深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14221	2024-10-17	EnzymeMap: curation, validation and data-driven prediction of enzymatic reactions 2023-Dec-13, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc02048g PMID:38098707	研究论文	本文介绍了EnzymeMap数据集的构建及其在酶促反应预测中的应用	开发了一套校正和验证算法，显著提升了机器学习模型在逆合成、正向预测和区域选择性预测中的表现	当前方法受限于可用数据量，尤其是需要平衡和原子映射的反应数据	构建高质量数据集以提升酶促反应预测模型的准确性	酶促反应及其在化学合成中的应用	机器学习	NA	机器学习	深度学习模型	化学反应数据	大量文献记录的反应数据
14222	2024-10-17	SPIN-CGNN: Improved fixed backbone protein design with contact map-based graph construction and contact graph neural network 2023-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011330 PMID:38060617	研究论文	本文介绍了一种基于蛋白质接触图谱的图神经网络SPIN-CGNN，用于改进固定骨架蛋白质设计	提出了一种基于蛋白质接触图谱的图构建方法，并结合辅助边更新和选择性核，显著提高了序列恢复、困惑度、氨基酸组成偏差、疏水位置保留和低复杂区域保留等方面的性能	低复杂区域在设计的序列中仍有待改进，尤其是在生成的结构中	改进固定骨架蛋白质设计方法	蛋白质序列和结构	机器学习	NA	图神经网络 (GNN)	图神经网络 (GNN)	蛋白质接触图谱	未见结构、'幻觉'结构和扩散模型测试
14223	2024-10-17	Deep Learning-Assisted Design of Novel Promoters in Escherichia coli 2023-Dec, Advanced genetics (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/ggn2.202300184 PMID:38099247	研究论文	本文探讨了利用深度学习模型设计大肠杆菌中新型启动子的潜力	结合多种深度学习模型设计并预测新型启动子的活性，并提出了关键功能基序的预测方法	大多数生成的启动子活性较低	开发深度学习工具用于设计启动子并评估其功能	大肠杆菌中的启动子设计	机器学习	NA	深度学习	扩散模型	序列数据	200个训练样本和50个生成样本
14224	2024-10-17	Noncontact remote sensing of abnormal blood pressure using a deep neural network: a novel approach for hypertension screening 2023-Dec-01, Quantitative imaging in medicine and surgery IF:2.9Q2 DOI:10.21037/qims-23-970 PMID:38106309	研究论文	本文开发并评估了一种使用深度学习模型从红外热成像中预测异常高血压的方法	首次提出了一种无需接触即可使用现有设备和数据进行高血压筛查的技术	NA	开发一种新的方法来早期诊断和治疗高血压	红外热成像和血压数据	机器学习	心血管疾病	红外成像	深度神经网络	图像	252名志愿者
14225	2024-10-17	Automatic calculation of myocardial perfusion reserve using deep learning with uncertainty quantification 2023-Dec-01, Quantitative imaging in medicine and surgery IF:2.9Q2 DOI:10.21037/qims-23-840 PMID:38106294	研究论文	本文开发了一种基于深度学习的不确定性量化方法来自动计算心肌灌注储备指数	提出了一个全自动的方法来估计心肌灌注储备指数，并使用蒙特卡罗辍学U-Net进行心肌分割和机器学习进行地标定位	需要进一步验证该方法在不同数据集和临床环境中的适用性	开发一种全自动的方法来估计心肌灌注储备指数并评估其性能	心肌灌注储备指数	计算机视觉	心血管疾病	深度学习	U-Net	图像	测试对象数量未明确提及
14226	2024-10-17	Predicting rice diseases using advanced technologies at different scales: present status and future perspectives 2023-Dec, aBIOTECH IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s42994-023-00126-4 PMID:38106429	综述	本文综述了利用机器学习和深度学习模型在不同尺度上预测水稻疾病的图像处理技术	本文总结了当前最先进的病原体-植物相互作用表型的光学传感应用	NA	探讨利用先进技术在不同尺度上预测水稻疾病的现状和未来展望	水稻疾病	计算机视觉	NA	图像处理技术	机器学习 (ML) 和深度学习 (DL) 模型	图像	NA
14227	2024-10-17	A three-dimensional deep learning model for inter-site harmonization of structural MR images of the brain: Extensive validation with a multicenter dataset 2023-Dec, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22647 PMID:38107313	研究论文	本文开发了一种基于循环一致对抗网络的三维深度学习模型，用于多中心脑部MRI图像的强度分布协调	该模型能够稳定处理三维全脑图像，同时优化计算资源，与以往方法相比具有更高的稳定性和效率	尽管模型在多种数据集和指标上表现出了鲁棒性，但仍需在更多实际应用中验证其效果	旨在解决多中心MRI研究中因数据池化引入的站点相关变异性问题，以减少后续分析的偏差	T1加权脑部MRI图像的强度分布协调	计算机视觉	NA	深度学习	循环一致对抗网络	图像	总共1525名健康成年人的六种不同MRI数据集
14228	2024-10-17	Image dataset of Pune city historical places for degradation detection, classification, and restoration 2023-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2023.109794 PMID:38107470	研究论文	研究了浦那市历史遗迹的图像数据集，用于退化检测、分类和修复	创建了一个包含浦那市历史遗迹图像的数据集，包括不同角度、比例和方向的图像，以及白天和夜晚的图像，用于训练计算机视觉模型	未提及	通过图像数据集和机器学习算法，实现历史遗迹的退化检测、分类和虚拟修复	浦那市的历史遗迹，包括其建筑年龄、类型、颜色、形状和大小	计算机视觉	NA	机器学习、深度学习	NA	图像	包含浦那市历史遗迹的图像数据集，包括不同角度、比例和方向的图像，以及白天和夜晚的图像
14229	2024-10-17	Hybrid AI models allow label-free identification and classification of pancreatic tumor repopulating cell population 2023-10-15, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2023.08.015 PMID:37573767	研究论文	本文开发了一种混合AI模型，用于无标签识别和分类胰腺肿瘤再生细胞（TRCs）群体	本文创新性地将深度学习（DL）模型与机器学习（ML）模型结合，实现了对3D纤维蛋白凝胶选择TRCs的高效分类	NA	开发一种能够快速、高通量识别和分类胰腺肿瘤再生细胞的方法	胰腺肿瘤再生细胞（TRCs）及其亚型	机器学习	胰腺癌	深度学习（DL）、机器学习（ML）	Inception-v3卷积神经网络（CNN）、支持向量机（SVM）	细胞	使用了四种人类胰腺癌细胞系：MIA PaCa-2、PANC-1、CFPAC-1和HPAF-II
14230	2024-10-17	Retracted: Evaluation of Ischemic Penumbra in Stroke Patients Based on Deep Learning and Multimodal CT 2023, Journal of healthcare engineering DOI:10.1155/2023/9851918 PMID:38094810	correction	该文章撤回了基于深度学习和多模态CT评估中风患者缺血性半暗带的论文	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14231	2024-10-17	Adversarial training improves model interpretability in single-cell RNA-seq analysis 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad166 PMID:38099262	研究论文	本文探讨了通过对抗训练提高单细胞RNA测序数据分析中模型鲁棒性和可解释性的方法	首次展示了对抗训练在提高深度学习模型鲁棒性的同时，也能提升模型的可解释性	研究仅限于单细胞RNA测序数据的细胞类型预测任务，未在其他任务上进行验证	研究如何通过对抗训练提高计算模型的鲁棒性和可解释性	单细胞RNA测序数据的细胞类型预测	机器学习	NA	对抗训练	深度学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
14232	2024-10-17	Transformer encoder with multiscale deep learning for pain classification using physiological signals 2023, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2023.1294577 PMID:38124717	研究论文	研究提出了一种名为PainAttnNet的新型深度学习模型，用于使用生理信号进行疼痛强度分类	引入了PainAttnNet模型，结合多尺度卷积网络、挤压激励残差网络和Transformer编码器块，以提取多时间窗口的鲁棒特征并增强时间依赖性分析	NA	开发一种能够准确分类疼痛强度的深度学习模型，以克服传统自我报告量表的局限性	疼痛强度分类	机器学习	NA	多尺度深度学习	Transformer编码器	生理信号	BioVid热疼痛数据集
14233	2024-10-16	Model-Based Deep Learning PET Image Reconstruction Using Forward-Backward Splitting Expectation Maximisation 2019-Oct, IEEE Nuclear Science Symposium conference record. Nuclear Science Symposium DOI:10.1109/nss/mic42101.2019.9059998 PMID:39404666	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14234	2024-10-16	Psychiatric disorders from EEG signals through deep learning models 2024-Dec, IBRO neuroscience reports IF:2.0Q3 DOI:10.1016/j.ibneur.2024.09.003 PMID:39398346	研究论文	本研究提出了一种基于深度学习技术的改进EEG诊断模型，用于提高精神障碍的诊断准确性	本研究采用了多种深度学习模型（如ANN、KNN、LSTM、Bi LSTM和CNN-LSTM）对EEG数据进行分析，显著提高了精神障碍的诊断准确性	NA	提高精神障碍的诊断准确性	精神障碍的诊断	机器学习	精神障碍	深度学习	ANN、KNN、LSTM、Bi LSTM、CNN-LSTM	EEG数据	945人，包括850名患者和95名健康受试者
14235	2024-10-16	A comprehensive dental dataset of six classes for deep learning based object detection study 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110970 PMID:39398472	研究论文	本文介绍了一个用于深度学习对象检测研究的牙科数据集	该数据集包含了232张全景牙科放射图像，分为六类，并应用了CLAHE技术进行图像增强和数据增强	NA	改进基于深度学习的牙科疾病检测和分类研究	牙科疾病数据集	计算机视觉	NA	CLAHE	NA	图像	232张全景牙科放射图像
14236	2024-10-16	Deep feature batch correction using ComBat for machine learning applications in computational pathology 2024-Dec, Journal of pathology informatics DOI:10.1016/j.jpi.2024.100396 PMID:39398947	研究论文	本文研究了使用ComBat方法对深度学习特征进行批量校正，以提高计算病理学中机器学习模型的性能	提出了一种使用ComBat方法对深度学习特征进行批量校正的新方法，以减少AI模型学习到混杂特征的风险	NA	研究如何减少AI模型在处理多源数据时学习到混杂特征的风险，以提高模型的泛化能力和可靠性	研究对象包括来自TCGA的结肠癌和胃腺癌的全切片图像，以及通过三种特征提取模型获得的补丁嵌入	数字病理学	结肠癌	ComBat	基于注意力的多实例学习模型	图像	包括来自TCGA的结肠癌和胃腺癌数据集的全切片图像
14237	2024-10-16	Deep learning for diagnostic charting on pediatric panoramic radiographs 2024-Oct-15, International journal of computerized dentistry IF:1.8Q2 DOI:10.3290/j.ijcd.b4200863 PMID:37417445	研究论文	评估深度学习程序在儿童全景X光片上检测和分类牙齿结构及治疗的能力	使用YOLOv4模型在儿童全景X光片上成功诊断出乳牙、恒牙胚和牙套，具有较高的F1分数	模型在检测某些牙齿结构和治疗（如填充物、根管治疗和多余牙齿）方面存在局限性	评估深度学习程序在儿童全景X光片上检测和分类牙齿结构及治疗的表现	4821张5至13岁儿童的全景X光片	计算机视觉	NA	深度学习	卷积神经网络（CNN）	图像	4821张儿童全景X光片
14238	2024-10-16	Tracing Microplastic Aging Processes Using Multimodal Deep Learning: A Predictive Model for Enhanced Traceability 2024-Oct-15, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c05022 PMID:39251361	研究论文	本文提出了一种多模态深度学习模型，用于追踪老化微塑料的典型老化因素	利用多模态深度学习模型提高了老化微塑料老化因素预测的准确性和减少了预测偏差	NA	追踪和理解微塑料的老化过程，为老化微塑料的环境风险评估提供更准确的数据	老化微塑料的老化过程及其物理化学特性	机器学习	NA	多模态深度学习	多模态深度学习模型	图像和光谱数据	130个经历不同老化过程的老化微塑料样本，包含1353张表面形态图像和1353个傅里叶变换红外光谱
14239	2024-10-16	Early heart disease prediction using feature engineering and machine learning algorithms 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38731 PMID:39397946	研究论文	本研究利用特征工程和机器学习算法进行早期心脏病预测	本研究通过对比分析多种机器学习算法，选择最优算法进行早期心脏病预测，并采用超参数调优方法提升模型性能	本研究仅使用了Cleveland和Statlog心脏数据集，未来可以扩展到更多数据集以验证模型的泛化能力	开发一个用于早期心血管疾病预测的机器学习系统	心血管疾病	机器学习	心血管疾病	机器学习	决策树、随机森林、支持向量机、逻辑回归、自适应增强、K近邻	数据集	使用了Cleveland和Statlog心脏数据集
14240	2024-10-16	Application of mask R-CNN for building detection in UAV remote sensing images 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38141 PMID:39397997	研究论文	本文提出了一种基于Mask R-CNN的建筑物特征提取方法，用于提高无人机遥感图像中建筑物检测的准确性和细节	本文创新性地将Mask R-CNN应用于建筑物特征提取，相比传统方法和其他深度学习模型，显著提高了检测精度和稳定性	NA	解决传统方法在复杂背景下建筑物特征提取精度低和三维建模细节不足的问题	无人机遥感图像中的建筑物	计算机视觉	NA	Mask R-CNN	Mask R-CNN	图像	通过航拍获取的城市建筑物图像，并进行了建筑物轮廓标注