深度学习在生物医药领域的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	算法框架	模型架构	性能指标	计算资源
1341	2025-02-26	IDBGL: A unique image dataset of black gram (Vigna mungo) leaves for disease detection and classification 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111347 PMID:39990119	研究论文	本文介绍了一个独特的黑豆（Vigna mungo）叶片图像数据集，用于疾病检测和分类	创建了一个包含4038张图像的黑豆叶片疾病数据集，涵盖五种不同类别，为全球研究人员提供了一个用于早期检测和分类黑豆叶片疾病的深度学习自动化系统的基础	收集健康样本存在困难，且数据集仅来自孟加拉国的两个地区	开发一个深度学习自动化系统，用于早期检测和分类黑豆叶片疾病，以帮助农民和提高农业利益相关者的意识	黑豆（Vigna mungo）叶片	计算机视觉	植物疾病	深度学习	NA	图像	4038张图像，来自孟加拉国的Sirajganj和Solonga地区	NA	NA	NA	NA
1342	2025-02-26	A dataset of annotated African plum images from Cameroon for AI-based quality assessment 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111351 PMID:39990129	研究论文	本文介绍了一个包含4507张非洲李子注释图像的数据集，专为AI驱动的李子质量评估设计	这是首个专门用于非洲李子质量评估的AI数据集，涵盖了六个质量等级，并在自然光下使用智能手机拍摄	数据集仅涵盖非洲李子，可能不适用于其他水果的质量评估	开发用于农业中计算机视觉和深度学习系统的数据集，以实现李子质量的自动化评估	非洲李子	计算机视觉	NA	NA	深度学习	图像	4507张非洲李子图像	NA	NA	NA	NA
1343	2025-02-26	ElectroCom61: A multiclass dataset for detection of electronic components 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111331 PMID:39990128	研究论文	本文介绍了ElectroCom61，一个包含61种常用电子元件的多类目标检测数据集，旨在提高自动化和效率	提出了一个包含61种电子元件的多类目标检测数据集，涵盖了真实世界中的多种条件，如不同的光照、背景、距离和相机角度	数据集仅来源于一个大学的电子元件收藏，可能无法涵盖所有类型的电子元件	开发一个用于电子元件检测的先进系统，应用于教育和工业领域	61种常用电子元件	计算机视觉	NA	深度学习	NA	图像	2121张经过精心标注的图像	NA	NA	NA	NA
1344	2025-10-07	ARGai 1.0: A GAN augmented in silico approach for identifying resistant genes and strains in E. coli using vision transformer 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108342 PMID:39813877	研究论文	提出一种结合GAN和数据增强的深度学习方法ARGai 1.0，用于识别大肠杆菌中的耐药基因和菌株	首次将生成对抗网络与视觉变换器结合，通过生成合成数据解决数据稀缺问题，并采用特征选择方法提升耐药基因识别性能	NA	开发计算基因组学方法以识别大肠杆菌中的耐药基因和菌株	大肠杆菌的耐药基因和菌株	计算基因组学	细菌感染	全基因组测序, 下一代测序	GAN, Vision Transformer	基因组测序数据	NA	NA	DCGAN, Vision Transformer	准确率, 灵敏度, 特异性	NA
1345	2025-02-26	UAlpha40: A comprehensive dataset of Urdu alphabet for Pakistan sign language 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111342 PMID:39996049	研究论文	本文介绍了一个名为UAlpha40的综合数据集，用于巴基斯坦手语中的乌尔都语字母	该数据集不仅包含36个静态手势，还包括4个动态手势，填补了之前研究的空白	数据集主要基于巴基斯坦的乌尔都语手语，可能不适用于其他地区的手语	开发一个全面的数据集以支持乌尔都语手语的深度学习模型训练	乌尔都语手语的40个字母，包括36个静态手势和4个动态手势	计算机视觉	NA	图像和视频数据采集与增强	深度学习模型	图像和视频	22,280张图像（其中2,897张为原始图像，19,383张通过噪声或增强生成）和393个视频	NA	NA	NA	NA
1346	2025-02-25	Intelligent recognition of subsurface utilities and voids: A ground penetrating radar dataset for deep learning applications 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111338 PMID:39990121	研究论文	本文介绍了一个专门为深度学习应用设计的GPR数据集，用于自动检测地下设施和空洞	创建了一个包含2,239张JPEG格式的Radargram图像的数据集，填补了GPR数据集的空白，并具有通用性	GPR调查成本高且处理耗时	开发自动化系统，有效检测地下异常，减少人工错误	地下设施（如管道、电缆）和地下空洞	计算机视觉	NA	GPR	深度学习模型	图像	2,239张Radargram图像	NA	NA	NA	NA
1347	2025-10-07	MCTASmRNA: A deep learning framework for alternative splicing events classification 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139941 PMID:39842565	研究论文	开发了一个基于多尺度卷积和Transformer的深度学习框架MCTASmRNA，用于mRNA序列中可变剪接事件的分类	提出结合多尺度卷积和Transformer的混合模型，引入高效通道注意力机制和新设计的联合损失函数，无需参考基因组即可分类可变剪接事件	未明确说明模型在更广泛物种上的泛化能力，未来需要进一步优化和扩展模型	解决现有可变剪接事件识别方法效率低、处理时间长和难以捕捉RNA序列复杂性的问题	mRNA序列中的可变剪接事件	自然语言处理	NA	RNA测序	CNN, Transformer	序列数据	NA	NA	多尺度卷积神经网络, Transformer	准确率	NA
1348	2025-10-07	Polysaccharide degradation in an Antarctic bacterium: Discovery of glycoside hydrolases from remote regions of the sequence space 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140113 PMID:39842586	研究论文	通过计算生物学方法发现南极细菌中两种新型糖苷水解酶并预测其底物特异性	结合AlphaFold 3D模型的深度学习动态对接与分子动力学模拟，开发计算流程预测位于序列空间偏远区域的酶功能	序列空间偏远区域的功能预测不可靠，需要依赖计算模拟验证	发现南极细菌中位于序列空间偏远区域的新型糖苷水解酶并确定其功能	南极细菌Pseudomonas sp. ef1中的Ps_GH5和Ps_GH50糖苷水解酶	计算生物学	NA	AlphaFold 3D建模，动态对接，分子动力学模拟	深度学习	蛋白质序列，三维结构模型，寡糖底物	两种糖苷水解酶（Ps_GH5和Ps_GH50）	AlphaFold	NA	底物特异性预测准确性	NA
1349	2025-10-07	Rational design and synthesis of pyrazole derivatives as potential SARS-CoV-2 Mpro inhibitors: An integrated approach merging combinatorial chemistry, molecular docking, and deep learning 2025-Apr-01, Bioorganic & medicinal chemistry IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.bmc.2025.118095 PMID:39929031	研究论文	本研究通过组合化学、分子对接和深度学习相结合的方法，设计并合成了作为SARS-CoV-2主要蛋白酶潜在抑制剂的吡唑衍生物	整合组合化学、分子对接和深度学习（DeepPurpose）的多学科方法，通过共识排名策略筛选候选化合物	NA	加速发现SARS-CoV-2主要蛋白酶抑制剂，为未来抗病毒药物开发提供框架	吡唑衍生物化合物库	机器学习	COVID-19	组合化学、分子对接、深度学习	深度学习	化学结构数据	超过60,000个吡唑基结构	DeepPurpose	NA	ChemPLP评分、结合自由能计算	NA
1350	2025-02-21	Severity grading of hypertensive retinopathy using hybrid deep learning architecture 2025-Apr, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108585 PMID:39862474	研究论文	本文提出了一种混合深度学习架构，用于高血压视网膜病变（HR）的严重程度分级	引入了一种结合预训练ResNet-50和修改后的Vision Transformer（ViT）架构的混合模型，通过全局和局部自注意力机制增强模型性能，并提出了基于解耦表示和分类器（DRC）的训练方法以解决类别不平衡问题	缺乏公开可用的HR分级数据集，且存在高类别不平衡问题	开发一种准确的高血压视网膜病变严重程度分级方法	高血压视网膜病变（HR）的严重程度分级	计算机视觉	高血压视网膜病变	深度学习	混合模型（ResNet-50 + 修改后的Vision Transformer）	图像	NA	NA	NA	NA	NA
1351	2025-02-19	Bean leaf image dataset annotated with leaf dimensions, segmentation masks, and camera calibration 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111328 PMID:39959655	研究论文	本文介绍了一个包含6981张普通豆叶图像的数据库，这些图像附有基准标记和已知叶片尺寸的注释	提供了一个包含详细注释的叶片图像数据库，包括图像分割、已知区域、基准标记区域、标记姿态、拍摄条件和相机校准信息	NA	开发用于叶片尺寸测量及相关问题的深度学习算法	普通豆叶	计算机视觉	NA	NA	NA	图像	6981张图像，涉及612片普通豆叶	NA	NA	NA	NA
1352	2025-02-13	A comprehensive hog plum leaf disease dataset for enhanced detection and classification 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111311 PMID:39931093	研究论文	本文介绍了一个全面的Hog plum叶片病害数据集，旨在增强病害的检测和分类	创建了一个全面的Hog plum叶片病害数据集，并通过数据增强技术扩展了数据集，提高了深度学习模型的训练效果	数据集仅包含来自孟加拉国不同地区的图像，可能无法完全代表其他地区的病害情况	开发一个用于早期检测和分类Hog plum叶片病害的机器学习模型，以减少对人工检查的依赖	Hog plum叶片病害	计算机视觉	植物病害	数据增强技术（翻转、旋转、缩放、平移、裁剪、添加噪声、调整亮度、调整对比度、缩放）	深度学习模型	图像	原始数据集包含3782张图像，通过数据增强扩展到20000张图像	NA	NA	NA	NA
1353	2025-02-12	Hematoxylin and Eosin-stained whole slide image dataset annotated for skin tissue segmentation 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111306 PMID:39925388	研究论文	本文发布了一个用于皮肤组织分割的Hematoxylin和Eosin染色全切片图像数据集，并验证了其有效性	发布了一个包含38张全切片图像及其掩码的数据集，涵盖了12个类别，包括组织、皮肤癌和皮肤层，并使用SegFormer模型验证了数据集的有效性	数据集规模相对较小，仅包含38张图像	通过发布和验证数据集，支持基于深度学习的皮肤疾病自动诊断系统的开发	皮肤组织	数字病理学	皮肤癌	Hematoxylin和Eosin染色	SegFormer	图像	38张全切片图像	NA	NA	NA	NA
1354	2025-10-07	Enhanced clinical photoacoustic vascular imaging through a skin localization network and adaptive weighting 2025-Apr, Photoacoustics IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.pacs.2025.100690 PMID:39916976	研究论文	提出结合深度学习皮肤定位网络和自适应加权算法的框架，用于增强光声成像中深层血管的显示效果	首次将皮肤层分割网络与自适应衰减补偿算法相结合，显著提升了不同身体部位和肤色下深层血管的成像质量	NA	解决光声成像中皮肤信号干扰和组织衰减导致的深层血管可视化困难问题	人体深层血管结构	医学影像处理	血管疾病	光声断层扫描(PAT)	深度学习网络	光声图像	NA	NA	NA	血管占据度量, 信噪比(SNR)	NA
1355	2025-10-07	Estimating baselines of Raman spectra based on transformer and manually annotated data 2025-Apr-05, Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy DOI:10.1016/j.saa.2024.125679 PMID:39733708	研究论文	本研究提出了一种基于Transformer和人工标注数据的拉曼光谱基线估计方法	设计了专门针对拉曼光谱数据的一维Transformer模型，并通过人工标注的真实基线数据进行训练	需要大量人工参数调优来生成训练数据，且仅针对八种生物材料进行了验证	开发更准确和通用的拉曼光谱基线校正方法	八种不同生物材料的拉曼光谱数据	光谱分析	NA	拉曼光谱	Transformer, CNN	光谱数据	八种生物材料的拉曼光谱数据集	NA	1dTrans, ResUNet	平均绝对误差, 光谱角制图	NA
1356	2025-10-07	On the analysis of adapting deep learning methods to hyperspectral imaging. Use case for WEEE recycling and dataset 2025-Apr-05, Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy DOI:10.1016/j.saa.2024.125665 PMID:39746253	研究论文	本文评估了空间和光谱特征对高光谱图像分割深度学习架构的影响，并公开了Tecnalia WEEE高光谱数据集	系统分析光谱与空间信息组合对模型性能的影响，探索RGB预训练基础模型向高光谱领域的知识迁移	未开发专门整合光谱和空间信息的新型架构，RGB基础模型在高光谱领域表现不佳	评估不同空间和光谱特征对高光谱图像分割深度学习模型性能、能耗和推理时间的影响	废弃电子电气设备(WEEE)中的有色金属分选，包括铜、黄铜、铝、不锈钢和白铜	计算机视觉	NA	高光谱成像	深度学习	高光谱图像	Tecnalia WEEE高光谱数据集，包含多种有色金属样本	NA	基础模型	识别性能、能耗、推理时间	NA
1357	2025-10-07	FedPD: Defending federated prototype learning against backdoor attacks 2025-Apr, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2024.107016 PMID:39708704	研究论文	提出FedPD框架，通过交换原型而非模型参数来防御联邦学习中的后门攻击	首次在联邦学习中采用原型交换机制，从源头阻断后门攻击通道，同时显著降低通信开销	未明确说明在极端非独立同分布数据场景下的性能表现	开发高效的联邦学习后门攻击防御方法	联邦学习系统及其安全防护	机器学习	NA	联邦学习	深度学习模型	分布式训练数据	NA	联邦学习框架	NA	攻击成功率，主要任务准确率	NA
1358	2025-10-07	Enhancing consistency and mitigating bias: A data replay approach for incremental learning 2025-Apr, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2024.107053 PMID:39732067	研究论文	提出一种增强一致性和减轻偏见的增量学习方法CwD，通过数据回放和分类器去偏技术解决灾难性遗忘问题	提出定量测量数据一致性的方法，并设计新型损失函数减少倒置数据与真实数据间的不一致性；提出正则化项平衡类别权重	基于绑定的多元高斯分布假设，可能无法完全反映真实数据分布；实验仅限于图像分类任务	解决深度学习系统在连续学习中的灾难性遗忘问题	增量学习系统中的数据一致性和分类器偏见	机器学习	NA	数据回放方法	深度学习	图像	CIFAR-100、Tiny-ImageNet和ImageNet100数据集	NA	NA	准确率	NA
1359	2025-10-07	DFCL: Dual-pathway fusion contrastive learning for blind single-image visible watermark removal 2025-Apr, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2024.107077 PMID:39793490	研究论文	提出一种双路径融合对比学习方法用于盲单图像可见水印去除	通过双路径训练图像和梯度图，结合特征融合增强高频特征获取和水印空间定位精度，并利用对比学习确保结果接近原始无水印图像	未提及具体计算资源需求和模型规模限制	解决盲可见水印去除中的水印检测精度和去除后视觉质量问题	带有可见水印的数字图像	计算机视觉	NA	深度学习	对比学习	图像	三个具有挑战性的基准数据集	NA	双路径融合架构	水印检测精度，视觉质量	NA
1360	2025-10-07	ICH-PRNet: a cross-modal intracerebral haemorrhage prognostic prediction method using joint-attention interaction mechanism 2025-Apr, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2024.107096 PMID:39798349	研究论文	提出一种基于联合注意力交互机制的跨模态脑出血预后预测方法ICH-PRNet	设计了联合注意力交互编码器，在统一表征空间中整合CT图像和临床文本，并采用自适应动态优先级算法平衡多损失函数训练	NA	提高脑出血预后预测的准确性	脑出血患者	计算机视觉,自然语言处理	脑出血	深度学习	跨模态神经网络	CT图像,临床文本	内部数据集和公开数据集	NA	ICH-PRNet	NA	NA