深度学习在生物医药领域的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	算法框架	模型架构	性能指标	计算资源
801	2026-05-26	Treemble: a graphical tool to generate Newick strings from phylogenetic tree images 2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btag197 PMID:42018742	研究论文	Treemble是一款从系统发育树图像生成Newick字符串的图形工具	结合深度学习节点检测与用户点击交互，实现从树图到Newick格式的半自动化转换，支持矩形和圆形树	NA	开发能从系统发育树图像自动生成机器可读Newick字符串的工具	系统发育树图像	机器学学	NA	深度学习	CNN	图像	NA	PyTorch	NA	NA	NA
802	2026-05-26	AI-Based Models for Risk Prediction in MASLD: A Systematic Review 2026-May, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-09499-6 PMID:41231418	综述	系统评估基于AI的模型在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）风险预测与患者分层中的效果	首次系统综述AI模型在MASLD风险预测中的应用，填补了识别临床显著疾病（如≥F2纤维化、MASH）风险患者的文献空白	数据多样性不足以及模型可解释性有限	评估AI预测模型在MASLD患者风险分层和临床管理中的效能	MASLD患者及AI预测模型	机器学习	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	NA	机器学习与深度学习模型	临床特征数据（年龄、BMI、肝酶等）和多模态数据（临床+弹性成像/影像）	26项研究（2014-2025年），来自欧洲、美国、亚洲和南美洲	NA	NA	AUROC	NA
803	2025-12-25	Correction: Addressing fractures that are hard to diagnose on imaging: Radiomics or deep learning? 2026-May, La Radiologia medica DOI:10.1007/s11547-025-02151-3 PMID:41441965	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
804	2026-05-26	Construction of a classification model for liver fibrosis in MAFLD based on multiparametric MRI radiomics and machine learning: A rat study 2026-May, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.70476 PMID:42178484	研究论文	基于多参数MRI影像组学和机器学习构建MAFLD肝纤维化分类模型的大鼠研究	首次在大鼠模型中整合多参数MRI影像组学特征与多种机器学习算法（包括逻辑回归、决策树、支持向量机、随机森林、LightGBM和AdaBoost）来构建肝纤维化分期分类模型，并采用混合模型结合深度学习和常规特征，通过SHAP分析增强模型可解释性	研究基于大鼠模型，结论在人类患者中的验证仍需进一步研究	开发并验证基于多参数MRI影像组学和机器学习的肝纤维化严重程度分期分类模型	160只雄性Sprague-Dawley大鼠的肝纤维化不同严重程度分期，包括健康对照组	机器学习	代谢功能障碍相关脂肪肝病肝纤维化	多参数MRI（T2压脂序列和IDEAL-IQ序列）影像组学	逻辑回归、决策树、支持向量机、随机森林、LightGBM、AdaBoost、CNN	MRI影像	160只雄性Sprague-Dawley大鼠	NA	逻辑回归、决策树、支持向量机、随机森林、LightGBM、AdaBoost、CNN	AUC、决策曲线分析、净重新分类改善、校准曲线、准确率	NA
805	2026-05-26	Validation of a deep learning model for bone fragility detection from conventional radiographs: an international cohort study 2026-May, EClinicalMedicine IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.eclinm.2026.103974 PMID:42180399	research paper	验证了一种基于深度学习模型从常规X光片中检测骨脆性的方法，该模型结合骨密度和骨小梁评分，在国际多中心队列中进行了性能评估	首次将骨小梁评分与骨密度结合用于骨脆性评估，直接从标准X光片中识别高风险骨折个体，并在多民族人群中进行外部验证	高特异性对应较低敏感性，可能遗漏部分真阳性病例；样本性别分布不均，且部分参与者已有骨密度评估，未来需在更平衡的队列和没有金标准检查的人群中验证	评估一种基于人工智能的工具从标准X光片中直接估计骨脆性，以识别骨折风险最高的个体	来自欧洲和美国五个临床中心的成年患者(≥20岁)的18858对常规X光片和腰椎双能X线吸收法扫描	machine learning	骨质疏松症	X光片	深度学习模型	图像	18858对图像(来自11138名参与者)，分为训练组(n=10692)、内部验证组和外部验证组(n=7079)	NA	NA	准确率、敏感性、特异性、AUC、精确度	NA
806	2026-05-26	DeepICER: A deep learning framework for predicting compound-induced gene expression profiles 2026-May, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2026.01.046 PMID:42180546	研究论文	提出一个深度学习框架DeepICER，用于预测化合物诱导的基因表达谱	利用双线性注意力机制捕获剂量、持续时间与基础基因表达之间的相互作用，首次实现任意剂量和持续时间下基因表达谱的精确预测	未明确讨论模型对复杂生物环境的泛化能力及计算资源需求	开发可预测药物诱导基因表达谱的深度学习模型，以促进药物重定位和加速药物发现	化合物、基因表达谱、细胞系（A549细胞）	机器学习	肺癌	NA	双线性注意力机制神经网络	基因表达数据	NA	NA	DeepICER（双线性注意力机制）	预测性能提升45.1%	NA
807	2026-05-25	Phenotype discovery and mortality prediction in sepsis-induced myocardial dysfunction: a deep learning and stratified modeling approach 2026-May-23, BMC medical informatics and decision making IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s12911-026-03575-1 PMID:42177490	研究论文	利用无监督深度学习识别脓毒症诱导心肌功能障碍（SIMD）的临床表型，并基于表型分层构建最优短期生存预测模型	首次结合自编码器、UMAP和K-means聚类发现SIMD的三个不同预后表型，并通过表型特异性建模显著提升了死亡率预测性能	研究基于MIMIC-III和MIMIC-IV回顾性数据库，可能存在选择偏倚；表型发现未在前瞻性队列中验证	识别SIMD的临床表型并开发基于表型分层的短期生存预测模型	MIMIC-III和MIMIC-IV数据库中脓毒症诱导心肌功能障碍患者	机器学习	脓毒症诱导心肌功能障碍	NA	自编码器、XGBoost	临床数据	来自MIMIC-III和MIMIC-IV的SIMD患者队列（具体数量未提及）	PyTorch	自编码器、UMAP、K-means、XGBoost	AUC、PR-AUC	NA
808	2026-05-25	Automated measurement of the minimum macular hole diameter based on optical coherence tomography images 2026-May-23, BMC ophthalmology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12886-026-04931-5 PMID:42177481	研究论文	提出一种基于光学相干断层扫描图像的黄斑裂孔最小直径自动测量方法	设计包含图像预处理、边缘提取和自动测量三子任务的自动化流程，通过黄斑裂孔数据集裁剪和双边轮廓定位算法提升测量准确性与效率	深度学习方法在泛化能力上存在局限，且当前方法在低对比度图像中的表现有待验证	提高黄斑裂孔最小直径测量的自动化程度和准确性，辅助眼科诊断与治疗评估	公共OCT图像中的黄斑裂孔区域	计算机视觉	眼科疾病	光学相干断层扫描	NA	图像	公共数据集中的黄斑裂孔OCT图像	OpenCV	形态学操作与边缘检测算法	平均距离误差, 相对距离误差	NA
809	2026-05-25	Cerebrospinal fluid volume outperforms traditional measures for predicting treatment failure in infant hydrocephalus 2026-May-23, Fluids and barriers of the CNS IF:5.9Q1 DOI:10.1186/s12987-026-00819-0 PMID:42177495	研究论文	探讨术前脑脊液体积测量在预测婴儿脑积水内镜下第三脑室造瘘术联合脉络丛烧灼术后是否需要分流依赖中的价值	首次证明术前脑脊液体积及其与颅内体积的比值（通过深度学习分割方法测量）优于传统线性测量指标，能独立预测婴儿脑积水ETV/CPC术后的分流依赖风险	NA	评估术前脑脊液体积测量是否独立预测婴儿脑积水ETV/CPC术后分流依赖	2008年至2024年期间接受ETV/CPC作为初始治疗的婴儿脑积水患者	机器学习	婴儿脑积水	MRI	深度学习分割模型	医学影像	188名婴儿（中位手术年龄60天，42.5%为女性）	NA	NA	风险比（HR）、95%置信区间（CI）、p值	NA
810	2026-05-25	The development and application of deep learning for stem cell research 2026-May-22, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2026.05.008 PMID:42176802	review	综述深度学习在干细胞研究中的最新进展，包括生物影像数据分析和大规模基因组学数据探索	系统总结了深度学习在干细胞生物影像与基因组学数据分析中的创新应用，并指出当前模型的局限性与挑战	现有深度学习模型在干细胞研究中的应用仍面临数据可解释性、模型泛化能力及计算资源需求等挑战	阐述深度学习如何推动干细胞研究的策略革新并提供技术优势	干细胞领域的生物影像数据和大规模基因组学数据	机器学习	NA	NA	深度学习模型	生物影像, 基因组数据	NA	NA	NA	NA	NA
811	2026-05-25	Smartphone movement data can reliably predict smoking lapses and cravings to enable timely smoking cessation support 2026-05-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-026-49611-y PMID:42168340	研究论文	利用智能手机被动收集的运动数据，通过深度学习模型预测吸烟行为，为戒烟提供即时支持	首次证明智能手机传感器（加速度计、陀螺仪和磁力计）被动收集的运动数据可用于预测吸烟行为，且无需个人数据即可实现高精度预测	未提及具体局限性	开发基于运动数据的吸烟行为预测方法，以支持戒烟干预	吸烟者的智能手机运动数据及吸烟行为（包括渴望、复发）	机器学习	吸烟成瘾	智能手机传感器（加速计、陀螺仪、磁力计）	1D-CNN-BiLSTM	运动数据（传感器信号）	NA	NA	1D-CNN-BiLSTM	准确率（accuracy）	NA
812	2026-05-25	Machine learning and artificial intelligence in liquid biopsy-based early detection of pancreatic cancer: a scoping review 2026-May-21, BJC reports DOI:10.1038/s44276-026-00232-y PMID:42168331	综述	探讨人工智能和机器学习在基于液体活检的胰腺癌早期检测中的应用现状	系统综述了AI/ML策略在液体活检中用于胰腺导管腺癌早期诊断的最新进展，重点分析了不同技术及其成功程度	缺乏模型性能指标的标准化报告，以及队列规模小且标签粒度不够精细	综述人工智能驱动的液体活检在胰腺癌早期诊断中的应用	胰腺导管腺癌	机器学习	胰腺癌	液体活检	随机森林, 支持向量机, 深度学习	生物样本数据	18项研究	NA	随机森林, 支持向量机	NA	NA
813	2026-05-25	Half-dose contrast media protocol using 70 kVp abdominal dynamic CT with super-resolution deep learning reconstruction: Evaluation of image quality and contrast performance 2026-May-20, European journal of radiology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ejrad.2026.112959 PMID:42176557	研究论文	评估使用超分辨率深度学习重建（SR-DLR）的70 kVp腹部动态CT在减少碘对比剂（CM）用量情况下的对比增强和图像质量	首次在70 kVp腹部动态CT中结合超分辨率深度学习重建（SR-DLR），实现对比剂用量减半并保持肝脏增强和整体图像质量	未明确说明局限性	评估减少碘对比剂用量的70 kVp腹部动态CT结合SR-DLR的图像质量和对比性能	600名接受腹部动态CT的患者，按肾功能分组，最终分析包括70 kVp-300 mgI/kg（n=24）、70 kVp-400 mgI/kg（n=48）和100 kVp-600 mgI/kg（n=48）	计算机视觉	NA	CT	超分辨率深度学习重建（SR-DLR）	图像	600名患者（最终分析120名）	NA	超分辨率深度学习重建网络（SR-DLR）	对比增强、对比噪声比（CNR）、信噪比（SNR）	NA
814	2026-05-25	NeuraMFs: A deep learning model for airborne microfiber identification in plant biomonitors 2026-May-19, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2026.142410 PMID:42176626	研究论文	提出基于级联R-CNN和ResNet-101的深度学习模型NeuraMFs，用于植物生物监测器中空气微纤维的识别和分类	首次将两阶段级联R-CNN架构结合ResNet-101骨干网络应用于植物生物监测器中空气微纤维的自动识别和分类，并构建了多提取协议、高分辨率立体显微镜图像数据集	未提及模型在真实环境大规模部署时的泛化能力和计算资源需求，以及不同类型纤维的区分精细度	开发快速、可扩展的空气微纤维自动识别工具，支持大规模环境暴露和风险评估	苔藓、地衣和维管植物中的空气微纤维（合成和工业改性纤维素纤维）	计算机视觉, 数字病理学	NA	立体显微镜成像	CNN	图像	测试集中110个微纤维样本	PyTorch	Cascade R-CNN, ResNet-101	AUC, 准确率	NA
815	2026-05-25	Artificial intelligence-enhanced ultrasound multimodal imaging and tissue characterization for predicting immunotherapy efficacy in rectal cancer 2026-May-14, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2026.103613 PMID:42176680	综述	综合评述人工智能增强超声多模态成像在预测直肠癌免疫治疗疗效中的应用	系统整合免疫生物学-超声-人工智能的跨学科框架，提出可解释人工智能、联邦学习、可穿戴超声贴片和多模态放射基因组学等未来方向	操作者间差异、设备异质性导致跨平台性能下降、超声-放射基因组学整合有限以及临床转化尚处于初期	评估人工智能增强超声多模态成像在预测直肠癌免疫治疗疗效中的现状与未来方向	直肠癌患者的肿瘤微环境动态变化及其免疫治疗反应	机器学习	直肠癌	多模态超声成像（包括腔内超声、超声造影、剪切波弹性成像、多普勒超声、光声成像）	深度学习、放射组学	图像	NA	NA	NA	诊断准确性	NA
816	2026-05-25	Multimodal Prediction of Periodontitis Using Root Exposure in Intraoral Images and Age 2026-May-12, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2026.109617 PMID:42119243	研究论文	开发基于口腔照片的根暴露量量化深度学习流程，并结合年龄构建多模态牙周炎预测模型	首次利用YOLOv11分割模型从口腔照片中量化牙根暴露面积，并提取暴露根比（ERR）作为可解释性生物标志物，结合年龄等传统风险因素提升牙周炎预测性能	样本量较小（269名参与者），仅聚焦下颌前牙区，且未涉及其他潜在风险因素	评估基于AI的根暴露量化指标在牙周炎多模态风险预测中的价值	下颌前牙区口腔照片及参与者年龄、自报数据	计算机视觉, 机器学习	牙周炎	口腔摄影	YOLOv11分割模型, 逻辑回归, 支持向量机, 随机森林, 梯度提升	图像, 表格数据	269名参与者	PyTorch, Scikit-learn	YOLOv11	平均精度均值 (mAP@0.5), Dice系数, AUROC	NA
817	2026-05-25	Comprehensive evaluation of cross cancer generalization in histopathology segmentation models across 21 tumor types 2026-May-05, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-026-01601-x PMID:42086725	研究论文	评估五种组织分割模型在21种癌症类型中的跨肿瘤泛化能力	系统评估了跨癌症分割模型的泛化性能，提出泛癌分割模型的可行性	基于半定量评分（0-10）可能引入主观偏差，且仅评估了五种组织来源的模型	探索已有分割模型在不同癌症类型间的泛化能力，减少开发特定癌症模型的需求	来自TCGA的21种癌症类型的7700+张全切片图像	数字病理学	多种癌症（肺癌、乳腺癌、结肠癌、肾癌、前列腺癌等21种）	组织病理学图像分析	分割模型（具体架构未明确）	图像（全切片图像）	21种癌症类型，总计超过7700张全切片图像	NA	NA	半定量评分（0-10）	NA
818	2026-05-25	Learning with less: A survey of deep learning in medical imaging under varying supervision levels 2026-05, Artificial intelligence in medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.artmed.2026.103375 PMID:41702310	综述	系统综述了医学图像分析中在不同监督水平下的深度学习方法	根据不同监督水平对方法进行系统分类，包括无监督、不精确监督、不完整监督、不准确监督和有限监督，并进一步细分子类别	未明确讨论不同监督方法的局限性及实际应用中的挑战	总结不同监督水平下深度学习方法在医学图像分析中的应用，并探索未来研究方向	医学图像分析中的深度学习模型	计算机视觉	不适用	不适用	不适用	医学图像	不适用	不适用	不适用	不适用	不适用
819	2026-05-25	A Character-level Convolutional Recurrent Interaction Network for joint traditional Chinese medicine clinical named entity recognition and relation extraction 2026-05, Artificial intelligence in medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.artmed.2026.103372 PMID:41707487	研究论文	提出一种字符级卷积循环交互网络，用于中医电子病历的命名实体识别和关系联合抽取	首次将中医四诊维度作为关系类型融入联合抽取框架，并利用字符级卷积和自注意机制捕获古汉语语义特征	未明确讨论模型在低资源场景下的泛化能力或对中医古籍文本的适用性	实现中医电子病历中实体与四诊维度关系的联合识别与抽取	中医电子病历中的临床实体（部位、症状属性）及其与四诊维度的关联关系	自然语言处理	NA	NA	卷积循环交互网络	文本	NYT数据集和TCM-cases数据集（具体样本量未提及）	NA	CCRIN（字符级卷积循环交互网络）	NA	NA
820	2026-05-24	Convolutional Neural Networks in Radiology: Principles, Clinical Applications, and a Practical Framework for Radiologists 2026-May-22, Medical principles and practice : international journal of the Kuwait University, Health Science Centre IF:2.9Q1 DOI:10.1159/000552704 PMID:42172171	综述	提供卷积神经网络在放射学中的原理、临床应用和实践框架的教育性综述	将卷积神经网络与语言模型结合，为放射科医生提供从原理到代码原型制作的全面指导	未包含实验性研究结果，依赖现有文献总结，缺乏最新临床验证数据	帮助放射科医生理解卷积神经网络的原理、潜力和局限性	放射学领域中的卷积神经网络应用	数字病理学	NA	NA	卷积神经网络	图像	NA	NA	卷积神经网络	NA	NA