深度学习在生物医药领域中的应用

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
16021 2024-09-19
Large-scale electrophysiology and deep learning reveal distorted neural signal dynamics after hearing loss
2023-05-10, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本文通过大规模电生理记录和深度学习揭示了听力损失后神经信号动力学的扭曲 本文首次使用深度神经网络(DNN)模拟听力损失前后的语音神经编码,并分析了其底层网络动力学 NA 研究听力损失对语音处理的影响,并探索改进助听器的潜在方法 听力损失对语音处理的影响 神经科学 听力损失 电生理记录 深度神经网络(DNN) 语音和噪声数据 NA
16022 2024-09-19
Multimodal fusion models for pulmonary embolism mortality prediction
2023-05-09, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文开发并比较了多模态融合模型,利用体积像素数据和临床患者数据进行肺栓塞风险分层 本文首次将双线性注意力和TabNet结合,形成端到端训练的多模态融合模型,显著提升了肺栓塞严重程度评估的性能 NA 开发和比较多模态融合模型,用于自动评估肺栓塞的严重程度 肺栓塞患者的风险分层 机器学习 心血管疾病 多模态融合 多模态融合模型 体积像素数据和临床患者数据 NA
16023 2024-09-19
Multilingual deep learning framework for fake news detection using capsule neural network
2023-May-09, Journal of intelligent information systems IF:2.3Q3
研究论文 本文提出了一种基于胶囊神经网络的多语言深度学习框架,用于检测假新闻 首次使用胶囊神经网络进行多语言假新闻检测,并在多个语言对的假新闻数据集上表现优于现有最先进方法 未提及 解决多语言假新闻检测的挑战,提取更多语义和上下文特征 多语言文本中的假新闻 自然语言处理 NA 胶囊神经网络 胶囊神经网络 文本 在TALLIP假新闻数据集上进行了英语到英语、英语到印地语、英语到印尼语、英语到斯瓦希里语和英语到越南语的测试
16024 2024-09-19
Benchmarking splice variant prediction algorithms using massively parallel splicing assays
2023-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过大规模并行剪接测定法(MPSAs)对八种广泛使用的剪接效应预测算法进行了基准测试 利用MPSAs作为实验确定的基准,评估了剪接效应预测算法的性能,并发现深度学习模型在区分破坏性和中性变异方面表现最佳 算法在识别外显子变异方面的准确性较低,尤其是错义或同义剪接破坏变异 评估现有剪接效应预测算法的性能,并探讨其在基因组范围内的应用 八种剪接效应预测算法在五种基因中的3616个变异的预测性能 基因组学 遗传病 大规模并行剪接测定法(MPSAs) 深度学习 基因组数据 3616个变异
16025 2024-09-19
Improving de novo protein binder design with deep learning
2023-05-06, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文探讨了使用深度学习增强基于能量的蛋白质结合蛋白设计 利用AlphaFold2和RoseTTAFold评估设计序列的概率,显著提高了设计成功率 NA 提高从头设计蛋白质结合蛋白的成功率 蛋白质结合蛋白的设计 机器学习 NA 深度学习 AlphaFold2, RoseTTAFold, ProteinMPNN 结构信息 NA
16026 2024-09-19
EM-Gaze: eye context correlation and metric learning for gaze estimation
2023-May-05, Visual computing for industry, biomedicine, and art
研究论文 本文提出了一种用于移动设备2D注视点估计的深度神经网络,通过引入基于注意力的模块和度量学习方法,显著提高了注视点回归和分类的性能 本文创新性地提出了一个基于注意力的模块,用于关联和融合左右眼上下文特征,并引入了度量学习作为额外的监督,以提高注视点回归和分类的性能 NA 提高移动设备上2D注视点估计的准确性 注视点回归和分类 计算机视觉 NA 深度学习 深度神经网络 图像 使用了GazeCapture和MPIIFaceGaze数据集
16027 2024-09-19
Semi-supervised learning improves regulatory sequence prediction with unlabeled sequences
2023-May-05, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 本文提出了一种半监督学习方法,用于改进基于未标记序列的调控序列预测 本文首次将半监督学习应用于调控序列预测,利用大量未标记序列(如来自其他物种的DNA序列)来提高预测性能 本文未详细讨论半监督学习在不同神经网络架构中的适用性和潜在问题 旨在通过半监督学习方法改进调控序列预测的准确性 研究对象包括人类基因组中的非编码区域和来自其他物种的DNA序列 机器学习 NA ChIP-seq 神经网络 DNA序列 包括人类基因组和其他物种的DNA序列,具体数量未明确说明
16028 2024-09-19
Exploring Digital Biomarkers of Illness Activity in Mood Episodes: Hypotheses Generating and Model Development Study
2023-05-04, JMIR mHealth and uHealth IF:5.4Q1
研究论文 研究探讨了使用可穿戴设备记录的生理数据预测双相情感障碍和重度抑郁症患者情绪发作的严重程度和极性 提出了一种新的全自动方法,用于预处理和分析研究级可穿戴设备的生理数据,并开发了一个可行的监督学习管道用于时间序列分析 模型在未见过的患者上的泛化能力总体上较低,除了个体间模型 探索生理可穿戴数据是否能预测急性情绪发作的严重程度和极性,并研究哪些生理数据与先前的预测、患者间的泛化以及情绪症状与生理数据之间的关联有关 双相情感障碍和重度抑郁症患者的急性情绪发作(躁狂、抑郁和混合) 数字病理学 精神疾病 深度学习 深度学习预测模型 生理数据 35个会话,来自12名患者和7名健康对照(平均年龄39.7岁,标准差12.6年;6/19,32%女性)
16029 2024-09-19
AcrNET: predicting anti-CRISPR with deep learning
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了一种名为AcrNET的深度神经网络,用于预测anti-CRISPR蛋白 AcrNET在跨数据集验证中显著优于现有方法,首次实现了对anti-CRISPR类别的详细预测 NA 开发一种高效的计算方法来预测anti-CRISPR蛋白 anti-CRISPR蛋白及其与CRISPR-Cas系统的相互作用 机器学习 NA 深度学习 Transformer 蛋白质序列 25000万条蛋白质序列
16030 2024-09-19
Deep Learning Denoising Improves and Homogenizes Patient [18F]FDG PET Image Quality in Digital PET/CT
2023-May-04, Diagnostics (Basel, Switzerland)
研究论文 研究使用深度学习技术对数字PET/CT图像进行去噪,以提高和统一患者[18F]FDG PET图像质量 首次评估了基于卷积神经网络的深度学习PET去噪解决方案(Subtle PET),显著提高了图像质量和一致性 研究样本量有限,且仅限于特定类型的PET图像 提高和统一数字PET/CT中[18F]FDG PET图像质量 113名患者的PET图像质量及病变检测和量化 计算机视觉 NA 深度学习 卷积神经网络 图像 113名患者
16031 2024-09-19
ASTRA: a deep learning algorithm for fast semantic segmentation of large-scale astrocytic networks
2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为ASTRA的深度学习算法,用于快速语义分割大规模星形胶质网络中的钙信号 ASTRA结合了深度学习和图像特征工程,实现了对星形胶质细胞钙成像记录的快速和全自动语义分割 NA 开发一种快速且自动化的分析工具,用于识别星形胶质细胞亚细胞区域的钙信号 星形胶质细胞的钙信号及其在大规模网络中的相互作用 计算机视觉 NA 两光子显微镜 深度学习 图像 数百个星形胶质细胞
16032 2024-09-19
The landscape of tolerated genetic variation in humans and primates
2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 研究分析了人类和灵长类动物中容忍的遗传变异,并利用深度学习模型预测了这些变异的致病性 通过大规模的基因组测序数据,系统地解析了人类遗传变异的影响,并利用深度学习模型实现了对致病变异的准确诊断 对遗传变异的临床相关性理解仍不完整 系统地解析人类遗传变异的影响 人类和灵长类动物的基因组 基因组学 NA 全基因组测序 深度学习 基因组数据 809个个体,来自233种灵长类物种
16033 2024-09-19
Hepatic vessels segmentation using deep learning and preprocessing enhancement
2023-May, Journal of applied clinical medical physics IF:2.0Q3
研究论文 本文提出了一种基于深度学习和预处理增强的肝血管分割方法 结合了深度学习与预处理增强技术,使用改进的U-net网络架构和残差块连接,提高了肝血管的对比度和强度均匀性 研究了数据不匹配对训练和验证的影响,但未详细说明如何解决这一问题 开发一种自动化的肝血管分割系统,以辅助肝病患者的诊断和手术规划 肝血管的分割 计算机视觉 肝病 卷积神经网络 (CNN) U-net CT图像 多个CT数据集
16034 2024-09-19
A deep learning algorithm to predict risk of pancreatic cancer from disease trajectories
2023-05, Nature medicine IF:58.7Q1
研究论文 本研究利用人工智能方法分析临床数据,预测胰腺癌风险 开发了一种深度学习算法,能够从疾病轨迹中预测胰腺癌风险,并在不同数据集上验证了其有效性 跨数据集应用时模型性能下降,需要重新训练 提高胰腺癌早期检测能力,设计更有效的筛查计划 胰腺癌风险预测 机器学习 胰腺癌 深度学习 机器学习模型 临床数据 丹麦600万患者(24,000例胰腺癌)和美国300万患者(3,900例胰腺癌)
16035 2024-09-19
Association of collagen deep learning classifier with prognosis and chemotherapy benefits in stage II-III colon cancer
2023-May, Bioengineering & translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本文提出了一种基于50层残差网络模型的胶原蛋白深度学习分类器,用于预测II-III期结肠癌患者的无病生存期和总生存期,并评估其对辅助化疗的反应 本文首次将胶原蛋白深度学习分类器应用于结肠癌患者的预后和化疗效果预测 NA 研究胶原蛋白深度学习分类器在II-III期结肠癌患者中的预后和化疗效果预测能力 II-III期结肠癌患者 机器学习 结肠癌 深度学习 残差网络模型 图像 NA
16036 2024-09-19
Automated assessment of human engineered heart tissues using deep learning and template matching for segmentation and tracking
2023-May, Bioengineering & translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 开发并验证了一种名为HAARTA的软件,用于自动分析人工程心脏组织的收缩特性 使用深度学习和模板匹配技术进行高精度分割和跟踪,提高了分析的鲁棒性、准确性和计算效率 NA 开发一种自动分析人工程心脏组织收缩特性的软件,以促进体外药物筛选和心脏功能的纵向测量 人工程心脏组织(EHTs)的收缩特性 计算机视觉 心血管疾病 深度学习、模板匹配 NA 视频 来自三个不同的人多能干细胞(hPSC)系的数据集
16037 2024-09-19
hist2RNA: An Efficient Deep Learning Architecture to Predict Gene Expression from Breast Cancer Histopathology Images
2023-Apr-30, Cancers IF:4.5Q1
研究论文 提出了一种名为hist2RNA的高效深度学习架构,用于从乳腺癌病理图像中预测基因表达 hist2RNA方法借鉴了批量RNA测序技术,能够快速且经济地从HE染色全切片图像中预测138个基因的表达,包括管腔PAM50亚型 NA 开发一种高效的方法,从乳腺癌病理图像中预测基因表达,以替代昂贵且耗时的分子检测 乳腺癌患者的HE染色全切片图像和基因表达数据 数字病理学 乳腺癌 深度学习 深度学习架构 图像 训练集包含335个样本,测试集包含160个样本,外部TMA数据集包含498个样本
16038 2024-09-19
Enhancing Intrusion Detection Systems for IoT and Cloud Environments Using a Growth Optimizer Algorithm and Conventional Neural Networks
2023-Apr-30, Sensors (Basel, Switzerland)
研究论文 本文提出了一种结合深度学习和优化算法的新型入侵检测系统模型,用于增强物联网和云环境的安全性 本文创新性地结合了深度学习和优化算法,特别是使用了一种改进的生长优化器(MGO)和鲸鱼优化算法(WOA)来提升特征选择和搜索过程 NA 提升物联网和云环境中入侵检测系统的准确性和效率 物联网和云环境的入侵检测系统 机器学习 NA 生长优化器(GO)、鲸鱼优化算法(WOA) 卷积神经网络(CNN) 数据集 使用了公开的云和物联网环境数据集
16039 2024-09-19
Deep Learning Utilizing Suboptimal Spirometry Data to Improve Lung Function and Mortality Prediction in the UK Biobank
2023-Apr-29, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本文利用次优的肺功能测试数据,通过深度学习模型提高肺功能和全因死亡率的预测 提出了一种基于对比学习的模型,利用次优和质量控制失败的肺功能测试数据进行肺功能和全因死亡率的预测 NA 提高肺功能和全因死亡率的预测准确性 肺功能测试数据和全因死亡率 机器学习 NA 对比学习 对比学习框架(Spiro-CLF) 肺功能测试数据 940,705个肺功能测试曲线,来自352,684名UK Biobank参与者
16040 2024-09-19
Rapid Synthesis of Cryo-ET Data for Training Deep Learning Models
2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种用于训练深度学习模型的快速合成冷冻电镜数据的方法 引入了cryo-TomoSim (CTS)软件包,能够模拟冷冻电镜数据,为深度学习模型提供训练数据 NA 开发一种能够快速合成冷冻电镜数据的方法,以解决深度学习模型训练数据不足的问题 冷冻电镜图像的恢复和分割任务 计算机视觉 NA 冷冻电镜 深度学习模型 图像 NA
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