深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12941	2024-10-30	Deep Learning-Adjusted Monitoring of In-Hospital Mortality after Liver Transplantation 2024-Oct-10, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13206046 PMID:39457996	研究论文	开发并测试了首个用于预测和实时监测肝移植后院内死亡率的深度学习调整CUSUM程序（DL-CUSUM）	首次使用自动化DL-CUSUM系统来监测肝移植后院内死亡率	NA	开发和测试用于预测和监测肝移植后院内死亡率的深度学习调整CUSUM程序	肝移植后的院内死亡率	机器学习	肝病	深度学习	DL-CUSUM	数值数据	1066名个体，包含66,092个术前可用数据点变量
12942	2024-10-30	Automated Identification of Heart Failure With Reduced Ejection Fraction Using Deep Learning-Based Natural Language Processing 2024-Oct-09, JACC. Heart failure DOI:10.1016/j.jchf.2024.08.012 PMID:39453355	研究论文	开发了一种基于深度学习的自然语言处理模型，用于自动识别医院出院记录中患有射血分数降低的心力衰竭（HFrEF）的患者	提出了一种新的深度学习语言模型，用于从出院总结中识别HFrEF患者，并在多个外部验证数据集中展示了高精度和准确性	NA	自动化识别HFrEF患者，以评估和提高护理质量	射血分数降低的心力衰竭（HFrEF）患者	自然语言处理	心血管疾病	深度学习	语言模型	文本	13,251份出院记录，涉及5,392名患者，其中2,487名患有HFrEF
12943	2024-10-30	Improvement of Quantification of Myocardial Synthetic ECV with Second-Generation Deep Learning Reconstruction 2024-Oct-02, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd11100304 PMID:39452275	研究论文	本研究比较了四种重建方法在心肌合成ECV定量中的差异，发现第二代深度学习重建方法在准确性上表现最佳	本研究首次比较了四种重建方法在心肌合成ECV定量中的差异，并发现第二代深度学习重建方法在准确性上优于其他方法	本研究为回顾性分析，样本量有限，且未考虑其他可能影响结果的因素	比较四种重建方法在心肌合成ECV定量中的差异，评估第二代深度学习重建方法的准确性	心肌合成ECV的定量	计算机视觉	心血管疾病	第二代深度学习重建	深度学习模型	图像	80名接受心脏CT扫描的患者，包括40名男性
12944	2024-10-30	Heterozygous loss of Engrailed-1 and α-synucleinopathy (En1/SYN): A dual-hit preclinical mouse model of Parkinson's disease, analyzed with artificial intelligence 2024-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106647 PMID:39187209	研究论文	本文开发并验证了一种新的帕金森病小鼠模型，用于研究疾病进展和测试潜在的治疗方法	提出了Engrailed-1和α-突触核蛋白病理的双重打击模型，结合了线粒体功能障碍和α-突触核蛋白的异常积累	小鼠模型在6个月后的运动障碍并未如预期加剧	开发和验证一种新的帕金森病小鼠模型，以更好地理解疾病进展和测试新疗法	小鼠模型中的线粒体功能障碍和α-突触核蛋白的异常积累	神经科学	帕金森病	深度学习辅助的组织学分析	NA	组织学数据	En1+/-小鼠在2、4和6个月后的行为测试和组织学分析
12945	2024-10-30	Reliable deep learning in anomalous diffusion against out-of-distribution dynamics 2024-Oct, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00703-7 PMID:39394501	研究论文	本文提出了一种评估深度学习在异常扩散中检测分布外动态的方法，并开发了一种基线方法来实现稳健的分布外动态检测和准确的分布内异常扩散识别	本文提出了一种新的框架和基线方法，用于评估和实现深度学习在异常扩散中对分布外动态的检测	本文未提及具体的局限性	评估和改进深度学习在异常扩散中对分布外动态的检测能力	异常扩散中的分布外动态检测	机器学习	NA	深度学习	NA	实验数据	包括烟碱型乙酰胆碱受体在膜中、葡聚糖溶液中的荧光珠以及进行主动内吞作用的银纳米颗粒等多种实验系统
12946	2024-10-30	Anti-symmetric framework for balanced learning of protein-protein interactions 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae603 PMID:39404784	研究论文	本文提出了一种用于蛋白质-蛋白质相互作用平衡预测的反对称图学习模型BaPPI	引入了一种反对称图卷积网络来处理蛋白质-蛋白质相互作用网络中的不均匀分布，并使用非对称损失函数更新模型，以提高预测的鲁棒性和平衡性	NA	开发一种高效的计算工具，用于预测蛋白质-蛋白质相互作用，并解决现有方法中的不平衡性和计算复杂性问题	蛋白质-蛋白质相互作用及其网络中的模式	机器学习	NA	图卷积网络	反对称图卷积网络	蛋白质序列数据	在SHS27K和SHS148K数据集上进行了实验
12947	2024-10-30	Deep learning improves test-retest reproducibility of regional strain in echocardiography 2024-Oct, European heart journal. Imaging methods and practice DOI:10.1093/ehjimp/qyae092 PMID:39449961	研究论文	本研究评估了一种基于点跟踪的全自动深度学习方法在超声心动图区域应变测量中的重复性	提出了一种新的全自动深度学习方法，显著提高了区域应变测量的重复性	NA	评估深度学习方法在超声心动图区域应变测量中的重复性	区域纵向应变（RLS）在冠状动脉灌注区域（RLSTerritory）和左心室基底至心尖水平（RLSLevel）的测量重复性	计算机视觉	心血管疾病	深度学习	NA	图像	80名受试者（40名对照组和40名疑似非ST段抬高型急性冠脉综合征患者）
12948	2024-10-29	Harnessing deep learning and statistical shape modelling for three-dimensional evaluation of joint bony morphology 2024-Oct, Journal of experimental orthopaedics IF:2.0Q2 DOI:10.1002/jeo2.70070 PMID:39463464	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
12949	2024-10-30	From Static to Dynamic Structures: Improving Binding Affinity Prediction with Graph-Based Deep Learning 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405404 PMID:39206846	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络的深度学习模型Dynaformer，用于预测蛋白质-配体结合亲和力，并通过分子动力学模拟数据进行训练	本文创新性地利用分子动力学模拟数据来捕捉蛋白质-配体相互作用的动态特性，从而提高结合亲和力预测的准确性	NA	提高蛋白质-配体结合亲和力预测的准确性，加速早期药物发现过程	蛋白质-配体复合物的结合亲和力	机器学习	NA	分子动力学模拟	图神经网络	分子动力学轨迹数据	3218个不同的蛋白质-配体复合物
12950	2024-10-30	Dynamic entrainment: A deep learning and data-driven process approach for synchronization in the Hodgkin-Huxley model 2024-Oct-01, Chaos (Woodbury, N.Y.) DOI:10.1063/5.0219848 PMID:39470595	研究论文	本文利用Hodgkin-Huxley模型和深度学习方法，提出了一种动态同步技术，以维持神经元系统的同步状态	引入了一种名为“动态同步”的创新技术，结合深度学习方法和数据驱动过程，以动态维持系统的同步状态	NA	研究动态系统中的共振和同步现象，特别是生物系统中的这些现象	Hodgkin-Huxley模型描述的神经元动作电位的传播	机器学习	NA	深度学习	NA	模型输出数据	NA
12951	2024-10-30	Coati optimization algorithm based Deep Convolutional Forest method for prediction of atmospheric and oceanic parameters 2024-Sep-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73811-z PMID:39333748	研究论文	提出了一种基于Coati优化算法的深度卷积森林方法，用于预测大气和海洋参数	引入Coati优化算法训练深度卷积森林分类器，以提高海洋表面温度异常预测的精度	NA	提高海洋表面温度预测的精度，特别是在高精度区域	海洋表面温度异常及相关变量	机器学习	NA	深度卷积森林	深度卷积森林	数值数据	历史数据范围为1到10天，涉及六个不同地点
12952	2024-10-30	Forecasting dominance of SARS-CoV-2 lineages by anomaly detection using deep AutoEncoders 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.24.563721 PMID:37961168	研究论文	提出了一种基于深度自动编码器的异常检测系统DeepAutoCoV，用于预测SARS-CoV-2未来主导的变异株	使用深度学习方法进行无监督异常检测，能够提前数周预测SARS-CoV-2的主导变异株，并提供可解释的结果	NA	预测SARS-CoV-2未来主导的变异株，优化公共卫生干预策略	SARS-CoV-2的变异株及其在GISAID数据库中的频率	机器学习	COVID-19	深度学习	自动编码器	序列数据	超过1600万条Spike蛋白序列，采样时间约为4年
12953	2024-10-30	Forecasting dominance of SARS-CoV-2 lineages by anomaly detection using deep AutoEncoders 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae535 PMID:39446192	研究论文	本文提出了一种基于深度自动编码器的异常检测系统DeepAutoCoV，用于预测SARS-CoV-2未来主导的变异株	DeepAutoCoV能够以极低的频率（0.01%-3%）成功标记未来主导的变异株，并提供4-17周的中位数提前时间，预测效果比基线方法好5到25倍	NA	预测SARS-CoV-2未来主导的变异株	SARS-CoV-2的变异株及其主导趋势	机器学习	COVID-19	深度学习	自动编码器	基因序列	超过1600万条Spike蛋白序列，采样时间约为4年
12954	2024-10-30	Biotechnological studies towards improvement of finger millet using multi-omics approaches 2024-Sep-02, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01438-4 PMID:39218842	研究论文	本文探讨了利用多组学方法改进手指谷子的生物技术研究	本文首次系统性地结合多组学技术和人工智能技术，以加速对手指谷子的研究	目前对手指谷子的多组学研究仍然有限，缺乏现代工具	旨在通过多组学方法改进手指谷子的遗传资源，以应对全球饥饿和环境挑战	手指谷子	NA	NA	多组学技术	NA	基因组数据	NA
12955	2024-10-30	Ultra-low dose chest CT with silver filter and deep learning reconstruction significantly reduces radiation dose and retains quantitative information in the investigation and monitoring of lymphangioleiomyomatosis (LAM) 2024-Sep, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-10649-z PMID:38388717	研究论文	研究银滤波器和深度学习重建算法在淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者胸部CT扫描中降低辐射剂量的效果	使用银滤波器和深度学习重建算法显著降低了胸部CT扫描的辐射剂量，同时保持了量化信息的准确性	研究样本量较小，仅在一个中心进行，且仅针对LAM患者	探讨银滤波器和深度学习重建算法在LAM患者胸部CT扫描中降低辐射剂量的可行性	LAM患者的胸部CT扫描图像	计算机视觉	肺部疾病	深度学习重建	深度学习模型	图像	60名LAM患者
12956	2024-10-30	Automated inversion time selection for late gadolinium-enhanced cardiac magnetic resonance imaging 2024-Sep, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-10630-w PMID:38337070	研究论文	开发并分享一种深度学习方法，用于从多厂商、多机构和多场强的反转扫描序列中准确识别最佳反转时间	开发了一种结合卷积神经网络和长短期记忆网络的深度学习模型，能够在多厂商数据上高精度地识别最佳反转时间，并应用于未见过的外部数据	模型在训练数据中占比较高的厂商数据上表现最佳，不同厂商的性能存在差异	开发一种自动选择最佳反转时间的工具，以提高晚期钆增强心脏磁共振成像的效率和一致性	多厂商、多机构和多场强的反转扫描序列	计算机视觉	NA	深度学习	卷积神经网络和长短期记忆网络	图像	1136例1.5-T和3-T心脏MRI检查
12957	2024-10-30	Knee landmarks detection via deep learning for automatic imaging evaluation of trochlear dysplasia and patellar height 2024-Sep, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-10596-9 PMID:38337072	研究论文	本文开发并验证了一种基于深度学习的自动测量膝关节磁共振成像中髌股不稳定指数的方法	提出了一种基于U-Net网络的自动检测膝关节标志点的方法，用于评估髌骨高度和滑车发育不良	NA	开发和验证一种基于深度学习的自动测量髌股不稳定指数的方法	膝关节磁共振成像中的髌骨高度和滑车发育不良	计算机视觉	膝关节疾病	深度学习	U-Net	图像	763个膝关节MRI切片，来自95名患者，标注了3393个解剖标志点
12958	2024-10-30	Utilizing fully-automated 3D organ segmentation for hepatic steatosis assessment with CT attenuation-based parameters 2024-Sep, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-10660-4 PMID:38393403	研究论文	研究利用全自动3D器官分割技术评估肝脂肪变性，通过CT衰减参数进行分析	本文创新性地使用全自动3D器官分割技术来提取CT衰减参数，用于评估肝脂肪变性	研究为回顾性分析，样本量有限，且未涵盖所有可能的临床情况	探讨全自动3D器官分割技术在评估肝脂肪变性中的临床应用	研究对象为362名成年潜在活体肝移植供体，分析其腹部CT扫描和磁共振波谱-质子密度脂肪分数（MRS-PDFF）	数字病理学	肝病	CT扫描	深度学习	图像	362名成年潜在活体肝移植供体
12959	2024-10-30	Artificial intelligence-assisted double reading of chest radiographs to detect clinically relevant missed findings: a two-centre evaluation 2024-Sep, European radiology IF:4.7Q1 DOI:10.1007/s00330-024-10676-w PMID:38466390	研究论文	评估一种人工智能辅助的双重读片系统，用于检测常规胸部X光片中临床相关的遗漏发现	使用人工智能软件作为报告授权后的二次读片，以减少诊断错误，同时不中断放射科医生的读片流程	人工智能检测到的差异数量较多，需要放射科医生进行相关性评估	评估人工智能辅助的双重读片系统在检测常规胸部X光片中临床相关遗漏发现的有效性	胸部X光片及其放射科报告	计算机视觉	NA	深度学习和自然语言处理算法	深度学习	图像	25,104张胸部X光片，涉及21,039名患者（平均年龄61.1岁，标准差16.2，其中10,436名为男性）
12960	2024-10-30	A predictive approach for host-pathogen interactions using deep learning and protein sequences 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00882-x PMID:39464732	研究论文	本文提出了一种利用深度学习和蛋白质序列预测宿主-病原体相互作用的方法	使用深度学习方法和mMKGap算法提取特征，结合Negatome数据库生成负样本，显著提高了预测准确性	NA	开发一种高效且准确的计算方法来预测宿主-病原体相互作用	宿主-病原体相互作用	机器学习	NA	深度学习	CNN	蛋白质序列	三个平衡的人类-病原体数据集，采用10折交叉验证