深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5421	2025-03-25	Development and Validation of a Biparametric MRI Deep Learning Radiomics Model with Clinical Characteristics for Predicting Perineural Invasion in Patients with Prostate Cancer 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.07.013 PMID:39043515	研究论文	开发并验证了一种结合双参数MRI深度学习和临床特征的模型，用于预测前列腺癌患者的神经周围侵犯	整合了临床特征、放射组学和深度学习特征，构建了一个综合预测模型DLRC	研究样本量有限，且仅基于术前MRI和根治性前列腺切除术的数据	非侵入性预测前列腺癌患者的神经周围侵犯(PNI)	557名接受术前MRI和根治性前列腺切除术的前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	双参数MRI	深度学习放射组学模型(DLRC)	MRI图像和临床数据	557名患者，按7:3比例分为训练集和验证集
5422	2025-03-25	Gated SPECT-Derived Myocardial Strain Estimated From Deep-Learning Image Translation Validated From N-13 Ammonia PET 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.06.047 PMID:39095261	研究论文	本研究探讨了使用深度学习生成的虚拟PET样门控SPECT（SPECTVP）评估心肌应变的可行性，以克服传统SPECT的限制	利用深度学习技术将SPECT图像转换为PET样图像（SPECTVP），提高了心肌应变测量的准确性	研究样本量较小（18名患者在应激状态，23名患者在静息状态），且仅选择了射血分数无变化的患者进行训练	提高心肌应变测量的准确性，探索SPECTVP在临床中的应用价值	心肌应变	数字病理学	心血管疾病	深度学习图像转换	深度学习模型	医学图像（SPECT和PET）	18名患者在应激状态（720对图像），23名患者在静息状态（920对图像）
5423	2025-03-25	Preoperative Contrast-Enhanced CT-Based Deep Learning Radiomics Model for Distinguishing Retroperitoneal Lipomas and Well‑Differentiated Liposarcomas 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.06.035 PMID:39003228	research paper	评估基于术前增强CT的深度学习放射组学列线图在区分腹膜后高分化脂肪肉瘤和脂肪瘤中的效能	结合放射组学和深度学习特征开发的新型列线图模型，用于术前预测MDM2基因扩增，以区分两种疾病	研究为回顾性多中心设计，可能存在选择偏倚；样本量相对有限	开发术前影像学生物标志物以区分腹膜后高分化脂肪肉瘤和脂肪瘤	167例MDM2阳性高分化脂肪肉瘤或MDM2阴性脂肪瘤患者	digital pathology	liposarcoma	contrast-enhanced CT (CECT)	deep learning radiomics nomogram (DLRN)	medical imaging	167例患者（训练集104例/外部测试集63例）
5424	2025-03-25	Predicting the Prognosis of HIFU Ablation of Uterine Fibroids Using a Deep Learning-Based 3D Super-Resolution DWI Radiomics Model: A Multicenter Study 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.06.027 PMID:38969576	研究论文	评估基于深度学习的3D超分辨率扩散加权成像放射组学模型在预测高强度聚焦超声消融子宫肌瘤预后中的可行性和有效性	使用深度学习构建超分辨率DWI，并在预测HIFU消融子宫肌瘤预后方面优于高分辨率DWI模型和放射科专家评估	回顾性研究设计，样本量相对有限（360例患者）	预测高强度聚焦超声（HIFU）消融子宫肌瘤的预后	子宫肌瘤患者	数字病理	子宫肌瘤	扩散加权成像（DWI），深度学习	SVM, RF, LightGBM	3D医学影像	360例患者（240例训练集，60例内部测试集，60例外部测试集）
5425	2025-03-25	DeepSAP: A Novel Brain Image-Based Deep Learning Model for Predicting Stroke-Associated Pneumonia From Spontaneous Intracerebral Hemorrhage 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.06.025 PMID:38955592	research paper	开发了一种基于脑部CT扫描的深度学习模型DeepSAP，用于预测自发性脑出血后的卒中相关性肺炎	首次结合脑部CT图像和临床数据，通过MRI模板进行图像配准消除样本间结构差异，实现了脑出血的统计量化和空间标准化	研究为回顾性研究，样本量相对较小(n=244)，需要进一步前瞻性验证	开发快速可靠的模型及时预测卒中相关性肺炎(SAP)	244例自发性脑出血(ICH)患者	digital pathology	cardiovascular disease	CT扫描，MRI-template-based图像配准技术	deep-learning neural network	image (脑部CT扫描)和临床数据	244例ICH患者(训练集170例，测试集74例)
5426	2025-03-25	Prospective Deployment of Deep Learning Reconstruction Facilitates Highly Accelerated Upper Abdominal MRI 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.05.044 PMID:38955591	研究论文	比较传统T1容积插值屏气检查（VIBE）与深度学习（DL）重建加速VIBE序列在上腹部MRI中的图像质量和诊断信心	使用深度学习重建技术将VIBE-SPAIR的屏气时间减少50%，同时提高图像质量	研究样本量较小（45例患者），且仅在单一三级中心进行	评估深度学习重建加速VIBE序列在上腹部MRI中的性能	上腹部MRI检查的患者	医学影像	上腹部疾病	深度学习重建技术	DL	MRI图像	45例患者
5427	2025-03-25	Super-resolution Deep Learning Reconstruction for 3D Brain MR Imaging: Improvement of Cranial Nerve Depiction and Interobserver Agreement in Evaluations of Neurovascular Conflict 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.06.010 PMID:38897913	research paper	该研究探讨了超分辨率深度学习重建（SR-DLR）在3D脑部MR成像中对颅神经描绘和神经血管冲突评估的改进效果	首次比较了SR-DLR与DLR在3D FASE脑部MR图像中对颅神经描绘和神经血管冲突评估的影响	研究样本量较小（37例患者），且SR-DLR显示出更高的主观图像噪声	评估SR-DLR在3D脑部MR成像中对颅神经描绘和神经血管冲突评估的改进效果	37例患者的3D FASE脑部MR图像	digital pathology	神经血管疾病	3D fast asymmetric spin echo (3D FASE)脑部MR成像	深度学习重建（DLR）和超分辨率深度学习重建（SR-DLR）	3D MR图像	37例患者
5428	2025-03-25	Predicting Lymphovascular Invasion in Non-small Cell Lung Cancer Using Deep Convolutional Neural Networks on Preoperative Chest CT 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.05.010 PMID:38845293	研究论文	本研究利用术前胸部CT图像和深度学习技术，构建了一个非小细胞肺癌淋巴血管侵犯的无创预测诊断模型	结合2D和3D CT成像特征以及临床放射学数据，开发了四种不同的深度卷积神经网络预测模型，用于预测非小细胞肺癌的淋巴血管侵犯	研究为回顾性观察研究，样本中LVI阳性患者较少（106例），可能影响模型的泛化能力	开发非小细胞肺癌淋巴血管侵犯的无创预测方法	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	CT成像	DCNN（包括Dual-head Res2Net_3D23F、Dual-head Res2Net_3D3F、Dual-head Res2Net_3D和EfficientNet-B0_2D）	图像	3034例非小细胞肺癌患者（其中106例LVI阳性）
5429	2025-03-25	Value of CT-Based Deep Learning Model in Differentiating Benign and Malignant Solid Pulmonary Nodules ≤ 8 mm 2024-12, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.05.021 PMID:38806374	研究论文	本研究探讨了基于CT的深度学习模型在区分≤8mm的良性和恶性实性肺结节中的有效性	使用MDANet构建的深度学习模型，结合结节和不同周围区域特征，优于传统算法	样本量有限（n=719），且所有患者均接受了手术切除，可能影响模型的泛化能力	评估基于CT的深度学习模型在区分小实性肺结节良恶性方面的性能	≤8mm的实性肺结节	数字病理学	肺癌	CT扫描	MDANet, VGG19, ResNet50, ResNeXt50, DenseNet121	医学影像	719例患者（内部训练、内部验证和外部验证队列）
5430	2025-03-25	A Comparison of CT-Based Pancreatic Segmentation Deep Learning Models 2024-11, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.06.015 PMID:38944630	research paper	本研究比较了五种基于CT的胰腺分割深度学习模型在不同指标下的性能	首次对五种高性能胰腺分割模型进行多指标分层比较，并分析了影响分割性能的扫描和患者特征	研究为回顾性设计，部分患者特征数据缺失	评估不同深度学习模型在胰腺CT分割中的性能差异	胰腺CT扫描图像	digital pathology	pancreatic pathologies	CT扫描	CNN, transformer network (AAUNet, AASwin, TS, MSD-nnUNet, DM-UNet)	image	352例CT扫描（来自2000-2023年）
5431	2025-03-25	Assessment of Deep Learning-Based Triage Application for Acute Ischemic Stroke on Brain MRI in the ER 2024-11, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.04.046 PMID:38908922	研究论文	评估基于深度学习的急性缺血性卒中在急诊室脑MRI上的分诊应用	开发并评估了一种深度学习应用（DLA），用于在急诊室环境下快速检测急性缺血性卒中（AIS），并研究了T2加权成像（T2WI）对其性能的影响	研究为回顾性分析，可能受到数据选择和采集时间的限制	评估深度学习应用在急诊室环境下检测急性缺血性卒中的效果	急诊室中接受脑MRI检查的患者	数字病理学	心血管疾病	MRI（包括DWI和FLAIR序列）	深度学习应用（DLA）	医学影像（MRI）	947名个体（平均年龄64±16岁，男性461名，女性486名），其中239名（25%）为急性缺血性卒中阳性
5432	2025-03-25	Multi-feature Fusion Network on Gray Scale Ultrasonography: Effective Differentiation of Adenolymphoma and Pleomorphic Adenoma 2024-11, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.05.023 PMID:38871552	研究论文	开发一种深度学习放射组学图网络（DLRN），用于区分腮腺多形性腺瘤（PA）和腺淋巴瘤（AL）	整合了灰度超声图像的深度学习特征、放射组学特征和临床特征，构建了DLRN模型，显著提高了诊断性能	数据集较小，可能影响模型的泛化能力	区分腮腺多形性腺瘤和腺淋巴瘤	287名经组织学确认的PA或AL患者	数字病理	腮腺肿瘤	灰度超声成像	DLRN, LR, SVM, KNN, RF, ExtraTrees, XGBoost, LightGBM, MLP	图像	287名患者（162名训练集，70名内部验证集，55名外部验证集）
5433	2025-03-25	A Self-supervised Learning-Based Fine-Grained Classification Model for Distinguishing Malignant From Benign Subcentimeter Solid Pulmonary Nodules 2024-11, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.05.002 PMID:38777719	研究论文	本研究开发并验证了一种基于自监督学习的细粒度分类模型，用于区分亚厘米实性肺结节的良恶性	采用自监督预训练和细粒度网络相结合的方法，提高了亚厘米实性肺结节良恶性分类的准确性	研究为回顾性设计，且内部数据集特意富集了恶性病例，可能影响模型的泛化能力	开发能够准确区分亚厘米实性肺结节良恶性的深度学习模型	亚厘米实性肺结节(SSPNs)	数字病理	肺癌	CT成像	自监督预训练+细粒度网络	医学影像	内部数据集1389个SSPNs(来自1276名患者)，外部测试集202个SSPNs
5434	2025-03-25	Deep Learning Model for Predicting Proliferative Hepatocellular Carcinoma Using Dynamic Contrast-Enhanced MRI: Implications for Early Recurrence Prediction Following Radical Resection 2024-11, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.04.028 PMID:38749868	research paper	开发并验证了一种基于深度学习的动态对比增强MRI模型，用于区分增殖性和非增殖性肝细胞癌，以优化术前评估和治疗策略	首次使用深度学习模型结合DCE-MRI图像预测肝细胞癌的增殖性，并评估其早期复发风险	研究为回顾性设计，样本量相对有限，且外部验证集的性能有所下降	通过非侵入性方法预测肝细胞癌的增殖性和早期复发风险，优化个体化治疗策略	355例接受根治性切除术的肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	dynamic contrast-enhanced MRI (DCE-MRI)	DL (Deep Learning)	image	355例患者（训练集251例，内部测试集62例，外部测试集42例）
5435	2025-03-25	Deep Learning Features and Metabolic Tumor Volume Based on PET/CT to Construct Risk Stratification in Non-small Cell Lung Cancer 2024-11, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.04.036 PMID:38740530	research paper	该研究通过结合PET/CT的深度学习特征和全身代谢肿瘤体积(MTVwb)构建风险分层(CRS)，用于预测非小细胞肺癌(NSCLC)患者的总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)，作为TNM分期的补充	首次将深度学习特征与MTVwb结合构建风险分层(CRS)，并验证其作为TNM分期补充工具的预测价值	测试集中预测OS时CRS的C-index未显著优于TNM分期(0.73 vs 0.736)	提高非小细胞肺癌患者的生存预测准确性	590例非小细胞肺癌患者(413例训练集，177例测试集)	digital pathology	lung cancer	PET/CT	CNN	医学影像	590例NSCLC患者(训练集413例，测试集177例)
5436	2025-03-25	Accuracy of 18F-FDG PET Imaging in Differentiating Parkinson's Disease from Atypical Parkinsonian Syndromes: A Systematic Review and Meta-Analysis 2024-11, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2024.08.016 PMID:39183130	meta-analysis	该研究通过系统综述和荟萃分析评估了18F-FDG PET成像在区分帕金森病（PD）与非典型帕金森综合征（APSs）中的准确性	比较了视觉解读与AI辅助自动分类在诊断PD中的表现，发现AI辅助方法的诊断准确性与放射科医师相当	纳入研究的方法学异质性可能影响结果的可靠性	定量评估18F-FDG PET在区分PD与APSs中的准确性	帕金森病（PD）与非典型帕金森综合征（APSs）患者	医学影像分析	帕金森病	18F-FDG PET成像	机器学习（ML）和深度学习（DL）	医学影像数据	1508名PD患者和1370名APSs患者
5437	2025-03-25	ChromaFold predicts the 3D contact map from single-cell chromatin accessibility 2024-Nov-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53628-0 PMID:39487131	research paper	本文提出了一种名为ChromaFold的深度学习模型，用于从单细胞ATAC测序数据预测3D接触图	ChromaFold仅使用scATAC-seq数据就能预测3D接触图，包括调控相互作用，且在性能上达到了最先进水平	需要依赖配对的scATAC-seq和Hi-C数据进行训练，可能限制了其在没有这些数据的情况下的应用	通过预测细胞类型特异的3D染色质相互作用来解析基因调控和解释疾病相关的非编码变异	人类和小鼠的测试细胞类型	computational biology	NA	scATAC-seq, Hi-C	deep learning model	genomic data	人类和小鼠的多种测试细胞类型
5438	2025-03-25	Community assessment of methods to deconvolve cellular composition from bulk gene expression 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50618-0 PMID:39191725	research paper	评估从批量基因表达数据中解卷积细胞组成的方法，通过社区范围的DREAM挑战进行	评估了多种解卷积方法，包括深度学习方法的强表现，确立了该范式在解卷积中的适用性	部分方法未针对所有功能性CD8+ T细胞状态进行训练或准确度较低	评估解卷积方法在推断肿瘤样本中免疫浸润水平的效果	体外和计算机模拟的癌症与健康免疫细胞的混合转录谱	machine learning	cancer	bulk gene expression analysis	deep learning	gene expression data	NA
5439	2025-03-25	Deep learning predicts postoperative opioids refills in a multi-institutional cohort of surgical patients 2024-08, Surgery IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.surg.2024.03.054 PMID:38796387	research paper	该研究探讨了深度学习模型在预测术后需要阿片类药物补充的患者中的应用	首次将深度学习模型应用于预测术后阿片类药物补充需求，并通过多机构队列验证其高准确性	研究为回顾性设计，且仅纳入单一医疗中心的患者数据	优化术后阿片类药物处方策略，平衡药物滥用风险与患者疼痛控制需求	接受择期手术的成年患者	machine learning	NA	deep learning, random forest, eXtreme Gradient Boosting	深度学习、随机森林、XGBoost	临床医疗记录	9,731例择期手术患者（平均年龄62.1岁，51.4%为女性）
5440	2025-03-25	Deep learning structural insights into heterotrimeric alternatively spliced P2X7 receptors 2024-Aug, Purinergic signalling IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s11302-023-09978-3 PMID:38032425	研究论文	本研究利用深度学习工具AlphaFold2-Multimer (AF2M)预测并验证了异源三聚体P2X7受体的结构	首次应用AF2M预测异源三聚体P2X7受体的结构，并通过多种方法验证了模型的准确性	研究主要依赖于计算模型，需要进一步的实验验证	探索异源三聚体P2X7受体的结构及其功能影响	P2X7受体及其剪接变体	结构生物学	NA	AlphaFold2-Multimer (AF2M), 冷冻电镜(cryo-EM)	AlphaFold2-Multimer	蛋白质结构数据	多个P2X7受体剪接变体