深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-21	Automatic quantification, grading and five-year prediction of myopic fundus tessellation: a multi-center, longitudinal deep learning study 2025-Jul-16, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-025-3002-y PMID:40681822	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
82	2025-07-21	Cellular optical imaging techniques: a dynamic advancing frontier 2025-Jul-16, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2916-5 PMID:40681818	综述	本文综述了用于细胞研究的超分辨率光学成像技术的最新进展	介绍了多种超分辨率成像技术和图像处理算法，包括SIM、PS-SR显微镜、SMLM以及数学和深度学习超分辨率算法，这些技术突破了传统远场光学成像的衍射极限限制	NA	推动生物研究进入纳米尺度领域	细胞	生物医学成像	NA	超分辨率光学成像技术（SIM、PS-SR显微镜、SMLM）	深度学习（DL）	图像	NA
83	2025-07-21	SeaMoon: From protein language models to continuous structural heterogeneity 2025-Jul-16, Structure (London, England : 1993) DOI:10.1016/j.str.2025.06.010 PMID:40683255	研究论文	本文介绍了SeaMoon，一种利用蛋白质语言模型（pLM）嵌入和轻量级卷积神经网络（CNN）直接从序列预测蛋白质连续紧凑运动表示的方法	SeaMoon能够直接从蛋白质序列预测连续紧凑的运动表示，无需利用3D结构，且能够捕捉到基于物理的无监督方法无法触及的运动	SeaMoon仅对40%的测试蛋白质能够以合理准确度预测至少一个真实运动	探索是否可以直接从蛋白质序列预测连续紧凑的运动表示	蛋白质的运动和变形	机器学习	NA	蛋白质语言模型（pLM），卷积神经网络（CNN）	CNN	蛋白质序列	约1,000组实验构象集合
84	2025-07-21	Developing Nationwide Estimates of Built Environment Quality Characteristics Using Street-View Imagery and Computer Vision 2025-Jul-15, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.5c00966 PMID:40607680	研究论文	利用计算机视觉和街景图像评估美国城市建成环境质量特征	首次利用计算机视觉和街景图像对美国全国范围内的建成环境质量进行估计，并明确处理了社会人口和时间偏差	对西班牙裔/拉丁裔和夏威夷原住民或太平洋岛民群体的准确性较低，季节性偏差调整后仍存在一定偏差	评估建成环境质量特征，为流行病学研究、城市规划策略和公共卫生干预提供信息	美国所有城市的建成环境质量	计算机视觉	NA	深度学习	深度学习模型	图像	72,516份调查和1.2亿个街景位置
85	2025-07-21	A Large Language Model-Powered Map of Metabolomics Research 2025-Jul-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.5c01672 PMID:40608399	研究论文	本文通过大型语言模型构建了代谢组学研究的综合图谱，分析了超过80,000篇文献	利用PubMedBERT和GPT-4o mini进行文本嵌入和主题建模，揭示了代谢组学领域的关键主题和趋势	研究依赖于文献数据的质量和完整性，可能未涵盖所有相关研究	构建代谢组学研究的综合图谱，揭示研究趋势和关键领域	80,000篇代谢组学相关文献	自然语言处理	NA	PubMedBERT, GPT-4o mini, t-SNE	BERT, 神经网络主题模型	文本	80,000篇文献
86	2025-07-21	SaeGraphDTI: drug-target interaction prediction based on sequence attribute extraction and graph neural network 2025-Jul-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06195-0 PMID:40670964	研究论文	提出了一种基于序列属性提取和图神经网络的药物-靶点相互作用预测模型SaeGraphDTI	结合序列特征提取器和图神经网络，利用相似性关系补充现有关系网络，从而获得更全面的特征表示	未提及模型在特定类型药物或靶点上的性能差异	提高药物-靶点相互作用预测的准确性以缩短药物开发周期和降低成本	药物和靶点的相互作用	机器学习	NA	图神经网络	SaeGraphDTI	序列数据	四个公共数据集
87	2025-07-21	Learning homeomorphic image registration via conformal-invariant hyperelastic regularisation 2025-Jul-15, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103712 PMID:40680568	research paper	提出了一种基于共形不变超弹性正则化的同胚图像配准新框架	引入了一种基于非线性弹性设置中共形不变特性的新型正则化器，严格保证拓扑保持，并通过坐标MLPs提升性能	未提及具体临床应用的验证范围或数据集限制	解决医学图像分析中可变形图像配准的拓扑保持问题	医学图像	digital pathology	NA	deep learning-based image registration	coordinate MLPs	image	NA
88	2025-07-21	A novel framework integrating GeoAI and human perceptions to estimate walkability in Wuhan, China 2025-Jul-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09779-1 PMID:40659718	研究论文	本文提出了一种结合GeoAI和人类感知的新框架，用于评估中国武汉的可步行性	开发了分层评估框架和DS-HRNet深度学习模型，提高了街道场景分割的准确性	研究仅针对武汉市中心区域，可能不适用于其他城市或地区	评估城市可步行性及其与健康和社会经济因素的关系	武汉市中心的街道环境和居民感知	计算机视觉	慢性疾病和精神障碍	深度学习	DS-HRNet	图像	120名志愿者的问卷数据和113,900张街景图像
89	2025-07-21	Mortality and antibiotic timing in deep learning-derived surviving sepsis campaign risk groups: a multicenter study 2025-Jul-14, Critical care (London, England) DOI:10.1186/s13054-025-05493-6 PMID:40660326	研究论文	本研究利用深度学习模型对脓毒症患者进行风险分层，并探讨抗生素使用时机对不同风险组患者死亡率的影响	首次使用深度学习模型客观地将脓毒症患者分层为类似SSC风险组，并分析抗生素使用时机与死亡率的关系	需要更多前瞻性研究验证这些发现	探讨基于风险分层的抗生素使用时机对脓毒症患者死亡率的影响	脓毒症患者	医疗人工智能	脓毒症	深度学习	DL	临床数据	34,087名成年脓毒症患者
90	2025-07-21	AgNWs-COF SERS biosensor for oral cancer diagnosis based on exhaled breath and saliva 2025-Jul-14, Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy DOI:10.1016/j.saa.2025.126648 PMID:40680353	研究论文	开发了一种基于银纳米线网络和COF-TpPa薄膜的SERS生物传感器，用于口腔癌的无创诊断	结合等离子体共价有机框架（COF）合成SERS生物传感器，提高了SERS信号和生物标志物吸附效率，并通过深度学习分析实现了高准确率的口腔癌识别	实验中使用的是人工呼出的甲基硫醇和唾液尿酸，实际临床应用中的样本可能更为复杂	开发一种无创、高灵敏度的口腔癌诊断方法	呼出气体和唾液中的生物标志物	生物医学传感	口腔癌	表面增强拉曼光谱（SERS）	Light Gradient Boosting (LGB) 算法	光谱数据	实验中使用人工呼出的甲基硫醇和唾液尿酸
91	2025-07-21	An insight into the role of artificial intelligence in combating malaria: recent developments 2025-Jul-13, Annals of parasitology DOI:10.17420/ap71.545 PMID:40682862	review	本文综述了人工智能在疟疾诊断、监测、治疗和病媒控制中的应用及其最新进展	强调了AI在个性化医疗、加速药物发现和改善诊断方面的创新应用，特别是在应对抗药性疟原虫方面的潜力	未提及具体AI模型的性能比较或实际应用中的具体挑战	探讨AI技术在对抗疟疾中的角色及其对全球健康安全的潜在影响	疟疾的诊断、治疗、药物发现及流行病学追踪	machine learning	malaria	machine learning, deep learning, in silico drug repurposing	NA	NA	NA
92	2025-07-21	A novel multimodal adaptive delineation model for primary tumors and lymph node metastases in multi-center nasopharyngeal carcinoma radiotherapy 2025-Jul-12, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108965 PMID:40682906	研究论文	提出了一种新型多模态自适应勾画模型，用于多中心鼻咽癌放疗中原发肿瘤和淋巴结转移的自动勾画	采用条件去噪扩散模型（DDPM）结合‘模态间和模态内’注意力机制，动态校准多模态特征的融合权重，提高了勾画准确性	前瞻性验证样本量较小（仅4例），且原发肿瘤的勾画精度优于转移病灶	提升鼻咽癌放疗中肿瘤靶区（GTV）自动勾画的准确性和稳定性	鼻咽癌原发肿瘤及淋巴结转移病灶	数字病理	鼻咽癌	CT和MRI多模态影像分析	条件去噪扩散模型（DDPM）	医学影像（CT/MRI）	529例回顾性病例+4例前瞻性病例（多中心数据）
93	2025-07-21	Automated segmentation of the breech and firing pin faces of fired cartridge case images 2025-Jul-12, Forensic science international IF:2.2Q1 DOI:10.1016/j.forsciint.2025.112554 PMID:40682899	研究论文	本文提出了一种深度学习方法来处理更高分辨率图像中的弹壳底部标记分割问题，以支持法医科学中的枪支识别	提出了一种针对512×512和2592×1944像素高分辨率图像的自动化头部印记去除方法，并引入了后处理方法以提高性能	未明确说明方法在更广泛数据集上的泛化能力或实际案例中的验证效果	开发自动化弹壳底部标记分割方法以支持法医枪支识别	发射后的弹壳图像，特别是弹壳底部的头部印记、闭锁面和击针区域	计算机视觉	NA	深度学习	CNN	图像	使用NIST弹壳图像数据库及自行标注的数据集
94	2025-07-21	Tem2-KAN: Data-driven temporal temperature prediction via an improved Kolmogorov-Arnold network 2025-Jul-10, ISA transactions IF:6.3Q1 DOI:10.1016/j.isatra.2025.07.014 PMID:40681441	研究论文	本文提出了一种名为Tem-KAN的深度学习架构，用于通过改进的Kolmogorov-Arnold网络进行高精度的气候温度预测	Tem-KAN通过用样条参数化的单变量函数替代神经网络中的传统线性权重，动态学习非线性气候模式，同时保持内在可解释性，并整合了多层感知器（MLPs）的通用逼近能力和物理意义特征可视化	NA	开发一种高精度的气候温度预测方法	气候温度数据	机器学习	NA	深度学习	Kolmogorov-Arnold网络（KAN）	气象数据	来自英国监测站的原始气象数据
95	2025-07-21	EEG Emotion Copilot: Optimizing lightweight LLMs for emotional EEG interpretation with assisted medical record generation 2025-Jul-10, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2025.107848 PMID:40683189	研究论文	本文提出了一种名为EEG Emotion Copilot的系统，通过优化轻量级大型语言模型(LLM)，直接从EEG信号识别情绪状态，并生成个性化的诊断和治疗建议，支持辅助电子病历的自动化	提出了一种优化轻量级LLM的系统，能够直接从EEG信号识别情绪并生成个性化医疗建议，实现了端到端的情绪计算	模型参数规模较小(0.5B)，可能影响处理复杂情绪状态的能力	优化轻量级LLM以实现EEG情绪识别和辅助医疗记录生成	EEG信号和情绪状态	脑机接口	心理健康	模型剪枝和微调训练	LLM	EEG信号	未明确说明
96	2025-07-21	An integrative assay for measuring social aversion and motivation in freely behaving mice 2025-Jul-09, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101108 PMID:40680732	research paper	开发了一种名为SAUSI的行为任务，用于综合评估小鼠的社会厌恶行为	SAUSI任务整合了社会动机、犹豫和自由互动等多个元素，能够多维度评估社会厌恶	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证其在其他动物模型或人类中的适用性	开发一种新的行为任务来评估社会厌恶行为	小鼠	行为神经科学	精神健康障碍	深度学习	NA	行为数据	NA
97	2025-07-21	Neural Networks for Predicting and Classifying Antimicrobial Resistance Sequences in Porphyromonas gingivalis 2025-Jul-05, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100890 PMID:40618714	研究论文	本研究开发了一种基于卷积神经网络（CNN）的深度学习方法，用于根据氨基酸序列分类牙龈卟啉单胞菌的蛋白质	使用CNN模型对牙龈卟啉单胞菌的蛋白质序列进行分类，性能优于传统方法如BLAST、HMM Profiles和DeepSig	样本量相对较小，仅包含685个蛋白质序列	开发一种准确预测和分类牙龈卟啉单胞菌抗菌素耐药性（AMR）的方法	牙龈卟啉单胞菌的蛋白质序列	机器学习	牙周病	全基因组测序	CNN, ProtBERT	蛋白质序列	685个蛋白质序列（150个牙龈卟啉单胞菌蛋白质和535个非耐药变体）
98	2025-07-21	Structural similarities reveal an expansive conotoxin family with a two-finger toxin fold 2025-Jul-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.03.662903 PMID:40631153	研究论文	通过结构生物信息学方法揭示了一类具有双指毒素折叠的广泛存在的芋螺毒素家族	结合NMR结构解析、深度学习结构预测与比较，发现了六个芋螺毒素超家族的结构相似性，并提出了双指毒素折叠的概念	研究主要依赖计算预测和结构比较，缺乏实验验证这些蛋白质的功能	探索芋螺毒素的结构特征及其进化关系	芋螺毒素超家族（包括Tx33.1）及其他未表征的毒素家族	结构生物信息学	NA	NMR结构解析、深度学习结构预测	NA	蛋白质结构数据	六个芋螺毒素超家族（包括Tx33.1）
99	2025-07-21	Evaluating the Performance and Potential Bias of Predictive Models for Detection of Transthyretin Cardiac Amyloidosis 2025-Jul-04, JACC. Advances DOI:10.1016/j.jacadv.2025.101901 PMID:40616933	研究论文	本研究比较了四种算法在心力衰竭人群中检测转甲状腺素蛋白心脏淀粉样变性（ATTR-CM）的性能，并评估了模型偏见的潜在危害	首次直接比较了四种ATTR-CM检测算法，并评估了模型偏见风险	研究样本中79.2%为白人，9.0%为黑人，种族多样性有限	评估和比较不同算法在ATTR-CM检测中的性能及潜在偏见	心力衰竭患者群体中的ATTR-CM病例	数字病理学	心血管疾病	深度学习	随机森林模型、回归模型、EchoNet-LVH、EchoGo Amyloidosis	医疗影像数据	176例确诊ATTR-CM患者和3,192例对照患者
100	2025-07-21	Evaluating Vision and Pathology Foundation Models for Computational Pathology: A Comprehensive Benchmark Study 2025-Jul-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6823810/v1 PMID:40630532	research paper	该研究对31种计算病理学AI基础模型进行了全面基准测试，评估了它们在多种组织病理学数据集和任务中的表现	首次全面比较了不同类型病理学基础模型的性能，并发现模型大小和数据规模并不总是与性能提升相关	需要进一步研究影响模型性能的潜在因素，并开发增强模型泛化能力的策略	评估和比较不同病理学基础模型在计算病理学中的表现	31种AI基础模型（包括通用视觉模型、病理专用视觉模型等）	digital pathology	NA	deep learning	vision models (VM), vision-language models (VLM), pathology-specific vision models (Path-VM), pathology-specific vision-language models (Path-VLM)	image	41个任务的数据集（来自TCGA、CPTAC等）