深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21661	2024-08-05	PractiCPP: a deep learning approach tailored for extremely imbalanced datasets in cell-penetrating peptide prediction 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae058 PMID:38305405	研究论文	介绍了一种针对高度不平衡数据情景的细胞穿透肽预测的深度学习框架PractiCPP	PractiCPP通过集成硬负样本抽样和复杂的特征提取与预测模块，专门为不平衡数据设计，显著提升了CPP的预测准确性	当前研究主要关注高不平衡的数据情景，未覆盖其他数据分布情况	提升细胞穿透肽的预测准确性以支持药物递送系统的改进	细胞穿透肽的识别与特征化	机器学习	NA	深度学习	NA	NA	有极高正负比（1:1000）的数据集
21662	2024-08-05	The analysis of the internet of things database query and optimization using deep learning network model 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306291 PMID:38941309	研究论文	本研究探讨深度学习网络模型在物联网数据库查询和优化中的应用效果	本文通过优化策略提升了深度学习网络模型的效率，验证了优化模型在训练和参数优化阶段的优势	研究可能未考虑所有类型的数据库查询和系统架构	本研究旨在探讨深度学习技术在物联网数据处理中的应用	研究对象为物联网数据库及其查询和优化策略	深度学习	NA	深度学习网络模型	优化深度学习模型	数据请求	2000个数据量及以上
21663	2024-08-05	Deep learning-based differentiation of peripheral high-flow and low-flow vascular malformations in T2-weighted short tau inversion recovery MRI 2024, Clinical hemorheology and microcirculation IF:2.1Q3 DOI:10.3233/CH-232071 PMID:38306026	研究论文	本文评估了一种卷积神经网络（CNN）在T2加权短tau反转恢复MRI中区分周边高流量和低流量血管畸形的表现	使用CNN在血管畸形的诊断中，与专家放射科医师的表现相当，且对于初级放射科医师的辅助效果有限	该研究为单中心研究，样本量可能限制结果的广泛适用性	评估CNN在区分高流量和低流量血管畸形中的效果	527个MRI图像，其中386个为低流量血管畸形，141个为高流量血管畸形	计算机视觉	NA	MRI	CNN	图像	527个MRI图像
21664	2024-08-05	A CNN-CBAM-BIGRU model for protein function prediction 2024-Jan-01, Statistical applications in genetics and molecular biology IF:0.8Q3 DOI:10.1515/sagmb-2024-0004 PMID:38943434	研究论文	提出了一种新的CNN-CBAM-BiGRU模型用于蛋白质功能预测	将卷积块注意力模块与双向GRU结合，提高了对蛋白质数据中信息部分的关注	NA	研究利用深度学习模型进行蛋白质功能预测的有效性	蛋白质序列数据	计算机视觉	NA	深度学习	CNN-CBAM-BiGRU	蛋白质序列	人类和酵母数据集
21665	2024-08-05	Toward next-generation endoscopes integrating biomimetic video systems, nonlinear optical microscopy, and deep learning 2023-Jun, Biophysics reviews IF:2.9Q2 DOI:10.1063/5.0133027 PMID:38510341	研究论文	本文审查了三种新兴技术在下一代内镜系统中的潜在应用，以提高胃肠道癌症的诊断能力	提出了结合仿生视频系统、非线性光学显微镜和深度学习的内镜新配置，能够更有效地检测和确认可疑病变	在将这些技术应用于下一代内镜时面临诸多挑战	提高胃肠道癌症的早期检测和诊断效率	主要关注胃癌的内镜诊断技术进展	计算机视觉	癌症	非线性光学显微镜、深度学习	NA	NA	NA
21666	2024-08-05	Exploring the Link Between Brain Waves and Sleep Patterns with Deep Learning Manifold Alignment 2023, The 4th Joint International Conference on Deep Learning, Big Data and Blockchain (DBB 2023). Joint International Conference on Deep Learning, Big Data and Blockchain (4th : 2023 : Marrakech, Morocco ; Online) DOI:10.1007/978-3-031-42317-8_7 PMID:38939181	研究论文	本文探讨了脑电波与睡眠模式之间的关系，采用了深度学习流形对齐的新方法	创新点在于使用深度学习流形对齐方法来探索睡眠结构与EEG特征之间的关系	本文未提及研究的具体限制	研究睡眠架构与脑电图（EEG）特征之间的关系	多模态多睡眠监测数据集，包括PSG、ECG和EEG	机器学习	NA	深度学习流形对齐	NA	多模态数据，包括文本、图像和音频	NA
21667	2024-08-07	Depth resolved pencil beam radiography using AI - a proof of principle study 2022-Jun, Journal of instrumentation : an IOP and SISSA journal IF:1.3Q3 DOI:10.1088/1748-0221/17/06/p06012 PMID:38938475	研究论文	本研究探讨了利用现代辐射源和探测器结合深度学习技术，通过散射光子信息在平面X射线成像中解析叠加衰减器的可能性	首次证明深度学习技术可以分析散射光子模式，从而在传统2D平面设置中推断深度信息	研究受限于简单的测试场景，未涉及复杂性或优化，且临床应用的性能扩展尚未探索	验证深度学习技术在解析平面X射线成像中叠加衰减器深度的原理	使用散射光子信息解析平面X射线成像中的叠加衰减器	计算机视觉	NA	X射线成像	卷积神经网络	图像	10个伪随机堆叠的空气/骨骼/水材料模型
21668	2024-08-05	Phase division and recognition of crystal HRTEM images based on machine learning and deep learning 2024-Sep, Micron (Oxford, England : 1993) DOI:10.1016/j.micron.2024.103665 PMID:38850965	研究论文	本研究提出了一种结合机器学习和深度学习的方法，自动划分晶体HRTEM图像中的相区域	创新点在于使用滑动窗口计算快速傅里叶变换(FFT)的幅度谱，并结合主成分分析和非负矩阵分解实现相的自动识别	本研究可能在处理某些复杂材料的HRTEM图像时存在局限性	研究目标是在HRTEM图像中实现高效的相分割和识别	研究对象包括锆和氧纳米颗粒的HRTEM图像	机器学习	NA	快速傅里叶变换(FFT)	深度学习	图像	锆和氧纳米颗粒HRTEM图像的实验
21669	2024-08-05	Machine learning methods for genomic prediction of cow behavioral traits measured by automatic milking systems in North American Holstein cattle 2024-Jul, Journal of dairy science IF:3.7Q2 DOI:10.3168/jds.2023-24082 PMID:38395400	研究论文	本文旨在比较传统基因组预测方法与深度学习算法在自动挤奶系统中对北美荷斯坦奶牛行为特征的基因组预测性能	研究了深度学习算法在奶牛行为特征的基因组预测中相较于传统方法的表现，提供了对预测精度的新见解	深度学习方法的计算需求较高，且在未基因分型个体上的预测能力有限	提高复杂性状如奶牛行为的基因组预测精度	北美荷斯坦奶牛的挤奶拒绝和挤奶失败	机器学习	NA	自动挤奶系统	LASSO, MLP, CNN, GBLUP	每日记录	4,511头基因分型的荷斯坦奶牛，总计1,993,509条记录
21670	2024-08-05	Explainable AI based automated segmentation and multi-stage classification of gastroesophageal reflux using machine learning techniques 2024-Jun-28, Biomedical physics & engineering express IF:1.3Q3 DOI:10.1088/2057-1976/ad5a14 PMID:38901416	研究论文	本研究提出了一种基于可解释人工智能的自动分割和多阶段分类系统，用于胃食管反流疾病的诊断	提出了一个专门为胃肠道疾病诊断而设计的系统，结合目标检测和深度学习分割技术	未提及研究的局限性	旨在开发自动化工具以快速和准确地诊断胃食管反流疾病	关注于胃食管反流疾病患者的医学图像	计算机视觉	胃食管反流疾病	Yolov5, Deep LabV3+	自定义深度神经网络	图像	NA
21671	2024-08-05	A novel radiomics approach for predicting TACE outcomes in hepatocellular carcinoma patients using deep learning for multi-organ segmentation 2024-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65630-z PMID:38926517	研究论文	本研究提出了一种新的放射组学方法，利用深度学习进行多脏器分割，以预测肝细胞癌患者的TACE治疗结果	本研究采用全自动的、预训练的深度学习模型，从多个感兴趣的脏器体积中提取放射组学特征，克服了传统模型手动分割的限制	本研究的局限性在于未能考虑所有可能影响TACE结果的临床因素	本研究旨在开发一种新的方法来预测肝细胞癌患者的TACE治疗结果	研究对象为252名接受TACE治疗的肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	深度学习	随机生存森林模型	CT图像	252名肝细胞癌患者
21672	2024-08-05	CT imaging-derived phenotypes for abdominal muscle and their association with age and sex in a medical biobank 2024-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-64603-6 PMID:38926479	研究论文	本研究探讨了通过CT成像获得的腹部肌肉表型及其与年龄和性别的关联	开发了一种全自动的技术来评估腹部肌肉IDP，并展示了与年龄和性别的差异，提供了个体肌肉的3D分割	本研究仅限于回顾性分析，样本选择和数据集的多样性可能影响结果的普遍适用性	研究腹部肌肉质量变化与年龄和性别的关系	利用医学生物库中不同人种的参与者的CT扫描数据进行分析	影像学	肌肉衰减症	CT扫描	深度残差U-Net	影像	110个CT研究，此外还有295个研究用于模型性能评估
21673	2024-08-05	Imputation of label-free quantitative mass spectrometry-based proteomics data using self-supervised deep learning 2024-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48711-5 PMID:38926340	研究论文	本研究展示了如何使用自监督深度学习模型对缺失的质谱数据进行填充	创新点在于应用协同过滤、去噪自编码器和变分自编码器填充缺失数据，并结合深度学习方法进行分析	研究的限制在于仅在特定的酒精相关肝病队列中进行了验证，可能无法推广到其他类型的数据	研究的目的是改善质谱数据中的缺失值填充方法，以提高其分析的可靠性	研究对象是358名具有血浆蛋白组数据的酒精相关肝病个体	数字病理学	肝脏疾病	质谱	变分自编码器	蛋白组数据	358个个体的血浆蛋白组数据
21674	2024-08-05	Deep learning image reconstruction generates thinner slice iodine maps with improved image quality to increase diagnostic acceptance and lesion conspicuity: a prospective study on abdominal dual-energy CT 2024-Jun-26, BMC medical imaging IF:2.9Q2 DOI:10.1186/s12880-024-01334-0 PMID:38926711	研究论文	本文评估了深度学习图像重建在腹部双能CT中生成更薄切片碘图的图像质量和诊断接受度的提高	首次在腹部双能CT中应用深度学习图像重建技术以生成更薄的碘地图，并显著提高图像质量和诊断接受度	研究仅针对腹部双能CT的特定样本，结果的普遍适用性可能受到限制	研究深度学习图像重建在改善腹部双能CT图像质量和诊断接受度方面的作用	104名参与者和136个病变被纳入前瞻性研究	数字病理学	NA	深度学习图像重建	NA	图像	104名参与者和136个病变
21675	2024-08-05	Prediction of CO2 solubility in Ionic liquids for CO2 capture using deep learning models 2024-Jun-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65499-y PMID:38926595	研究论文	本研究探讨了使用深度学习模型对离子液体中二氧化碳溶解度的预测	提出了一种深度神经网络模型来预测离子液体中的二氧化碳溶解度，并进行全球灵敏度分析	未提及具体的模型限度或数据集的局限性	优化二氧化碳捕集过程中的离子液体使用	研究了164种不同温度和压力条件下的离子液体中的二氧化碳溶解度	机器学习	NA	深度学习	人工神经网络(ANN)和长短期记忆网络(LSTM)	数据	10,116个二氧化碳溶解度数据
21676	2024-08-05	Exploring the effect of domain-specific transfer learning for thyroid nodule classification 2024-Jun-26, Journal of the American College of Radiology : JACR IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.jacr.2024.06.011 PMID:38942163	研究论文	本文探讨了专域转移学习对甲状腺结节分类的影响	展示了RadImageNet作为甲状腺结节分类中的特域转移学习数据源的潜力	对模型在其他类型影像中的适用性缺乏验证	研究如何通过转移学习提高甲状腺结节分类模型的性能	对822例甲状腺结节的超声图像进行分析	计算机视觉	甲状腺疾病	深度学习	Resnet-18	图像	822例超声图像
21677	2024-08-05	Securing China's rice harvest: unveiling dominant factors in production using multi-source data and hybrid machine learning models 2024-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-64269-0 PMID:38926368	研究论文	本文分析了影响中国水稻生产的主要因素，利用多源数据和混合机器学习模型进行预测	创新点在于结合气候、遥感、土壤特性和农业统计数据，采用六种人工智能模型及其组合来优化水稻生产预测	未提及样本的时间跨度及数据质量可能影响结果	研究中国水稻生产的安全性及其可持续性	主要研究对象为中国的水稻种植区及其生产影响因素	机器学习	NA	遥感与多源数据集成	随机森林（RF）、极端梯度提升（XGB）、卷积神经网络（CNN）、长短期记忆（LSTM）	综合数据（气候、遥感、土壤特性、农业统计）	2000年至2017年的多源数据
21678	2024-08-05	ROCOv2: Radiology Objects in COntext Version 2, an Updated Multimodal Image Dataset 2024-Jun-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03496-6 PMID:38926396	研究论文	本文介绍了更新版的放射学对象上下文数据集ROCOv2，包括放射图像及其相关的医学概念和说明。	ROCOv2是对2018年发布的ROCO数据集的更新版本，新增了35,705张图像，并提供了经过手动策划的成像模式概念。	数据集的具体使用限制或范围没有在摘要中提及	研究旨在提供医用图像分析所需的多模式数据集。	研究对象为包括放射图像在内的医学图像及其相关说明。	数字病理学	NA	NA	NA	图像	79,789张图像
21679	2024-08-05	Deep learning model integrating cfDNA methylation and fragment size profiles for lung cancer diagnosis 2024-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-63411-2 PMID:38926407	研究论文	本研究开发了一种结合cfDNA甲基化和片段大小特征的深度学习模型来诊断肺癌	创新之处在于将cfDNA甲基化数据与片段大小特征结合，构建深度学习模型，识别肺癌患者与健康个体的甲基化标记	研究主要依赖数据库的数据，可能存在数据集成偏差	本研究的目的是识别肺癌患者的甲基化标记，并开发相应的深度学习诊断模型	研究对象为肺癌患者和健康个体的cfDNA样本	数字病理学	肺癌	甲基化免疫沉淀测序和酶切全基因组甲基化测序	深度学习模型	cfDNA甲基化数据	142个肺癌样本和56个健康样本
21680	2024-08-05	An integrated remote sensing, petrology, and field geology analyses for Neoproterozoic basement rocks in some parts of the southern Egyptian-Nubian Shield 2024-Jun-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-62093-0 PMID:38926393	研究论文	本研究利用深度学习和卷积神经网络（CNN）结合现场地质学首次对埃及南东沙漠的Samadia-Tunduba地区进行地质绘图	首次将CNN算法与地质现场工作结合使用，提高了岩石单元的识别精度	研究区域的 geological maps 之前未能准确匹配区域特征	识别南埃及-努比亚地盾某些地区的不同岩石类型	Neoproterozoic 基底岩石和区域内的不同岩石单元	数字地质学	NA	深度学习，卷积神经网络（CNN）	CNN	图像	NA