深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-18	SaeGraphDTI: drug-target interaction prediction based on sequence attribute extraction and graph neural network 2025-Jul-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06195-0 PMID:40670964	research paper	提出了一种基于序列属性提取和图神经网络的药物-靶标相互作用预测模型SaeGraphDTI	结合序列特征提取器和图神经网络，利用相似性关系补充现有关系网络，从而获得更全面的特征表示	未提及模型在特定类型药物或靶标上的性能差异	提高药物-靶标相互作用（DTI）预测的准确性以缩短药物开发周期和降低成本	药物和靶标序列	machine learning	NA	graph neural network, sequence attribute extraction	GNN	sequence, relational network	四个公共数据集
282	2025-07-18	Harnessing AlphaFold to reveal hERG channel conformational state secrets 2025-Jul-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.104901 PMID:40658102	研究论文	利用AlphaFold揭示hERG通道构象状态的秘密，以提升药物安全筛选和设计更安全的治疗方法	通过精心选择的结构模板引导AlphaFold预测不同的功能状态，揭示了hERG通道的失活机制和增强药物结合的新分子特征	需要进一步实验验证AlphaFold预测的构象状态和药物结合特性	深入理解hERG通道的结构和功能，以提升药物安全筛选和设计更安全的治疗方法	hERG通道（K11.1）的构象状态	计算生物学	心血管疾病	AlphaFold、分子对接、分子动力学模拟	AlphaFold	蛋白质结构数据	NA
283	2025-07-18	Pathological omics prediction of early and advanced colon cancer based on artificial intelligence model 2025-Jul-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03119-5 PMID:40658261	研究论文	本研究开发了一种基于全切片图像的AI模型，用于预测结肠癌的分期	结合病理组学诊断，开发了深度学习模型，相比机器学习模型具有更高的图像识别能力和准确性	外部验证集的AUC较低，模型的泛化能力有待进一步验证	开发AI模型以辅助病理学家进行结肠癌分期诊断	结肠癌患者的病理切片	数字病理学	结肠癌	病理组学分析	深度学习算法	图像	100张病理切片作为训练集，421张来自TCGA数据库的病理切片作为外部验证集
284	2025-07-18	Identification of a 10-species microbial signature of inflammatory bowel disease by machine learning and external validation 2025-Jul-14, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00246-w PMID:40658318	研究论文	通过机器学习和外部验证，识别出10种微生物标志物用于炎症性肠病的诊断	利用XGBoost算法和变量分析，开发了10种微生物标志物的分类模型XGB-IBD10，并在不同人群中验证了其有效性	模型性能在不同人群中的表现可能存在差异，特别是在数据质量较低的情况下	提高炎症性肠病的诊断精确度	炎症性肠病患者	机器学习	炎症性肠病	宏基因组测序和16S测序	XGBoost	微生物组数据	181份粪便样本
285	2025-07-18	A cryptosystem for face recognition based on optical interference and phase truncation theory 2025-Jul-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06990-y PMID:40659666	研究论文	本文提出了一种基于光学干涉和相位截断理论的面部图像加密系统，用于安全传输和存储，并结合深度学习进行面部识别	引入了振幅-相位分离异步加密（APSAE）技术，通过异步加密振幅和相位组件来减少固有漏洞	未提及系统在大规模部署时的实际应用限制	解决面部图像隐私泄露问题，推动安全生物识别系统的发展	面部图像数据	计算机视觉	NA	光学干涉和相位截断理论	深度学习	图像	Labeled Faces in the Wild (LFW)数据集
286	2025-07-18	A novel framework integrating GeoAI and human perceptions to estimate walkability in Wuhan, China 2025-Jul-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09779-1 PMID:40659718	research paper	提出了一种结合GeoAI和人类感知的新框架，用于评估中国武汉的可步行性	开发了Detail-Strengthened High-Resolution Network (DS-HRNet)深度学习模型，在街道场景分割性能上比现有模型提高了15%	当前的可步行性研究受限于传统GIS方法，无法捕捉微观层面的细节和人类感知	评估城市可步行性，以促进身体活动和减少慢性疾病及精神障碍的风险	中国武汉市的街道环境和人类感知	computer vision	慢性疾病和精神障碍	高精度图像分割技术和主观测量	DS-HRNet	image	120名志愿者的问卷数据和113,900张武汉市中心的街景图像
287	2025-07-18	Uncertainty aware domain incremental learning for cross domain depression detection 2025-Jul-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10917-y PMID:40659724	研究论文	提出了一种不确定性感知的领域增量学习框架（UDIL-DD），用于跨领域抑郁症检测	整合了不确定性引导的自适应类别阈值学习（UACTL）和无数据领域对齐（DFDA）模块，解决了数据隐私、领域差异、类别不平衡和模型不确定性等问题	未提及具体样本量或数据隐私保护的具体措施	开发一种可靠的跨领域抑郁症检测方法	文本数据中的抑郁症检测	自然语言处理	抑郁症	深度学习	UDIL-DD（包含UACTL和DFDA模块）	文本	四个基准MDD数据集（CMDC、DIAC-WoZ、MODMA和EATD）
288	2025-07-18	AI-driven smart agriculture using hybrid transformer-CNN for real time disease detection in sustainable farming 2025-Jul-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10537-6 PMID:40659733	研究论文	该研究提出了一种新型深度学习框架AttCM-Alex，用于在具有挑战性的环境条件下增强植物病害的检测和分类	通过结合卷积操作与自注意力机制，AttCM-Alex有效解决了光照强度和图像噪声的变化问题，确保了稳健的性能	研究未提及在更广泛或不同种类的植物病害上的泛化能力	提高植物病害的早期和准确检测，以支持可持续农业和全球粮食安全	植物病害	计算机视觉	植物病害	深度学习	混合Transformer-CNN	图像	NA
289	2025-07-18	AFTG-Net: A Deep Attention-based Fusion Framework of Topological and Gradient Features for Pathological Image Analysis 2025-Jul-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6710077/v1 PMID:40671798	research paper	本研究提出了一种基于注意力机制的深度学习框架AFTG-Net，用于骨骼肌病理图像的分类，结合了几何和拓扑描述符以提高分类准确性	AFTG-Net创新性地结合了拓扑数据分析（TDA）和梯度方向直方图（HOG）特征，采用交叉加权融合方法自适应平衡异构特征的贡献	研究仅针对ALS和I型糖尿病两种疾病进行了验证，未涵盖其他肌肉病理变化	开发一种自动化工具以提高骨骼肌病理图像分析的准确性和效率	WGA染色的骨骼肌组织病理图像（来自野生型和疾病模型）	digital pathology	amyotrophic lateral sclerosis, diabetes	Topological Data Analysis (TDA), Histogram of Oriented Gradients (HOG)	AFTG-Net (attention-based deep learning framework)	image	WGA染色的骨骼肌图像（来自野生型、G93A*SOD1 ALS模型和Akita I型糖尿病模型）
290	2025-07-18	The REgistry of Flow and Perfusion Imaging for Artificial INtelligEnce with PET (REFINE PET): Rationale and Design 2025-Jul-11, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.07.10.25330435 PMID:40672503	研究论文	介绍了一个名为REFINE PET的国际多中心注册表，旨在整合全球医院的PET和CT图像与临床数据，以促进PET/CT MPI在诊断和风险分层中的应用	建立了首个整合PET和CT图像与临床数据的国际多中心注册表REFINE PET，并应用深度学习和定量工具进行数据分析	数据来源仅限于14个站点，未来需要更多站点和患者数据的加入以提高研究的广泛性	推进PET/CT MPI在心血管疾病诊断和风险分层中的应用	35,588名患者及其PET和CT图像数据	数字病理学	心血管疾病	PET, CT, 深度学习	DL	图像, 临床数据	35,588名患者来自14个站点
291	2025-07-18	Deep learning reconstruction enhances bone visualization in zero echo time MRI for cervical spondylosis: A prospective study 2025-Jul-10, European journal of radiology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ejrad.2025.112310 PMID:40669257	研究论文	本研究评估了基于深度学习的重建技术在零回波时间MRI中改善图像质量和减少扫描时间的应用	首次将深度学习重建技术应用于零回波时间MRI，显著提高了图像质量并减少了62%的扫描时间	样本量相对较小（43例患者），且仅针对颈椎病患者进行研究	评估深度学习重建技术在零回波时间MRI中的应用效果	43例术前颈椎病患者	医学影像分析	颈椎病	零回波时间MRI（ZTE MRI）	深度学习重建（DLR）	MRI图像	43例术前颈椎病患者
292	2025-07-18	Deep learning for predicting myopia severity classification method 2025-Jul-09, Biomedical engineering online IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12938-025-01416-2 PMID:40634962	研究论文	本文提出了一种结合深度可分离卷积和动态卷积优势的深度学习模型X-ENet，用于分类不同严重程度的近视	结合深度可分离卷积和动态卷积，实现轻量化处理并提高分类准确率	NA	提高近视筛查效率	眼底图像	计算机视觉	近视	深度学习	X-ENet（结合深度可分离卷积和动态卷积）	图像	NA
293	2025-07-18	Circulating tumor cell detection in cancer patients using in-flow deep learning holography 2025-Jul-09, ArXiv PMID:40671945	研究论文	本文介绍了一种结合数字全息显微镜和深度学习的循环肿瘤细胞检测系统，提高了检测的灵敏度和特异性	整合了微流控富集、深度学习和双模态成像技术，显著提高了循环肿瘤细胞的检测能力，尤其是对EpCAM阴性的肿瘤细胞	研究样本量较小（13名前列腺癌患者和8名健康对照），需要更大规模的验证	开发一种高灵敏度、高特异性的循环肿瘤细胞检测方法，用于癌症的早期检测和疾病监测	循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	前列腺癌	数字全息显微镜（DHM）、微流控技术、免疫荧光分析	深度学习模型	图像	13名晚期前列腺癌患者和8名健康对照
294	2025-07-18	A Digital Twin Framework for Adaptive Treatment Planning in Radiotherapy 2025-Jul-09, ArXiv PMID:40671956	研究论文	本文提出了一种用于前列腺立体定向体部放射治疗（SBRT）中快速在线自适应质子治疗计划的数字孪生（DT）框架	该框架整合了基于深度学习的多图谱可变形图像配准、通过锥形束CT（CBCT）每日更新患者解剖结构以及基于知识的计划质量评估，显著减少了重新优化时间并提升了治疗精度	研究样本量较小，仅基于43例前列腺SBRT病例，可能限制结果的普遍性	开发一种数字孪生框架，以提高前列腺SBRT中自适应质子治疗的效率和精度	前列腺癌患者，特别是具有显性前列腺内病变（DIL）增强的患者	数字病理	前列腺癌	锥形束CT（CBCT）、深度学习	深度学习	医学影像	43例前列腺SBRT病例
295	2025-07-18	DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.05.662121 PMID:40672156	研究论文	提出了一种名为DGAT的双图注意力网络，用于从转录组学数据推断空间蛋白质景观	DGAT通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，从而从仅含转录组学的空间转录组数据中预测蛋白质表达	NA	从仅含转录组学的空间转录组数据中预测蛋白质表达，以弥补空间转录组技术缺乏蛋白质水平测量的不足	空间转录组数据	机器学习	癌症（包括乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤）	空间转录组技术（ST）、空间CITE-seq	双图注意力网络（DGAT）	转录组和蛋白质组数据	公共和内部数据集（包括扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤）
296	2025-07-18	Psychometric Evaluation of Large Language Model Embeddings for Personality Trait Prediction 2025-Jul-08, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/75347 PMID:40627556	研究论文	本研究评估了大语言模型（LLM）嵌入在人格特质预测中的心理测量效度及其与传统特征工程方法的比较	首次在心理测量效度框架下系统评估LLM嵌入，并探索其与语言和情感标记的相关性，同时比较了不同模型大小的效果	心理测量效度测试显示中等可靠性（平均Cronbach α为0.63），且需要进一步研究微调策略以增强心理测量效度	评估LLM嵌入在人格特质预测中的应用，并验证其作为人格评估工具的心理测量效度	来自PANDORA大五人格数据集的100万条Reddit帖子	自然语言处理	NA	LLM嵌入生成、双向LSTM模型训练、心理语言学特征提取	RoBERTa、BERT、OpenAI、双向LSTM	文本	100万条Reddit帖子
297	2025-07-18	Prediction of water quality parameters and pollution exceedance analysis in typical rivers of semi-arid regions based on interpretable deep learning models 2025-Jul-08, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126801 PMID:40639737	研究论文	本文提出了一种可解释的注意力门控循环单元（AT-GRU）模型，用于半干旱地区典型河流的水质参数预测和污染超标分析	结合水质、气象和水文数据，提出了一种可解释的深度学习模型AT-GRU，提高了预测准确性和结果透明度	模型在高污染条件下对气象因素的敏感性较低	提高半干旱地区水质预测的准确性和可解释性，支持针对性污染控制和早期预警	半干旱大黑河流域的水质、气象和水文数据	机器学习	NA	深度学习	AT-GRU（注意力门控循环单元）	水质、气象和水文数据	NA
298	2025-07-18	Enhancing sequence alignment of adaptive immune receptors through multi-task deep learning 2025-Jul-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf651 PMID:40650972	research paper	本文介绍了一种名为AlignAIR的新型深度学习对齐器，用于提高免疫球蛋白序列对齐的准确性	利用先进的模拟方法和多任务学习框架，显著提高了等位基因分配准确性、生产力评估、序列分割和速度	未提及具体的数据集或实验限制	提高免疫球蛋白序列对齐的准确性，以促进适应性免疫研究和抗体工程	免疫球蛋白（Ig）序列	machine learning	NA	AIRR-seq	multi-task deep learning	sequence data	未提及具体样本数量
299	2025-07-18	Joint processing of long- and short-read sequencing data with deep learning improves variant calling 2025-Jul-08, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101107 PMID:40669457	研究论文	本研究通过结合长读长和短读长测序数据，利用深度学习改进变异检测	首次提出使用混合DeepVariant模型联合处理Illumina和Nanopore数据，用于种系变异检测	研究仅基于七个健康个体的数据，样本规模较小	提高种系变异检测的准确性，降低测序成本	七个健康个体的Nanopore测序数据	机器学习	罕见遗传病	Nanopore测序, Illumina测序	DeepVariant	测序数据	七个健康个体的数据
300	2025-07-18	Effective generation of heavy-atom-free triplet photosensitizers containing multiple intersystem crossing mechanisms based on deep learning 2025-Jul-08, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d5sc03192c PMID:40671753	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的有效生成不含重原子的三重态光敏剂的方法，该方法包含多种系统间交叉机制	提出了一种结合片段模型和字符模型的新策略，用于生成具有多种系统间交叉机制的三重态光敏剂，显著提高了预测准确率	现有方法主要针对有限的三重态光敏剂子集，如热激活延迟荧光材料，忽略了高能级单重态和三重态之间的关键系统间交叉	开发一种基于深度学习的方法，用于设计和发现新型三重态光敏剂，以应用于光动力疗法	三重态光敏剂	机器学习	癌症	深度学习	条件Transformer、循环神经网络、强化学习	化学数据	约1.90×10的三重态光敏剂数据集