深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
17961	2024-09-07	Automated echocardiographic diastolic function grading: A hybrid multi-task deep learning and machine learning approach 2024-Aug-30, International journal of cardiology IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.ijcard.2024.132504 PMID:39218252	研究论文	本文提出了一种结合深度学习和机器学习的混合多任务模型，用于自动评估心脏超声图像中的左心室舒张功能	本文的创新点在于开发了一种轻量级的混合算法，结合了深度学习和机器学习技术，能够自动评估心脏超声图像中的左心室舒张功能	本文的局限性在于仅在内部和外部数据集上进行了验证，尚未在更大范围的临床环境中进行广泛测试	研究目的是开发一种全自动的方法，用于根据ASE指南评估心脏超声图像中的左心室舒张功能	研究对象是心脏超声图像中的左心室舒张功能评估	机器学习	心血管疾病	深度学习	混合多任务模型	图像	862和239个心脏超声图像，以及三个外部数据集（包括EchoNet-Dynamic和CAMUS）
17962	2024-09-07	Approaches for the Use of AI in Workplace Health Promotion and Prevention: Systematic Scoping Review 2024-Aug-20, JMIR AI DOI:10.2196/53506 PMID:38989904	综述	本文通过系统范围综述评估了人工智能在工作场所健康促进和预防中的当前应用	本文首次系统地研究了人工智能在工作场所健康促进和预防中的应用，并指出了未来研究方向	当前研究未涵盖工作场所健康促进和预防的全部范围，缺乏纵向数据和报告指南	全面评估人工智能在工作场所健康促进和预防中的应用，并指出未来研究方向	研究了人工智能算法和技术在工作场所健康促进和预防中的应用	机器学习	NA	机器学习、深度学习	机器学习模型、深度学习模型	智能手机应用数据	共包含10项研究
17963	2024-09-07	The Use of Deep Learning and Machine Learning on Longitudinal Electronic Health Records for the Early Detection and Prevention of Diseases: Scoping Review 2024-Aug-20, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/48320 PMID:39163096	综述	本文综述了使用机器学习和深度学习技术分析纵向电子健康记录以支持疾病早期检测和预防的研究	本文综述了机器学习和深度学习模型在电子健康记录分析中的应用，强调了其在疾病早期检测和预防中的潜力	研究主要集中在工程方面，缺乏医学结果的验证	综述机器学习在纵向电子健康记录中的应用，探讨其在疾病早期检测和预防中的医学见解和临床效益	纵向电子健康记录中的数据，包括人口统计学、症状、程序、实验室测试结果、诊断、药物和BMI等	机器学习	多种疾病	机器学习（ML）和深度学习（DL）	递归神经网络（RNN）和长短期记忆（LSTM）	文本	20项研究
17964	2024-09-07	Utilizing deep learning model for assessing melanocytic density in resection margins of lentigo maligna 2024-Aug-03, Diagnostic pathology IF:2.4Q2 DOI:10.1186/s13000-024-01532-y PMID:39097745	研究论文	本文开发了一种深度学习模型，用于评估恶性雀斑样痣切除边缘的黑色素细胞密度	本文首次将深度学习模型应用于评估恶性雀斑样痣切除边缘的黑色素细胞密度，并展示了其在区分低和高复发风险边缘方面的显著准确性	本文仅在353张全切片图像上进行了验证，样本量相对较小，可能影响模型的泛化能力	开发一种自动化的工具，帮助病理学家评估或预筛选恶性雀斑样痣的切除边缘	恶性雀斑样痣的切除边缘	计算机视觉	皮肤癌	深度学习	深度学习模型	图像	353张全切片图像，其中295张用于训练，58张用于验证和测试
17965	2024-09-07	Cytopathic Effect Detection and Clonal Selection using Deep Learning 2024-Aug, Pharmaceutical research IF:3.5Q2 DOI:10.1007/s11095-024-03749-4 PMID:39048879	研究论文	本文提出使用深度学习算法来自动化检测细胞病理效应和验证细胞系开发中的克隆性	本文首次使用监督深度学习算法来自动化检测细胞病理效应和验证细胞系开发中的克隆性	NA	自动化检测细胞病理效应和验证细胞系开发中的克隆性	细胞病理效应和细胞系开发中的克隆性	计算机视觉	NA	图像处理技术	卷积神经网络 (CNN)	图像	由领域专家收集和标记的图像数据
17966	2024-09-07	Deep learning for osteoporosis screening using an anteroposterior hip radiograph image 2024-Aug, European journal of orthopaedic surgery & traumatology : orthopedie traumatologie DOI:10.1007/s00590-024-04032-3 PMID:38896146	研究论文	研究使用深度学习模型通过前后髋关节X光片进行骨质疏松筛查	首次使用前后髋关节X光片训练深度学习模型进行骨质疏松筛查	研究样本量较小，且仅限于一家医院的数据	开发一种基于深度学习的骨质疏松筛查模型	前后髋关节X光片	计算机视觉	骨质疏松	深度学习	深度学习模型	图像	363张前后髋关节X光片
17967	2024-09-07	Extensive Multilabel Classification of Brain MRI Scans for Infarcts Using the Swin UNETR Architecture in Deep Learning Applications 2024-Aug, Annals of rehabilitation medicine DOI:10.5535/arm.230029 PMID:39169697	研究论文	本文使用Swin UNETR架构对脑部MRI扫描进行多标签分类，以精确区分脑梗死的位置和类型	本文采用了Swin UNETR架构，结合了transformer和u-net设计的元素，并使用分层transformer计算移位窗口，以提高分类精度	研究结果存在过拟合问题，需要进一步提高模型的泛化能力	通过深度学习技术提高脑梗死位置和类型的分类精度	脑部MRI扫描中的脑梗死	计算机视觉	脑血管疾病	深度学习	Swin UNETR	图像	第一阶段使用ISLES 2022数据集，第二阶段使用309名患者的脑部MRI扫描数据
17968	2024-09-07	iCRBP-LKHA: Large convolutional kernel and hybrid channel-spatial attention for identifying circRNA-RBP interaction sites 2024-Aug, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012399 PMID:39173070	研究论文	提出了一种基于深度混合网络的模型iCRBP-LKHA，用于识别circRNA-RBP相互作用位点	采用了大核卷积神经网络（LKCNN）、一维卷积的卷积块注意力模块（CBAM-1D）和双向门控循环单元（BiGRU），能够自动探索局部信息、全局上下文信息和多特征相互作用信息	NA	开发一种能够有效捕捉长距离依赖和利用多特征相互作用信息的深度学习模型，用于识别circRNA-RBP相互作用位点	circRNA-RBP相互作用位点	机器学习	NA	深度学习	卷积神经网络（CNN）	序列数据	37个circRNA数据集、37个circRNA严格数据集和31个线性RNA数据集
17969	2024-09-07	ReadCurrent: a VDCNN-based tool for fast and accurate nanopore selective sequencing 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae435 PMID:39226890	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的纳米孔选择性测序工具ReadCurrent，该工具使用改进的非常深卷积神经网络（VDCNN）架构，能够快速且准确地进行目标DNA的分类	ReadCurrent采用改进的VDCNN架构，显著降低了计算成本并加快了推理速度，同时在分类准确性上优于其他四种基于深度学习的选择性测序方法	NA	开发一种快速且准确的选择性测序工具，以提高纳米孔测序技术的应用效果	纳米孔测序数据中的目标DNA和非目标DNA的分类	机器学习	NA	纳米孔测序	非常深卷积神经网络（VDCNN）	电流信号	10个纳米孔测序数据集，涵盖人类、酵母、细菌和病毒
17970	2024-09-07	A genome-scale deep learning model to predict gene expression changes of genetic perturbations from multiplex biological networks 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae433 PMID:39226889	研究论文	本文介绍了一种名为TranscriptionNet的深度学习模型，该模型通过整合多种生物网络来预测基因扰动引起的基因表达变化	TranscriptionNet能够系统地预测基因扰动引起的转录组变化，并展示了强大的泛化能力	NA	系统地预测基因扰动引起的基因表达变化，以促进基因功能检测和药物开发	基因扰动引起的基因表达变化	机器学习	NA	深度学习	深度学习模型	基因表达数据	26,945个基因
17971	2024-09-07	Automated hepatic steatosis assessment on dual-energy CT-derived virtual non-contrast images through fully-automated 3D organ segmentation 2024-Jul, La Radiologia medica DOI:10.1007/s11547-024-01833-8 PMID:38869829	研究论文	评估通过全自动3D器官分割从双能量CT（DECT）生成的虚拟非对比（VNC）图像中获得的基于体积CT衰减参数在评估肝脂肪变性中的有效性	利用3D深度学习算法自动分割肝脏和脾脏，并通过VNC图像计算肝脏衰减指数（LAI），提供了一种新的肝脂肪变性评估方法	研究为回顾性研究，样本量有限，且未涉及长期随访数据	评估基于体积CT衰减参数的VNC图像在肝脂肪变性评估中的有效性	肝脂肪变性	计算机视觉	肝病	双能量CT（DECT）	3D深度学习算法	图像	252名参与者
17972	2024-09-07	Deep learning unlocks label-free viability assessment of cancer spheroids in microfluidics 2024-06-11, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00197d PMID:38804084	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的无标记、非破坏性方法，用于评估微流控芯片中癌症球体的生存能力	该研究提出了一种基于相位对比图像的深度学习模型，用于无标记、非破坏性的生存能力评估，提供了一种成本效益高、高通量的解决方案	该模型在扩展到训练数据集中未包含的新化合物和细胞系时，结果虽然有希望，但仍需进一步验证	改进治疗剂，精确评估药物疗效	癌症球体的生存能力	计算机视觉	NA	深度学习	深度学习模型	图像	约12000个球体
17973	2024-09-07	The Quantitative Evaluation of Automatic Segmentation in Lumbar Magnetic Resonance Images 2024-Jun, Neurospine IF:3.8Q1 DOI:10.14245/ns.2448060.030 PMID:38955536	研究论文	本研究旨在通过开发自动化分割模型，克服腰椎磁共振成像中的挑战，特别是腰椎管狭窄症	引入了一种新的旋转矩阵方法来检测突出的椎间盘，评估硬膜囊压迫，并测量黄韧带厚度	NA	开发一种准确且自动化的分割模型，用于识别腰椎磁共振成像扫描中的解剖结构	腰椎磁共振成像中的解剖结构	计算机视觉	腰椎管狭窄症	深度学习	残差U-Net	图像	539名腰椎管狭窄症患者
17974	2024-09-07	Screening for urothelial carcinoma cells in urine based on digital holographic flow cytometry through machine learning and deep learning methods 2024-05-14, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00854a PMID:38660758	研究论文	研究利用数字全息流式细胞术结合机器学习和深度学习方法，对尿液中的尿路上皮癌细胞进行筛查	结合微流控芯片技术和数字全息显微镜，实现对尿液中细胞的高通量无染色成像，并利用机器学习和深度学习模型进行高精度分类	NA	开发一种高效、准确的尿路上皮癌早期筛查方法	尿液中的尿路上皮癌细胞	数字病理学	尿路上皮癌	数字全息显微镜	机器学习和深度学习模型	图像	多种细胞类型
17975	2024-09-07	Predicting the Utility of Scientific Articles for Emerging Pandemics Using Their Titles and Natural Language Processing 2024-May-10, Disaster medicine and public health preparedness IF:1.9Q3 DOI:10.1017/dmp.2024.109 PMID:38726471	研究论文	本文探讨了使用自然语言处理技术从标题中预测科学文章在应对新兴流行病中的实用性的方法	本文首次提出使用深度学习自然语言处理模型，仅通过文章标题来评估其在公共卫生政策制定中的实用性	研究仅基于COVID-19相关文章，未涵盖其他疾病或流行病	开发一种自动化方法，从公共卫生政策制定的角度评估科学文章的实用性	COVID-19相关科学文章的标题	自然语言处理	NA	自然语言处理	深度学习模型	文本	基于CORD-19数据集中的COVID-19相关文章标题
17976	2024-09-07	Longitudinal MRI analysis using a hybrid DenseNet-BiLSTM method for Alzheimer's disease prediction 2024-04-12, Behavioural brain research IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.bbr.2024.114900 PMID:38341100	研究论文	本文提出了一种混合DenseNet-BiLSTM方法，用于阿尔茨海默病的纵向MRI分析和预测	该研究创新性地结合了卷积DenseNet和双向LSTM层，以提取纵向MRI图像中的空间和时间特征，从而提高诊断准确性	NA	提高阿尔茨海默病的诊断准确性和理解疾病进展	纵向MRI图像中的空间和时间特征	计算机视觉	阿尔茨海默病	MRI	DenseNet-BiLSTM	图像	684张纵向MRI图像，包括正常对照组、轻度认知障碍患者和阿尔茨海默病患者
17977	2024-09-07	Explainable deep learning-based survival prediction for non-small cell lung cancer patients undergoing radical radiotherapy 2024-04, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.radonc.2024.110084 PMID:38244779	研究论文	本文比较了Cox比例风险回归、随机生存森林和深度学习在预测接受放射治疗的非小细胞肺癌患者总体生存率方面的表现，并使用可解释技术提供每个协变量对预测的贡献	本文提出了使用深度学习方法进行生存预测，并结合可解释技术提高模型的透明度和可解释性	NA	比较不同机器学习方法在预测非小细胞肺癌患者总体生存率方面的表现，并提高模型的可解释性	接受放射治疗的非小细胞肺癌患者	机器学习	肺癌	深度学习	深度学习	数值数据	471名非小细胞肺癌患者
17978	2024-09-07	RNA3DB: A structurally-dissimilar dataset split for training and benchmarking deep learning models for RNA structure prediction 2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578025 PMID:38352531	研究论文	本文介绍了RNA3DB数据集，用于训练和基准测试深度学习模型进行RNA结构预测	提出了RNA3DB数据集，通过将RNA 3D链分成非冗余的组件，确保训练集和测试集在序列和结构上的差异，从而避免性能虚高的问题	NA	开发一个可重复且可定制的工具，用于生成结构上不相似的RNA数据集分割	RNA结构预测的深度学习模型	机器学习	NA	深度学习	深度学习模型	结构化RNA数据	RNA3DB数据集包含从蛋白质数据库（PDB）中提取的结构化RNA，具体样本数量未明确提及
17979	2024-09-07	Transcranial direct current stimulation improves motor function in rats with 6-hydroxydopamine-induced Parkinsonism 2024-03-05, Behavioural brain research IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.bbr.2023.114815 PMID:38122905	研究论文	研究探讨了经颅直流电刺激（tDCS）对6-羟多巴胺诱导的帕金森病大鼠模型运动功能的改善作用	首次使用深度学习视频分析（DeepLabCut）检测帕金森病大鼠在跑步机行走时的前肢运动异常	tDCS治疗效果是短暂的，停止治疗后效果迅速消失	研究tDCS对帕金森病大鼠运动功能的改善效果	6-羟多巴胺诱导的帕金森病大鼠模型	神经科学	帕金森病	经颅直流电刺激（tDCS）	NA	视频	实验涉及的样本为帕金森病大鼠模型
17980	2024-09-07	Deep learning MRI-only synthetic-CT generation for pelvis, brain and head and neck cancers 2024-02, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.radonc.2023.110052 PMID:38096921	研究论文	本文验证了使用深度学习算法生成的合成CT（sCT）在骨盆、脑部和头颈部癌症中的剂量学准确性	本文采用了cycle-GAN算法生成sCT，并验证了其在不同扫描仪和序列下的剂量学准确性	NA	验证深度学习生成的合成CT在不同癌症部位的剂量学准确性	骨盆、脑部和头颈部癌症的合成CT生成	计算机视觉	头颈部癌症	深度学习	cycle-GAN	MRI和CT图像	骨盆49例，脑部25例，头颈部30例