深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
17941	2024-09-08	An open-source toolbox for measuring vocal tract shape from real-time magnetic resonance images 2024-03, Behavior research methods IF:4.6Q1 DOI:10.3758/s13428-023-02171-9 PMID:37507650	研究论文	本文介绍了一种从实时磁共振图像中测量声道形状的开源工具箱	提出了一个信号处理流程，能够从唇部到喉部的实时磁共振图像中生成声道轮廓，量化声道的动态形态	该方法依赖于研究者指定的感兴趣区域，且尚未完全自动化	开发一种能够从实时磁共振图像中量化声道形态的工具	实时磁共振图像中的声道形态	计算机视觉	NA	实时磁共振成像 (rtMRI)	NA	图像	涵盖了多种行为的数据集，如说话、夸张的语音、笑声和口哨声
17942	2024-09-08	Characterisation of quantitative imaging biomarkers for inflammatory and fibrotic radiation-induced lung injuries using preclinical radiomics 2024-03, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.radonc.2024.110106 PMID:38253201	研究论文	本研究利用放射组学技术，通过定量影像生物标志物识别急性炎症和晚期纤维化放射性肺损伤的预后和预测标志物	首次在临床前模型中应用深度学习放射组学技术，建立了急性炎症和晚期肺损伤的预测模型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	识别与放射性肺损伤相关的放射组学特征，并建立预测模型	C3H/HeN和C57BL6小鼠的放射性肺损伤	数字病理学	肺损伤	放射组学	随机森林分类器	影像	C3H/HeN和C57BL6小鼠各若干只
17943	2024-09-08	Evaluating AI-generated CBCT-based synthetic CT images for target delineation in palliative treatments of pelvic bone metastasis at conventional C-arm linacs 2024-03, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.radonc.2024.110110 PMID:38272314	研究论文	评估基于AI生成的CBCT合成CT图像在常规C臂直线加速器上进行骨盆骨转移姑息治疗中的靶区勾画和治疗计划的可行性	利用深度学习模型生成CBCT合成CT图像，以提高常规C臂直线加速器上姑息治疗中靶区勾画的准确性	部分合成CT图像质量不足，需要通过增加PTV边距来补偿	评估AI生成的CBCT合成CT图像在姑息放射治疗中的靶区勾画和治疗计划的可行性	22名骨盆骨转移的女性患者	计算机视觉	骨转移	深度学习	深度学习模型	图像	22名女性患者，23个靶区
17944	2024-09-08	ParaPET: non-invasive deep learning method for direct parametric brain PET reconstruction using histoimages 2024-Jan-30, EJNMMI research IF:3.1Q1 DOI:10.1186/s13550-024-01072-y PMID:38289518	研究论文	提出了一种基于深度学习的非侵入性方法，用于直接从时间飞行PET数据生成的histoimages重建高质量的脑部参数图像	无需侵入性动脉采样、MRI扫描或标准视野扫描仪的配对训练数据，显著提高了参数图像的估计质量	NA	开发一种非侵入性的深度学习方法，用于直接重建高质量的脑部参数PET图像	脑部参数图像的重建	计算机视觉	NA	深度学习	深度学习模型	图像	模拟幻影和五名接受18F-FDG-PET脑部扫描的肿瘤患者
17945	2024-09-08	Detecting pediatric appendicular fractures using artificial intelligence 2024, Revista da Associacao Medica Brasileira (1992) DOI:10.1590/1806-9282.20240523 PMID:39230068	研究论文	评估深度学习人工智能模型在急诊科检测儿童四肢骨折的诊断准确性	开发了一种基于深度学习的人工智能模型，用于检测儿童四肢骨折，并评估其对急诊医生诊断能力的辅助支持效果	NA	评估人工智能模型在检测儿童急性四肢骨折中的诊断准确性，并研究其对急诊医生诊断能力的影响	儿童四肢骨折的检测	计算机视觉	NA	深度学习	NA	图像	5150张X光片，其中850张显示骨折，4300张未显示骨折
17946	2024-09-08	Iteratively Refined Image Reconstruction with Learned Attentive Regularizers 2024, Numerical functional analysis and optimization IF:1.4Q2 DOI:10.1080/01630563.2024.2384849 PMID:39233889	研究论文	提出了一种利用深度学习能力并基于经典稀疏促进模型的图像重建正则化方案	该方案可解释性强，因为它对应于一系列凸问题的最小化，并且在每个问题中，基于先前解生成的掩码用于空间上细化正则化强度，使模型逐渐关注图像结构	NA	开发一种可解释性强且具有理论保证的图像重建方法	图像重建中的正则化方案	计算机视觉	NA	深度学习	NA	图像	NA
17947	2024-09-08	Global bibliometric mapping of the research trends in artificial intelligence-based digital pathology for lung cancer over the past two decades 2024 Jan-Dec, Digital health IF:2.9Q2 DOI:10.1177/20552076241277735 PMID:39233894	研究论文	本文通过文献计量分析，探讨了过去二十年人工智能辅助数字病理学在肺癌研究中的趋势和热点	首次对人工智能辅助数字病理学在肺癌领域的研究进行了全面的文献计量分析	研究主要基于独立的国家研究，缺乏国际间的学术合作和数据共享	分析人工智能辅助数字病理学在肺癌研究中的趋势、热点和研究空白	过去二十年发表的197篇与数字病理学和肺癌相关的文献	数字病理学	肺癌	文献计量分析	NA	文献	197篇文献，涉及502个机构和39个国家
17948	2024-09-08	Comprehensive hepatotoxicity prediction: ensemble model integrating machine learning and deep learning 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1441587 PMID:39234116	研究论文	本文开发了一种集成模型，结合机器学习和深度学习算法，用于预测化学品和药物的肝毒性	本文创新性地采用了集成策略，将机器学习和深度学习算法结合，以提高肝毒性预测的准确性	NA	开发一种可靠的模型，用于预测化学品和药物对肝脏的潜在损害	化学品和药物的肝毒性	机器学习	NA	机器学习 (ML) 和深度学习 (DL)	集成模型	分子特征	2588种化学品和药物
17949	2024-09-08	Integrative deep learning analysis improves colon adenocarcinoma patient stratification at risk for mortality 2023-Aug, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104726 PMID:37499603	研究论文	本文开发并评估了结合福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）全切片图像（WSIs）、临床变量和突变特征的深度学习模型，用于根据结肠腺癌（COAD）患者的死亡风险进行分层	本文的创新点在于整合了图像、临床和基因组特征，以提高结肠腺癌患者的风险分层效果	模型在预测中度风险（3年<OS<5年）患者的总体生存率方面效果较差	研究目的是通过整合图像、临床和基因组特征，提高结肠腺癌患者的风险分层效果	研究对象是结肠腺癌（COAD）患者	数字病理	结直肠癌	深度学习	深度学习模型	图像、临床变量、突变特征	训练数据集包含108名患者，外部验证数据集包含123名COAD患者和52名直肠腺癌（READ）患者
17950	2024-09-08	A robust semantic lung segmentation study for CNN-based COVID-19 diagnosis 2022-Dec-15, Chemometrics and intelligent laboratory systems : an international journal sponsored by the Chemometrics Society IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.chemolab.2022.104695 PMID:36311473	研究论文	本文通过深度学习系统使用胸部X光扫描图像诊断COVID-19，首先使用COVID-19胸部X光数据集对CXR图像中的肺部进行语义分割，然后使用改进的AlexNet提取特征并通过支持向量机进行分类	提出的方法在分类COVID-19、正常和病毒性肺炎三类数据时，成功率达到99.8%，优于现有的最先进方法	NA	通过胸部X光扫描图像诊断COVID-19	COVID-19胸部X光数据集中的肺部图像	计算机视觉	COVID-19	深度学习	DeepLabV3+, 改进的AlexNet (mAlexNet), 支持向量机 (SVM)	图像	COVID-19胸部X光数据集中的图像
17951	2024-09-08	Applying a deep residual network coupling with transfer learning for recyclable waste sorting 2022-Dec, Environmental science and pollution research international DOI:10.1007/s11356-022-22167-w PMID:35882737	研究论文	本研究利用深度残差网络结合迁移学习的方法，开发了一种智能高效的可回收废物分类方法	提出了基于迁移学习的RWNet模型，结合循环学习率和数据增强技术，显著提高了分类性能	塑料类废物的AUC值较低，分类效果有待进一步提升	开发一种智能高效的可回收废物分类方法，促进循环经济的发展	不同类型的可回收废物	计算机视觉	NA	深度学习	ResNet	图像	多种类型的可回收废物样本
17952	2024-09-08	Deep learning analysis of clinical course of primary nephrotic syndrome: Japan Nephrotic Syndrome Cohort Study (JNSCS) 2022-Dec, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-022-02256-3 PMID:35962244	研究论文	本研究使用机器学习方法对日本肾病综合征队列研究中的205例病例进行聚类分析，以评估肾病综合征的自然病程	首次使用长短期记忆（LSTM）编码器-解码器架构对肾病综合征的时间序列数据进行聚类分析，识别出四种临床病程	研究样本仅限于日本肾病综合征队列研究的205例病例，可能存在地域和人群的局限性	评估肾病综合征的自然病程，并识别不同的临床病程模式	肾病综合征患者的临床参数、血清肌酐、血清白蛋白、尿液试纸血尿和蛋白尿	机器学习	肾病综合征	机器学习聚类	LSTM编码器-解码器架构	时间序列数据	205例肾病综合征患者
17953	2024-09-08	A pilot study of deep learning-based CT volumetry for traumatic hemothorax 2022-Dec, Emergency radiology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s10140-022-02087-5 PMID:35971025	研究论文	本研究使用nnU-Net深度学习方法对创伤性血胸患者进行CT体积测量，并评估其性能	采用先进的nnU-Net深度学习方法进行血胸的定量可视化，并与传统的手动测量和专家共识评分进行比较	研究样本量较小，仅包括77名患者，且仅限于一家创伤中心的数据	评估基于深度学习的CT体积测量方法在创伤性血胸中的应用效果	创伤性血胸患者的CT图像	计算机视觉	创伤	深度学习	nnU-Net	图像	77名成年创伤性血胸患者
17954	2024-09-08	Reducing Geometric Uncertainty in Computational Hemodynamics by Deep Learning-Assisted Parallel-Chain MCMC 2022-12-01, Journal of biomechanical engineering DOI:10.1115/1.4055809 PMID:36166284	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的并行马尔可夫链蒙特卡罗方法，用于减少计算血流动力学中的几何不确定性	本文的创新点在于引入深度学习模型来近似几何到血流动力学的映射，并通过并行马尔可夫链蒙特卡罗方法进行高效的贝叶斯后验采样和几何不确定性减少	本文的局限性在于仅在二维主动脉流中进行了数值研究，尚未在更复杂的实际血管系统中验证	本文的研究目的是减少计算血流动力学模型中的几何不确定性，提高模型预测的可靠性	本文的研究对象是血管几何形状的不确定性及其对血流动力学模拟结果的影响	计算流体动力学	心血管疾病	深度学习	深度学习模型	几何数据	NA
17955	2024-09-08	Computed cancer interactome explains the effects of somatic mutations in cancers 2022-12, Protein science : a publication of the Protein Society IF:4.5Q1 DOI:10.1002/pro.4479 PMID:36261849	研究论文	研究利用AlphaFold预测癌症蛋白质相互作用网络，并分析体细胞突变对这些相互作用的影响	首次应用AlphaFold预测癌症驱动蛋白的蛋白质相互作用，并提供这些相互作用的结构细节	研究依赖于AlphaFold的预测结果，可能存在预测误差	探讨体细胞突变对癌症蛋白质相互作用网络的影响	癌症驱动蛋白及其相互作用网络	生物信息学	癌症	AlphaFold	NA	蛋白质相互作用数据	1,798个预测的蛋白质相互作用，1,087个缺乏先前3D结构信息的二元蛋白质复合物
17956	2024-09-08	GeoPacker: A novel deep learning framework for protein side-chain modeling 2022-12, Protein science : a publication of the Protein Society IF:4.5Q1 DOI:10.1002/pro.4484 PMID:36309961	研究论文	本文介绍了一种名为GeoPacker的新型深度学习框架，用于蛋白质侧链建模	GeoPacker利用几何深度学习结合ResNet，显式表示原子间的旋转和平移不变性，以提取相对位置信息，显著提高了蛋白质侧链结构预测的准确性和效率	NA	开发一种高效且准确的蛋白质侧链预测方法	蛋白质侧链结构	机器学习	NA	深度学习	ResNet	蛋白质结构数据	NA
17957	2024-09-08	A longitudinal observational study of home-based conversations for detecting early dementia: protocol for the CUBOId TV task 2022-11-23, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2022-065033 PMID:36418120	研究论文	本文描述了CUBOId研究，探索多模态数据融合在家中监测轻度认知障碍（MCI）和早期阿尔茨海默病（AD）的可行性，重点介绍了一项名为'TV任务'的新颖语音任务	提出了一个新颖的'TV任务'，通过记录参与者在观看喜欢的电视节目时的对话音频，来跟踪疾病进展中的生态有效对话变化	NA	探索多模态数据融合在家中监测轻度认知障碍和早期阿尔茨海默病的可行性	轻度认知障碍（MCI）和早期阿尔茨海默病（AD）患者及其生活伴侣	NA	阿尔茨海默病	深度学习	NA	多模态数据（活动数据和语音数据）	参与者包括MCI或AD患者及其生活伴侣，数据采集时间为8-25个月
17958	2024-09-08	Quantifying deep neural network uncertainty for atrial fibrillation detection with limited labels 2022-11-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-24574-y PMID:36418604	研究论文	本文提出了一种在标签有限且数据噪声较大的情况下，训练深度学习模型进行心房颤动检测并报告预测不确定性的方法	利用弱监督学习技术，通过在非ICU数据上训练的代理模型生成不完美标签，并结合模型不确定性估计技术，无需大量人工数据标注	依赖于代理模型的准确性，且未详细讨论在不同噪声水平下的模型性能	开发一种在标签有限和数据噪声较大的情况下，有效检测心房颤动的深度学习模型	心房颤动检测	机器学习	心血管疾病	深度学习	深度神经网络	生理数据	大量ICU遥测数据
17959	2024-09-08	An imConvNet-based deep learning model for Chinese medical named entity recognition 2022-11-21, BMC medical informatics and decision making IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s12911-022-02049-4 PMID:36411432	研究论文	本文提出了一种基于imConvNet的深度学习模型，用于中文医学命名实体识别	改进卷积神经网络模型（imConvNet）以获取额外的文本特征，并结合Bert预训练模型和BiLSTM模型进行命名实体识别	NA	提高中文医学命名实体识别的准确性	中文医学文本中的命名实体	自然语言处理	NA	卷积神经网络（CNN）	BERT-imConvNet-BiLSTM-CRF	文本	公共医学数据集yidu-s4k和实际电子病历文本
17960	2024-09-08	Deep Learning Prediction of Pathologic Complete Response in Breast Cancer Using MRI and Other Clinical Data: A Systematic Review 2022-11-21, Tomography (Ann Arbor, Mich.) DOI:10.3390/tomography8060232 PMID:36412691	综述	本文系统综述了使用深度学习方法，特别是卷积神经网络（CNN），结合MRI和其他临床数据预测乳腺癌病理完全缓解（pCR）的研究	本文填补了深度学习预测pCR的综述文献的空白，并探讨了CNN在无需肿瘤分割的情况下处理全乳腺MRI图像的潜力	本文仅限于综述现有研究，未提供新的实验数据或模型	系统综述使用深度学习方法预测乳腺癌病理完全缓解的研究	乳腺癌患者在接受新辅助化疗（NAC）后的病理完全缓解（pCR）	计算机视觉	乳腺癌	卷积神经网络（CNN）	卷积神经网络（CNN）	图像和临床数据	NA