深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11301	2025-02-21	FPGA implementation of deep-learning recurrent neural networks with sub-millisecond real-time latency for BCI-decoding of large-scale neural sensors (104 nodes) 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8512415 PMID:30440576	研究论文	本文展示了一种基于FPGA的LSTM RNN实现，用于在名为'NeuroCoder'的移动低功耗嵌入式系统平台上解码10,000个神经数据通道	开发了一种能够在移动低功耗嵌入式系统平台上实现亚毫秒级实时延迟的FPGA实现，用于解码大规模神经数据	研究仅提供了在模拟10,000个神经通道上解码20维频谱时间表示的证明，未涉及实际神经数据的验证	开发低延迟实时神经解码系统，用于下一代脑机接口在复杂人类任务中的应用	大规模神经传感器数据（10,000个通道）	机器学习	NA	FPGA实现	LSTM RNN	神经数据	模拟10,000个神经通道
11302	2025-02-21	A deep learning framework for causal shape transformation 2018-Feb, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2017.12.003 PMID:29301111	研究论文	本文提出了一种结合卷积神经网络（CNN）和堆叠自编码器（SAE）的混合架构，用于学习一系列因果动作，将输入视觉模式或分布非线性转换为具有相同支持的目标视觉模式或分布	提出了一种新的混合架构，结合CNN和SAE，用于解决高维一对多逆映射问题，特别是在微流体流动塑造中的应用	该方法主要适用于可见域中的状态转换，可能不适用于依赖潜在域的问题	研究如何利用深度学习解决高维物理问题，特别是在材料科学和医学生物学中的多步拓扑变换	微流体流动塑造中的高维一对多逆映射问题	机器学习	NA	深度学习	CNN, SAE	图像	NA
11303	2025-02-21	Deep Recurrent Neural Networks for Human Activity Recognition 2017-Nov-06, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s17112556 PMID:29113103	研究论文	本文提出使用深度循环神经网络（DRNNs）构建能够捕捉可变长度输入序列中长距离依赖关系的识别模型	提出了基于长短期记忆（LSTM）DRNNs的单向、双向和级联架构，能够捕捉输入序列中的长距离依赖关系，优于传统的机器学习方法和其它深度学习技术	未提及具体局限性	研究人类活动识别中的深度学习应用	从身体佩戴传感器获取的原始输入序列	机器学习	NA	深度学习	DRNNs, LSTM	时间序列数据	未提及具体样本数量
11304	2025-02-21	DeepSleepNet: A Model for Automatic Sleep Stage Scoring Based on Raw Single-Channel EEG 2017-11, IEEE transactions on neural systems and rehabilitation engineering : a publication of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society IF:4.8Q1 DOI:10.1109/TNSRE.2017.2721116 PMID:28678710	研究论文	本文提出了一种名为DeepSleepNet的深度学习模型，用于基于原始单通道EEG的自动睡眠阶段评分	该模型利用卷积神经网络提取时间不变特征，并使用双向长短期记忆网络自动学习睡眠阶段之间的转换规则，无需手工设计特征	模型未在不同数据集的模型架构和训练算法上进行调整，可能限制了其泛化能力	开发一种自动睡眠阶段评分模型，以减少对手工设计特征的依赖	单通道EEG数据	机器学习	NA	深度学习	CNN, 双向LSTM	EEG信号	两个公共睡眠数据集（MASS和Sleep-EDF）中的不同单通道EEG数据
11305	2025-02-21	A deep learning framework for financial time series using stacked autoencoders and long-short term memory 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0180944 PMID:28708865	研究论文	本文提出了一种结合小波变换、堆叠自编码器和长短期记忆网络的新型深度学习框架，用于股票价格预测	首次将堆叠自编码器用于股票价格预测中的深度特征提取	NA	提高股票价格预测的准确性和盈利能力	六个市场指数及其对应的指数期货	机器学习	NA	小波变换、堆叠自编码器、长短期记忆网络	SAEs, LSTM	时间序列数据	六个市场指数及其对应的指数期货
11306	2025-02-20	A deep learning method for total-body dynamic PET imaging with dual-time-window protocols 2025-Mar, European journal of nuclear medicine and molecular imaging IF:8.6Q1 DOI:10.1007/s00259-024-07012-1 PMID:39688700	研究论文	本文开发了一种深度学习算法，能够从双时间窗协议预测动态图像，从而缩短动态正电子发射断层扫描（PET）的扫描时间	提出了一种双向序列到序列模型（Bi-AT-Seq2Seq），并引入注意力机制，显著优于单向或无注意力机制的模型	研究样本量相对较小，且仅限于肺结节和乳腺结节患者	缩短动态PET扫描时间，提高临床应用的可行性	70名肺结节或乳腺结节患者	医学影像分析	肺结节, 乳腺结节	动态PET/CT扫描	Bi-AT-Seq2Seq	医学影像	70名患者（32名男性，平均年龄53.61±13.53岁）
11307	2025-02-20	Deep learning-based intratumoral and peritumoral features for differentiating ocular adnexal lymphoma and idiopathic orbital inflammation 2025-Mar, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-11275-5 PMID:39702637	研究论文	本文评估了基于深度学习的肿瘤内和肿瘤周围特征在区分眼附属器淋巴瘤（OAL）和特发性眼眶炎症（IOI）中的价值	使用基于注意力的融合模型融合了肿瘤内和肿瘤周围区域以及多个MR序列提取的特征，显著提高了诊断性能	研究中未发现肿瘤周围特征与肿瘤内特征在性能上有显著差异	评估深度学习在区分OAL和IOI中的应用价值	97名经病理学确认的OAL和IOI患者	数字病理学	眼附属器淋巴瘤, 特发性眼眶炎症	深度学习	基于注意力的融合模型	MR图像	97名患者（43名OAL，54名IOI）
11308	2025-02-20	Identifying influential nodes in brain networks via self-supervised graph-transformer 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109629 PMID:39731922	研究论文	本文提出了一种基于图变换器的自监督图重建框架（SSGR-GT），用于识别脑网络中的关键节点	采用自监督深度学习模型，无需手动特征提取，直接从数据中学习有意义的表示，结合图变换器提取脑图的局部和全局特征，并通过图融合技术结合功能和结构信息进行多模态分析	依赖于自监督学习的效果，可能受限于数据质量和模型训练过程	识别脑网络中的关键节点（I-nodes），以增强对脑工作机制的理解	脑网络中的关键节点	脑成像	NA	自监督深度学习，图变换器	Graph-Transformer	脑图数据	56个关键节点
11309	2025-02-20	Enhanced brain tumor detection and segmentation using densely connected convolutional networks with stacking ensemble learning 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109703 PMID:39862469	研究论文	本研究旨在通过实施先进的堆叠集成学习（SEL）方法，提高脑肿瘤（BT）检测和分割的准确性和分类效果	提出了一种名为SEL-DenseNet201的堆叠DenseNet201作为元模型，结合了六种不同的基础模型，以增强脑肿瘤MRI图像的分割性能	研究中未提及样本的具体数量，且未讨论模型在实际临床环境中的适用性和泛化能力	提高脑肿瘤检测和分割的准确性，以支持早期诊断和治疗规划	脑肿瘤的MRI图像	计算机视觉	脑肿瘤	MRI图像分析	DenseNet201, MobileNet-v3, 3D-CNN, VGG-16, VGG-19, ResNet50, AlexNet	图像	NA
11310	2025-02-20	A robust and generalized framework in diabetes classification across heterogeneous environments 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109720 PMID:39864329	研究论文	本研究提出了一种鲁棒的机器学习框架，用于在不同人群中预测糖尿病，使用PIMA和BD两个不同的数据集进行验证	提出了一个跨异构环境的糖尿病分类框架，通过数据集内、数据集间和部分融合数据集验证技术，全面评估模型的泛化能力和性能	模型在跨数据集验证时性能下降，尤其是在BD数据集上训练并在PIMA数据集上测试时，准确率仅为74%	开发一个鲁棒的机器学习框架，以提高糖尿病预测在不同人群中的泛化能力和准确性	女性人群中的糖尿病预测	机器学习	糖尿病	机器学习	XGBoost, Random Forest, Gradient Boosting, 深度学习模型	结构化数据	PIMA和BD两个数据集
11311	2025-02-20	Enhancing cardiovascular disease classification in ECG spectrograms by using multi-branch CNN 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109737 PMID:39864336	研究论文	本文提出并比较了一维（1D）、二维（2D）卷积神经网络（CNN）和多分支卷积神经网络（MB-CNN）在从一维（1D）心电图（ECG）记录的频谱图中分类各种心血管疾病（CVD）的性能	提出了一种多分支卷积神经网络（MB-CNN），能够捕捉不同层次的抽象特征，从而提高了心血管疾病的分类精度	NA	提高从心电图频谱图中分类心血管疾病的准确性	心血管疾病（包括扩张型心肌病、肥厚型心肌病、心肌梗死和冠状动脉疾病）	计算机视觉	心血管疾病	连续小波变换（CWT）	1D CNN, 2D CNN, MB-CNN	图像（ECG频谱图）	MIT-BIH数据库中的5类ECG记录
11312	2025-02-20	OCDet: A comprehensive ovarian cell detection model with channel attention on immunohistochemical and morphological pathology images 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109713 PMID:39864335	研究论文	本文提出了一种名为OCDet的卵巢细胞检测模型，该模型结合了通道注意力机制，能够在免疫组化和形态学病理图像上全面检测多种卵巢癌细胞	OCDet模型首次结合了通道注意力机制，能够高效提取病理特征，并在多种卵巢癌细胞的检测上表现出色	虽然OCDet在卵巢癌细胞检测上表现出色，但其在其他癌症类型上的应用潜力尚未完全验证	开发一种高效的深度学习框架，用于卵巢癌病理诊断中的多种细胞检测	卵巢癌相关的多种细胞，包括CD3、CD8、CD20阳性淋巴细胞、中性粒细胞和多倍体巨癌细胞	数字病理	卵巢癌	深度学习	CSPDarkNet结合Efficient Channel Attention模块	图像	未明确提及具体样本数量
11313	2025-02-20	A deep architecture based on attention mechanisms for effective end-to-end detection of early and mature malaria parasites in a realistic scenario 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109704 PMID:39869986	研究论文	本文提出了一种基于深度学习和注意力机制的计算机辅助检测框架，用于有效检测和分类疟疾寄生虫的所有感染阶段，并支持多物种识别	该研究扩展了YOLO-SPAM和YOLO-PAM模型，结合注意力机制，提高了疟疾寄生虫检测的准确性和诊断实用性	NA	开发一种自动化疟疾检测解决方案，以支持病理学家并增强现实世界中的诊断实践	疟疾寄生虫	计算机视觉	疟疾	深度学习	YOLO-SPAM, YOLO-PAM	图像	三个公开可用的数据集
11314	2025-02-20	Detecting IDH and TERTp mutations in diffuse gliomas using 1H-MRS with attention deep-shallow networks 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109736 PMID:39874812	研究论文	本研究开发了深度学习分类器，利用质子磁共振波谱（1H-MRS）和一维卷积神经网络（1D-CNN）架构来识别胶质瘤中的IDH和TERTp突变	使用注意力机制的深浅网络（ADSN）进行突变检测，并利用Grad-CAM技术解释模型的决策过程	样本量相对较小，仅包括225名患者	开发非侵入性方法，用于术前检测胶质瘤中的IDH和TERTp突变，以帮助预后和治疗计划	225名成人半球弥漫性胶质瘤患者的1H-MRS数据	数字病理学	胶质瘤	1H-MRS, 深度学习	1D-CNN, 注意力深浅网络（ADSN）	光谱数据	225名患者（117名IDH突变，108名IDH野生型；99名TERTp突变，100名TERTp野生型）
11315	2024-09-20	Comment on: "Deep learning-based surgical phase recognition in laparoscopic cholecystectomy" 2025-Feb-28, Annals of hepato-biliary-pancreatic surgery IF:1.1Q3 DOI:10.14701/ahbps.24-149 PMID:39295321	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11316	2025-02-20	Sex estimation with convolutional neural networks using the patella magnetic resonance image slices 2025-Feb-19, Forensic science, medicine, and pathology DOI:10.1007/s12024-025-00943-7 PMID:39969760	研究论文	本研究通过开发的模型，使用EfficientNetB3、MobileNetV2、VGG16、ResNet50和DenseNet121架构，在髌骨磁共振图像上进行性别估计	首次在髌骨磁共振图像切片上应用多种深度学习架构进行性别估计，无需使用传统的形态测量方法	样本量相对较小，仅包含696名患者，且未对不同年龄段或种族群体进行细分分析	开发自动化的性别估计方法，减少对经验丰富人员的依赖并提高效率	696名患者（293名男性和403名女性）的6710张髌骨磁共振图像切片	计算机视觉	NA	磁共振成像（MRI）	CNN（包括EfficientNetB3、MobileNetV2、VGG16、ResNet50和DenseNet121）	图像	696名患者的6710张髌骨磁共振图像切片
11317	2025-02-20	Artificial intelligence in the management of metabolic disorders: a comprehensive review 2025-Feb-19, Journal of endocrinological investigation IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s40618-025-02548-x PMID:39969797	综述	本文综述了人工智能在代谢性疾病管理中的重要作用，包括糖尿病、肥胖、代谢功能障碍相关脂肪肝病和甲状腺功能障碍	本文综合探讨了AI在代谢性疾病管理中的多种应用，如早期诊断、个性化治疗、风险评估和生物标志物发现，并强调了AI与临床实践结合的革命性潜力	本文提到AI实施中的挑战和伦理考虑，如数据隐私、模型可解释性和偏见缓解，但未深入探讨具体解决方案	探讨人工智能在代谢性疾病管理中的应用及其潜力	代谢性疾病，包括糖尿病、肥胖、代谢功能障碍相关脂肪肝病和甲状腺功能障碍	自然语言处理, 计算机视觉, 机器学习	代谢性疾病	机器学习(ML), 深度学习(DL), 自然语言处理(NLP), 强化学习	NA	NA	NA
11318	2025-02-20	Deep learning for augmented process monitoring of scalable perovskite thin-film fabrication 2025-Feb-18, Energy & environmental science IF:32.4Q1 DOI:10.1039/d4ee03445g PMID:39830789	研究论文	本文展示了深度学习在增强大面积钙钛矿薄膜制造过程监控中的应用	利用深度学习增强成像方法，实现材料成分监控、薄膜质量早期评估及过程控制建议生成	研究基于中等规模数据集，可能在大规模应用中存在限制	提高钙钛矿光伏材料的大面积制造可重复性	钙钛矿薄膜的制造过程	机器学习	NA	深度学习	NA	图像数据	中等规模数据集
11319	2025-02-20	Integrating State-Space Modeling, Parameter Estimation, Deep Learning, and Docking Techniques in Drug Repurposing: A Case Study on COVID-19 Cytokine Storm 2025-Feb-18, Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA IF:4.7Q1 DOI:10.1093/jamia/ocaf035 PMID:39965087	研究论文	本研究通过整合状态空间建模、参数估计、深度学习和分子对接技术，探索药物再利用在COVID-19细胞因子风暴中的应用	结合数学建模、PID控制器、深度学习和分子对接技术，提出了一种综合方法用于快速识别关键调控蛋白和药物再利用	研究主要针对COVID-19的细胞因子风暴，未广泛验证其他病毒或疾病的应用效果	开发快速有效的治疗方法，以应对SARS-CoV-2变种带来的挑战	COVID-19细胞因子风暴中的关键调控蛋白（如ACE2）	药物再利用	COVID-19	状态空间建模、参数估计、深度学习、分子对接	深度学习模型	蛋白质相互作用数据、药物-靶点相互作用数据	NA
11320	2025-02-20	Dual-Domain Self-Supervised Deep Learning with Graph Convolution for Low-Dose Computed Tomography Reconstruction 2025-Feb-18, Journal of imaging informatics in medicine DOI:10.1007/s10278-024-01314-4 PMID:39966223	研究论文	本文提出了一种名为DDoS的双域自监督深度学习框架，用于低剂量计算机断层扫描（LDCT）图像的去噪和重建	DDoS框架结合了图卷积和多通道注意力模块，能够在sinogram域和图像域同时进行去噪，有效提升了LDCT图像的信噪比	尽管DDoS框架在实验中表现出色，但其在临床环境中的实际应用仍需进一步验证	提高低剂量计算机断层扫描（LDCT）图像的信噪比，以满足诊断所需的图像质量	低剂量计算机断层扫描（LDCT）图像	计算机视觉	NA	深度学习	图卷积网络（GCN）	图像	两个大规模LDCT数据集