深度学习在生物医药领域的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	算法框架	模型架构	性能指标	计算资源
421	2025-12-12	Research on a novel gene sequence prediction and homomorphic encryption method based on Mamba-VMD 2026-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108780 PMID:41240440	研究论文	本研究提出了一种结合Mamba神经网络基因序列预测与同态加密的分析方法，用于在云环境中安全地进行基因序列预测与相似性分析	创新性地将Mamba神经网络用于基因序列预测，并结合变分模态分解（VMD）与同态加密技术，实现了在保护隐私前提下的云环境基因数据分析	仅以猴痘病毒的一个实验序列（SRX17751190/SRR21755835）为例进行验证，样本规模有限，未在不同物种或大规模数据集上测试泛化能力	开发一种能够在云环境中安全进行基因序列预测与隐私保护的分析方法	猴痘病毒基因序列（实验ID SRX17751190，测序ID SRR21755835）	生物信息学	猴痘	基因序列分析，同态加密	Mamba神经网络	基因序列数据	1个病毒基因序列（猴痘病毒SRX17751190/SRR21755835）	NA	Mamba神经网络，VMD（变分模态分解）	MAE, MSE, RMSE, MAPE, MSPE, CKKS同态加密计算误差	云计算环境
422	2025-12-12	Constructing a deep learning-assisted smartphone application for intelligent recognition of steak doneness during cooking 2026-Feb, Meat science IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.meatsci.2025.109995 PMID:41241987	研究论文	本研究构建了一个深度学习驱动的智能手机应用，用于烹饪过程中牛排熟度的智能识别	结合深度学习模型与理化特性，构建非破坏性牛排熟度评估框架，并开发移动端优化应用实现实时识别	NA	开发智能烹饪设备，提高牛排熟度识别的准确性和实时性	牛排	计算机视觉	NA	NA	CNN	图像	1803张图像来自601块不同牛排，153个样本的理化特性来自51块不同牛排	NA	DenseNet121	准确率	移动端边缘计算
423	2025-12-12	A two-step joint model based on deep learning realizes intelligent recognition of exfoliated cells in serous effusion 2026-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108616 PMID:40784070	研究论文	提出一种基于深度学习的两步联合模型，用于实现浆膜腔积液脱落细胞的智能识别	通过整合在线卷积重参数化模块改进YOLOv8模型，并结合双注意力视觉变换器，构建了两步联合框架，以标准化和增强诊断过程	未明确提及研究的具体局限性	标准化和增强浆膜腔积液的细胞学诊断过程，减少误诊和漏诊	浆膜腔积液中的脱落细胞，包括异常细胞以及正常细胞（淋巴细胞、间皮细胞、组织细胞、中性粒细胞）	数字病理学	恶性肿瘤	深度学习	YOLOv8, DaViT	图像	未明确提及具体样本数量	未明确提及	YOLOv8, DaViT	灵敏度, 准确率	未明确提及
424	2025-12-12	A unified graph-based approach for protein function prediction using AlphaFold structures and sequence features 2026-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108609 PMID:40815964	研究论文	提出了一种名为StructSeq2GO的新型混合模型，通过结合AlphaFold预测的蛋白质结构和序列特征来预测蛋白质功能	首次将AlphaFold预测的高精度蛋白质结构信息与ProteinBERT生成的序列嵌入相结合，利用图表示学习进行蛋白质功能预测	模型性能受AlphaFold结构预测质量影响，未来可从结构置信度建模方面改进；目前尚未扩展到通路水平或疾病相关注释预测	开发一种整合蛋白质结构和序列信息的统一方法，以提升蛋白质功能预测的准确性	蛋白质及其功能注释（基因本体GO标签）	计算生物学	NA	AlphaFold结构预测，ProteinBERT语言模型，图表示学习	图神经网络，语言模型	蛋白质序列，蛋白质结构，蛋白质-蛋白质相互作用网络	NA	NA	StructSeq2GO（自定义混合架构）	F分数，AUC，AUPR	NA
425	2025-12-12	Systemic Lupus Erythematosus prediction using Epistatic-Quantile Fusion Transformer network with integrated multi-omics and clinical data 2026-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108617 PMID:40818386	研究论文	本文提出了一种名为Epistatic-Quantile Fusion Transformer (EQF-T)的统一框架，用于整合多组学和临床数据以预测系统性红斑狼疮	引入了Beta-Variational Rank-ordered Quantile Autoencoder (Beta-VARQA)进行数据预处理，以及Epistatic Attention fused Multi-Omics Laplacian Transformer (EA-MLT)来捕获高阶基因-基因相互作用和跨组学层的结构依赖性	未在摘要中明确说明	开发一个深度学习框架，以有效整合高维多组学数据和电子健康记录，实现系统性红斑狼疮的早期预测	系统性红斑狼疮患者的多组学数据和临床数据	机器学习	系统性红斑狼疮	多组学数据整合，电子健康记录分析	Transformer, Autoencoder	多组学数据，临床数据	未在摘要中明确说明	未在摘要中明确说明	Beta-Variational Rank-ordered Quantile Autoencoder (Beta-VARQA), Epistatic Attention fused Multi-Omics Laplacian Transformer (EA-MLT), SLE-Net	准确率, 精确率, 召回率, F1分数, ROC-AUC	未在摘要中明确说明
426	2025-12-12	A novel hybrid deep learning model using MEResNext for autism spectrum disorder detection 2026-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108619 PMID:40834741	研究论文	本文提出了一种结合MoNet和ResNeXt的混合深度学习模型MEResNeXt，用于自闭症谱系障碍的检测	提出了一种名为DeSEHO的特征选择方法（结合双指数平滑和麋鹿群优化器），并构建了新型混合深度学习模型MEResNeXt	未提及模型在独立外部数据集上的验证情况，也未讨论计算复杂度或实时应用可行性	开发一种用于自闭症谱系障碍检测的混合深度学习方法	自闭症谱系障碍患者的数据	机器学习	自闭症谱系障碍	Yeo-Jhonson变换，双指数平滑，麋鹿群优化器	深度学习，混合模型	未明确说明（可能是医学或行为数据）	NA	NA	MEResNeXt（MoNet与ResNeXt的组合）	准确率，灵敏度，特异性	NA
427	2025-12-12	LYnet: Computational identification of tumor T cell antigens using convolutional and recurrent neural networks 2026-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108630 PMID:40876398	研究论文	本研究提出了一种名为LYnet的新型深度学习模型，用于准确预测肿瘤T细胞抗原，以改进癌症疫苗的开发	构建了一个结合一维卷积神经网络和双向长短期记忆层的混合架构，以同时捕捉局部基序模式和长程序列依赖性，并采用SMOTE-Tomek策略处理类别不平衡问题	未在更广泛、更多样化的独立数据集上进行验证，模型性能可能受限于训练数据的质量和代表性	开发一种高精度的计算模型，以改进肿瘤T细胞抗原的识别，从而促进更有效的治疗性癌症疫苗的开发	肿瘤T细胞抗原的氨基酸序列	生物信息学/计算生物学	癌症	深度学习，序列特征提取（AAindex, AAK-mer, CKSAAP/CKSAAGP, 理化组成向量）	CNN, LSTM	序列数据（氨基酸序列）	使用了LYnet基准数据集进行训练和10折交叉验证，并在两个独立基准集（TAP 1.0和iTTCA-RF）上进行评估	NA	一维CNN与双向LSTM的混合架构（LYnet）	AUC, 灵敏度, 特异性, MCC	NA
428	2025-12-12	Diagnosis of leukemia using microarray analysis based on Hidden Markov Model and Random Convolutional Kernel Transform 2026-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108676 PMID:40946356	研究论文	本研究提出了一种结合生成对抗网络、隐马尔可夫模型和随机卷积核变换的深度学习模型，用于基于微阵列数据的白血病高精度诊断	首次将GAN（U-Net架构）用于生成白血病诊断相关的合成微阵列数据，并结合HMM进行特征排序与ROCKET方法进行分类，实现了对五种白血病亚型的高精度分类	未明确说明模型在独立外部验证集上的泛化性能，也未讨论计算复杂度和临床部署可行性	提高基于微阵列数据的白血病亚型诊断准确率	白血病患者的基因微阵列数据	机器学习	白血病	微阵列分析	GAN, HMM, ROCKET	基因表达数据	NA	NA	U-Net	准确率	NA
429	2025-12-12	Beehive-entrance imaging and deep learning for real-time monitoring of Varroa destructor in apiculture 2026-Feb, Journal of invertebrate pathology IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.jip.2025.108465 PMID:41057107	研究论文	本研究提出了一种基于蜂巢入口成像和深度学习的方法，用于实时监测蜜蜂中的瓦螨（Varroa destructor）	通过改造传统蜂巢并部署基于YOLOv5s的检测器，实现了在蜜蜂运动和环境光照变化下的实时瓦螨检测，并提供了经济可行的规模化部署方案	未明确提及模型在不同气候或蜂种间的泛化能力，以及长期运行中的维护挑战	开发一种实时、自动化的瓦螨监测系统，以支持可持续和数据驱动的养蜂实践	蜜蜂（Apis mellifera）及其寄生虫瓦螨（Varroa destructor）	计算机视觉	NA	蜂巢入口成像	CNN	图像, 视频	1,600张标注图像，补充了螨虫特写	NA	YOLOv5s	平均精度均值（mAP@0.5）	NA
430	2025-12-12	Using Deep Learning With Few-Shot Learning to Improve Data Capture in Total Hip Arthroplasty Operative Notes 2026-Jan, The Journal of arthroplasty IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.arth.2025.06.008 PMID:40484056	研究论文	本研究评估了使用GPT-4结合少样本学习技术，从全髋关节置换术手术记录中提取植入物固定方式、技术使用和手术入路信息的可行性	首次将GPT-4与自定义少样本学习提示结合，应用于骨科手术记录的自动化数据提取，并生成临床分类的详细理由	研究为单中心试点，样本量有限（240份记录），且仅针对全髋关节置换术，未验证在其他手术或医疗场景的泛化能力	提高全髋关节置换术手术记录中关键信息的自动化提取准确性和效率，以支持大规模骨科数据登记和分析	全髋关节置换术的手术记录文本	自然语言处理	骨科疾病	少样本学习	GPT-4	文本	240份独特手术记录（来自38名外科医生，2011年11月至2024年3月）	NA	GPT-4	准确率, Flesch-Kincaid等级分数, 自BLEU分数, 字符级序列匹配率	NA
431	2025-12-12	Systematic review and meta-analysis of artificial intelligence models for diagnosing and subphenotyping ARDS in adults 2026 Jan-Feb, Heart & lung : the journal of critical care IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.hrtlng.2025.09.017 PMID:41037977	系统综述与荟萃分析	本文通过系统综述和荟萃分析评估了人工智能模型在成人ARDS诊断和亚表型识别中的诊断性能与方法学质量	首次对人工智能模型在ARDS诊断和亚表型识别方面的研究进行了全面的系统综述和荟萃分析，并评估了其方法学质量及AI特定指标	研究存在高异质性，校准报告缺失较多，外部验证不足，亚表型研究仍处于探索阶段	评估人工智能模型在成人ARDS及其亚表型识别中的诊断性能和方法学质量	成人ARDS患者	机器学习	急性呼吸窘迫综合征	NA	深度学习, 机器学习	图像, 非图像数据	63项研究，共135,762名参与者	NA	NA	灵敏度, 特异性, AUROC	NA
432	2025-12-12	Feasibility of Dose Reduction in the Context of Preoperative Diagnostics in Cochlear Implant Surgery With a Photon-Counting Detector CT and Deep Learning-Supported Denoising 2026-Jan-01, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004647 PMID:41151028	研究论文	本研究探讨了在光子计数探测器CT中使用深度学习降噪技术，以降低人工耳蜗植入手术规划中的辐射剂量，同时评估其对耳蜗导管长度测量准确性的影响	首次将光子计数探测器CT与深度学习降噪算法结合，系统评估了在人工耳蜗植入规划中大幅降低辐射剂量（低至标准剂量的5%）的可行性	研究样本量较小（仅4具遗体捐赠者），且未包含内耳畸形病例；深度学习降噪在低于50%剂量时对测量准确性的改善有限	探索在人工耳蜗植入手术的术前诊断中，通过先进成像技术与人工智能方法实现辐射剂量降低的可行性	人工耳蜗植入手术的术前CT影像，重点关注耳蜗导管长度的测量准确性	数字病理学	耳科疾病	光子计数探测器CT扫描，深度学习降噪算法	深度学习	CT影像	4具无内耳畸形的遗体捐赠者	NA	ClariAce（深度学习降噪算法）	耳蜗导管长度测量偏差，Bland-Altman图分析系统误差	NA
433	2025-12-12	Computer Vision-based Extraction of Structured Data From Scanned Audiograms in the Electronic Health Record 2026-Jan-01, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004679 PMID:41191411	研究论文	开发并评估一种基于计算机视觉的方法，用于从电子健康记录中存储的扫描听力图测试表中提取结构化听力阈值数据	提出了一种不依赖深度学习或手动预处理的、基于轮廓分析的计算机视觉流程，用于从扫描的听力图中自动提取结构化数据	研究仅基于907份手工填写的听力图测试表，且测试集仅包含30份听力图（618个阈值），样本规模相对有限	开发一种可扩展的方法，将遗留的扫描听力图转换为结构化数据集，以支持人群水平的听力研究、临床决策支持和流行病学监测	扫描的听力图测试表（PDF格式）	计算机视觉	听力损失	计算机视觉、光学字符识别（OCR）	NA	图像（扫描的听力图）	907份手工填写的听力图测试表（2014年1月1日至2022年12月31日），测试集包含30份听力图（618个阈值）	NA	NA	准确率、平均绝对误差（频率和阈值）	NA
434	2025-12-12	Classifying retinal degeneration using OCT and histological images in a rodent model for retinal degeneration by deep learning 2026-Jan, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110748 PMID:41241339	研究论文	本研究首次使用深度学习模型，结合OCT和组织学图像，对啮齿类动物视网膜变性模型进行分期分类，并从OCT图像预测视力	首次在临床前视网膜变性模型中，同时使用OCT和组织学图像进行分期分类，并实现从OCT图像预测视力功能	研究仅在RCS大鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	利用深度学习对视网膜变性进行客观、准确的分期分类和功能预测	皇家外科医生学院（RCS）大鼠，一种广泛使用的视网膜变性模型	计算机视觉	视网膜变性	光学相干断层扫描（OCT），组织学成像	CNN	图像	35只大鼠，OCT图像62,070张，组织学图像16,306张	NA	ResNet18	准确率，F1分数，均方误差，平均绝对误差	NA
435	2025-12-12	Deep Learning Approaches for Thrombosis Detection and Risk Assessment Via Ultrasound Imaging: A Scoping Review 2026-Jan, Ultrasound in medicine & biology DOI:10.1016/j.ultrasmedbio.2025.09.019 PMID:41136271	综述	本文是一篇范围综述，探讨了深度学习技术在超声成像中用于血栓检测和风险评估的应用现状	系统性地综述了深度学习在静脉、动脉和心脏血栓超声检测与风险评估中的应用，并识别了当前的研究趋势和未来方向	纳入研究的数据集和验证方法存在显著异质性，且缺乏标准化、可公开访问的数据集	调查深度学习技术如何应用于超声成像，以增强血栓的检测和风险评估	超声成像中的血栓，涉及静脉、动脉和心脏等不同血管环境	计算机视觉	心血管疾病	超声成像，包括B型超声、多普勒超声、血管内超声和经食道超声心动图	CNN, U-Net, ResNet, ANN	图像	NA	NA	卷积神经网络, U-Net, 残差神经网络, 人工神经网络	灵敏度, 特异度, 准确率, AUC	NA
436	2025-12-12	Biomarker-Specific Test-Retest Repeatabilities of Microperimetry in Neovascular Age-Related Macular Degeneration 2026-Jan, Ophthalmology science IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.xops.2025.100978 PMID:41362358	研究论文	本研究评估了微视野检查在新生血管性年龄相关性黄斑变性患者中针对特定生物标志物的设备内和设备间重复性	首次结合深度学习量化OCT生物标志物，系统评估了不同光照条件下微视野检查的重复性及其与特定生物标志物的关联	样本量较小（20只眼），仅纳入nAMD患者，未包含健康对照组或其他视网膜疾病	评估微视野检查在nAMD患者中的重复性，并探究OCT生物标志物对重复性的影响	20名新生血管性年龄相关性黄斑变性患者的20只眼	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	微视野检查，OCT成像，深度学习图像分析	深度学习模型	图像，功能测试数据	20只眼（来自20名nAMD患者）	NA	NA	Bland-Altman图，重复性系数，组内相关系数，混合效应模型P值	NA
437	2025-12-12	Predicting Attainment of Clinically Important Difference in the Japanese Orthopaedic Association Back Pain Evaluation Questionnaire: A Comparison of Deep Learning and Machine Learning 2026-Jan-01, Spine IF:2.6Q1 DOI:10.1097/BRS.0000000000005534 PMID:41066627	研究论文	本研究比较了三种人工智能模型（TabNet、深度神经网络和弹性网络惩罚逻辑回归）在预测日本骨科协会背痛评估问卷临床重要差异达成方面的能力	首次将TabNet等深度学习模型应用于预测背痛手术后功能改善的临床重要差异，并通过多中心数据进行训练和外部验证	研究为回顾性设计，可能存在选择偏倚；样本量相对有限，且仅基于日本患者数据，可能影响模型的泛化能力	评估人工智能模型在预测腰椎手术后患者报告结局改善方面的准确性和可靠性	来自三个脊柱中心的1149名接受腰椎手术的患者	机器学习	背痛	患者报告结局测量（JOABPEQ和VAS评分）	TabNet, DNN, ENLR	结构化临床数据（包括年龄、性别、术前评分等）	1149名患者（训练集981名，外部验证集168名）	NA	TabNet, 深度神经网络, 弹性网络惩罚逻辑回归	AUC, 准确率	NA
438	2025-12-12	Transformer-based deep learning architecture for multivariable radioactive source term inversion 2026-Jan, Journal of environmental radioactivity IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jenvrad.2025.107835 PMID:41082808	研究论文	本文开发了一种基于Transformer的深度学习架构，用于多变量放射性源项反演，以支持核应急响应和后果评估	首次将Transformer架构结合贝叶斯优化应用于放射性源项的多变量反演，并通过特征消融分析揭示了高浓度监测点对反演的重要性	在耦合所有三个变量的场景中，释放高度的决定系数较低（0.72），表明模型在该变量上的反演性能有待提升	开发一种深度学习模型，用于准确估计放射性源项的多个变量（释放速率、高度和位置）	放射性源项的反演，包括释放速率、释放高度和释放位置	机器学习	NA	CALMET-LAPMOD耦合模型，Kincaid示踪实验验证	Transformer	模拟数据集	针对五种代表性场景系统构建的数据集，具体样本数量未明确说明	NA	Transformer	决定系数（R），平均距离误差，95%置信水平	NA
439	2025-12-12	Long-term projections of global groundwater storage under future climate change scenarios using deep learning 2025-Dec-20, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.181043 PMID:41319536	研究论文	本研究利用深度学习模型预测未来气候变化情景下全球地下水储量的长期变化	首次采用气候诱导的AI模型结合CMIP6 SSPs情景，对全球GRACE地下水储量进行长期预测至2100年，并识别温度作为主导驱动因素	模型依赖于CMIP6情景假设，未考虑局部人为干预或极端事件突变影响	评估未来气候变化对全球地下水储量的影响，为可持续水资源管理提供依据	全球地下水储量变化	机器学习	NA	深度学习	深度学习模型	气候数据、GRACE卫星数据	全球范围数据	NA	NA	NRMSE, IOA	NA
440	2025-12-12	Chronic liver disease classification using deep learning with SHAP-optimized hybrid features 2025-Dec-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113972 PMID:41362625	研究论文	本研究提出了一种基于深度神经网络（DNN）的预测框架，结合特征排序和基于投影的算法，用于准确检测慢性肝病，并通过SHAP增强模型可解释性	提出了一种新颖的预测框架，将深度神经网络与特征排名和投影算法集成，并应用SHAP提高模型可解释性，以识别影响预测的最重要特征	NA	开发一种准确高效的慢性肝病检测方法，以支持早期干预并改善患者预后	慢性肝病	机器学习	肝病	NA	DNN	NA	NA	NA	深度神经网络	准确率	NA