深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16101	2024-10-13	A review of PET attenuation correction methods for PET-MR 2023-Sep-11, EJNMMI physics IF:3.0Q2 DOI:10.1186/s40658-023-00569-0 PMID:37695384	综述	本文综述了PET-MR系统中PET衰减校正方法的最新进展	本文将PET衰减校正方法分为四类：基于MR的、基于发射的、基于图谱的和基于机器学习的，并详细讨论了每种方法的优缺点	本文未提供具体的实验数据或结果，而是侧重于方法的分类和讨论	探讨PET-MR系统中PET衰减校正方法的现状和未来发展方向	PET-MR系统中的PET衰减校正方法	计算机视觉	NA	深度学习	深度学习模型	图像	NA
16102	2024-10-13	Unsupervised representation learning improves genomic discovery and risk prediction for respiratory and circulatory functions and diseases 2023-Aug-29, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.04.28.23289285 PMID:37163049	研究论文	介绍了一种基于深度学习的框架REGLE，用于发现基因变异与高维临床数据之间的关联，并应用于呼吸和循环系统疾病的基因发现和风险预测	提出了REGLE框架，使用卷积变分自编码器计算数据的高可遗传性个体成分，并能生成准确的疾病特异性多基因风险评分	NA	利用高维临床数据进行基因发现和风险预测	呼吸和循环系统的功能和疾病	机器学习	呼吸系统疾病	卷积变分自编码器	卷积变分自编码器	高维临床数据	NA
16103	2024-10-13	Video reconstruction from a single motion blurred image using learned dynamic phase coding 2023-Aug-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-40297-0 PMID:37604842	研究论文	本文提出了一种混合光学-数字方法，通过在镜头光圈中使用学习到的动态相位编码来从单张运动模糊图像重建视频	本文的创新点在于提出了一种混合光学-数字方法，通过在图像采集过程中使用学习到的动态相位编码来编码运动轨迹，从而克服了传统数字方法的方向模糊性和噪声敏感性问题	本文的局限性在于需要对现有光学系统进行简单修改，并且依赖于图像到视频卷积神经网络	本文的研究目的是通过简单的光学系统修改，从单张运动模糊图像中重建视频，以增强现有相机的功能	本文的研究对象是运动模糊图像和视频重建	计算机视觉	NA	卷积神经网络	卷积神经网络	图像	NA
16104	2024-10-13	Convolutional neural network-based vocal cord tumor classification technique for home-based self-prescreening purpose 2023-Aug-18, Biomedical engineering online IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12938-023-01139-2 PMID:37596652	研究论文	本文提出了一种基于卷积神经网络的声带肿瘤分类技术，用于家庭自我筛查	本文创新性地提出了一个深度学习技术，能够同时检测声带良性肿瘤的可疑位置并分类肿瘤类型	实验结果表明，不同肿瘤类型的最低假阴性率模型不同，且嵌入式操作的Yolo V4模型与计算机操作的Yolo V4模型在F1-score上略有差异	研究目的是开发一种用于家庭自我筛查的声带肿瘤早期检测技术	研究对象是声带肿瘤，包括囊肿、肉芽肿、白斑、结节和息肉	计算机视觉	NA	卷积神经网络	CNN	图像	2183张喉镜图像
16105	2024-10-13	A deep learning method for replicate-based analysis of chromosome conformation contacts using Siamese neural networks 2023-08-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40547-9 PMID:37591842	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的复制分析方法，用于分析染色体构象接触图，使用孪生神经网络区分技术噪声和生物变异	本文提出了一种基于孪生神经网络的深度学习方法，能够从染色体构象接触图中区分技术噪声和生物变异，并优于传统的图像相似度度量方法	NA	开发一种新的方法来分析染色体构象捕获数据，以揭示生物学上有意义的特征	染色体构象捕获数据，如Hi-C和Micro-C	机器学习	NA	深度学习	孪生神经网络	图像	涉及多种生物系统的Hi-C图谱
16106	2024-10-13	Two sequence- and two structure-based ML models have learned different aspects of protein biochemistry 2023-08-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-40247-w PMID:37587128	研究论文	本文比较了两种基于序列和两种基于结构的机器学习模型在蛋白质生物化学预测中的表现	发现不同类型的模型在预测特定氨基酸类型时具有不同的优势，并提出了一种结合多个模型预测的组合模型，显著提高了整体预测准确性	未详细讨论模型在不同蛋白质类型或复杂突变情况下的表现	系统比较基于序列和基于结构的模型在蛋白质突变预测中的差异，并探讨其对蛋白质生物化学理解的贡献	两种基于序列的大型语言模型和两种基于结构的3D卷积神经网络	机器学习	NA	NA	大型语言模型（LLM）和3D卷积神经网络（CNN）	蛋白质序列和局部蛋白质结构的体素化表示	NA
16107	2024-10-13	Universal linear intensity transformations using spatially incoherent diffractive processors 2023-Aug-15, Light, science & applications DOI:10.1038/s41377-023-01234-y PMID:37582771	研究论文	本文报道了一种空间非相干衍射光学处理器的设计，能够在时间平均强度下近似任意线性变换	本文首次设计了空间非相干衍射光学处理器，能够在非相干光下实现任意线性强度变换，并展示了其在多波长下的线性处理能力以及手写数字的全光学分类	本文主要通过数值模拟和深度学习进行验证，实际应用中的性能和稳定性需要进一步实验验证	研究如何在空间非相干光下设计衍射光学处理器，以实现任意线性强度变换	空间非相干衍射光学处理器及其在多波长下的线性处理能力和手写数字分类	计算机视觉	NA	衍射光学网络	深度学习	图像	NA
16108	2024-10-13	Deep transfer learning for inter-chain contact predictions of transmembrane protein complexes 2023-08-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40426-3 PMID:37582780	研究论文	本文开发了一种深度迁移学习方法DeepTMP，用于预测跨膜蛋白复合物的链间接触	利用非跨膜蛋白的大数据集进行预训练，结合几何三角感知模块捕捉链间相互作用	NA	提高跨膜蛋白复合物链间接触预测的准确性和鲁棒性	跨膜蛋白复合物的链间接触	机器学习	NA	深度迁移学习	DeepTMP	蛋白质数据	52个自结合跨膜蛋白复合物
16109	2024-10-13	Detection of Optic Disc Abnormalities in Color Fundus Photographs Using Deep Learning 2021-Sep-01, Journal of neuro-ophthalmology : the official journal of the North American Neuro-Ophthalmology Society IF:2.0Q2 DOI:10.1097/WNO.0000000000001358 PMID:34415271	研究论文	本文研究了使用深度学习技术检测彩色眼底照片中的视盘异常	本文扩展了深度学习在视盘分析中的应用，以检测一系列非青光眼性视神经病变	本文的模型在外部测试数据集上的特异性较低	开发一种能够检测彩色眼底照片中视盘异常的深度学习算法	视盘异常，包括缺血性视神经病变、萎缩、压迫性视神经病变、遗传性视神经病变、发育不全、视乳头水肿和中毒性视神经病变	计算机视觉	NA	深度学习	ResNet-152深度卷积神经网络	图像	训练数据集包含944张去识别化的彩色眼底照片（异常364张，正常580张），测试数据集包含151张去识别化的彩色眼底照片（异常71张，正常80张）
16110	2024-10-12	Practical guidelines for cell segmentation models under optical aberrations in microscopy 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.09.002 PMID:39385997	研究论文	评估在光学畸变条件下细胞图像分割模型的性能	提出了点扩散函数图像标签分类模型（PLCM），能够快速准确地识别畸变类型和幅度	未提及具体局限性	评估细胞图像分割模型在光学畸变条件下的鲁棒性，并提供使用指南	细胞图像分割模型在光学畸变条件下的性能	计算机视觉	NA	卷积神经网络（CNN）	Mask R-CNN, Otsu threshold method, Cellpose 2.0	图像	使用DynamicNuclearNet (DNN) 和 LIVECell 数据集，分别代表荧光和明场显微镜细胞数据集
16111	2024-10-12	A dental intraoral image dataset of gingivitis for image captioning 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.110960 PMID:39386321	研究论文	本文提出了一种专门用于牙龈炎诊断图像描述的新数据集	该数据集包含1,096张高分辨率口腔内图像，由经验丰富的牙周病专家进行详细标注和描述，支持图像描述算法的开发	NA	开发用于牙龈炎诊断的图像描述算法	牙龈炎诊断的口腔内图像	计算机视觉	牙周病	深度学习	NA	图像	1,096张高分辨率口腔内图像
16112	2024-10-12	Optimal STI controls for HIV patients based on an efficient deep Q learning method 2024-11-07, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2024.111914 PMID:39111541	研究论文	本文研究了一种基于深度Q学习方法的高效计算工具，用于为HIV患者提供优化的STI治疗方案	本文采用了改进的双深度Q网络与优先经验回放技术，相较于经典深度学习算法，显著提高了性能	NA	研究如何为HIV患者提供更优化的STI治疗方案	HIV感染者及其STI治疗策略	机器学习	HIV	深度Q学习	双深度Q网络	NA	NA
16113	2024-10-12	Accelerated Musculoskeletal Magnetic Resonance Imaging 2024-Nov, Journal of magnetic resonance imaging : JMRI IF:3.3Q1 DOI:10.1002/jmri.29205 PMID:38156716	综述	本文综述了加速肌肉骨骼磁共振成像（MRI）技术的基本原理和应用	本文介绍了包括并行成像、压缩感知和同时多切片成像在内的传统加速MRI技术，以及基于深度学习的加速MRI技术，如欠采样MR图像重建、超分辨率成像、伪影校正和未获取对比度图像的生成	NA	旨在回顾加速肌肉骨骼MRI技术的基本原理和应用，以提高MRI工作流程的效率	肌肉骨骼MRI技术的加速方法	医学影像	NA	磁共振成像（MRI）	深度学习	图像	NA
16114	2024-10-11	Responds to the Comments on "A Channel-Dimensional Feature-Reconstructed Deep Learning Model for Predicting Breast Cancer Molecular Subtypes on Overall b-Value Diffusion-Weighted MRI" 2024-Nov, Journal of magnetic resonance imaging : JMRI IF:3.3Q1 DOI:10.1002/jmri.29310 PMID:38363190	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16115	2024-10-11	Comments on "A Channel-Dimensional Feature-Reconstructed Deep Learning Model for Predicting Breast Cancer Molecular Subtypes on Overall b-Value Diffusion-Weighted MRI" 2024-Nov, Journal of magnetic resonance imaging : JMRI IF:3.3Q1 DOI:10.1002/jmri.29311 PMID:38366814	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16116	2024-10-12	Synthesis and characterization of Fe(III)-doped beta-cyclodextrin-grafted chitosan cryogel beads for adsorption of diclofenac in aqueous solutions: Adsorption experiments and deep-learning modeling 2024-Nov, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.135161 PMID:39214200	研究论文	本文介绍了合成Fe(III)掺杂的β-环糊精接枝壳聚糖冷冻凝胶珠用于吸附水溶液中的双氯芬酸，并进行了吸附实验和深度学习建模	本文创新性地合成了Fe(III)掺杂的β-环糊精接枝壳聚糖冷冻凝胶珠，并利用人工神经网络模型预测双氯芬酸的去除率	本文未详细讨论冷冻凝胶珠的长期稳定性和大规模生产的可能性	开发高效去除水环境中双氯芬酸的吸附材料，并利用深度学习模型优化吸附过程	Fe(III)掺杂的β-环糊精接枝壳聚糖冷冻凝胶珠和双氯芬酸	环境科学	NA	吸附实验，深度学习建模	人工神经网络 (ANN)	实验数据	17组吸附实验，每组重复两次
16117	2024-10-12	Deep learning enables accurate brain tissue microstructure analysis based on clinically feasible diffusion magnetic resonance imaging 2024-Oct-15, NeuroImage IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120858 PMID:39317273	研究论文	本文展示了基于临床可行的扩散磁共振成像（dMRI），深度学习（DL）方法能够准确重建脑组织微结构并进行分析	首次证明DL方法在临床可行的dMRI扫描下能够可靠地重建脑组织微结构，并准确识别与疾病和年龄相关的微结构变化	未明确提及	验证深度学习方法在临床可行的dMRI条件下重建脑组织微结构的准确性和临床应用潜力	脑组织微结构的重建和分析	计算机视觉	NA	扩散磁共振成像（dMRI）	深度学习（DL）	图像	四个不同的脑dMRI数据集，每个数据集使用12个扩散梯度
16118	2024-10-12	Comparative evaluation of interpretation methods in surface-based age prediction for neonates 2024-Oct-15, NeuroImage IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120861 PMID:39326769	研究论文	本研究比较了两种解释方法在基于表面的新生儿脑龄预测中的有效性和适应性	本研究引入了扰动基础的显著性图方法，并评估了其在新生儿脑龄预测中的应用，揭示了其在复杂医疗场景中的潜力	本研究仅评估了两种解释方法，未涵盖其他可能的解释技术	评估和比较两种解释方法在新生儿脑龄预测中的有效性和适应性	新生儿的脑龄预测	计算机视觉	NA	深度学习	NA	图像	664例T1 MRI扫描
16119	2024-10-12	Deep neural networks for automated damage classification in image-based visual data of reinforced concrete structures 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38104 PMID:39386784	研究论文	本文提出了一种自动化技术，结合卷积神经网络（CNN）和全卷积网络（FCN），用于检测、分类和分割钢筋混凝土结构中的损伤	本文的创新点在于将CNN和FCN结合，用于从高分辨率智能手机图像中提取钢筋混凝土损伤特征，并实现了高精度的损伤分类和分割	本文的局限性在于仅使用了2000张图像进行训练和测试，样本量相对较小	本文的研究目的是开发一种自动化技术，用于评估钢筋混凝土结构中的损伤	本文的研究对象是钢筋混凝土结构中的损伤	计算机视觉	NA	卷积神经网络（CNN）和全卷积网络（FCN）	CNN和FCN	图像	2000张高分辨率智能手机图像
16120	2024-10-12	Identification of Chemical Scaffolds That Inhibit the Mycobacterium tuberculosis Respiratory Complex Succinate Dehydrogenase 2024-Oct-11, ACS infectious diseases IF:4.0Q1 DOI:10.1021/acsinfecdis.3c00655 PMID:39268963	研究论文	研究利用生物化学筛选和深度学习技术识别抑制结核分枝杆菌呼吸复合物琥珀酸脱氢酶的化学骨架	首次利用深度学习技术识别抑制结核分枝杆菌琥珀酸脱氢酶的化学骨架，并验证其作为下一代抗菌药物的潜力	NA	探索抑制结核分枝杆菌琥珀酸脱氢酶的新型抗菌药物	结核分枝杆菌的琥珀酸脱氢酶及其抑制剂	NA	传染病	生物化学筛选，深度学习	深度学习	化学结构	多个化学骨架