深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6061	2025-03-04	A computational spectrometer for the visible, near, and mid-infrared enabled by a single-spinning film encoder 2025-Feb-28, Communications engineering DOI:10.1038/s44172-025-00379-5 PMID:40021937	研究论文	本文提出了一种结合单旋转薄膜编码器（SSFE）和深度学习重建算法的计算光谱仪，覆盖可见光到中红外波长范围	通过粒子群优化（PSO）实现低相关性和高复杂度的光谱响应，展示了在可见光、近红外和中红外波长范围内的单峰和双峰分辨率	NA	开发一种低成本、原位、快速光谱分析的计算光谱仪	光谱仪的光谱响应和化学化合物的分类	机器学习和光学工程	NA	粒子群优化（PSO）和深度学习	深度学习算法	光谱数据	220种化学化合物
6062	2025-03-04	Preoperative diagnosis of meningioma sinus invasion based on MRI radiomics and deep learning: a multicenter study 2025-Feb-28, Cancer imaging : the official publication of the International Cancer Imaging Society IF:3.5Q1 DOI:10.1186/s40644-025-00845-5 PMID:40022261	研究论文	本研究探讨了结合放射组学和深度学习特征的融合模型在脑膜瘤窦侵犯术前精确诊断中的重要性	创新点在于结合放射组学和深度学习特征构建融合模型，用于脑膜瘤窦侵犯的术前诊断	研究为回顾性研究，可能存在选择偏倚，且样本量虽大但仅限于特定中心	研究目的是构建一个融合模型，用于脑膜瘤窦侵犯的术前精确诊断	研究对象为601例经手术病理证实的脑膜瘤患者	数字病理	脑膜瘤	MRI影像分析	随机森林（RF）算法	MRI图像	601例脑膜瘤患者
6063	2025-03-04	A deep learning and statistical shape modeling-based method for assessing intercondylar notch volume in anterior cruciate ligament reconstruction 2025-Feb-28, The Knee DOI:10.1016/j.knee.2025.02.009 PMID:40022961	研究论文	本研究利用深度学习和统计形状建模技术，开发了一种评估前交叉韧带重建中髁间窝体积的方法	结合深度学习和统计形状建模技术，实现了对髁间窝的快速三维建模，并分析了其体积和形状的变异性	研究仅针对前交叉韧带损伤患者，未涉及其他膝关节疾病或健康人群	提高对髁间窝复杂三维解剖结构的理解，以优化前交叉韧带重建手术	前交叉韧带损伤患者的髁间窝	数字病理	前交叉韧带损伤	深度学习，统计形状建模（SSM）	SegResNet	三维图像	前交叉韧带损伤患者的样本
6064	2025-03-04	Deep Learning-Assisted Diagnosis of Malignant Cerebral Edema Following Endovascular Thrombectomy 2025-Feb-28, Academic radiology IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.acra.2025.02.021 PMID:40023742	研究论文	本研究旨在开发和验证一种基于深度学习辅助的诊断模型，利用血栓切除术后头部非对比计算机断层扫描中的高衰减成像标志物（HIM），以帮助放射科医生预测接受血管内血栓切除术（EVT）的患者是否会出现恶性脑水肿（MCE）	首次将深度学习模型与HIM结合，用于预测EVT后的MCE，显著提高了放射科医生的诊断性能	研究样本量相对较小，且仅在单一机构进行，可能需要多中心研究进一步验证	开发并验证一种深度学习辅助的诊断模型，用于预测EVT后的MCE	接受EVT治疗的急性缺血性卒中患者	数字病理学	心血管疾病	深度学习	ResNet 50, ResNet 101, ResNeXt50_32×4d, ResNeXt101_32×8d, DenseNet 121	图像	271名患者（168名训练组，43名验证组，60名前瞻性内部测试组）
6065	2025-03-04	AI-echocardiography: Current status and future direction 2025-Feb-21, Journal of cardiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.jjcc.2025.02.005 PMID:40023671	综述	本文回顾了AI在超声心动图领域的当前应用、局限性以及未来发展方向	讨论了深度学习模型在超声心动图中的应用，包括无需人工标注的零样本预测和自动报告生成	当前AI技术在超声心动图中的应用仍存在局限性，需要进一步研究和验证	探讨AI技术在超声心动图中的应用及其在临床实践中的潜力	超声心动图数据	医学影像	心血管疾病	深度学习	深度学习模型	图像	NA
6066	2025-03-04	Improved Microbubble Tracking for Super-Resolution Ultrasound Localization Microscopy using a Bi-Directional Long Short-term Memory Neural Network 2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637352 PMID:39990416	研究论文	本文提出了一种基于双向长短期记忆神经网络的深度学习微泡配对和跟踪方法，用于超分辨率超声定位显微镜	该方法整合了多参数微泡特征，以实现更稳健和准确的微泡配对和跟踪	方法在模拟数据集、组织模拟流动模型以及小鼠和大鼠脑部进行了验证，但未提及在人类临床数据上的应用	提高超分辨率超声定位显微镜中微泡跟踪的准确性和鲁棒性	微泡（MBs）	医学影像	NA	超分辨率超声定位显微镜（ULM）	双向长短期记忆神经网络（Bi-Directional LSTM）	超声图像	模拟数据集、组织模拟流动模型、小鼠和大鼠脑部
6067	2025-03-04	Validation of ten federated learning strategies for multi-contrast image-to-image MRI data synthesis from heterogeneous sources 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.09.637305 PMID:39990397	研究论文	本文验证了十种联邦学习策略在多对比度MRI图像合成中的应用，特别是在处理来自不同机构的异质数据时	提出了一种新的聚合策略FedBAdam，结合了两种最先进方法的优势，通过引入动量并跳过批量归一化层来优化模型参数	研究主要关注脑部扫描，未涉及其他类型的医学影像数据	验证联邦学习策略在多对比度MRI图像合成中的有效性，特别是在处理异质数据时的性能	健康和肿瘤性脑部扫描数据	医学影像	脑部肿瘤	联邦学习（FL）	深度学习模型	MRI图像	来自五个不同机构的脑部扫描数据
6068	2025-03-04	Assessing Genotype-Phenotype Correlations with Deep Learning in Colorectal Cancer: A Multi-Centric Study 2025-Feb-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.04.25321660 PMID:39973981	研究论文	本研究利用深度学习技术从结直肠癌的H&E切片中预测多种遗传生物标志物，并在多中心数据集中验证了模型的性能	开发了一种多目标Transformer模型，能够从病理切片中预测多种遗传改变，超越了传统的单目标模型	模型的预测能力主要与微卫星不稳定性（MSI）表型相关，其他生物标志物的预测能力有限	评估深度学习在结直肠癌中预测基因型-表型相关性的能力	结直肠癌患者的H&E切片	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	1,376名患者（主要数据集）和536名患者（验证数据集）
6069	2025-03-04	Assessment of the stability of intracranial aneurysms using a deep learning model based on computed tomography angiography 2025-Feb, La Radiologia medica DOI:10.1007/s11547-024-01939-z PMID:39666223	研究论文	本研究旨在构建一个基于深度学习的模型，通过计算机断层扫描血管造影（CTA）图像识别不稳定的颅内动脉瘤	创新点在于结合临床、形态学和深度学习特征，构建了一个基于卷积神经网络（CNN）的模型，用于预测颅内动脉瘤的稳定性	研究的局限性在于样本量相对较小，且外部验证集的样本来自单一医院，可能影响模型的泛化能力	研究目的是评估颅内动脉瘤的稳定性，以支持临床决策	研究对象为1041名患者的1227个颅内动脉瘤	计算机视觉	颅内动脉瘤	计算机断层扫描血管造影（CTA）	卷积神经网络（CNN）	图像	1041名患者的1227个颅内动脉瘤，其中833名患者的991个动脉瘤用于训练，208名患者的236个动脉瘤用于内部验证，197名患者的229个动脉瘤用于外部验证
6070	2025-03-04	Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634753 PMID:39975227	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了免疫治疗对急性髓性白血病患者骨髓微环境的重塑作用	结合单细胞RNA测序数据和单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，揭示了免疫治疗后白血病细胞与免疫细胞之间的空间相互作用	样本量有限，仅针对特定治疗方案的患者进行研究	研究免疫治疗对急性髓性白血病患者骨髓微环境的影响	难治性或复发性急性髓性白血病患者	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序，空间转录组学	深度学习模型	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	难治性或复发性急性髓性白血病患者样本
6071	2025-03-04	A case for the use of deep learning algorithms for individual and population level assessments of mental health disorders: Predicting depression among China's elderly 2025-Jan-15, Journal of affective disorders IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jad.2024.09.147 PMID:39321977	研究论文	本研究利用机器学习方法分析中国老年人群的抑郁风险因素，从整体和个体层面预测抑郁	使用机器学习算法在大规模代表性老年数据库中预测抑郁风险因素，提供个体层面的可靠诊断可能性	需要进一步研究结合专业临床输入以推进该领域	预测中国老年人群的抑郁风险因素，支持临床医生识别影响患者抑郁的最重要因素	中国老年人群	机器学习	老年疾病	机器学习算法	NA	调查数据	来自中国健康与养老追踪调查（CHARLS）第四波的参与者
6072	2025-03-04	AI-luminating Artificial Intelligence in Inflammatory Bowel Diseases: A Narrative Review on the Role of AI in Endoscopy, Histology, and Imaging for IBD 2024-12-05, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae030 PMID:38452040	综述	本文综述了人工智能（AI）在炎症性肠病（IBD）内窥镜、组织学和影像学中的应用，探讨了AI在IBD检测、诊断、表征、表型分析和预后中的潜力	本文首次系统性地回顾了AI在IBD内窥镜、组织学和影像学中的应用，并指出了现有研究的局限性和知识空白	现有文献存在固有的局限性和知识空白，需要进一步研究以解决这些问题，使AI能够成为IBD的主流临床工具	探讨AI在IBD内窥镜、组织学和影像学中的应用，以提升诊断效率和临床决策	炎症性肠病（IBD）	数字病理学	炎症性肠病	深度学习、放射组学	NA	图像	NA
6073	2025-03-04	Estimating the distribution of numerosity and non-numerical visual magnitudes in natural scenes using computer vision 2024-Dec-03, Psychological research DOI:10.1007/s00426-024-02064-2 PMID:39625570	研究论文	本文利用计算机视觉算法设计并实现了一个原始流程，用于估计包含数千张日常生活场景中物体图像的大规模数据集中数量和非数量视觉幅度的分布	利用最新的计算机视觉算法，设计了一个能够估计自然场景中数量和非数量视觉幅度分布的流程，揭示了不同数量出现的频率遵循幂律分布，并展示了数量与连续幅度之间的相关性结构在不同数据集和场景类型中的稳定性	神经网络模型通常使用合成数据集进行训练，这些数据集可能无法准确反映自然环境的统计结构	研究自然场景中数量和非数量视觉幅度的分布，以理解非数量视觉线索对数量判断的影响	包含数千张日常生活场景中物体图像的大规模数据集	计算机视觉	NA	计算机视觉算法	神经网络	图像	数千张日常生活场景中的物体图像
6074	2025-03-04	Identification of diabetic retinopathy classification using machine learning algorithms on clinical data and optical coherence tomography angiography 2024-Oct, Eye (London, England) DOI:10.1038/s41433-024-03173-3 PMID:38871934	研究论文	本研究应用机器学习算法，结合临床数据和光学相干断层扫描血管成像（OCTA）进行糖尿病视网膜病变（DR）的多分类	创新点在于结合了临床数据和OCTA参数，使用多种机器学习算法进行DR的多分类，并进行了独立的外部验证	研究样本量相对较小，仅包括203名糖尿病患者用于模型建立和169名用于外部验证	研究目的是通过机器学习算法提高糖尿病视网膜病变的分类准确性，以辅助筛查、转诊和管理DR患者	研究对象为203名糖尿病患者的临床数据和OCTA参数	机器学习	糖尿病视网膜病变	光学相干断层扫描血管成像（OCTA）	随机森林、梯度提升机（GBM）、深度学习、逻辑回归	临床数据和OCTA图像	203名糖尿病患者（203只眼）用于模型建立，169名糖尿病患者（169只眼）用于外部验证
6075	2025-03-04	Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.577085 PMID:38370717	研究论文	本文通过空间转录组学和深度学习技术，研究了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	利用空间转录组学捕捉克隆谱系演化，结合深度学习分析组织病理学切片，揭示了黑色素瘤治疗中的状态变化和谱系选择	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人体内的复杂环境	研究BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性机制	BRAF突变黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习	深度学习	转录组数据，组织病理学图像	患者来源的异种移植模型
6076	2025-03-04	Assessment of Protein-Protein Docking Models Using Deep Learning 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3985-6_10 PMID:38987469	综述	本文回顾了蛋白质对接模型评估方法的进展，特别关注了将深度学习应用于多种网络架构的最新发展	本文的创新点在于将深度学习技术应用于蛋白质对接模型的评估，以提高模型选择的准确性	本文主要关注深度学习在蛋白质对接模型评估中的应用，未涉及其他可能的评估方法或技术的比较	研究目的是提高蛋白质对接模型评估的准确性，以更好地理解蛋白质-蛋白质相互作用的机制	研究对象是蛋白质对接模型，特别是通过计算方法生成的蛋白质复合物结构模型	机器学习	NA	深度学习	多种网络架构	蛋白质复合物结构模型	NA
6077	2025-03-04	Refinement of Docked Protein-Protein Complexes Using Repulsive Scaling Replica Exchange Simulations 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3985-6_15 PMID:38987474	研究论文	本文介绍了一种基于排斥偏置的副本交换模拟方法（RS-REMD），用于改进蛋白质-蛋白质复合物结构的预测和评估	提出了一种新的副本交换模拟方法，通过在不同副本模拟中应用不同水平的排斥偏置来改进蛋白质-蛋白质复合物结构的预测和自由能评分	标准分子动力学模拟耗时且通常无法改进对接解决方案，而RS-REMD方法的具体应用效果需要进一步验证	改进蛋白质-蛋白质复合物结构的预测和评估	蛋白质-蛋白质复合物结构	分子动力学模拟	NA	副本交换模拟（RS-REMD）	NA	蛋白质结构数据	两个示例应用
6078	2025-03-04	Exploiting the Role of Features for Antigens-Antibodies Interaction Site Prediction 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3985-6_16 PMID:38987475	研究论文	本文提出了一种混合方法HSS-PPI，用于预测抗体与抗原相互作用界面位点，通过层次化表示蛋白质并使用图卷积网络对氨基酸进行分类	采用HSS-PPI混合方法，结合层次化表示和图卷积网络，创新性地预测抗体与抗原的相互作用界面位点	未明确提及具体局限性	预测抗体与抗原相互作用界面位点，以支持药物和疫苗设计	抗体与抗原的相互作用界面位点	生物信息学	NA	图卷积网络	HSS-PPI, SVM	蛋白质序列和结构数据	未明确提及样本数量
6079	2025-03-04	[The 30-Year History of the Japan-Korea Joint Meeting on Medical Physics] 2024, Igaku butsuri : Nihon Igaku Butsuri Gakkai kikanshi = Japanese journal of medical physics : an official journal of Japan Society of Medical Physics DOI:10.11323/jjmp.44.3_40 PMID:40024769	评论	本文回顾了日本-韩国医学物理联合会议30年的历史，探讨了会议对两国医学物理学家交流与合作的贡献	详细记录了日本-韩国医学物理联合会议的30年发展历程，并分析了会议对医学物理领域的推动作用	文章主要关注日本和韩国的医学物理合作，未涉及其他国家的类似合作	回顾日本-韩国医学物理联合会议的历史，探讨其对医学物理领域的贡献	日本和韩国的医学物理学家及其合作	医学物理	NA	NA	NA	NA	NA
6080	2025-03-04	Speech exemplar and evaluation database (SEED) for clinical training in articulatory phonetics and speech science 2020-09-01, Clinical linguistics & phonetics IF:0.8Q4 DOI:10.1080/02699206.2020.1743761 PMID:32200647	研究论文	本文介绍了一个公开可用的语音录音数据库，旨在为语音学、言语科学和临床言语障碍课程的教学提供典型和障碍语音的比较示例	开发了一个公开可用的语音录音数据库，填补了典型和障碍语音比较示例的空白	数据库可能受限于特定的IRB协议，无法完全覆盖所有障碍人群	改善从业者和科学家对语音学科学基础的理解，并提高培养临床科学家和年轻研究者的能力	成人和儿童的语音录音，包括有和没有言语障碍的个体	语音学	言语障碍	高质量设备下的受控录音	NA	语音录音	成人和儿童的语音录音样本