深度学习在生物医药领域的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	算法框架	模型架构	性能指标	计算资源
7181	2026-01-06	Qualitative and quantitative analysis of Paris polyphylla var. yunnanensis from different origin using multi-dimensions FT-MIR and NIR spectroscopy, data fusion combined with machine learning 2025-Dec-29, Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy DOI:10.1016/j.saa.2025.127414 PMID:41485381	研究论文	本研究利用多维FT-MIR和NIR光谱、数据融合结合机器学习，对云南重楼进行定性和定量分析，以评估其地理来源和质量控制	采用多维光谱（包括1D、2DCOS、3DCOS）与数据融合技术，结合传统机器学习和深度学习模型ResNet，实现了对云南重楼地理来源的快速、准确识别和总皂苷含量预测	未明确提及样本的具体数量或多样性限制，可能影响模型的泛化能力	开发一种快速、稳健的策略，用于传统中药云南重楼的地理溯源和质量控制	云南重楼（Paris polyphylla var. yunnanensis）	机器学习	NA	FT-MIR光谱、NIR光谱、数据融合	ResNet, PCA, t-SNE, PLS-DA, OPLS-DA, PLSR	光谱图像	NA	NA	ResNet	RX, RY, Q, RMSEE, RMSECV, RMSEP, 准确率, RPD, Rc, Rp	NA
7182	2026-01-06	WEAKLY SUPERVISED SEGMENTATION AND CLASSIFICATION OF ALPHA-SYNUCLEIN AGGREGATES IN BRIGHTFIELD MIDBRAIN IMAGES 2025-Dec-19, ArXiv PMID:41333166	研究论文	本研究开发了一种基于弱监督分割的自动化图像处理流程，用于在帕金森病和偶发性路易体病的中脑组织全玻片图像中分割和分类α-突触核蛋白聚集体	提出了一种对免疫组化标记变异性具有鲁棒性的弱监督分割方法，结合ResNet50分类器，能够自动区分路易体和神经突等主要聚集体形态	未明确说明样本量的具体细节，且方法在更广泛的组织类型或染色协议中的泛化能力有待验证	开发自动化工具以更好地理解α-突触核蛋白聚集体的空间组织和异质性	帕金森病和偶发性路易体病患者的中脑组织样本	数字病理学	帕金森病	免疫组化染色	CNN	图像	NA	NA	ResNet50	平衡准确率	NA
7183	2026-01-06	Trustworthy deep learning for malaria diagnosis using explainable artificial intelligence 2025-Dec-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-28387-7 PMID:41419508	研究论文	本研究利用深度学习模型和可解释人工智能技术，从血液涂片图像中自动诊断疟疾，旨在提高诊断准确性和临床可信度	结合了四种CNN模型进行实证评估，并采用两种先进的混合架构进行微调，同时应用三种XAI技术（Grad-CAM、LIME、SHAP）提供多层次的模型决策透明度，增强了临床信任	未明确提及模型在更广泛或更具挑战性的临床环境中的泛化能力测试，以及计算资源需求的具体分析	开发一个高精度、可解释且可扩展的AI诊断框架，用于疟疾的自动检测，以应对资源有限医疗环境中的诊断挑战	血液涂片图像，包括薄涂片和厚涂片，用于疟疾寄生虫的检测	计算机视觉	疟疾	显微镜成像	CNN	图像	27,090张图像来自Kaggle疟疾数据集，以及一个独立的哈佛Dataverse数据集包含厚涂片图像	NA	MobileNetV2, VGG19, InceptionV3, ResNet18, Xception, Inception-ResNetV2	F1-score, 准确率	NA
7184	2026-01-06	Long-term, ambulatory 12-lead ECG from a single non-standard lead using perceptual reconstruction 2025-Dec-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.64898/2025.12.17.25342224 PMID:41445642	研究论文	本研究提出了一种基于深度学习的方法，从单个非标准导联（模拟植入式心脏监测器信号）重建12导联心电图，用于连续监测心脏功能变化	首次使用感知损失训练深度U-Net模型（ECG12-PerceptNet），从单个ICM导联重建12导联心电图，实现了对传导、复极、心律和心脏功能变化的连续监测	研究基于模拟ICM信号进行重建，未在真实ICM设备上验证；样本标注依赖于临床医生解释的规则解析，可能存在偏差	从单个ICM导联重建12导联心电图，以检测心脏传导、复极、心律和功能变化	75,450个超声心动图-心电图配对数据，标注了右束支传导阻滞、左束支传导阻滞、心房颤动、QT间期延长和低左心室射血分数五种疾病标签	机器学习	心血管疾病	心电图信号处理，深度学习重建	U-Net	心电图信号	75,450个超声心动图-心电图配对样本	NA	U-Net	分类性能（具体指标未明确），回归模型预测左心室射血分数	NA
7185	2026-01-06	Learning Patient Similarity from Genomics for Precision Oncology 2025-Dec-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.64898/2025.12.17.25342480 PMID:41445600	研究论文	本文开发了一个基于深度学习的患者相似性建模框架，利用真实世界的临床基因组数据，通过嵌入肿瘤基因组图谱来测量患者相似性，并评估患者亚组与共享治疗结果之间的关联	该框架能够从复杂的分子和临床数据中提取简洁、上下文特定的见解，支持无可用生物标志物或未知原发癌症患者的决策，并在持续学习场景中随时间动态更新	未明确提及具体局限性，可能包括数据来源的单一性、模型泛化能力或临床验证的不足	开发一个基于患者相似性的决策支持模型，以促进精准肿瘤学的更广泛实现	乳腺癌患者和泛癌种患者，包括无可用基因组生物标志物或未知原发癌症的患者	机器学习	癌症	肿瘤基因组分析	深度学习	基因组数据和临床数据	NA	NA	NA	NA	NA
7186	2026-01-06	A deep learning framework for comprehensive segmentation of deep grey nuclei 2025-Dec-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.64898/2025.12.16.25342423 PMID:41445621	研究论文	本文介绍了一个名为THOMASINA的深度学习框架，用于从标准T1加权和WMn MRI中全面分割深部灰质核团	结合合成WMn对比度与先进的深度学习分割模型，提供快速、可重复且可扩展的解决方案，解决了传统多图谱分割方法的预处理时间长和工具分散问题	未明确说明数据集的详细样本特征或潜在偏差，且合成WMn对比度的有效性可能依赖于特定成像条件	开发一个深度学习框架，以准确、高效地分割深部灰质核团，用于神经疾病研究和生物标志物发现	深部灰质结构，如丘脑和基底核，从标准T1加权和WMn MRI图像中	计算机视觉	神经疾病	MRI成像，包括T1加权和WMn对比	深度学习模型	医学图像（MRI）	未在摘要中明确指定具体样本数量	未指定具体框架，但可能基于PyTorch或TensorFlow等深度学习库	SwinUNETR, DiNTS, SegResNet	Dice系数	未在摘要中明确指定
7187	2026-01-06	Deciphering the biological underpinnings behind prognostic MRI-based imaging signatures in breast cancer: a systematic review 2025-Dec-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07341-1 PMID:41408570	综述	本文系统回顾了乳腺癌中基于MRI的预后影像特征（包括放射组学和深度学习特征）的生物学基础，并评估了现有研究的方法学质量	首次系统性地综述了乳腺癌预后影像特征的生物学关联，并整合了放射组学和深度学习方法，强调了从影像到多组学数据的生物学解释	纳入研究的方法学严谨性有限，整体偏倚风险较高，且样本量范围较大（61-2279例），可能影响结论的普适性	探索乳腺癌MRI预后影像特征的生物学基础，并评估相关研究的方法学质量	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	MRI, 基因组学, 转录组学, 多组学分析	监督机器学习, 无监督机器学习	影像数据, 基因组数据, 转录组数据, 多组学数据	16项研究，共涉及61至2279名乳腺癌患者	NA	NA	NA	NA
7188	2026-01-06	De novo design of protein competitors for small molecule immunosensing 2025-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.64898/2025.12.16.694474 PMID:41446193	研究论文	本文利用深度学习模型设计蛋白质竞争性结合剂，用于小分子免疫传感，实现了对地高辛的灵敏检测	采用BindCraft管道设计针对抗原结合位点的竞争性结合剂，并通过筛选选择与小分子分析物产生空间冲突的结合剂，避免了传统竞争性免疫分析中需要定制合成竞争分子的繁琐步骤	设计的结合剂结合亲和力从低到中等（42 nM - 1.1 μM），可能在某些高灵敏度应用中受限	开发一种基于深度学习设计蛋白质竞争性结合剂的方法，以简化小分子生物标志物的竞争性免疫分析	小分子生物标志物（如地高辛）的检测	机器学习	NA	竞争性免疫分析，生物发光测定	深度学习模型	NA	在细菌裂解液中直接筛选了10个结合剂，其中7个成功	NA	BindCraft管道	结合亲和力（Kd），检测灵敏度（IC50）	NA
7189	2026-01-06	scCotag: Diagonal integration of single-cell multi-omics data via prior-informed co-optimal transport and regularized barycentric mapping 2025-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.64898/2025.12.11.693589 PMID:41446270	研究论文	本文提出了一种名为scCotag的深度学习框架，用于单细胞多组学数据的对角线整合，通过先验信息引导的共最优传输和正则化重心映射来提高细胞对齐和特征嵌入的准确性	该方法首次结合先验信息引导的共最优传输（COOT）与正则化重心映射，迭代推断细胞对齐和特征对应关系，解决了现有方法假设所有细胞可对齐且先验特征对应完全可靠的局限性	未明确说明计算资源需求或框架在超大规模数据集上的可扩展性限制	开发一种鲁棒的单细胞多组学数据对角线整合方法，以提升细胞对齐精度和生物调控机制的细粒度解析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据，涉及人类大脑、骨髓和血液样本，以及阿尔茨海默病（AD）和非AD（NoAD）患者的死后脑组织数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	深度学习框架	单细胞多组学数据	涉及人类大脑、骨髓和血液数据集，具体样本数量未明确说明	未明确指定（如TensorFlow, PyTorch等），但基于深度学习框架	基于共最优传输（COOT）和正则化重心映射的定制架构	细胞对齐精度, 嵌入精度	NA
7190	2026-01-06	Lightweight deep learning models for EEG decoding: a review 2025-Dec-12, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ae2717 PMID:41330041	综述	本文系统回顾了用于脑电图信号分类的轻量级深度学习模型	将现有轻量级模型方法归纳为三大策略：基于多尺度特征融合的信息整合策略、隐藏层优化策略以及基于结构优化的混合改进策略，并综合了最新进展、识别新兴趋势并展望未来研究方向	NA	回顾轻量级深度学习模型在脑电图解码中的应用，旨在为设计高效、鲁棒的脑机接口分类架构提供参考	脑电图信号	机器学习	NA	NA	深度神经网络	脑电图信号	NA	NA	NA	NA	NA
7191	2026-01-06	Landscape of 2D Deep Learning Segmentation Networks Applied to CT Scan from Lung Cancer Patients: A Systematic Review 2025-Dec, Journal of imaging informatics in medicine DOI:10.1007/s10278-025-01458-x PMID:40038137	系统性综述	本文系统综述了应用于肺癌患者CT扫描的2D深度学习分割网络的现状与前景	系统性地总结了2020年至2024年间2D深度学习网络在肺癌CT分割中的应用，并识别了研究中的关键概念与主要差距	综述主要基于2020年至2024年的文献，可能未涵盖更早或最新的技术发展；且纳入的124项研究可能存在发表偏倚	评估2D深度学习网络在肺癌CT图像分割中的当前应用与未来潜力，以改善诊断、治疗和患者生存	肺癌患者的CT扫描图像	计算机视觉	肺癌	CT扫描	CNN	图像	基于124项符合纳入标准的研究，具体样本量未在摘要中明确给出，但提及LIDC-LIDR数据集是最常用数据集	NA	U-Net及其变体	Dice相似系数	NA
7192	2026-01-06	Deep Learning for the Diagnosis and Treatment of Thyroid Cancer: A Review 2025-Dec, Endocrine practice : official journal of the American College of Endocrinology and the American Association of Clinical Endocrinologists IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.eprac.2025.07.020 PMID:40749944	综述	本文综述了深度学习在甲状腺癌诊断与治疗中的应用进展	系统总结了深度学习在甲状腺癌诊断、治疗及预后预测中的最新应用，并指出了技术、临床和伦理方面的挑战	深度学习在临床广泛采用仍面临显著的技术、临床和伦理障碍	为临床医生提供深度学习应用于甲状腺癌诊断与治疗的最新研究进展	甲状腺癌	数字病理学	甲状腺癌	深度学习	CNN, LSTM, GAN	超声图像, 病理图像	NA	NA	卷积神经网络, 长短期记忆网络, 生成对抗网络	NA	NA
7193	2026-01-06	Segmentation of honeycomb cysts, traction bronchiectasis and emphysematous lung parenchyma using the deep learning method 2025-Dec, Tuberkuloz ve toraks DOI:10.5578/tt.2025041118 PMID:41486792	研究论文	本研究利用深度学习技术，在HRCT图像上对蜂窝囊肿、牵拉性支气管扩张和肺气肿区域进行分割	首次将U-Net架构应用于MinIP图像，对间质性肺病分类的关键参数（蜂窝囊肿、牵拉性支气管扩张和肺气肿）进行自动分割	研究仅包含265例患者，样本量有限；未明确说明深度学习模型的具体训练细节和超参数设置	开发基于深度学习的医学图像分割方法，辅助间质性肺病的分类诊断	265例被诊断为寻常型间质性肺炎患者的HRCT图像	数字病理学	肺病	高分辨率计算机断层扫描	深度学习	医学图像	265例患者	NA	U-Net	灵敏度, 精确度, F1分数, AUC, 准确度	NA
7194	2026-01-06	Deep learning classification of INSV-associated weeds in Monterey county using a curated RGB image dataset 2025-Nov-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-29552-8 PMID:41299059	研究论文	本研究利用深度学习模型对加利福尼亚州蒙特雷县与INSV病毒相关的两种杂草进行分类，旨在通过图像识别技术实现早期杂草检测和病害预防	首次构建了针对蒙特雷县INSV相关杂草的高分辨率图像数据集，填补了现有全球数据集的空白，并在模拟田间变异性的温室条件下评估了多种CNN模型的性能	研究在受控的温室条件下进行，虽然模拟了田间变异性，但与真实复杂田间环境的完全一致性仍有待验证	开发基于深度学习的杂草图像分类方法，以支持精准农业中的早期杂草检测和病害预防	与Impatiens Necrotic Spot Virus (INSV)相关的两种杂草：Sonchus oleraceus (一年生苦苣菜) 和 Malva parviflora (小花锦葵)	计算机视觉	植物病害	图像采集与数据增强	CNN	RGB图像	未明确说明具体样本数量，但提及使用了十次独立分层数据分割进行训练	未明确说明	ResNet-50, ResNet-101, DenseNet-121	准确率, Cohen's Kappa, F1-score, AUC	NA
7195	2026-01-06	Diagnostic accuracy of traditional and deep learning methods for detecting depression based on speech features: a systematic review and meta-analysis 2025-Nov-24, BMC psychiatry IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12888-025-07628-z PMID:41286759	系统综述与荟萃分析	本文通过系统综述和荟萃分析，比较了传统机器学习与深度学习方法在基于语音特征检测抑郁症方面的诊断准确性	首次系统性地比较了传统机器学习与深度学习模型在基于语音特征检测抑郁症方面的诊断准确性，并考察了样本量、验证策略、语言和诊断标准等亚组效应	纳入研究存在异质性，且可能存在发表偏倚，部分亚组分析样本量较小	评估和比较传统机器学习与深度学习模型利用语音特征检测抑郁症的诊断准确性	临床诊断为抑郁症的患者和健康对照者	自然语言处理	抑郁症	NA	传统机器学习, 深度学习	语音特征	25项研究（9项TML，16项DL）	NA	NA	灵敏度, 特异性, AUC	NA
7196	2026-01-06	Evaluation of Deep Learning Convolutional Neural Networks for Classification of Carcinoma Ex Pleomorphic Adenoma and Pleomorphic Adenoma in Whole-Slide Images 2025-Nov-10, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01858-z PMID:41212424	研究论文	本研究评估了多种卷积神经网络架构在全玻片图像中区分唾液腺肿瘤（多形性腺瘤与癌在多形性腺瘤中）的分类性能	首次系统比较了八种不同的CNN模型（包括ResNet50、DenseNet121等）在唾液腺肿瘤全玻片图像分类任务中的表现，并识别出ResNet50和DenseNet121为最优模型	研究样本量相对较小（107张全玻片图像），数据集需要进一步扩展以提升泛化能力，且未结合临床和影像学数据	评估深度学习卷积神经网络在唾液腺肿瘤病理图像分类中的性能	唾液腺肿瘤的全玻片图像，具体包括多形性腺瘤和癌在多形性腺瘤	数字病理学	唾液腺肿瘤	苏木精-伊红染色全玻片成像	CNN	图像	107张全玻片图像，来自83名患者（41例多形性腺瘤，42例癌在多形性腺瘤），生成955,583个图像块	NA	ResNet50, InceptionV3, VGG16, Xception, MobileNet, DenseNet121, EfficientNetB0, EfficientNetV2B0	精确度, 灵敏度, 特异性, 平衡准确度, F1分数, AUC	NA
7197	2026-01-06	Lung ultrasound and community-acquired pneumonia: from complementary tool to clinical game-changer 2025-Nov, Respiratory medicine and research IF:2.2Q3 DOI:10.1016/j.resmer.2025.101203 PMID:40976013	综述	本文综述了肺部超声在社区获得性肺炎诊断和管理中的变革性作用，强调了其在准确性、可及性和临床应用方面的优势	肺部超声作为一种无辐射、成本效益高的床边工具，在诊断社区获得性肺炎方面展现出超越传统胸部X光的敏感性，并支持动态监测、预后评分和治疗决策，特别是在COVID-19大流行期间的应用证明了其有效性	肺部超声存在操作者依赖性，对深部病变的穿透性有限，尽管人工智能和手持设备等技术进步正在缓解这些限制	评估肺部超声在社区获得性肺炎诊断和管理中的临床价值和应用前景	社区获得性肺炎患者，特别是急诊科、重症监护室、儿科、老年人群以及资源有限环境中的患者	数字病理学	肺癌	肺部超声	深度学习模型	图像	NA	NA	NA	敏感性, 特异性, 诊断准确率	NA
7198	2026-01-06	Quantitative Assessment of Facial Paralysis Using Dynamic 3D Photogrammetry and Deep Learning: A Hybrid Approach Integrating Expert Consensus 2025-May-22, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s25113264 PMID:40968808	研究论文	本文提出了一种结合动态3D摄影测量点云与专家共识的深度学习方法来客观量化面瘫严重程度	创新点在于将动态3D面部运动点云与专家共识评分相结合，使用PointNet网络进行面瘫严重程度的量化评估	NA	客观量化面瘫的严重程度	面瘫患者的面部运动	计算机视觉	面瘫	动态3D摄影测量成像系统	深度学习	3D点云	NA	NA	PointNet	准确率	NA
7199	2026-01-06	Artificial Intelligence in Natural Product Drug Discovery: Current Applications and Future Perspectives 2025-Feb-27, Journal of medicinal chemistry IF:6.8Q1 DOI:10.1021/acs.jmedchem.4c01257 PMID:39916476	综述	本文综述了人工智能在天然产物药物发现中的当前应用与未来前景	整合人工智能（特别是机器学习和深度学习）分析天然产物数据，利用生成式AI进行数据合成，以加速药物发现过程	未具体说明数据规模或模型性能的局限性	加速天然产物药物发现过程，提升数据分析和预测建模能力	天然产物及其相关的生物活性化合物	机器学习	NA	NA	机器学习, 深度学习	生物数据, 化学数据	NA	NA	NA	NA	NA
7200	2026-01-06	A systematic review of automated prediction of sudden cardiac death using ECG signals 2025-Jan-23, Physiological measurement IF:2.3Q3 DOI:10.1088/1361-6579/ad9ce5 PMID:39657316	综述	本文对2011年至2023年间利用ECG信号自动预测心源性猝死的研究进行了系统性综述	系统梳理了机器学习和深度学习在心源性猝死自动预测中的应用，并强调了当前方法的局限性和未来研究方向	现有模型大多依赖小规模数据库，且主要使用ECG和HRV信号，忽略了其他生理信号的潜在贡献，限制了其在真实世界场景中的适用性	综述并分析用于心源性猝死自动预测的机器学习和深度学习模型	心源性猝死预测研究及相关算法模型	机器学习	心血管疾病	ECG信号分析，HRV信号分析	K近邻，支持向量机，决策树，随机森林，朴素贝叶斯，卷积神经网络	生理信号（ECG，HRV）	NA	NA	NA	准确率	NA