID lockdown period: Comorbidity and fatality rates in a few districts of Assam, India 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110974 PMID:39429747	研究论文	分析印度阿萨姆邦几个地区在COVID封锁期间的数据，研究共病和死亡率	使用机器学习和深度学习方法分析患者数据，识别高风险个体，以个性化治疗计划	仅限于阿萨姆邦的数据，样本量相对较小	填补COVID-19疫情期间共病和死亡率数据的空白，改善患者护理	COVID-19住院患者的共病和死亡率	机器学习	COVID-19	机器学习 (ML) 和深度学习 (DL)	NA	患者数据	5329名住院的SARS-CoV-2患者
1225	2024-10-24	Psychological disorder detection: A multimodal approach using a transformer-based hybrid model 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102976 PMID:39430783	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的混合模型，用于通过多模态数据检测心理障碍，特别是抑郁症	本文的创新点在于使用多模态数据（如语音特征和语言内容）结合Transformer模型来提高心理障碍的识别准确性	NA	本文的研究目的是改进心理障碍，特别是抑郁症的识别方法	本文的研究对象是心理障碍，特别是抑郁症	自然语言处理	心理障碍	Transformer	混合模型	多模态数据（语音特征和语言内容）	NA
1226	2024-10-24	An optimized two stage U-Net approach for segmentation of pancreas and pancreatic tumor 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102995 PMID:39435045	研究论文	本文提出了一种优化的两阶段U-Net模型，用于胰腺和胰腺肿瘤的分割	引入了结合灰狼优化算法和边境牧羊犬优化算法的混合优化技术，提高了分割效果	NA	开发自动化分割方法以解决胰腺和胰腺肿瘤分割的挑战	胰腺和胰腺肿瘤	计算机视觉	胰腺癌	灰狼优化算法和边境牧羊犬优化算法	U-Net	图像	NA
1227	2024-10-24	Large language models and their applications in bioinformatics 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.09.031 PMID:39435343	综述	本文综述了大型语言模型（LLMs）在生物信息学中的应用及其对生命科学领域的潜在影响	LLMs通过复杂的深度学习架构和大量的参数，显著提升了自然语言处理能力，并在生物信息学中展现出巨大潜力	NA	探讨LLMs在生物信息学中的应用及其对生命科学领域的潜在影响	大型语言模型及其在基因组学、蛋白质组学和个性化医学中的应用	自然语言处理	NA	NA	Transformer	文本	NA
1228	2024-10-21	Predictive biomarkers for immune checkpoint inhibitors therapy in lung cancer 2024-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2024.2406063 PMID:39415535	综述	本文综述了用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其前沿技术	本文结合单细胞测序和空间成像技术，以及深度学习和人工智能，扩展了预测生物标志物的识别	PD-L1作为首个预测生物标志物，其预测价值仅限于特定人群	探讨用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其前沿技术	肺癌患者对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理学	肺癌	单细胞测序、空间成像技术、深度学习、人工智能	NA	NA	NA
1229	2024-10-19	Clinical impact of deep learning-derived intravascular ultrasound characteristics in patients with deferred coronary artery 2024-Dec-15, International journal of cardiology IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.ijcard.2024.132543 PMID:39265789	研究论文	本研究旨在利用深度学习模型从血管内超声图像中提取几何参数和最大衰减（或钙化）负担指数，以预测非罪犯冠状动脉病变患者的不良预后	首次利用深度学习技术从血管内超声图像中提取几何参数和最大衰减（或钙化）负担指数，以预测非罪犯冠状动脉病变患者的不良预后	样本量相对较小，且仅限于非罪犯冠状动脉病变患者	识别和验证预测非罪犯冠状动脉病变患者长期不良预后的形态学标准	非罪犯冠状动脉病变患者	计算机视觉	心血管疾病	深度学习	深度学习模型	图像	1115名患者
1230	2024-10-16	Psychiatric disorders from EEG signals through deep learning models 2024-Dec, IBRO neuroscience reports IF:2.0Q3 DOI:10.1016/j.ibneur.2024.09.003 PMID:39398346	研究论文	本研究提出了一种基于深度学习技术的改进EEG诊断模型，用于提高精神障碍的诊断准确性	本研究采用了多种深度学习模型（如ANN、KNN、LSTM、Bi LSTM和CNN-LSTM）对EEG数据进行分析，显著提高了精神障碍的诊断准确性	NA	提高精神障碍的诊断准确性	精神障碍的诊断	机器学习	精神障碍	深度学习	ANN、KNN、LSTM、Bi LSTM、CNN-LSTM	EEG数据	945人，包括850名患者和95名健康受试者
1231	2024-10-16	A comprehensive dental dataset of six classes for deep learning based object detection study 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110970 PMID:39398472	研究论文	本文介绍了一个用于深度学习对象检测研究的牙科数据集	该数据集包含了232张全景牙科放射图像，分为六类，并应用了CLAHE技术进行图像增强和数据增强	NA	改进基于深度学习的牙科疾病检测和分类研究	牙科疾病数据集	计算机视觉	NA	CLAHE	NA	图像	232张全景牙科放射图像
1232	2024-10-16	Deep feature batch correction using ComBat for machine learning applications in computational pathology 2024-Dec, Journal of pathology informatics DOI:10.1016/j.jpi.2024.100396 PMID:39398947	研究论文	本文研究了使用ComBat方法对深度学习特征进行批量校正，以提高计算病理学中机器学习模型的性能	提出了一种使用ComBat方法对深度学习特征进行批量校正的新方法，以减少AI模型学习到混杂特征的风险	NA	研究如何减少AI模型在处理多源数据时学习到混杂特征的风险，以提高模型的泛化能力和可靠性	研究对象包括来自TCGA的结肠癌和胃腺癌的全切片图像，以及通过三种特征提取模型获得的补丁嵌入	数字病理学	结肠癌	ComBat	基于注意力的多实例学习模型	图像	包括来自TCGA的结肠癌和胃腺癌数据集的全切片图像
1233	2024-10-12	Practical guidelines for cell segmentation models under optical aberrations in microscopy 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.09.002 PMID:39385997	研究论文	评估在光学畸变条件下细胞图像分割模型的性能	提出了点扩散函数图像标签分类模型（PLCM），能够快速准确地识别畸变类型和幅度	未提及具体局限性	评估细胞图像分割模型在光学畸变条件下的鲁棒性，并提供使用指南	细胞图像分割模型在光学畸变条件下的性能	计算机视觉	NA	卷积神经网络（CNN）	Mask R-CNN, Otsu threshold method, Cellpose 2.0	图像	使用DynamicNuclearNet (DNN) 和 LIVECell 数据集，分别代表荧光和明场显微镜细胞数据集
1234	2024-10-12	A dental intraoral image dataset of gingivitis for image captioning 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110960 PMID:39386321	研究论文	本文提出了一种专门用于牙龈炎诊断图像描述的新数据集	该数据集包含1,096张高分辨率口腔内图像，由经验丰富的牙周病专家进行详细标注和描述，支持图像描述算法的开发	NA	开发用于牙龈炎诊断的图像描述算法	牙龈炎诊断的口腔内图像	计算机视觉	牙周病	深度学习	NA	图像	1,096张高分辨率口腔内图像
1235	2024-10-11	A semi-labelled dataset for fault detection in air handling units from a large-scale office 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110956 PMID:39381011	研究论文	本文构建了一个用于空气处理单元故障检测的半标签数据集，并应用半监督学习方法进行示例分析	该数据集来源于韩国一个大型办公室的真实运营数据，目前在该领域尚不存在此类数据集，且数据集由专家标注，确保了故障分类的准确性	NA	开发适用于实际应用的健壮故障检测与诊断技术	空气处理单元（AHU）的故障检测与诊断	机器学习	NA	半监督学习	NA	时间序列数据	从2023年11月到2024年5月，每小时采集一次数据，数据集部分由专家标注，分为六类：正常条件、送风机故障、总加热泵故障、回风温度传感器故障、送风温度传感器故障和阀门位置故障
1236	2024-10-11	DeepTool: A deep learning framework for tool wear onset detection and remaining useful life prediction 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102965 PMID:39381346	研究论文	本文介绍了一个基于深度学习的工具磨损检测和剩余使用寿命预测系统DeepTool	使用自收集的传感器数据集和混合自动编码器-LSTM及编码器-解码器LSTM模型进行工具磨损预测	NA	优化铣削操作中的工具可用性和寿命估计，以提高可靠性和降低成本	铣削工具的磨损检测和剩余使用寿命预测	机器学习	NA	深度学习	混合自动编码器-LSTM和编码器-解码器LSTM	传感器数据	自收集的传感器数据集，包含不同切削设置下的铣削测试数据
1237	2024-10-10	High-resolution image dataset for the automatic classification of phenological stage and identification of racemes in Urochloa spp. hybrids 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110928 PMID:39376481	研究论文	本文介绍了一个高分辨率RGB图像数据集，用于自动分类Urochloa spp.杂交种的物候阶段和识别花序	首次在Urochloa属中探索使用图像分析评估物候阶段和种子产量	NA	开发用于自动分类物候阶段和识别花序的机器学习和深度学习模型，以加速育种	Urochloa spp.杂交种的物候阶段和花序	计算机视觉	NA	RGB成像	机器学习和深度学习模型	图像	2400张高分辨率RGB图像，涵盖200个杂交种，拍摄时间为7个月
1238	2024-10-10	Dataset of infected date palm leaves for palm tree disease detection and classification 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110933 PMID:39376482	研究论文	本文介绍了一个用于检测和分类棕榈叶疾病的图像数据集	该数据集包含了8种主要影响棕榈叶的疾病类型，并提供了健康棕榈叶的基准	数据集主要关注棕榈叶和叶片的图像，未包括果实、树干和根部	旨在帮助早期识别和分类棕榈树感染	棕榈叶疾病和健康状态	计算机视觉	NA	NA	深度学习模型	图像	共收集了608张原始图像，最终处理后的数据集包含3089张图像
1239	2024-10-09	A multi-task deep learning model based on comprehensive feature integration and self-attention mechanism for predicting response to anti-PD1/PD-L1 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113099 PMID:39265355	研究论文	本文构建了一个基于综合特征集成和自注意力机制的多任务深度学习模型，用于预测抗PD1/PD-L1治疗的反应	本文创新性地整合了多层次的特征，并通过自注意力机制构建了一个多任务深度学习模型，以预测免疫检查点抑制剂的疗效	本文的模型在不同癌症类型中的表现存在差异，尤其是在非小细胞肺癌和皮肤黑色素瘤测试集中的表现较好，但在膀胱尿路上皮癌测试集中的表现较差	本文旨在通过多维特征选择和深度学习模型构建，综合利用与免疫检查点抑制剂相关的生物标志物，以预测其疗效	本文的研究对象是免疫检查点抑制剂在治疗晚期癌症中的疗效预测	机器学习	NA	下一代测序基因表达	多任务深度学习模型	基因表达数据	本文涉及的样本包括膀胱尿路上皮癌测试集1（n=298）、膀胱尿路上皮癌测试集2（n=89）、非小细胞肺癌测试集（n=27）和皮肤黑色素瘤测试集（n=27）
1240	2024-10-07	Structural modeling of ion channels using AlphaFold2, RoseTTAFold2, and ESMFold 2024-12, Channels (Austin, Tex.) DOI:10.1080/19336950.2024.2325032 PMID:38445990	review	本文综述了使用AlphaFold2、RoseTTAFold2和ESMFold进行离子通道结构建模的应用	本文通过比较这些模型与冷冻电镜结构的相似性和差异，揭示了当前最先进的深度学习计算方法在建模离子通道结构方面的优势和局限	本文主要集中在电压门控离子通道的结构建模，未涵盖所有类型的离子通道	评估和比较AlphaFold2、RoseTTAFold2和ESMFold在离子通道结构建模中的应用效果	电压门控离子通道，包括人类电压门控钠通道Na1.8、钙通道Ca1.1和钾通道K1.3	计算机视觉	NA	深度学习	AlphaFold2、RoseTTAFold2、ESMFold	蛋白质结构	包括人类电压门控钠通道Na1.8、钙通道Ca1.1和钾通道K1.3