深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-04-27	Strategies to Improve the Robustness and Generalizability of Deep Learning Segmentation and Classification in Neuroimaging 2025-Jun, BioMedInformatics DOI:10.3390/biomedinformatics5020020 PMID:40271381	综述	本文综述了提高深度学习在神经影像分割和分类中鲁棒性和泛化能力的策略	总结了包括正则化、数据增强、迁移学习和不确定性估计在内的关键策略，以应对数据变异性和领域转移等挑战	仅包括同行评审的英文脑成像研究，可能忽略了其他语言或非同行评审的研究	提高深度学习模型在神经影像分割和分类中的鲁棒性和泛化能力，以促进其在临床实践中的可靠应用	神经影像数据	医学影像分析	神经系统疾病	深度学习	深度学习模型	医学影像	NA
282	2025-04-27	Incidence trends, overall survival, and metastasis prediction using multiple machine learning and deep learning techniques in pediatric and adolescent population with osteosarcoma and Ewing's sarcoma: nomogram and webpage 2025-May, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03717-9 PMID:39333451	研究论文	本研究分析了儿童和青少年骨肉瘤和尤文肉瘤的发病率和总生存率，并利用机器学习和深度学习模型预测转移可能性	结合多种机器学习和深度学习技术构建预测模型，并开发了在线列线图以增强临床实用性	研究时间跨度较长（2004-2020），可能无法反映最新的治疗进展	分析骨肉瘤和尤文肉瘤的发病率趋势及预测转移风险	2465名骨肉瘤患者和1373名尤文肉瘤患者（年龄0-19岁）	机器学习	骨肉瘤和尤文肉瘤	机器学习（Lasso、岭回归、弹性网络、随机森林）和深度学习（基于TensorFlow和Keras）	随机森林和深度学习模型	临床数据	2465名骨肉瘤患者和1373名尤文肉瘤患者
283	2025-04-27	Radiomics model for predicting distant metastasis in soft tissue sarcoma of the extremities and trunk treated with surgery 2025-May, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03746-4 PMID:39354269	研究论文	本研究开发了一种基于MRI的放射组学模型，用于预测接受手术治疗的四肢和躯干软组织肉瘤的远处转移	结合了深度学习和放射组学特征，构建了深度学习放射组学(DLR)模型，能够从MRI中获取更丰富的信息，预测软组织肉瘤的转移风险	样本量相对较小，训练集73例，外部验证集40例	预测软组织肉瘤(STS)的远处转移风险	四肢和躯干的软组织肉瘤患者	数字病理	软组织肉瘤	MRI成像，深度学习特征提取	3D ResNet10, 多种机器学习算法	MRI图像	训练集73例，外部验证集40例
284	2025-04-27	MRI deep learning models for assisted diagnosis of knee pathologies: a systematic review 2025-May, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-11105-8 PMID:39422725	系统综述	本文系统综述了用于辅助诊断多种膝关节异常的深度学习MRI模型的现状	总结了不同CNN架构在膝关节MRI诊断中的应用及其性能比较	研究设计存在差异，且需要更大规模的MRI数据集进行模型验证	评估深度学习模型在膝关节MRI诊断中的临床潜力	膝关节异常（如前交叉韧带损伤、骨关节炎、半月板损伤等）	数字病理学	膝关节疾病	MRI	CNN（包括ResNet、VGG、DenseNet、DarkNet等）	MRI图像	54篇相关研究文章
285	2025-04-27	Deep learning super-resolution reconstruction for fast and high-quality cine cardiovascular magnetic resonance 2025-May, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-11145-0 PMID:39441391	研究论文	比较标准分辨率与通过深度学习超分辨率算法重建的低分辨率心血管磁共振电影图像的质量和效率	使用深度学习超分辨率算法重建低分辨率心血管磁共振图像，显著减少采集时间而不影响图像质量或容积测量结果	样本量较小（30名参与者），且未明确说明深度学习模型的具体架构和训练细节	评估深度学习超分辨率重建在心血管磁共振成像中的应用效果	健康志愿者和患者的心血管磁共振电影图像	医学影像分析	心血管疾病	深度学习超分辨率算法、压缩感知去噪和分辨率提升	DL（深度学习）	磁共振图像	30名参与者（20名健康志愿者和10名患者）
286	2025-04-27	Improving Deep Learning Models for Pediatric Low-Grade Glioma Tumours Molecular Subtype Identification Using MRI-based 3D Probability Distributions of Tumour Location 2025-May, Canadian Association of Radiologists journal = Journal l'Association canadienne des radiologistes DOI:10.1177/08465371241296834 PMID:39544176	research paper	该研究通过结合MRI肿瘤位置概率图与CNN模型，提高了儿童低级别胶质瘤分子亚型识别的准确性	创新点在于将肿瘤位置概率图整合到CNN模型中，显著提升了分子亚型识别的性能	研究为回顾性研究，样本量相对较小（214例），且仅基于单一机构的MRI数据	提高儿童低级别胶质瘤（pLGG）分子亚型识别的准确性	儿童低级别胶质瘤（pLGG）患者	digital pathology	pediatric low-grade glioma	MRI FLAIR序列	CNN	3D MRI图像	214例患者（110例男性，平均年龄8.54岁，143例BRAF融合和71例BRAF V600E突变）
287	2025-04-27	Minimally interactive segmentation of soft-tissue tumors on CT and MRI using deep learning 2025-May, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-11167-8 PMID:39560714	研究论文	开发了一种基于深度学习的微交互式分割方法，用于CT和MRI上的软组织肿瘤分割	提出了一种仅需用户点击六个点即可生成距离图作为CNN输入的微交互式分割方法，显著提高了分割效率	需要用户手动标注六个关键点，尚未实现完全自动化	开发一种比手动分割更快、比其他自动方法更准确的软组织肿瘤分割方法	CT和MRI图像中的软组织肿瘤	数字病理	软组织肿瘤	深度学习	CNN	医学影像（CT和MRI）	514名患者（训练和内部验证集）和额外的外部验证集（具体人数未说明）
288	2025-04-27	MAI-TargetFisher: A proteome-wide drug target prediction method synergetically enhanced by artificial intelligence and physical modeling 2025-May, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-024-01444-z PMID:39870848	research paper	提出了一种名为MAI-TargetFisher的全基因组小分子靶点扫描方法，结合人工智能和物理建模技术，用于药物靶点定位和潜在脱靶效应检测	首次实现了跨整个人类基因组的蛋白质表面全面扫描，评估每个蛋白质上的潜在小分子结合位点	未明确提及具体局限性	提高药物开发的成功率，通过早期定位药物靶点和检测潜在脱靶效应	人类蛋白质组中的蛋白质结构及其潜在结合位点	生物信息学	NA	人工智能和生物物理模型相结合的计算技术	多算法集成模型（MAI-TargetFisher）	蛋白质结构数据	覆盖82%的蛋白质编码基因组
289	2025-04-27	Deep learning-driven semi-rational design in phenylalanine ammonia-lyase for enhanced catalytic efficiency 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141024 PMID:39984092	研究论文	本研究利用深度学习指导的半理性设计方法，提高了苯丙氨酸氨裂解酶（PAL）的催化效率	采用深度学习指导的策略结合高通量筛选和酶活性测定，成功提高了PAL的催化效率和活性	研究仅针对Anabaena variabilis来源的PAL（AvPAL），可能不适用于其他来源的PAL	提高苯丙氨酸氨裂解酶（PAL）的催化效率，以增强其在农业、工业和疾病治疗中的应用潜力	Anabaena variabilis来源的苯丙氨酸氨裂解酶（AvPAL）及其突变体	机器学习	苯丙酮尿症（PKU）	深度学习、高通量筛选、酶活性测定、分子动力学模拟	深度学习模型	酶活性数据、分子动力学模拟数据	33个突变体中的26个被验证具有增强的活性
290	2025-04-27	FovealNet: Advancing AI-Driven Gaze Tracking Solutions for Efficient Foveated Rendering in Virtual Reality 2025-May, IEEE transactions on visualization and computer graphics IF:4.7Q1 DOI:10.1109/TVCG.2025.3549577 PMID:40067704	research paper	提出FovealNet，一种先进的AI驱动视线跟踪框架，用于优化虚拟现实中的注视点渲染系统性能	采用基于事件的裁剪方法减少输入图像中无关像素，引入令牌剪枝策略动态移除令牌，提出系统性能感知的多分辨率训练策略	未明确提及具体局限性	优化虚拟现实中注视点渲染系统的性能	虚拟现实中的视线跟踪技术	computer vision	NA	deep learning	DNN	image	NA
291	2025-04-27	ViDDAR: Vision Language Model-Based Task-Detrimental Content Detection for Augmented Reality 2025-May, IEEE transactions on visualization and computer graphics IF:4.7Q1 DOI:10.1109/TVCG.2025.3549147 PMID:40072851	研究论文	本文提出了一种基于视觉语言模型的任务有害内容检测系统ViDDAR，用于增强现实环境中虚拟内容的监控与评估	ViDDAR是首个利用视觉语言模型（VLMs）检测增强现实环境中任务有害内容的系统	检测信息操纵内容的延迟较高（9.62秒）	解决增强现实中虚拟内容对任务性能的负面影响	增强现实环境中的虚拟内容	计算机视觉	NA	深度学习	视觉语言模型（VLM）	图像	自定义开源数据集
292	2025-04-27	U-shaped deep learning networks for algal bloom detection using Sentinel-2 imagery: Exploring model performance and transferability 2025-May, Journal of environmental management IF:8.0Q1 DOI:10.1016/j.jenvman.2025.125152 PMID:40179468	研究论文	本研究评估了U形深度学习网络在利用Sentinel-2卫星图像检测藻华方面的性能及可迁移性	探索了多种U形深度学习模型（如U-Net、RU-Net、Attention U-Net、ARU-Net和SegNet）在藻华检测中的应用，并强调了多样化数据集在提升模型性能方面的重要性	未提及具体局限性，但暗示了先前模型在检测低密度藻华和跨时空泛化方面的不足	评估U形深度学习网络在藻华检测中的性能及可迁移性，以支持环境监测与管理	内陆水体（湖泊）中的藻华	计算机视觉	NA	深度学习	U-Net, RU-Net, Attention U-Net, ARU-Net, SegNet	卫星图像	多时相Sentinel-2图像，覆盖不同日期和地理位置（如Lake Burdur、Lake Chaohu和Lake Turawskie）
293	2025-04-27	A novel deep learning-based floating garbage detection approach and its effectiveness evaluation in environmentally sustainable development 2025-May, Journal of environmental management IF:8.0Q1 DOI:10.1016/j.jenvman.2025.125154 PMID:40186972	research paper	提出了一种基于YOLOv8的高效经济深度学习解决方案，用于水面漂浮垃圾的检测与收集	通过改进YOLOv8的主干网络、引入Wise-Powerful IoU损失函数和添加AuxHead检测头，有效压缩了复杂环境因素的负面影响，提高了检测精度	NA	提高水面聚集漂浮垃圾的检测效率和收集率，促进水生态系统的保护与恢复	水面聚集的漂浮垃圾	computer vision	NA	deep learning	YOLOv8	image	NA
294	2025-04-27	AI-Cirrhosis-ECG (ACE) score for predicting decompensation and liver outcomes 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101356 PMID:40276480	research paper	该研究开发了一种基于深度学习的AI-Cirrhosis-ECG (ACE)评分，用于预测肝硬化患者的失代偿和肝脏相关结局	利用深度学习从广泛可用的心电图中提取特征，开发了一种非侵入性工具来预测肝硬化患者的临床结局	需要在更多样化的人群中进行进一步验证，并与其它已建立的预测因子整合	提高肝硬化患者的疾病严重程度和预后预测准确性	肝硬化患者	digital pathology	liver disease	deep learning	NA	ECG	472名患者的2,166份心电图（回顾性队列）、420名患者（前瞻性队列）和341名患者（外部验证队列）
295	2025-04-08	Development and external validation of a deep learning electrocardiogram model for risk stratification of coronary revascularization need in the emergency department 2025-Apr-26, European heart journal. Acute cardiovascular care DOI:10.1093/ehjacc/zuaf058 PMID:40192550	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
296	2025-04-27	Monitoring Amphetamine and Methamphetamine Mixtures Based on Deep Learning Involves Colorimetric Sensing 2025-Apr-25, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.5c00915 PMID:40279188	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的比色传感策略，用于监测安非他命和甲基安非他命的混合物	通过调节探针结构影响反应产物的聚集行为，成功区分了仅有一个甲基结构差异的安非他命和甲基安非他命，并首次实现了混合物中掺杂比例的判断	NA	开发一种高精度的比色传感策略，用于识别和区分结构高度相似的安非他命和甲基安非他命	安非他命(AMP)和甲基安非他命(MA)	深度学习	NA	比色传感	深度学习算法	比色响应数据	NA
297	2025-04-27	JAX-RNAfold: Scalable Differentiable Folding 2025-Apr-25, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf203 PMID:40279486	research paper	介绍了一个名为JAX-RNAfold的开源软件包，用于改进的可微分RNA折叠算法，能够扩展到1,250个核苷酸	提出了一个显著改进的可微分折叠算法，能够在单个GPU上扩展到1,250个核苷酸，并允许将可微分折叠作为深度学习管道中的一个模块	未明确提及具体限制，但暗示之前的算法仅能扩展到≤50个核苷酸	优化RNA设计中的可微分折叠算法，提高其可扩展性和实用性	RNA序列的可微分折叠	computational biology	NA	differentiable folding, gradient descent	NA	RNA sequence	NA
298	2025-04-27	Ultrafast Ratiometric Fluorescent Probe and Deep Learning-Assisted On-Site Detection Platform for BAs and Meat Freshness Based on Molecular Engineering 2025-Apr-25, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.5c00490 PMID:40279659	研究论文	本文提出了一种结合荧光探针分子工程与便携式检测平台的策略，用于生物胺（BAs）和肉类新鲜度的快速、可视化、现场定量评估	通过分子工程设计出四种具有可调分子内电荷转移（ICT）特性的比率荧光探针，并结合智能手机和深度卷积神经网络（DCNN）构建便携式检测平台	未提及具体样本量或实验范围的局限性	开发高性能比率荧光探针和智能检测平台，用于食品质量评估中的生物胺和肉类新鲜度检测	生物胺（BAs）和肉类新鲜度	分子工程与智能检测	NA	荧光探针分子工程、智能手机检测平台、深度卷积神经网络（DCNN）	深度卷积神经网络（DCNN）	荧光信号、图像数据	未明确提及具体样本量
299	2025-04-27	AI for rapid identification of major butyrate-producing bacteria in rhesus macaques (Macaca mulatta) 2025-Apr-24, Animal microbiome IF:4.9Q1 DOI:10.1186/s42523-025-00410-2 PMID:40275402	research paper	该研究利用AI技术从恒河猴粪便涂片的数字图像中快速预测产丁酸盐细菌，并采用可解释性分析提高模型透明度	首次将深度学习与机器学习算法应用于粪便图像数据，实现快速、非侵入性的微生物组分析，并通过可解释性分析增强模型透明度	研究仅针对恒河猴，未在人类或其他动物中进行验证	开发一种快速、非侵入性且经济高效的微生物组分析方法	恒河猴(Macaca mulatta)的粪便样本	digital pathology	NA	metagenomic sequencing, deep learning, machine learning	DL and ML algorithms	digital images of fecal smears	NA
300	2025-04-27	Single Molecule Localization Super-resolution Dataset for Deep Learning with Paired Low-resolution Images 2025-Apr-23, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04979-w PMID:40268962	research paper	介绍了一个用于深度学习超分辨率显微镜的生物图像数据集DL-SMLM，包含配对的低分辨率荧光图像和超分辨率SMLM数据	提供了首个公开的配对低分辨率与超分辨率SMLM数据集，支持生成数千训练对	数据集仅包含六种亚细胞结构，可能无法覆盖所有研究需求	推动深度学习在超分辨率显微镜领域的发展	亚细胞结构（微管、内质网腔和膜、网格蛋白包被小窝、线粒体内外膜）	digital pathology	NA	single molecule localization microscopy (SMLM)	deep learning models	image	188组原始SMLM数据，每个低分辨率图像100个信号水平