深度学习在生物医药领域的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	算法框架	模型架构	性能指标	计算资源
401	2025-10-06	Use of deep learning-based NLP models for full-text data elements extraction for systematic literature review tasks 2025-Jun-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03979-5 PMID:40461545	研究论文	本研究探索使用深度学习NLP模型从科学文献全文自动提取系统文献综述所需数据元素的可行性	首次构建并公开了三个专门用于系统文献综述数据提取的标注语料库，并系统比较了传统机器学习与深度学习模型在此任务上的性能	BERT模型在三个任务中未观察到性能提升，研究样本规模相对有限	开发自动化的自然语言处理方法来支持系统文献综述中的数据元素提取	科学文献全文中的关键数据元素，包括研究队列、实验室技术和疾病类型等	自然语言处理	人乳头瘤病毒感染，肺炎球菌相关疾病	自然语言处理，命名实体识别	CRF, LSTM, BERT	文本	239篇全文文章，包含4,498个HPV患病率标注实体，579个肺炎球菌流行病学标注实体，252个肺炎球菌经济负担标注实体	NA	LSTM, BERT, CRF	F1分数	NA
402	2025-10-06	Explainable Deep Multilevel Attention Learning for Predicting Protein Carbonylation Sites 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500581 PMID:40145846	研究论文	提出了一种名为SCANS的可解释深度多级注意力学习框架，用于预测蛋白质羰基化位点	采用多级注意力策略捕获局部和全局特征，设计定制化损失函数惩罚交叉预测，并应用迁移学习增强网络特异性	NA	准确预测蛋白质羰基化位点以理解其机制和相关疾病发病机理	蛋白质羰基化位点	机器学习	NA	深度学习	深度学习	蛋白质序列数据	NA	NA	多级注意力网络	假阳性率	NA
403	2025-10-06	Unveiling Multi-Scale Architectural Features in Single-Cell Hi-C Data Using scCAFE 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416432 PMID:40270467	研究论文	本文介绍了一种名为scCAFE的深度学习模型，用于从单细胞Hi-C数据中检测多尺度染色质结构特征	开发了首个能够统一识别染色质环、TAD样结构域和区室等多种染色质结构特征的单细胞水平深度学习框架	未明确说明模型在极端稀疏数据情况下的表现和计算效率	解决单细胞Hi-C数据稀疏性和噪声问题，实现单细胞水平染色质结构特征的多尺度检测	单细胞Hi-C数据中的染色质结构特征	计算生物学	NA	单细胞Hi-C测序	深度学习模型	单细胞Hi-C数据	NA	NA	scCAFE	准确性、生物学一致性	NA
404	2025-10-06	A Dual-Modal Wearable Pulse Detection System Integrated with Deep Learning for High-Accuracy and Low-Power Sleep Apnea Monitoring 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501750 PMID:40298874	研究论文	提出一种集成深度学习的双模态可穿戴脉搏检测系统，用于高精度低功耗的睡眠呼吸暂停监测	结合压电纳米发电机和PPG传感器的双模态系统，采用仿生指尖结构和两阶段检测策略，实现自供电初步筛查和按需高精度检测	未明确说明样本规模和临床验证范围	开发长期睡眠呼吸暂停监测的实用解决方案	睡眠呼吸暂停综合征患者	医疗健康监测	睡眠呼吸暂停综合征	光电容积脉搏波描记法, 压电纳米发电机	深度学习	生理信号数据	NA	NA	Vision Transformer	准确率	NA
405	2025-10-06	Multimodal radiomics integrating deep learning and clinical features for diagnosing multidrug-resistant tuberculosis in HIV/AIDS patients 2025-Jun, Journal of global antimicrobial resistance IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.jgar.2025.04.013 PMID:40324593	研究论文	开发并验证基于多模态数据的预测模型，用于诊断HIV/AIDS患者中的多药耐药结核病	整合临床特征、影像组学特征和深度学习特征的多模态模型，采用2.5D多实例学习方法	回顾性研究，样本量相对有限（总样本227例）	提高HIV/AIDS患者中多药耐药结核病的诊断准确性	HIV/AIDS合并结核病患者	医学影像分析	结核病	影像组学，深度学习	多实例学习	临床数据，医学影像	227例患者（164例药物敏感结核，63例多药耐药结核）	NA	2.5D MIL	AUC, Hosmer-Lemeshow检验, 决策曲线分析	NA
406	2025-10-06	Advancements and implications of artificial intelligence for early detection, diagnosis and tailored treatment of cancer 2025-Jun, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152349 PMID:40345002	综述	本文探讨人工智能在癌症早期检测、诊断和个性化治疗中的进展与应用	提出将基因组学、转录组学和蛋白质组学数据与AI算法结合，揭示癌症生物学全貌并识别个性化分子特征	AI不能替代医疗专业人员，临床医生在所有事项中拥有最终决定权	通过AI技术改善癌症筛查、诊断和个性化治疗	癌症患者	机器学习	癌症	基因组学, 转录组学, 蛋白质组学	深度学习	多组学数据	NA	NA	NA	NA	NA
407	2025-10-06	A New Biomarker of Aging Derived From Electrocardiograms Improves Risk Prediction of Incident Cardiovascular Disease 2025-Jun, JACC. Advances DOI:10.1016/j.jacadv.2025.101764 PMID:40367762	研究论文	本研究评估了基于心电图深度学习算法的新型心血管衰老生物标志物δ-age在心血管疾病一级预防风险预测中的价值	首次将深度学习衍生的心电图年龄生物标志物δ-age整合到传统心血管风险预测模型中	研究样本仅来自挪威特罗姆瑟研究队列，需要外部验证	评估δ-age生物标志物在心血管疾病一级预防风险预测中的增量价值	7,108名挪威特罗姆瑟研究的男性和女性参与者	数字病理	心血管疾病	深度学习算法，心电图分析	深度学习	数字化12导联心电图	7,108名参与者，随访期间观察到155例心肌梗死和141例卒中	NA	NA	C-index, 净重分类改善	NA
408	2025-10-06	Disturbance-Aware On-Chip Training with Mitigation Schemes for Massively Parallel Computing in Analog Deep Learning Accelerator 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417635 PMID:40390534	研究论文	本研究针对模拟内存计算中并行权重更新时的干扰问题，提出了干扰感知的片上训练方法和三种缓解方案	首次基于氧化物半导体和电容的6T1C突触器件精确识别和量化干扰效应，并提出简单操作方案来缓解这些效应	研究主要基于6T1C突触器件，干扰效应随器件缩放而恶化的问题仍需进一步解决	解决模拟深度学习加速器中大规模并行计算的干扰问题，提高片上训练性能	6T1C突触器件和卷积神经网络	机器学习	NA	模拟内存计算	CNN	图像数据	CIFAR-10数据集	NA	卷积神经网络	准确率	模拟深度学习加速器
409	2025-10-06	DeepCCDS: Interpretable Deep Learning Framework for Predicting Cancer Cell Drug Sensitivity through Characterizing Cancer Driver Signals 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416958 PMID:40397390	研究论文	提出一种通过表征癌症驱动信号预测癌细胞药物敏感性的可解释深度学习框架DeepCCDS	整合先验知识网络表征癌症驱动信号，增强模型预测性能和可解释性	未明确说明模型在特定癌症类型或药物类别上的局限性	精确预测癌细胞系药物敏感性以实现精准肿瘤学	癌细胞系和TCGA实体瘤样本	机器学习	癌症	深度学习	自监督神经网络	遗传标记和先验知识网络	多个数据集（具体数量未说明）	NA	DeepCCDS	预测准确性	NA
410	2025-10-06	Segmentation with artificial intelligence and automated calculation of the corpus callosum index in multiple sclerosis 2025-Jun, Saudi medical journal IF:1.7Q2 DOI:10.15537/smj.2025.46.6.20240957 PMID:40516948	研究论文	本研究使用人工智能技术对多发性硬化症患者进行胼胝体分割并自动计算胼胝体指数	首次将U-Net深度学习架构应用于多发性硬化症患者胼胝体的自动分割和胼胝体指数的自动计算	样本量相对有限（150名患者和150名健康对照），仅使用2D MRI数据进行研究	评估慢性期多发性硬化症患者与健康个体之间胼胝体指数的差异，并验证人工智能技术在胼胝体分割中的应用效果	慢性期多发性硬化症患者和健康对照个体	医学影像分析	多发性硬化症	磁共振成像	深度学习	2D脑部MRI图像	150名多发性硬化症患者（病程12.6±5.9年）和150名健康对照受试者	NA	U-Net	敏感性,特异性,ROC分析,AUC	NA
411	2025-10-06	Deep-Learning-Based Computer-Aided Grading of Cervical Spinal Stenosis from MR Images: Accuracy and Clinical Alignment 2025-Jun-01, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12060604 PMID:40564420	研究论文	本研究应用深度学习卷积神经网络算法对颈椎管狭窄进行分级评估，并评估其与临床医生分级结果及患者临床表现的一致性	首次将多种深度学习模型（分类、目标检测和关键点定位）应用于颈椎管狭窄的自动分级，并与临床医生评估和患者症状进行系统性对比分析	研究为单中心回顾性研究，样本量相对有限（954例），需要多中心前瞻性研究进一步验证	开发基于深度学习的计算机辅助系统，实现颈椎管狭窄的客观、一致和高效分级	954例来自中山大学附属第五医院的颈椎磁共振成像数据和病历记录	计算机视觉	颈椎管狭窄	磁共振成像	CNN	医学图像	954例患者	NA	EfficientNet_B5, 分类模型, 目标检测模型, 关键点定位模型	准确率, Kappa系数, 相关系数	NA
412	2025-10-06	Early prediction of adverse outcomes in liver cirrhosis using a CT-based multimodal deep learning model 2025-Jun-27, Abdominal radiology (New York) DOI:10.1007/s00261-025-05045-0 PMID:40576670	研究论文	开发基于CT的多模态深度学习模型TMF-LCNet用于早期预测肝硬化不良结局	提出融合CT影像、影像组学特征和临床文本的三模态深度学习网络，首次实现多源数据整合的肝硬化预后预测	回顾性研究设计，样本量相对有限（243例患者），仅包含两个医疗中心数据	开发深度学习模型以早期识别肝硬化高风险患者，改善临床管理策略	早期肝硬化患者	医学影像分析	肝硬化	CT影像分析，影像组学特征提取，临床文本分析	深度学习，多模态融合网络	CT图像，影像组学特征，临床文本	243例早期肝硬化患者（训练队列184例，外部测试队列59例）	NA	TMF-LCNet（三模态融合肝硬化网络）	AUC，校准曲线，决策曲线分析	NA
413	2025-10-06	Practical applications of AI in body imaging 2025-Jun-27, Abdominal radiology (New York) DOI:10.1007/s00261-025-05088-3 PMID:40576669	综述	本文综述了截至2024年底美国FDA批准的商业AI算法在腹部盆腔器官及相关疾病评估中的实际应用	系统梳理了FDA批准的商用AI算法在体部成像中的实际应用价值与发展方向	仅涵盖美国市场已获批的商用算法，未包括研究阶段或非商用算法	评估AI在放射学体部成像中的实际应用价值和发展前景	FDA批准的商用AI算法及其在腹部盆腔器官疾病评估中的应用	医学影像分析	腹部盆腔疾病	深度学习	NA	医学影像	NA	NA	NA	NA	NA
414	2025-10-06	Deep learning for classification of aggressive versus non-aggressive central giant cell granuloma using whole-slide histopathology images 2025-Jun-27, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04160-z PMID:40576733	研究论文	本研究使用深度学习算法分析中央性巨细胞肉芽肿的侵袭性与非侵袭性病例的显微图像，以评估其在预测CGCG生物学行为方面的潜力	这是首个基于全切片显微图像使用深度学习模型区分侵袭性与非侵袭性中央性巨细胞肉芽肿的先驱性研究	模型性能不佳，可能由于缺乏特定分割和技术染色问题，需要进一步研究改进预处理方法	评估深度学习算法在预测中央性巨细胞肉芽肿生物学行为方面的潜力	侵袭性与非侵袭性中央性巨细胞肉芽肿病例	数字病理学	中央性巨细胞肉芽肿	H&E染色，全切片扫描	CNN	图像	87例患者（48例侵袭性组，39例非侵袭性组），4272个切片用于训练，100个图像用于测试	NA	ResNet-50	AUC, 敏感度, 特异度	NA
415	2025-10-06	Deep learning predicts onset acceleration of 38 age-associated diseases from blood and body composition biomarkers in the UK Biobank 2025-Jun-27, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01702-w PMID:40576910	研究论文	本研究开发了一种神经网络Cox模型，用于预测38种年龄相关疾病的发病加速风险	首次利用疾病诊断的相对发病加速关联来表征疾病模式，并识别高风险群体的加速疾病发展	研究基于UK Biobank数据，可能受到数据来源的限制	预测年龄相关疾病的发病加速风险，理解疾病共现模式	UK Biobank中的60,396名个体	机器学习	老年疾病	生存分析	神经网络Cox模型	人口统计学、人体测量、影像学和血液生物标志物数据	60,396名个体，218,530个结局事件	NA	OnsetNet	Harrell's concordance index (C-index), Kaplan-Meier曲线, log-rank检验, Schoenfeld残差	NA
416	2025-10-06	Catheter detection and segmentation in X-ray images via multi-task learning 2025-Jun-27, International journal of computer assisted radiology and surgery IF:2.3Q2 DOI:10.1007/s11548-025-03461-7 PMID:40576920	研究论文	提出一种基于多任务学习的卷积神经网络模型，用于X射线图像中导管检测与分割	提出多级动态资源优先级方法，动态调整训练过程中的样本和任务权重，优先处理更具挑战性的任务	NA	开发实时准确的手术器械检测与分割方法，增强微创心脏手术中的图像引导	X射线荧光图像中的导管和电极	计算机视觉	心血管疾病	X射线成像	CNN	图像	NA	NA	ResNet	平均J指数, 平均精度, IoU	NA
417	2025-10-06	Cluster-based human-in-the-loop strategy for improving machine learning-based circulating tumor cell detection in liquid biopsy 2025-Jun-13, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2025.101285 PMID:40575126	研究论文	提出一种基于聚类的人机协同策略，用于改进液体活检中循环肿瘤细胞的机器学习检测方法	结合自监督深度学习与传统ML分类器，通过潜在空间高不确定性聚类的靶向采样策略，实现人机协同迭代优化	仅在转移性乳腺癌患者数据上验证，未涉及其他癌症类型	改进液体活检中循环肿瘤细胞的检测效率和准确性	转移性癌症患者血液样本中的循环肿瘤细胞和非循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	液体活检	深度学习, 传统机器学习分类器	图像	转移性乳腺癌患者血液样本	NA	自监督深度学习	分类性能	NA
418	2025-10-06	Discovering the nuclear localization signal universe through a deep learning model with interpretable attention units 2025-Jun-13, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2025.101262 PMID:40575124	研究论文	开发了一种可解释的核定位信号预测方法NLSExplorer，通过深度学习模型探索核定位信号宇宙	利用蛋白质语言模型提取的核特异性位点信息辅助NLS检测，在基准数据集上F1分数比现有方法提高超过10%	NA	开发可解释的核定位信号预测工具并探索核定位信号宇宙	核定位信号和核转运片段	生物信息学	NA	深度学习，蛋白质语言模型	深度学习模型，注意力机制	蛋白质序列数据	Swiss-Prot数据库中的核定位蛋白质，涵盖416个物种	NA	具有可解释注意力单元的深度学习模型	F1分数	NA
419	2025-10-06	Development and validation of a combined clinical and MRI-based biomarker model to differentiate mild cognitive impairment from mild Alzheimer's disease 2025-Jun, PCN reports : psychiatry and clinical neurosciences DOI:10.1002/pcn5.70134 PMID:40575445	研究论文	开发并验证结合临床和MRI生物标志物的模型，用于区分轻度认知障碍和轻度阿尔茨海默病	首次结合临床特征和易于测量的神经影像标记构建诊断模型，无需复杂深度学习即可实现高精度区分	样本量有限（161名参与者）且仅进行内部验证，缺乏外部验证	开发能够区分轻度阿尔茨海默病和轻度认知障碍的诊断模型	阿尔茨海默病患者、轻度认知障碍患者和健康对照者	医学影像分析	阿尔茨海默病	MRI神经影像分析	逻辑回归	临床数据和MRI影像数据	161名参与者（30名对照，71名轻度AD，60名MCI）	NA	逻辑回归	AUC, 校准曲线, 决策曲线分析	NA
420	2025-10-06	UK-YOLOv10: Deep Learning-Based Detection of Surgical Instruments 2025-Jun, The international journal of medical robotics + computer assisted surgery : MRCAS DOI:10.1002/rcs.70083 PMID:40576152	研究论文	提出UK-YOLOv10深度学习框架用于手术器械检测	集成统一融合注意力模块(UFAM)增强多尺度特征表示，并使用C2fKAN模块通过KAN卷积提高分类精度和训练速度	NA	提高手术器械检测的准确性和实时性能	手术器械	计算机视觉	NA	深度学习	YOLO	图像	M2CAI16-Tool-Locations数据集和COCO2017数据集	NA	UK-YOLOv10, YOLOv10	检测准确率, mAP@0.5, mAP@0.5:0.95	NA