深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4321	2025-03-28	Uncovering prostate cancer aggressiveness signal in T2-weighted MRI through a three-reference tissues normalization technique 2024-Mar, NMR in biomedicine IF:2.7Q1 DOI:10.1002/nbm.5069 PMID:37990759	研究论文	开发了一种自动化方法，用于前列腺T2加权MRI强度标准化，以改善前列腺癌侵袭性信号的检测	提出了一种基于深度学习的自动化三参考组织标准化技术，显著提高了前列腺癌与正常前列腺组织的区分能力	研究样本量有限，训练集仅包含32名患者的手动轮廓	开发前列腺T2W MRI强度标准化方法，以改善前列腺癌的定量评估	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	T2加权MRI	MASK R-CNN	MRI图像	训练集32名患者，独立测试集83名患者，共231个活检ROI
4322	2025-03-28	Extracting Drug-Protein Relation from Literature Using Ensembles of Biomedical Transformers 2024-Jan-25, Studies in health technology and informatics DOI:10.3233/SHTI231043 PMID:38269887	研究论文	本文利用基于生物医学数据预训练的深度学习transformer模型构建集成方法，从生物医学文献中自动提取药物-蛋白质关系	采用生物医学领域特定的transformer模型和集成方法进行关系提取，在BioCreative-VII共享任务中表现出色	NA	开发自动从生物医学文献中提取药物-蛋白质关系的方法	PubMed摘要中的药物/化学物质与蛋白质关系	自然语言处理	NA	深度学习transformer模型	transformer	文本	主语料库包含10,750篇摘要，大规模语料库包含240万篇文档
4323	2025-03-28	A Minority Class Balanced Approach Using the DCNN-LSTM Method to Detect Human Wrist Fracture 2023-Jan-03, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life13010133 PMID:36676082	research paper	提出一种结合DCNN和LSTM的深度学习模型，用于从X射线图像中检测腕部骨折，以减少漏诊	融合DCNN和LSTM模型，并采用数据增强技术解决类别不平衡问题	样本量较小（192张X射线图像），可能影响模型的泛化能力	开发自动化诊断工具辅助医生检测腕部骨折	腕部X射线图像	digital pathology	geriatric disease	X-ray imaging	DCNN-LSTM	image	192张腕部X射线图像
4324	2025-03-28	GPU Accelerated Estimation of a Shared Random Effect Joint Model for Dynamic Prediction 2022-Oct, Computational statistics & data analysis IF:1.5Q2 DOI:10.1016/j.csda.2022.107528 PMID:39257897	research paper	该研究提出了一种GPU加速的共享随机效应联合模型，用于动态预测终端临床事件的风险	通过新颖的两阶段估计程序和GPU编程（使用PyTorch深度学习框架）显著加速了联合模型的估计	模型在大数据集或多非线性纵向预测因子情况下计算复杂度高	提高动态预测终端临床事件风险的效率和准确性	纵向队列研究中的受试者	machine learning	NA	GPU编程, PyTorch	共享随机效应联合模型	纵向数据	NA
4325	2025-03-28	Use of the deep learning approach to measure alveolar bone level 2022-03, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13574 PMID:34879437	research paper	该研究利用深度学习卷积神经网络测量放射影像中的牙槽骨水平，以辅助牙周病诊断	提出了一种结合三个分割网络（骨区域、牙齿、牙骨质-釉质交界）和图像分析的深度学习模型，用于测量放射影像骨水平并分配放射骨丢失（RBL）阶段	模型需要进一步优化并通过更多图像验证以促进其应用	开发深度学习模型辅助牙周病诊断	牙槽骨水平和牙周病诊断	digital pathology	牙周病	深度学习图像分析	CNN	放射影像	未明确说明样本数量（使用根尖周放射影像）
4326	2025-03-28	Deep representation learning of patient data from Electronic Health Records (EHR): A systematic review 2021-03, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2020.103671 PMID:33387683	系统综述	本文对使用深度学习从电子健康记录(EHR)中学习患者表示的研究进行了系统综述，并提供了方法论上的定性和定量分析	首次系统综述了基于深度学习的EHR患者表示学习领域，揭示了该领域的方法学趋势和挑战	现有预测模型主要关注单一疾病预测，未能全面考虑患者的复杂机制	评估和总结使用深度学习从EHR数据中学习患者表示的研究现状	从MEDLINE等数据库中筛选出的49篇相关研究论文	医疗健康信息学	NA	深度学习	RNN/LSTM/GRU	结构化EHR数据	49篇研究论文(来自363篇初筛文章)
4327	2025-02-12	Response to Letter to the Editor Regarding: Multimodal Deep Learning-Based Radiomics Approach for Predicting Surgical Outcomes in Patients With Cervical Ossification of the Posterior Longitudinal Ligament 2025-Apr-15, Spine IF:2.6Q1 DOI:10.1097/BRS.0000000000005296 PMID:39931786	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4328	2025-03-27	[Transformation of free-text radiology reports into structured data] 2025-Apr, Radiologie (Heidelberg, Germany) DOI:10.1007/s00117-025-01422-4 PMID:39934245	研究论文	探讨利用大语言模型（LLMs）将非结构化放射学报告转化为结构化数据的挑战、方法及可靠性保障	结合大语言模型与领域特定知识（如本体）提升放射学报告结构化转换的性能	处理语言表达的模糊性、缩写及变异性仍存在挑战	研究放射学报告自动结构化转换的方法与架构，以支持临床决策系统与研究	放射学报告	自然语言处理	NA	大语言模型（LLMs）、基于规则的系统、机器学习、深度学习	神经网络架构	文本	NA
4329	2025-03-27	Deep learning-based prediction of Monte Carlo dose distribution for heavy ion therapy 2025-Apr, Physics and imaging in radiation oncology DOI:10.1016/j.phro.2025.100735 PMID:40129728	研究论文	提出了一种基于深度学习的模型，用于快速预测重离子治疗中的蒙特卡洛模拟剂量分布	开发了Cascade Hierarchically Densely 3D U-Net (CHD U-Net)模型，能够在几秒钟内预测蒙特卡洛剂量分布，且准确率高于现有方法	样本量相对较小，仅包含67例头颈患者和30例胸腹患者	提高重离子治疗中剂量分布的预测准确性和计算效率	头颈和胸腹部位的重离子治疗患者	医学影像分析	癌症	深度学习	CHD U-Net	CT图像和TPSDose数据	67例头颈患者和30例胸腹患者
4330	2025-03-27	External validation of an algorithm to detect vertebral level mislabeling and autocontouring errors 2025-Apr, Physics and imaging in radiation oncology DOI:10.1016/j.phro.2025.100738 PMID:40129727	research paper	该研究对外部验证了一种椎体自动轮廓工具的算法，并研究了一种后处理方法以提高其性能至临床可接受水平	开发了一种后处理技术，显著提高了椎体定位的准确性	在外部数据集上的性能相比原始训练数据集有所下降	验证和改进椎体自动轮廓工具的临床适用性	CT扫描中的椎体	digital pathology	NA	machine learning, deep learning	NA	CT scans	81例CT扫描（40例来自机构A，41例来自机构B）
4331	2025-03-27	ADAM: automated digital phenotyping and morphological texture analysis of bone biopsy images using deep learning 2025-Apr, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf028 PMID:40129969	研究论文	开发了一种名为ADAM的自动化流程，用于通过深度学习对骨活检图像进行数字表型分析和形态纹理分析	ADAM流程能够快速生成组织与细胞图谱，并在无需额外染色的情况下，通过亮场显微镜图像进行骨细胞计数	对于形态异质性较高的骨细胞计数，如破骨细胞和成骨细胞，其相关系数相对较低	提高骨活检图像分析的自动化程度和准确性，以改善病理工作流程和诊断洞察	未脱钙骨活检图像中的组织与细胞成分	数字病理学	骨病	深度学习	NA	图像	最多20张图像
4332	2025-03-27	Deep learning-based segmentation of head and neck organs at risk on CBCT images with dosimetric assessment for radiotherapy 2025-Mar-26, Physics in medicine and biology IF:3.3Q1 DOI:10.1088/1361-6560/adbf63 PMID:40068304	研究论文	本研究开发了一个基于深度学习的框架，用于在CBCT图像上分割头颈部风险器官，并进行剂量学评估以促进放射治疗重新规划	提出了一个三步框架，结合CT和合成CT（sCT）图像的高对比度信息和纹理特征，实现了25个头颈部风险器官的自动分割	由于CBCT图像软组织对比度差、存在伪影和视野有限，以及缺乏大型标注数据集来训练深度学习模型，自动分割仍具挑战性	开发一个全面的框架，用于在CBCT图像上分割头颈部风险器官，以促进放射治疗重新规划	头颈部癌症放射治疗中的风险器官（OARs）	数字病理学	头颈部癌症	深度学习（DL）	NA	图像（CBCT和CT）	未明确提及具体样本数量，但使用了内部和外部队列数据进行验证
4333	2025-03-27	Insights into phosphorylation-induced influences on conformations and inhibitor binding of CDK6 through GaMD trajectory-based deep learning 2025-Mar-26, Physical chemistry chemical physics : PCCP IF:2.9Q1 DOI:10.1039/d4cp04579c PMID:40072875	研究论文	通过GaMD轨迹的深度学习方法探究磷酸化对CDK6构象及抑制剂结合的影响	结合高斯加速分子动力学(GaMD)模拟和深度学习(DL)技术，揭示了磷酸化对CDK6构象动力学及抑制剂结合的分子机制	研究仅针对三种抑制剂(6ZV、6ZZ和0RS)与CDK6的相互作用，可能无法全面反映所有抑制剂的情况	探究磷酸化对CDK6构象动力学及抑制剂结合的影响，为开发靶向CDK6的新型抑制剂提供理论依据	CDK6蛋白及其与三种抑制剂(6ZV、6ZZ和0RS)的复合物	计算生物学	癌症	高斯加速分子动力学(GaMD)模拟、深度学习(DL)、自由能景观(FELs)分析、主成分分析(PCA)、MM-GBSA计算	深度学习模型	分子动力学模拟轨迹数据	三种CDK6抑制剂(6ZV、6ZZ和0RS)
4334	2025-03-27	Predicting hemorrhagic transformation in acute ischemic stroke: a systematic review, meta-analysis, and methodological quality assessment of CT/MRI-based deep learning and radiomics models 2025-Mar-26, Emergency radiology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s10140-025-02336-3 PMID:40133723	系统综述与荟萃分析	本文通过系统综述和荟萃分析评估了深度学习和放射组学在预测急性缺血性卒中出血性转化中的准确性和实用性	首次对深度学习和放射组学模型在预测急性缺血性卒中出血性转化方面的性能进行了系统比较，并评估了临床组合模型的优势	存在中度至重度异质性，参考标准不一致，外部验证有限	评估深度学习和放射组学模型在预测急性缺血性卒中出血性转化方面的准确性和临床应用价值	急性缺血性卒中患者	数字病理学	急性缺血性卒中	深度学习和放射组学	DL和radiomics-based ML模型	CT/MRI影像数据	16项研究共3,083名参与者
4335	2025-03-27	Challenges for implementing generative artificial intelligence (GenAI) into clinical healthcare 2025-Mar-26, Internal medicine journal IF:1.8Q2 DOI:10.1111/imj.70035 PMID:40135733	review	本文探讨了将生成式人工智能（GenAI）应用于临床医疗所面临的挑战	综述了GenAI在医疗领域的潜力及其实现过程中遇到的多方面挑战	未提供具体案例或实证研究来支持观点	探讨GenAI在医疗领域的应用潜力及实施障碍	生成式人工智能在临床医疗中的应用	machine learning	NA	deep learning	GenAI	diverse datasets	NA
4336	2025-03-27	High-dimensional imaging using combinatorial channel multiplexing and deep learning 2025-Mar-25, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02585-0 PMID:40133518	research paper	介绍了一种名为CombPlex的组合染色平台和算法框架，通过深度学习技术显著增加可测量的蛋白质数量	提出组合多路复用技术(CombPlex)，通过组合染色和深度学习算法，将22种蛋白质的染色压缩至5个成像通道，实现准确重建	未提及具体的技术实施难度或在实际应用中的潜在问题	开发一种能够量化多种蛋白质在单细胞分辨率下的表达并保留空间信息的成像技术	多种组织和癌症类型中的蛋白质表达	digital pathology	cancer	组合染色平台(CombPlex)和深度学习算法	深度学习	图像	涉及多种组织和癌症类型，但未提及具体样本数量
4337	2025-03-27	Development of a deep learning-based model to evaluate changes during radiotherapy using cervical cancer digital pathology 2025-Mar-24, Journal of radiation research IF:1.9Q3 DOI:10.1093/jrr/rraf004 PMID:40051384	研究论文	开发了一种基于深度学习的模型，用于评估宫颈癌放疗期间的变化，并在全幻灯片图像上可视化结果	结合DenseNet121特征提取器和支持向量机分类器，创建了放疗状态概率（RSP）并可视化，探索了其在预测预后中的潜在应用	生存分析未能显示治疗期间RSP的预后影响	开发深度学习模型以评估宫颈癌放疗期间的变化并探索其临床意义	95名接受放疗的宫颈癌患者的活检组织	数字病理学	宫颈癌	深度学习	DenseNet121 + SVM	图像	95名患者的12400个训练图块和6000个测试图块
4338	2025-03-27	A statistical method for high-throughput emergence rate calculation for soybean breeding plots based on field phenotypic characteristics 2025-Mar-24, Plant methods IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s13007-025-01356-x PMID:40122826	research paper	本研究提出了一种基于无人机和地面测量数据的高通量大豆出苗率统计方法，旨在提高密集种植环境下育种筛选的效率和准确性	结合背景分割、深度学习目标检测和生长归一化思想，提出了一种新的高通量大豆出苗率统计方法，解决了现有方法在密集环境下的低通量、低效率和精度不足问题	方法在极端密集或高度重叠的种植环境下可能仍存在计数误差	开发一种高效、精确的大豆出苗率统计方法，以加速育种筛选过程	密集种植环境下的大豆幼苗	digital agriculture	NA	无人机遥感成像、深度学习目标检测	Yolov8n	遥感图像	未明确说明具体样本数量，但涉及密集种植环境下的大豆幼苗图像数据
4339	2025-03-27	Active Learning based on Temporal Difference of Gradient Flow in Thoracic Disease Diagnosis 2025-Mar-24, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3554298 PMID:40126962	研究论文	本文提出了一种基于梯度流时间差（TDGF）的新型主动学习方法，用于胸部疾病诊断中的样本选择	提出了TDGF指标用于主动学习中的数据选择，解决了现有方法忽视样本对模型训练动态影响和评估成本高的问题	方法仅在胸部X光数据集上进行了验证，未在其他医学影像数据上测试	降低医学影像标注成本并提高胸部疾病诊断的主动学习效率	胸部X光影像	数字病理学	胸部疾病	主动学习	深度学习模型（具体结构未说明）	医学影像	两个公开胸部X光数据集（ChestX-ray14和CheXpert）
4340	2025-03-27	Construction and validation of a risk stratification model based on Lung-RADS® v2022 and CT features for predicting the invasive pure ground-glass pulmonary nodules in China 2025-Mar-23, Insights into imaging IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13244-025-01937-3 PMID:40121609	研究论文	基于Lung-RADS® v2022和CT特征构建并验证了一种用于预测中国纯磨玻璃肺结节侵袭性的风险分层模型	结合Lung-RADS® v2022框架和GGN-血管关系类型（GVR），建立了补充性cLung-RADS® v2022模型，显著提高了对纯磨玻璃结节侵袭性的预测性能	研究样本量相对有限（526例患者，572个肺结节），且仅在中国人群中进行验证	开发并验证一种改进的风险分层模型，用于预测纯磨玻璃肺结节的侵袭性	纯磨玻璃肺结节（pGGNs）	数字病理学	肺癌	CT成像	cLung-RADS® v2022	医学影像	526名患者（共572个肺结节），分为训练集（169例）和验证集（403例）