深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2025-05-25	DeepValve: The first automatic detection pipeline for the mitral valve in Cardiac Magnetic Resonance imaging 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110211 PMID:40311468	research paper	介绍了一种名为DeepValve的深度学习流程，用于在心脏磁共振成像中自动检测二尖瓣	首次提出用于心脏磁共振成像中二尖瓣自动检测的深度学习流程DeepValve，并测试了三种瓣膜检测模型	研究仅基于120例确诊二尖瓣疾病患者的临床数据集，样本量可能有限	开发自动检测二尖瓣的深度学习流程，以提高诊断准确性	二尖瓣在心脏磁共振成像中的自动检测	digital pathology	cardiovascular disease	deep learning	UNET-REG, UNET-SEG, DSNT-REG	image	120例确诊二尖瓣疾病患者的临床数据集
1142	2025-05-25	Deep learning meets marine biology: Optimized fused features and LIME-driven insights for automated plankton classification 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110273 PMID:40315719	research paper	提出了一种改进的浮游生物分类模型，通过特征融合和优化算法提高分类准确性和可解释性	结合InceptionResNetV2和DeepPlanktonNet模型的特征融合，利用鲸鱼优化算法(WOA)进行特征选择，并采用LIME增强模型可解释性	模型在有限标记数据下的高准确性和计算效率仍具挑战性	提高浮游生物自动分类的准确性和效率，支持大规模生态调查和水质监测	浮游生物	computer vision	NA	特征融合, 鲸鱼优化算法(WOA), LIME	InceptionResNetV2, DeepPlanktonNet	image	WHOI数据集
1143	2025-05-25	An explainable adaptive channel weighting-based deep convolutional neural network for classifying renal disorders in computed tomography images 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110220 PMID:40315718	研究论文	提出了一种名为EACWNet的自动化深度学习模型，用于分类肾脏CT图像中的不同疾病类别	结合了自适应通道加权的深度卷积神经网络和可解释人工智能技术，提高了分类准确率	模型在结石类别的精确度较低，因为结石具有固有的变异性和异质性	提高肾脏疾病诊断的工作流程效率和准确性	肾脏CT图像	计算机视觉	肾脏疾病	深度学习	CNN (VGG-19改进版)	图像	公开可用的肾脏CT图像数据集
1144	2025-05-25	Optimizing stroke lesion segmentation: A dual-approach using Gaussian mixture models and nnU-Net 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110221 PMID:40318493	research paper	本文系统评估了高斯混合模型（GMM）和nnU-Net在识别中风体积治疗相关变化中的有效性	首次将GMM与nnU-Net结合用于中风病灶分割，并评估其在检测治疗诱导变化方面的可靠性	nnU-Net仅基于手动分割训练时无法检测显著的治疗诱导中风体积减少，可能导致假阴性结果	评估不同分割方法在检测中风治疗反应中的有效性	中风病灶分割模型	digital pathology	cardiovascular disease	GMM, nnU-Net	GMM, nnU-Net	image	NA
1145	2025-05-25	Molecular landscape of endometrioid Cancer: Integrating multiomics and deep learning for personalized survival prediction 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110284 PMID:40319755	研究论文	本研究提出了一种结合多组学数据和深度学习的创新生存分析方法，用于子宫内膜样癌的个性化生存预测	开发了一种新的深度学习自编码器，设计了专门用于自编码器的新损失函数，以捕捉生物变量与生存结果之间的复杂非线性关系	NA	研究影响子宫内膜样癌患者预后的因素，识别潜在的生存生物标志物	子宫内膜样癌患者的多组学数据（转录组、甲基化和蛋白质组数据）	数字病理学	子宫内膜癌	多组学分析（转录组、甲基化、蛋白质组）	自编码器（Autoencoder）	多组学数据	来自TCGA-UCEC项目的子宫内膜样癌样本
1146	2025-05-25	Artificial intelligence in fetal brain imaging: Advancements, challenges, and multimodal approaches for biometric and structural analysis 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110312 PMID:40319756	review	本文综述了人工智能在胎儿脑成像中的应用，重点探讨了超声和磁共振成像的多模态整合及其在提高诊断准确性方面的潜力	强调了多模态方法整合超声和磁共振成像的互补优势，以及AI在实时诊断工具和人机协作框架中的创新应用	面临的主要挑战包括高质量多样化数据集的稀缺、计算效率不足以及数据隐私和安全的伦理问题	探索人工智能如何提升胎儿脑成像的诊断准确性和效率，改善围产期护理结果	胎儿脑成像，特别是通过超声和磁共振成像进行的生物测量和结构分析	数字病理	NA	超声(US)和磁共振成像(MRI)	深度学习框架和基于注意力的架构	图像	NA
1147	2025-05-25	NFR-EDL: Non-linear fuzzy rank-based ensemble deep learning for accurate diagnosis of oral and dental diseases using RGB color photography 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110279 PMID:40319757	research paper	提出一种基于非线性模糊排序的集成深度学习模型NFR-EDL，用于通过RGB彩色摄影准确诊断口腔和牙齿疾病	结合四种深度CNN基础模型，通过非线性模糊排序和不确定性决策融合，提高诊断准确性和可靠性	未提及模型在多样化人群或不同光照条件下的泛化能力	开发高准确度的AI工具以改善口腔和牙齿疾病的早期诊断	口腔和牙齿疾病	digital pathology	oral and dental diseases	RGB color photography	CNN, NFR-EDL	image	Kaggle, MOD, ODSI-DB, and OaDD datasets
1148	2025-05-25	A transformer-based framework for temporal health event prediction with graph-enhanced representations 2025-Jun, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104826 PMID:40324665	research paper	该研究提出了一种结合图学习和Transformer框架的深度学习方法GLT-Net，用于预测时序健康事件	GLT-Net通过构建患者关联图和共病关联矩阵，利用图神经网络增强诊断代码的特征表示，并通过Transformer-Encoder框架捕捉历史入院记录的时间依赖性	未明确提及具体局限性	预测时序健康事件，深入理解患者健康状况和疾病趋势	患者入院记录和诊断代码	machine learning	NA	图神经网络, Transformer	GLT-Net (结合图学习和Transformer框架)	时序健康事件数据	未明确提及具体样本量
1149	2025-05-25	Deep learning-driven imaging of cell division and cell growth across an entire eukaryotic life cycle 2025-Jun-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E25-01-0009 PMID:40327364	研究论文	该研究通过结合微流控培养、生命周期阶段特异性图像分割和基于深度学习的视频帧插值算法FIEST，实现了对真核微生物整个生命周期的细胞分裂和细胞生长进行直接和连续的研究	提出了一种新的细胞追踪算法FIEST，基于深度学习视频帧插值，能够直接和连续地研究完整的微生物生命周期	研究仅针对特定微生物的生命周期，可能不适用于所有真核微生物	研究真核微生物整个生命周期中的细胞分裂和细胞生长	真核微生物的生命周期，包括休眠、交配、减数分裂和细胞分裂等状态	计算机视觉	NA	微流控培养、深度学习视频帧插值	深度学习	图像、视频	三个有性繁殖世代的真核微生物生命周期
1150	2025-05-25	Interpretable deep neural networks for advancing early neonatal birth weight prediction using multimodal maternal factors 2025-Jun, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104838 PMID:40339967	research paper	本研究提出了一种基于可解释深度神经网络的临床决策支持系统，用于早期预测新生儿出生体重，利用早期妊娠期间的多模态母体因素	创新性地结合了全面的母体因素，特别是营养元素与生理和生活方式变量，使用TabNet架构提高了预测的精确度和可解释性	NA	开发一个临床决策支持系统，早期预测新生儿出生体重，以改善新生儿健康结果	新生儿出生体重及其与母体因素的关系	machine learning	neonatal health	deep learning, TabNet	TabNet	tabular data	广泛的数据集，涵盖多种母体健康指标
1151	2025-05-25	Beyond accuracy: The need for explainable AI in biomedical voice technology 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110240 PMID:40379565	research paper	本文探讨了在生物医学语音技术中，超越准确率需求的可解释AI的重要性	强调了在临床环境中，高表现深度学习模型的可解释性需求	未提及具体的技术实现细节或实验验证	研究生物医学语音技术中AI的可解释性问题	语音作为非侵入性生物标志物	natural language processing	neurodegenerative and respiratory diseases, psychiatric and emotional disorders	NA	deep learning models	voice data	NA
1152	2025-05-25	TRENDY: Gene Regulatory Network Inference Enhanced by Transformer 2025-May-23, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf314 PMID:40408160	research paper	介绍了一种名为TRENDY的新型基因调控网络推断方法，该方法整合了transformer模型以增强基于机制的WENDY方法	将transformer模型整合到基因调控网络推断中，提升了现有方法的性能，并展示了其在其他推断方法中的广泛应用潜力	未提及具体局限性	提升基因调控网络推断的准确性和效率	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	transformer模型	transformer	基因表达数据	模拟和实验数据集
1153	2025-05-25	Incorporating Pre-Training Data Matters in Unsupervised Domain Adaptation 2025-May-23, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence IF:20.8Q1 DOI:10.1109/TPAMI.2025.3572963 PMID:40408198	研究论文	本文探讨了预训练数据在无监督域适应（UDA）中的重要性，并提出了一种名为TriDA的新框架	从预训练的新视角研究UDA，揭示了目标误差与预训练的关系，并提出了一个三域问题框架	未明确提及具体限制，但可能涉及预训练数据选择策略的泛化能力	研究预训练数据对无监督域适应的影响，并提出改进方法	无监督域适应（UDA）方法	机器学习	NA	无监督域适应（UDA）	NA	图像	多个基准测试数据集
1154	2025-05-25	Staged Self-Supervised Learning for Raven Progressive Matrices 2025-May-23, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2025.3561069 PMID:40408204	研究论文	本研究提出并研究了一种基于Transformer架构的深度学习模型——抽象组合变换器(ACTs)，用于处理需要完成空间视觉模式的抽象推理任务	结合ACTs与选择模块，应用于Raven渐进矩阵(RPMs)，并通过自监督学习在小训练集上成功训练模型，缓解了以往研究中发现的RPMs偏差	NA	开发能够处理抽象推理任务的深度学习架构	Raven渐进矩阵(RPMs)	机器学习	NA	自监督学习	Transformer(ACTs)	空间视觉模式数据	相对较小的训练集
1155	2025-05-25	Interpretable and Adaptive GAN-BiLSTM Approach for Cyber Threat Detection in IoMT-based Healthcare 5.0 2025-May-23, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3573097 PMID:40408219	研究论文	提出了一种可解释和自适应的深度学习安全框架，用于检测基于IoMT的Healthcare 5.0中的网络安全威胁	结合GAN平衡数据集，使用BiLSTM识别时间模式和关键特征，并通过SHAP和PFI增强模型决策的透明度	实验仅在NSL-KDD数据集上进行，未在其他数据集验证	解决Healthcare 5.0中网络安全威胁检测的数据不平衡和模型可解释性问题	基于IoMT的Healthcare 5.0系统	机器学习	NA	GAN, BiLSTM, SHAP, PFI	GAN, BiLSTM	网络流量数据	NSL-KDD数据集
1156	2025-05-25	DenoiseMamba: An Innovative Approach for EEG Artifact Removal Leveraging Mamba and CNN 2025-May-23, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3573042 PMID:40408214	研究论文	提出了一种名为DenoiseMamba的新型深度学习模型，用于有效去除EEG信号中的伪迹	结合了CNN和结构化状态空间对偶机制（SSD），能够同时捕捉局部和全局的时空特征	仅在三个半模拟数据集上进行了实验，未涉及真实临床环境中的EEG数据	提升EEG信号去噪效果，以改善基于EEG的疾病诊断和脑机接口应用性能	EEG信号中的肌电、眼电和心电伪迹	机器学习	NA	深度学习	CNN, SSD	EEG信号	三个半模拟数据集
1157	2025-05-25	Self-supervised feature learning for cardiac Cine MR image reconstruction 2025-May-23, IEEE transactions on medical imaging IF:8.9Q1 DOI:10.1109/TMI.2025.3570226 PMID:40408221	research paper	提出了一种自监督特征学习辅助重建（SSFL-Recon）框架，用于解决现有监督学习方法在MRI重建中的局限性	首次在自监督重建网络中嵌入预学习的采样不敏感特征，以辅助去除伪影	实验仅在内部2D心脏Cine数据集上进行，未验证在其他类型MRI数据上的泛化能力	开发无需全采样图像的MRI重建方法	心脏Cine MRI图像	medical image reconstruction	cardiovascular disease	self-supervised learning	SSFL-Recon framework	MRI image	91例心血管病患者和38例健康受试者
1158	2025-05-25	SSC-SleepNet: A Siamese-Based Automatic Sleep Staging Model with Improved N1 Sleep Detection 2025-May-23, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3572886 PMID:40408218	research paper	提出了一种基于伪Siamese神经网络的自动睡眠分期模型SSC-SleepNet，旨在提高N1睡眠阶段的检测性能	采用伪Siamese神经网络架构和自适应损失函数，动态分配更高的惩罚给误分类的N1睡眠阶段，显著提升了N1检测性能	NA	提高单通道脑电图(EEG)自动睡眠分期中N1睡眠阶段的检测准确性	睡眠分期	machine learning	NA	EEG信号分析	伪Siamese神经网络(包含squeeze-and-excitation残差网络分支和CNN-LSTM分支)	EEG信号	四个数据集(Sleep-EDF-SC、Sleep-EDF-X、Sleep Heart Health Study和Haaglanden Medisch Centrum)
1159	2025-05-25	Methylomes reveal recent evolutionary changes in populations of two plant species 2025-May-23, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf101 PMID:40408446	研究论文	比较拟南芥和二穗短柄草的CG甲基组和基因组中的进化特征，探讨甲基化变异在种群遗传过程和人口历史推断中的应用	开发了一种基于深度学习的全新方法，仅利用甲基化变异数据推断人口历史，并发现甲基化变异能揭示SNP无法识别的近期种群扩张	甲基化变异在拟南芥中识别种群分化的效果不如SNP	研究植物DNA甲基化变异在种群遗传和人口历史推断中的应用	拟南芥（Arabidopsis thaliana）和二穗短柄草（Brachypodium distachyon）	进化生物学	NA	甲基化测序	深度学习	基因组和甲基组数据	两种植物物种的种群样本
1160	2025-05-25	Leveraging Social Media Data to Understand the Impact of COVID-19 on Residents' Dietary Behaviors: Observational Study 2025-May-23, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/51638 PMID:40409748	研究论文	利用社交媒体数据研究COVID-19对居民饮食行为的影响	结合Twitter图像和文本数据，使用迁移学习和预训练的ResNet-101神经网络对食物图像进行分类，并分析其与肥胖率的相关性	研究仅覆盖了2019年至2021年的数据，且仅基于Twitter平台，可能无法全面反映所有人群的饮食行为变化	探讨COVID-19大流行对饮食行为的改变及其长期健康影响	Twitter用户发布的与食物相关的帖子和图像	自然语言处理	NA	迁移学习, 情感分析	ResNet-101	图像, 文本	约200,000条推文