深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1261	2025-05-12	From Micro to Meso: A Data-Driven Mesoscopic Region Division Method Based on Functional Connectivity for EEG-Based Driver Fatigue Detection 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3504847 PMID:40030270	研究论文	提出了一种基于功能连接的细观区域划分方法，用于基于EEG的驾驶员疲劳检测	利用数据内在特性和基于功能连接的GNN，提出了一种新的细观区域划分方法，克服了传统方法依赖任务特定先验知识的局限性	未明确说明方法在其他EEG任务中的泛化能力	提高基于EEG的驾驶员疲劳检测性能	EEG信号和驾驶员疲劳状态	脑机接口	NA	功能连接分析和GNN	GNN	EEG信号	公共驾驶员疲劳检测数据集（未明确样本数量）
1262	2025-05-12	Deep Learning-Based Event Counting for Apnea-Hypopnea Index Estimation Using Recursive Spiking Neural Networks 2025-Apr, IEEE transactions on bio-medical engineering DOI:10.1109/TBME.2024.3498097 PMID:40030371	research paper	提出了一种基于深度学习的递归脉冲神经网络方法RSN-Count，用于家庭环境中睡眠呼吸暂停的筛查，重点在于无需精确定位事件即可可靠估计呼吸暂停低通气指数（AHI）	利用脉冲神经网络直接计数呼吸暂停事件，减少对事件时间精确定位的依赖，提高了AHI估计的准确性	研究样本量较小（N = 33），可能影响结果的普遍性	改进家庭环境中睡眠呼吸暂停的筛查方法	睡眠呼吸暂停事件	machine learning	sleep apnea	Spiking Neural Networks	RSN-Count	audio and SpO recordings	33名受试者的整夜音频和血氧记录
1263	2025-05-12	Automatic flow planning for fetal cardiovascular magnetic resonance imaging 2025-Apr-01, Journal of cardiovascular magnetic resonance : official journal of the Society for Cardiovascular Magnetic Resonance IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.jocmr.2025.101888 PMID:40180124	研究论文	该研究开发了一种自动化实时规划二维相位对比血流成像（OWL）的方法，用于胎儿心血管磁共振成像	首次实现了胎儿心血管磁共振成像的实时自动规划，扩展了该技术的可及性	在7例前瞻性案例中仅成功实施了6例，且规划质量略低于手动规划	开发自动化实时规划方法以扩大胎儿血流成像技术的可及性	胎儿心血管系统	数字病理学	心血管疾病	二维相位对比血流成像（2D phase-contrast flow imaging）	深度学习网络	磁共振成像数据	167个胎儿数据集用于胎儿身体定位训练，71个用于心脏标志检测训练，10个回顾性数据集和7个前瞻性胎儿受试者（36+3-39+3孕周）用于评估
1264	2025-05-12	Use of deep learning model for paediatric elbow radiograph binomial classification: initial experience, performance and lessons learnt 2025-04-01, Singapore medical journal IF:1.7Q2 DOI:10.4103/singaporemedj.SMJ-2022-078 PMID:40258236	research paper	本研究比较了基于卷积神经网络（CNN）的深度学习模型与儿科急诊医生在儿童肘部X光片二分类任务上的表现	使用EfficientNet B1网络架构训练AI模型，首次在儿童肘部X光片二分类任务中与医生表现进行对比	样本量相对较小（1314张X光片），医生间一致性仅为一般水平（fair inter-rater agreement）	评估深度学习模型在儿童肘部X光片异常检测中的性能	儿童肘部侧位X光片（正常与异常）	digital pathology	NA	deep learning	CNN (EfficientNet B1)	image (radiographs)	1314张儿科肘部X光片（平均年龄8.2岁），分为开发集（993张）、调优集（209张）和测试集（112张）
1265	2025-05-12	Transformer-based deep learning enables improved B-cell epitope prediction in parasitic pathogens: A proof-of-concept study on Fasciola hepatica 2025-Apr, PLoS neglected tropical diseases IF:3.4Q1 DOI:10.1371/journal.pntd.0012985 PMID:40300022	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的深度学习模型deepBCE-Parasite，用于预测寄生虫病原体中的B细胞表位	利用最先进的自注意力机制，模型在预测线性B细胞表位方面表现出色，准确率约为81%，AUC为0.90	研究仅针对Fasciola hepatica进行了案例验证，未在其他寄生虫病原体上广泛测试	提高B细胞表位的预测准确性，推动基于表位的疫苗设计、治疗性抗体开发和诊断应用	寄生虫病原体中的B细胞表位，特别是Fasciola hepatica的亮氨酸氨基肽酶（LAP）蛋白	机器学习	寄生虫病	深度学习	Transformer	肽序列	Fasciola hepatica的蛋白质组数据
1266	2025-05-12	Technical note: Impact of tissue section thickness on accuracy of cell classification with a deep learning network 2025-Apr, Journal of pathology informatics DOI:10.1016/j.jpi.2025.100440 PMID:40343112	研究论文	研究组织切片厚度对深度学习网络细胞分类准确性的影响	确定了用于细胞分类系统的最佳组织切片厚度，并详细描述了不同厚度引入的形态学差异	研究仅针对肝脏组织，未涉及其他组织类型	优化深度学习网络在常规组织病理学中的细胞分类准确性	肝脏组织中的肝细胞和非肝细胞	数字病理学	NA	HE染色、深度学习	ResNet、随机森林	图像	手动切割的5种厚度肝脏切片和自动切片机(DS)切割的切片
1267	2025-05-12	Enhanced EEG Forecasting: A Probabilistic Deep Learning Approach 2025-Mar-18, Neural computation IF:2.7Q3 DOI:10.1162/neco_a_01743 PMID:40030141	研究论文	本文提出了一种基于概率深度学习的增强型EEG预测方法，用于改进脑电图信号的长期预测	首次将概率深度学习方法WaveNet应用于静息态EEG时间序列预测，并在theta和alpha频段实现了150毫秒的可靠预测	研究仅针对静息态EEG的theta和alpha频段进行测试，未涉及其他脑电频段或任务态脑电	改进EEG信号的长期预测准确性，以增强实时脑状态估计在脑机接口和脑刺激协议中的应用	静息态EEG信号（theta和alpha频段）	机器学习	NA	概率深度学习	WaveNet	时间序列数据（EEG信号）	未明确说明样本数量
1268	2025-05-12	Exploring the application of deep learning methods for polygenic risk score estimation 2025-Mar-13, Biomedical physics & engineering express IF:1.3Q3 DOI:10.1088/2057-1976/adbb71 PMID:40020248	research paper	探索深度学习在多基因风险评分（PRS）估计中的应用	使用深度学习模型生成多个PRS，并展示其在数据缺失情况下的性能	进一步改进可能需要额外的输入数据	研究深度学习如何改进PRS的生成	UK Biobank数据中的已知PRS	machine learning	NA	deep learning	DL models	genetic data	UK Biobank数据
1269	2025-05-12	Transfer learning reveals sequence determinants of the quantitative response to transcription factor dosage 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100780 PMID:40020686	研究论文	通过迁移学习揭示转录因子剂量对染色质可及性定量响应的序列决定因素	结合迁移学习和定量染色质响应测量，提供了一种揭示顺式调控代码额外层面的新方法	研究仅针对TWIST1和SOX9两种转录因子在面部祖细胞中的效应	探索转录因子剂量如何影响调控元件的染色质可及性	TWIST1和SOX9转录因子在面部祖细胞中的效应	机器学习	NA	迁移学习	深度学习模型	染色质可及性数据	NA
1270	2025-05-12	[Scale-invariant feature-enhanced deep learning framework for oral mucosal lesion segmentation] 2025-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20241210-00467 PMID:40015705	research paper	提出了一种结合深度学习和SIFT算法的新型语义分割模型PixelSIFT-UNet，用于提高口腔黏膜病变的分割准确性	整合了深度学习和SIFT算法，开发了PixelSIFT-UNet模型，显著提高了分割精度	研究仅针对三种常见的口腔黏膜病变，可能不适用于其他类型的病变	提高口腔黏膜病变的语义分割准确性	口腔黏膜病变（口腔扁平苔藓、口腔白斑和口腔黏膜下纤维化）	digital pathology	oral mucosal lesions	scale-invariant feature transform (SIFT), deep learning	PixelSIFT-UNet, VGG-16, ResNet-50, U-Net, PSPNet	image	838张标准临床白光图像（训练集506张，验证集166张，测试集166张）
1271	2025-03-05	[Advances in breast cancer tumor-infiltrating lymphocytes evaluation and deep learning applications] 2025-Mar-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology DOI:10.3760/cma.j.cn112151-20241226-00875 PMID:40032427	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1272	2025-05-12	Sugarcane leaf disease classification using deep neural network approach 2025-Mar-04, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-06289-0 PMID:40033192	研究论文	本文开发了一种基于深度学习的可靠模型，用于准确诊断甘蔗叶片病害	使用EfficientNet架构及其他知名CNN模型（如DenseNet201、ResNetV2等）进行甘蔗叶片病害分类，并验证了模型在不同数据集划分中的一致性和可靠性	未发现模型复杂度、深度与准确率之间的直接相关性，表明最佳性能不仅依赖于模型架构或深度，还依赖于其对数据集的适应性	开发一种可靠的深度学习模型，以准确诊断甘蔗叶片病害，提高病害控制和甘蔗产量	甘蔗叶片	计算机视觉	植物病害	深度学习	EfficientNet, DenseNet201, ResNetV2, InceptionV4, MobileNetV3, RegNetX	图像	6748张健康与病害叶片图像，涵盖11种病害类别
1273	2025-05-12	An Efficient Approach for Detection of Various Epileptic Waves Having Diverse Forms in Long Term EEG Based on Deep Learning 2025-Mar-04, Brain topography IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s10548-025-01111-4 PMID:40035961	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的有效方法，用于检测长期脑电图（EEG）中多种形式的癫痫波	利用YOLO网络（特别是YOLO-V4）进行癫痫波检测，展示了高灵敏度、特异性和准确性	需要专家癫痫学家的指导进行数据标注，且样本量较小（20名患者）	开发一种快速、高效的癫痫波检测方法，以辅助癫痫学家进行长期EEG监测	长期EEG监测数据中的多种癫痫波形式	数字病理学	癫痫	深度学习	YOLO（V3、V4和V7）	EEG信号	20名患者的EEG数据
1274	2025-05-12	CryoTEN: efficiently enhancing cryo-EM density maps using transformers 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf092 PMID:40036588	研究论文	本文介绍了一种名为CryoTEN的3D UNETR++风格transformer，用于有效提升冷冻电镜密度图的质量	提出了一种基于transformer的新型深度学习模型CryoTEN，其在提升冷冻电镜密度图质量方面表现优异，且运行速度比现有最优方法快10倍以上，GPU内存需求更低	NA	提升冷冻电镜密度图的质量，以更好地构建蛋白质结构	冷冻电镜密度图	计算机视觉	NA	冷冻电镜(cryo-EM)	3D UNETR++ transformer	3D冷冻电镜密度图	训练集包含1295个冷冻电镜图，独立测试集包含150个图
1275	2025-05-12	Evolution of AI enabled healthcare systems using textual data with a pretrained BERT deep learning model 2025-Mar-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91622-8 PMID:40038367	research paper	该研究利用文本挖掘和深度学习算法，特别是BERT模型，分析了2018年至2022年间科学论文和专利信息，以揭示AI在医疗保健领域的未来趋势	首次在医疗保健AI领域引入深度学习自监督模型（BERT），显著提高了分析的准确性和效率	研究主要依赖于2018年至2022年的数据，可能无法完全反映最新的技术发展	揭示AI在医疗保健领域的新兴趋势和潜在未来路径	科学论文（1587篇）和专利信息（1314项）	natural language processing	NA	text mining, BERT	BERT	text	科学论文1587篇，专利信息1314项
1276	2025-05-12	Precision diagnosis of burn injuries using imaging and predictive modeling for clinical applications 2025-Mar-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92096-4 PMID:40038450	研究论文	本文提出了一种结合先进医学成像和预测模型的方法，用于改进烧伤评估	结合ACICA和TBSA方法与深度学习技术，实现烧伤深度和总身体表面积的高精度估计	NA	提高烧伤诊断的精确度和治疗规划	烧伤患者	数字病理学	烧伤	DCE-LUV成像	RNN	医学图像	NA
1277	2025-05-12	Automated classification of chest X-rays: a deep learning approach with attention mechanisms 2025-Mar-04, BMC medical imaging IF:2.9Q2 DOI:10.1186/s12880-025-01604-5 PMID:40038588	研究论文	本文提出了一种结合Vision Transformer和DenseNet201的深度学习模型，用于自动分类胸部X光片，以诊断COVID-19、肺炎和肺部不透明等肺部疾病	创新性地结合了Vision Transformer（用于捕捉长距离依赖关系）、DenseNet201（用于强大的特征提取）和全局平均池化（用于保留关键空间细节），构建了一个鲁棒的分类系统	未提及模型在临床环境中的实际应用效果或泛化能力	开发一种自动化的深度学习模型，用于准确诊断肺部疾病	胸部X光片（CXR）	计算机视觉	肺部疾病（COVID-19、肺炎、肺部不透明）	深度学习	Vision Transformer (ViT)、DenseNet201	图像	21,165张胸部X光片
1278	2025-05-12	Development of model for identifying homologous recombination deficiency (HRD) status of ovarian cancer with deep learning on whole slide images 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06234-7 PMID:40038690	研究论文	本研究开发了一种基于深度学习的模型，用于从全切片图像中识别卵巢癌的同源重组缺陷状态	使用深度学习模型UNet++和集成模型Ensemble Model来识别肿瘤区域并预测HRD状态，创新性地将HRP患者分为三个子集以优化模型训练	样本量相对较小（205例），且仅来自两个机构，可能影响模型的泛化能力	构建一个深度学习分类器，用于识别卵巢癌患者的HRD状态	卵巢癌患者的全切片图像	数字病理学	卵巢癌	深度学习	UNet++和Ensemble Model	图像	205例卵巢癌患者的H&E染色切片
1279	2025-05-12	A deep learning model for radiological measurement of adolescent idiopathic scoliosis using biplanar radiographs 2025-Mar-04, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05620-7 PMID:40038733	research paper	开发了一种深度学习模型，用于自动测量青少年特发性脊柱侧弯（AIS）的双平面X光片中的脊柱对齐参数	该模型不仅测量冠状面Cobb角，还评估矢状面，这是之前AI模型忽略的	研究样本仅来自单一医院，可能影响模型的泛化能力	提高青少年特发性脊柱侧弯的诊断效率和准确性	青少年特发性脊柱侧弯患者的脊柱对齐参数	digital pathology	adolescent idiopathic scoliosis	biplanar radiographs	ResNet34	image	600 biplane radiographs
1280	2025-05-12	Computational histology reveals that concomitant application of insect repellent with sunscreen impairs UV protection in an ex vivo human skin model 2025-Mar-04, Parasites & vectors IF:3.0Q1 DOI:10.1186/s13071-025-06712-3 PMID:40038831	research paper	该研究通过计算组织学方法评估了防晒霜与驱虫剂联合使用对人体皮肤模型的紫外线防护效果的影响	首次使用离体人体皮肤样本评估防晒霜与驱虫剂联合使用的潜在毒性，并开发了基于深度学习的自动化核形态分析流程NoxiScore	研究使用的是离体皮肤模型，可能与活体皮肤存在差异，且样本来源局限于法国蒙彼利埃地区	评估防晒霜与驱虫剂联合使用的安全性和有效性	人体皮肤活检组织	digital pathology	skin injury	hematoxylin and eosin staining, hematoxylin-eosin saffron staining	deep learning	histology images	来自多个捐赠者的人体皮肤活检样本