深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13341	2024-08-05	Building Prediction Models for 30-Day Readmissions Among ICU Patients Using Both Structured and Unstructured Data in Electronic Health Records 2023-Dec, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine DOI:10.1109/bibm58861.2023.10385612 PMID:39055130	研究论文	本研究构建并评估了多个机器学习模型，以预测ICU患者的30天再入院率	该研究结合了结构化和非结构化数据，展示了利用机器学习和深度学习预测ICU再入院的潜力	该研究可能受到MIMIC-III数据库的特定限制	预测ICU患者的30天再入院率	ICU患者的电子健康记录数据	机器学习	NA	机器学习	逻辑回归	结构化和非结构化数据	使用MIMIC-III数据库中的数据
13342	2024-08-05	Artificial Intelligence as a Decision-Making Tool in Forensic Dentistry: A Pilot Study with I3M 2023-03-06, International journal of environmental research and public health DOI:10.3390/ijerph20054620 PMID:36901630	研究论文	这项研究旨在探讨基于第三磨牙成熟指数（I3M）创建决策支持工具的技术可行性	该研究结合深度学习和拓扑数据分析方法，实现了I3M评分的自动化，展示了与牙科法医专家的高度一致性	这是一个初步研究，样本量相对较小，局限于特定地区的图像	研究目的是开发一种支持牙科年龄估计专家决策的人工智能工具	研究对象是来自法国和乌干达的456张下颌骨X光影像	数字病理学	NA	深度学习	U-Net, Mask R-CNN	影像	456张图像
13343	2024-08-05	Super-Resolution of Dental Panoramic Radiographs Using Deep Learning: A Pilot Study 2023-Mar-06, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics13050996 PMID:36900140	研究论文	本研究旨在比较基于深度学习的超分辨率模型与传统方法在提升牙科全景影像分辨率方面的效果	探索了五种最先进的深度学习超分辨率方法，并与传统双三次插值方法进行了比较	研究样本仅限于牙科全景影像，可能无法推广到其他类型的医疗影像	提高牙科全景影像的分辨率和质量	888幅牙科全景影像	计算机视觉	NA	深度学习超分辨率算法	SRCNN, SRGAN, U-Net, SwinIr, LTE	图像	888幅牙科全景影像
13344	2024-08-07	Hyperparameter Tuning and Automatic Image Augmentation for Deep Learning-Based Angle Classification on Intraoral Photographs-A Retrospective Study 2022-Jun-23, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics12071526 PMID:35885432	研究论文	本研究评估了超参数调优和自动图像增强对基于深度学习的正畸照片按Angle分类的影响	采用GradCAM提高模型的可解释性，并发现自动图像增强进一步提升了模型性能	误分类主要发生在Angle I类和II类之间	评估超参数调优和自动图像增强对深度学习模型在正畸照片分类中的效果	正畸照片按Angle分类	计算机视觉	NA	深度学习	ResNet	图像	605张Angle I类图像，1038张Angle II类图像，408张Angle III类图像
13345	2024-08-07	Deep Learning-Based Methods for Automatic Diagnosis of Skin Lesions 2020-Mar-21, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s20061753 PMID:32245258	研究论文	本文旨在开发一种基于深度学习的高精度系统，用于自动诊断皮肤病变	本文的创新点在于集成多种分类器方法于一个基于全局融合的决策系统中，利用各方法的结果来确定融合权重	NA	开发一种高精度的皮肤病变自动诊断系统	皮肤病变，包括黑色素瘤和良性痣	机器学习	NA	深度学习	神经网络（NN）、卷积神经网络（CNN）	图像	使用了两个不同的免费数据库进行实验
13346	2024-08-07	Skin lesion classification using ensembles of multi-resolution EfficientNets with meta data 2020, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2020.100864 PMID:32292713	研究论文	本文描述了在ISIC 2019皮肤病变分类挑战中使用多分辨率EfficientNets集成方法的方法	采用数据驱动方法处理测试集中的未知类别，通过损失平衡处理严重的类别不平衡，以及使用两种裁剪策略和多裁剪评估处理不同分辨率的图像	NA	参与并赢得ISIC 2019皮肤病变分类挑战	皮肤病变分类	计算机视觉	皮肤病变	深度学习	EfficientNets, SENet, ResNeXt WSL	图像	涉及不同分辨率的皮肤镜图像和患者元数据
13347	2024-08-05	Matryoshka: Exploiting the Over-Parametrization of Deep Learning Models for Covert Data Transmission 2024-Jul-26, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence IF:20.8Q1 DOI:10.1109/TPAMI.2024.3434417 PMID:39058616	研究论文	本论文提出了一种名为Matryoshka的新型内部攻击，旨在揭示在没有暴露接口情况下破坏机器学习数据隐私的可能性	提出了一种新颖的参数共享方法，利用载体模型的学习能力进行信息隐藏，且可在不损失载体模型效用的情况下实现高容量和高解码效率	NA	研究机器学习数据隐私的破坏和信息隐藏的技术	机器学习数据及其隐私	机器学习	NA	深度神经网络（DNN）	NA	真实世界数据样本	超过10,000个实际数据样本
13348	2024-08-05	Low-contrast lesion detection in neck CT: a multireader study comparing deep learning, iterative, and filtered back projection reconstructions using realistic phantoms 2024-Jul-24, European radiology experimental IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s41747-024-00486-6 PMID:39046565	研究论文	本研究比较了深度学习重建、迭代重建和滤波反投影在颈部CT中的病灶检测效果	使用深度学习重建（DLR）技术提高了颈部CT影像中低对比度病灶的可检测性	仅在患者模拟的颈部假体上进行实验，可能影响结果的推广性	探索不同CT重建算法在颈部低对比度病灶检测中的有效性	使用九个模拟患者颈部假体进行实验，每个假体包含一个低对比度病灶	数字病理学	NA	深度学习重建（DLR）	NA	影像	九个颈部假体
13349	2024-08-05	Developing BioNavi for Hybrid Retrosynthesis Planning 2024-Jul-22, JACS Au IF:8.5Q1 DOI:10.1021/jacsau.4c00228 PMID:39055138	研究论文	本文提出了一种名为BioNavi的模型，用于设计混合合成路径。	BioNavi通过创新多任务学习和反应模板，提高了合成路径设计的可解释性。	未提及特定的限制	研究目的是开发一个有效的混合合成路径设计工具。	研究对象为合成路径，包括化学合成和生物合成。	数字路径学	NA	深度学习	多任务学习	数据集	多个数据集，具体样本数未提及
13350	2024-08-05	Learning generalizable AI models for multi-center histopathology image classification 2024-Jul-19, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00652-4 PMID:39030380	研究论文	本研究提出了一种新的对抗性傅里叶领域适应方法，用于多中心的组织病理图像分类	提出了对抗性傅里叶领域适应（AIDA）方法，利用傅里叶变换的优势改善深度学习模型的泛化能力	现有技术在有效性和可区分性方面存在局限	提升临床病理学中AI模型的诊断准确性与效率	涉及四种癌症（卵巢癌、胸膜癌、膀胱癌和乳腺癌）的亚型分类任务	数字病理学	卵巢癌, 胸膜癌, 膀胱癌, 乳腺癌	对抗性领域适应, 傅里叶变换	卷积神经网络（CNN）	图像	共涉及1113例卵巢癌, 247例胸膜癌, 422例膀胱癌和482例乳腺癌
13351	2024-08-05	Absolute permeability estimation from microtomography rock images through deep learning super-resolution and adversarial fine tuning 2024-Jul-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67367-1 PMID:39030317	研究论文	本文提出了一种通过深度学习超分辨率和对抗微调来估计微断层岩石图像的绝对渗透率	使用超分辨率模型提升低分辨率图像质量，并结合代理模型替代数值模拟，以估算感兴趣的岩石物理属性	未提及具体限制因素	旨在提高碳捕集与储存过程中对地下储层物理性质的准确估计	针对地下储层岩石的物理特性进行研究，重点在于渗透率的估算	数字岩石物理	NA	X射线微断层成像	GAN	图像	DeePore数据集
13352	2024-08-05	Enhancing global maritime traffic network forecasting with gravity-inspired deep learning models 2024-Jul-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67552-2 PMID:39030401	研究论文	本文开发了一种新的物理启发模型，用于预测全球港口区域间的海洋运输交通	该研究将变压器技术引入重力模型，重建短期和长期依赖关系，从而提高了风险分析的可行性，并实现了比传统深度重力模型提高超过10%的精度	模型的适用性可能受限于特定数据源的可用性和准确性	旨在通过运输网络评估非本地水生物种的扩散风险	研究对象是港口区域间的海洋运输流量	计算机视觉	NA	物理启发模型	变压器	NA	NA
13353	2024-08-05	A Systematic Review of Artificial Intelligence Models for Time-to-Event Outcome Applied in Cardiovascular Disease Risk Prediction 2024-Jul-19, Journal of medical systems IF:3.5Q2 DOI:10.1007/s10916-024-02087-7 PMID:39028429	系统评价	本文系统性评价了人工智能模型在心血管疾病风险预测中的应用	首次系统性评估了考虑右删失数据的AI风险预测模型，并强调了深度学习模型的优势	仅有五分之一的研究进行了性别分层分析，且很少有研究纳入广泛的社会健康决定因素	评估不同人工智能模型在心血管疾病风险预测中的效果	33项利用机器学习和深度学习进行心血管疾病生存结果预测的研究	机器学习	心血管疾病	机器学习（ML）和深度学习（DL）	随机生存森林、深度学习模型DeepSurv	NA	NA
13354	2024-08-05	SENSE-PPI reconstructs interactomes within, across, and between species at the genome scale 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110371 PMID:39055916	研究论文	本文介绍了一种名为SENSE-PPI的深度学习模型，用于高效重建蛋白质-蛋白质相互作用网络	SENSE-PPI利用最新一代的蛋白质语言模型和递归神经网络，能在功能相似的蛋白质中区分具体相互作用，且在跨物种预测中表现出高准确性和灵活性	对于系统发育上更远的模型和非模型生物，其性能下降较大，但是信号变化很缓慢	研究蛋白质-蛋白质相互作用网络，以揭示细胞系统的生物机制	涉及成千上万的蛋白质，尤其是在功能上相似的蛋白质	计算生物学	NA	蛋白质语言模型，递归神经网络	深度学习模型	蛋白质序列	可测试10,000种蛋白质
13355	2024-08-05	Risk prediction of heart diseases in patients with breast cancer: A deep learning approach with longitudinal electronic health records data 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110329 PMID:39055938	研究论文	本研究开发并评估了六种心脏疾病风险预测模型，使用真实世界电子健康记录数据。	提出了结合可训练衰减机制的LSTM-D模型，以处理长短期记忆模型中的缺失值，并通过NLP方法提取乳腺癌表型，增强预测效果。	未提到具体的研究限制。	准确预测乳腺癌患者的心脏疾病风险，为临床决策支持和患者安全提供帮助。	本研究以乳腺癌患者为研究对象，评估六种心脏疾病的风险。	机器学习	心血管疾病	电子健康记录（EHRs）	LSTM	结构化和非结构化数据	NA
13356	2024-08-05	Prediction of recurrence risk in endometrial cancer with multimodal deep learning 2024-Jul, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-02993-w PMID:38789645	研究论文	本研究开发了HECTOR，一个基于多模态深度学习的预后模型，用于预测子宫内膜癌的远处复发风险	HECTOR模型基于全切片图像和肿瘤分期，超越了目前的金标准，并能够识别具有显著不同预后的患者	当前研究未提及模型在其他癌症类型中的适用性	本研究旨在改善子宫内膜癌的个性化辅助治疗策略	研究对象为来自八个子宫内膜癌队列共2072名患者的数据	数字病理学	子宫内膜癌	深度学习	NA	全切片图像	2072名患者
13357	2024-08-05	Quantifying Geographic Atrophy in Age-Related Macular Degeneration: A Comparative Analysis Across 12 Deep Learning Models 2024-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.8.42 PMID:39046755	研究论文	这篇文章研究了12种深度学习模型在年龄相关性黄斑变性中对地理萎缩进行分割的表现	探索多种AI架构组合以寻找最有效的地理萎缩分割方法	文章未提及具体的模型限制和数据集的多样性问题	确定用于地理萎缩分割的最有效的AI架构	12种不同的AI架构组合	计算机视觉	老年性疾病	深度学习	FPN, UNet, PSPNet, EfficientNet, ResNet, VGG, Mix Vision Transformer	图像	601幅FAF图像用于训练，156幅FAF图像用于验证
13358	2024-08-05	Automated detection of fatal cerebral haemorrhage in postmortem CT data 2024-Jul, International journal of legal medicine IF:2.2Q1 DOI:10.1007/s00414-024-03183-6 PMID:38329584	研究论文	本文提出了一种自动检测致命脑出血的三维PMCT数据的方法	引入了基于深度学习的分类算法，能够在法医成像中有效识别致命脑出血	研究基于单一机构的病例数据，样本量相对较小	旨在通过PMCT数据支持法医病理学的死亡原因评估	回顾性选择了81个PMCT病例作为研究对象	数字病理学	NA	PMCT	CNN和DenseNet	三维图像	81个PMCT病例
13359	2024-08-05	Union is strength: the combination of radiomics features and 3D-deep learning in a sole model increases diagnostic accuracy in demented patients: a whole brain 18FDG PET-CT analysis 2024-Jul-01, Nuclear medicine communications IF:1.3Q3 DOI:10.1097/MNM.0000000000001853 PMID:38632972	研究论文	本文探讨了放射组学特征与3D深度学习结合在评估痴呆患者中的应用。	结合放射组学特征和3D卷积神经网络（CNN）提升了痴呆患者的诊断准确性。	研究未提及模型的长期有效性与外部验证的具体细节。	比较放射组学特征、3D深度学习与二者融合在评估痴呆患者脑部影像中的表现。	85名痴呆患者和125名健康对照者的18F-FDG PET脑部影像。	数字病理学	痴呆症	18F-FDG PET影像	3D卷积神经网络（CNN）	医学影像	85名痴呆患者和125名健康对照，外加40名测试样本
13360	2024-08-05	Knowledge Transfer from Macro-world to Micro-world: Enhancing 3D Cryo-ET Classification through Fine-Tuning Video-based Deep Models 2024-Jun-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae368 PMID:38889274	研究论文	本文提出了一种利用预训练3D模型对Cryo-ET数据进行分类的方法	创新点在于将大型视频数据集上预训练的3D模型应用于Cryo-ET图像分类，展示了跨领域知识转移的潜力	本文没有提及具体的限制因素	研究的目标是利用视频初始化提高Cryo-ET图像的分类准确性	研究对象为Cryo-Electron Tomography（Cryo-ET）图像和相应的三维体素数据	计算机视觉	NA	深度学习	3D模型	图像	模拟和真实的Cryo-ET数据集