深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1821	2025-07-16	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	该研究通过单细胞空间转录组学揭示了免疫治疗在急性髓系白血病（AML）中驱动的骨髓微环境重塑	结合单细胞RNA测序与单细胞空间转录组学，实现了对肿瘤微环境的更精确分析，揭示了免疫治疗后白血病细胞附近免疫细胞的全局和局部富集	测序深度限制可能影响数据的全面性	探索免疫治疗在AML中的效果及其对骨髓微环境的影响	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序、单细胞空间转录组学	深度学习	转录组数据、图像数据	NA
1822	2025-07-16	Visual WetlandBirds Dataset: Bird Species Identification and Behavior Recognition in Videos 2025-Jul-11, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05516-5 PMID:40645987	research paper	介绍了一个专为鸟类行为检测和物种分类设计的细粒度视频数据集，填补了现有数据集的空白	首个提供详细鸟类行为视频注释的数据集，促进深度学习模型在鸟类行为识别方面的发展	数据集仅包含西班牙湿地的178个视频，覆盖13种鸟类和7种行为类别，样本多样性和规模有限	通过提供详细的鸟类行为视频数据集，支持全球生物多样性保护的决策制定	西班牙湿地中的13种不同鸟类及其7种行为类别	computer vision	NA	视频记录与深度学习模型应用	state of the art models（未具体说明）	video	178个视频，涵盖13种鸟类和7种行为类别
1823	2025-07-16	Artificial Intelligence Tools in Myocardial Infarction Prognosis: Evaluating the Performance of Machine Learning and Deep Learning Models 2025-Jul-11, Current cardiology reviews IF:2.4Q2 DOI:10.2174/011573403X380162250706094642 PMID:40660443	review	本文综述了人工智能（AI）在心肌梗死预后评估中的应用，特别是机器学习和深度学习模型的性能	探讨了AI模型在心肌梗死风险分层中的潜力，包括对复杂数据集的适应能力和在不同场景中的应用	没有单一算法表现最优，人工神经网络并不总是优于其他机器学习方法	开发新的心肌梗死患者死亡风险分层工具	心肌梗死患者	machine learning	cardiovascular disease	machine learning, deep learning	random forest, gradient boosting, support vector machines, artificial neural networks	clinical data	十六篇论文
1824	2025-07-16	Identification of neural crest and melanoma cancer cell invasion and migration genes using high-throughput screening and deep attention networks 2025-Jul-10, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.70059 PMID:40637615	研究论文	通过高通量筛选和深度学习网络识别神经嵴和黑色素瘤癌细胞侵袭与迁移的关键基因	结合高通量siRNA筛选、统计分析和深度学习技术，从45个基因中筛选出对黑色素瘤细胞迁移至关重要的基因，并揭示了BMP4和RASGRP1在细胞间相互作用中的关键作用	研究主要基于体外实验和鸡胚胎移植模型，尚未在更复杂的体内环境中验证这些基因的功能	识别调控神经嵴和黑色素瘤癌细胞侵袭与迁移的关键基因	神经嵴细胞和c8161黑色素瘤细胞系	机器学习	黑色素瘤	高通量siRNA筛选、深度学习分析	深度注意力网络	基因表达数据、细胞行为数据	45个基因的筛选，重点关注14个显著影响细胞迁移的基因
1825	2025-07-16	Integrating deep learning in stride-to-stride muscle activity estimation of young and old adults with wearable inertial measurement units 2025-Jul-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83903-5 PMID:40634326	研究论文	该研究提出了一种基于CNN的方法，利用可穿戴惯性测量单元(IMUs)数据来估计步行时的肌肉活动	通过深度学习模型处理可穿戴IMUs数据，克服了传统步态分析需要专业实验室设置和精确电极放置的限制	样本年龄范围较广(19-73岁)，可能影响模型在特定年龄段的性能	开发一种更简便、经济的步态分析方法	65名19-73岁的参与者	机器学习	NA	可穿戴惯性测量单元(IMUs)	CNN	传感器数据	65名参与者(19-73岁)
1826	2025-07-16	Deep ensemble learning with transformer models for enhanced Alzheimer's disease detection 2025-Jul-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08362-y PMID:40634379	研究论文	本文提出了一种基于BERT和循环卷积神经网络的深度学习集成模型，用于提高阿尔茨海默病的检测准确率	结合BERT编码器和循环卷积神经网络的双分支结构，并采用集成学习方法提高模型性能	模型仅在特定数据集(DementiaBank Pitt Corpus的子集)上进行测试，可能需要更多数据验证泛化能力	开发更准确的阿尔茨海默病早期诊断方法	阿尔茨海默病患者和健康对照者的临床笔记文本数据	自然语言处理	阿尔茨海默病	深度学习	BERT, CNN, LSTM, 集成学习	文本	DementiaBank Pitt Corpus中Cookie Theft子集的数据
1827	2025-07-16	Applying deep learning techniques to identify tonsilloliths in panoramic radiography 2025-Jul-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10489-x PMID:40634633	研究论文	本研究应用深度学习技术在全景X光片中识别扁桃体结石，以提高诊断准确性和效率	首次将ResNet和EfficientNet CNN模型应用于扁桃体结石的自动识别	样本量相对较小(仅275例)，且仅评估了两种CNN模型	开发准确快速的扁桃体结石诊断支持系统	全景X光片中的扁桃体结石	计算机视觉	口腔疾病	深度学习	CNN(包括ResNet18、ResNet101、EfficientNetB0和EfficientNetB1)	医学影像(全景X光片)	275张全景X光片(125张无结石，150张有结石)
1828	2025-07-16	[The development of AlphaFold and its applications in biology and medicine] 2025-Jul-06, Zhonghua yu fang yi xue za zhi [Chinese journal of preventive medicine] DOI:10.3760/cma.j.cn112150-20250117-00051 PMID:40661027	综述	本文综述了AlphaFold的发展历程及其在生物学和医学中的应用	AlphaFold2通过端到端深度学习架构实现了原子级精度的蛋白质结构预测，解决了长期以来的蛋白质折叠问题，而AlphaFold3进一步扩展了预测能力，能够模拟复杂的生物分子复合物	在模拟构象动力学和瞬时结合状态方面仍存在局限性	探讨AlphaFold在计算生物学中的发展及其多学科应用	蛋白质结构预测及生物分子复合物模拟	计算生物学	NA	深度学习	AlphaFold2, AlphaFold3	蛋白质结构数据	NA
1829	2025-07-16	MPN-RRT*: A New Method in 3D Urban Path Planning for UAV Integrating Deep Learning and Sampling Optimization 2025-Jul-02, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s25134142 PMID:40648397	研究论文	提出了一种结合深度学习和采样优化的新型3D城市无人机路径规划方法MPN-RRT*	通过将Motion Planning Networks (MPNet)与RRT*结合，利用降维技术将3D城市地形切片为2D迷宫表示，并应用迁移学习优化采样，显著提高了计算效率和路径质量	研究仅基于MATLAB仿真验证，未涉及实际无人机飞行测试	提升无人机在复杂3D城市环境中的路径规划效率和路径质量	无人机(UAV)	机器学习和路径规划	NA	Motion Planning Networks (MPNet), Rapidly exploring Random Tree Star (RRT*), 迁移学习	MPNet, RRT*	3D城市地图数据	两个3D环境：稀疏的200 × 200 × 200地图和密集的800 × 800 × 200地图
1830	2025-07-16	The Pulseq-CEST Library: definition of preparations and simulations, example data, and example evaluations 2025-Jul, Magma (New York, N.Y.) DOI:10.1007/s10334-025-01242-6 PMID:40146474	研究论文	介绍Pulseq-CEST库，一个用于标准化和原型设计化学交换饱和转移（CEST）MRI序列的存储库	提供了一种灵活的机制来标准化和原型设计CEST序列，支持可重复研究、快速原型设计和深度学习训练数据生成	NA	标准化化学交换饱和转移（CEST）MRI研究，促进协作开发	CEST MRI序列及其模拟和评估	医学影像	NA	化学交换饱和转移（CEST）MRI，Bloch-McConnell模拟	Bloch-McConnell方程	模拟数据和实验数据	使用五管模型和模拟环境进行比较
1831	2025-07-16	Computer-Aided Technology for Bioactive Protein Design and Clinical Application 2025-Jul, Macromolecular bioscience IF:4.4Q1 DOI:10.1002/mabi.202500007 PMID:40260555	综述	本文综述了计算机辅助蛋白质设计（CAPD）技术及其在蛋白质治疗药物中的应用	整合了深度学习预测和生成模型，显著提升了蛋白质药物的结合亲和力、特异性并降低免疫原性	面临模型过拟合、稀有蛋白质家族数据不足以及需要高效实验验证等挑战	探讨CAPD技术在蛋白质工程和治疗药物开发中的应用	单克隆抗体、蛋白质药物、抗原和蛋白质聚合物	蛋白质工程	NA	计算机辅助蛋白质设计（CAPD）、深度学习	生成模型	蛋白质结构数据	NA
1832	2025-07-16	EM-PLA: environment-aware heterogeneous graph-based multimodal protein-ligand binding affinity prediction 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf298 PMID:40354612	research paper	提出了一种基于环境感知异构图神经网络和多模态数据的深度学习方法EM-PLA，用于预测蛋白质-配体结合亲和力	首次将环境信息（源自蛋白质和配体的生化特性）整合到异构图神经网络中，改进了非共价相互作用的计算	未具体说明模型在哪些特定环境条件下表现不佳或存在偏差	提高蛋白质-配体结合亲和力预测的准确性和效率	蛋白质-配体结合亲和力	machine learning	NA	异构图神经网络（HGT）	HGT	multimodal data (蛋白质序列、配体序列、生化特性)	未明确说明（通过基准实验验证）
1833	2025-07-16	Deep learning reveals the complex genetic architecture of male guppy colouration 2025-Jul-01, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02781-w PMID:40596731	研究论文	利用深度学习揭示雄性孔雀鱼颜色变异的复杂遗传结构	结合卷积神经网络进行高分辨率表型分析、选择实验、控制谱系和全基因组重测序，首次揭示了孔雀鱼颜色模式的遗传基础	研究仅聚焦于雄性孔雀鱼，未涉及雌性或其他物种的颜色变异	解析雄性孔雀鱼颜色变异的遗传结构和维持机制	雄性孔雀鱼(Poecilia reticulata)的颜色变异	机器学习	NA	全基因组重测序、卷积神经网络	CNN	基因组数据、图像数据	NA
1834	2025-07-16	Deep Learning Discovers New Morphological Features while Predicting Genetic Alterations from Histopathology of Papillary Thyroid Carcinoma 2025-Jul, Thyroid : official journal of the American Thyroid Association IF:5.8Q1 DOI:10.1089/thy.2024.0691 PMID:40607934	研究论文	本研究利用深度学习技术从甲状腺乳头状癌（PTC）的组织病理学切片中预测基因变异，并发现新的形态学特征	使用Vision Transformer模型从组织病理学切片中预测基因变异，并发现与特定基因型相关的新形态学标准	研究为回顾性设计，需要进一步前瞻性验证	探索人工智能在预测PTC基因变异中的应用	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	数字病理学	甲状腺癌	深度学习	Vision Transformer	图像	662例PTC患者（TCGA队列496例，Mainz队列166例）
1835	2025-07-16	Improving reconstruction of patient-specific abnormalities in AI-driven fast MRI with an individually adapted diffusion model 2025-Jul, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.17955 PMID:40660797	研究论文	本研究通过改进基于深度学习的MRI重建技术，利用去噪扩散模型结合患者特异性先验信息，提高了放疗规划中异常区域的识别准确性	提出了一种结合患者特异性先验信息的自适应扩散模型，显著提升了肿瘤和手术缺陷区域的MRI重建精度	研究样本量较小（73例），且仅针对脑肿瘤患者进行评估	改进基于AI的快速MRI重建技术，以更好地支持放疗规划	接受脑肿瘤放疗的儿科和年轻成人患者的MRI图像	医学影像分析	脑肿瘤	去噪扩散模型	扩散模型	MRI图像	73例患者（58例训练，15例测试）
1836	2025-07-16	AI-enabled precise brain tumor segmentation by integrating Refinenet and contour-constrained features in MRI images 2025-Jul, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.17958 PMID:40660802	research paper	该研究提出了一种名为SAM-RCCF的框架，通过整合RefineNet模块和轮廓约束特征，提高了Segment Anything Model (SAM)在医学图像分割中的鲁棒性和精确性	提出SAM-RCCF框架，整合RefineNet模块和条件控制场，针对医学图像特点优化分割精度	研究仅针对脑部肿瘤MRI图像，未验证在其他医学图像分割任务中的适用性	提升SAM模型在医学图像分割中的性能，特别是针对颅内肿瘤的分割任务	脑部肿瘤患者的MRI图像，包括胶质瘤、转移性肿瘤和脑膜瘤	digital pathology	brain tumor	MRI	SAM-RCCF (基于Segment Anything Model改进的模型)	image	484例脑部肿瘤患者的轴向T1加权对比增强MRI数据（164例胶质瘤，158例转移性肿瘤，162例脑膜瘤）
1837	2025-07-16	Structural semantic-guided MR synthesis from PET images via a dual cross-attention mechanism 2025-Jul, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.17957 PMID:40660837	研究论文	提出了一种结构语义引导的深度学习网络，通过双交叉注意机制从PET图像合成MR图像	探索了一种新的功能到结构的转换方法（PET到MR合成），并引入了结构语义损失和双交叉注意模块	未来需要将该合成方法扩展到其他模态合成任务和临床实践中	简化医学成像流程，提高效率和可及性	PET和MR图像	数字病理	脑部疾病	深度学习	双交叉注意机制（DCA）	医学图像（PET和MR）	NA
1838	2025-07-16	An unsupervised sparse-view CT reconstruction framework using combination of iterative deep image prior and ADMM 2025-Jul, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.17933 PMID:40660832	研究论文	提出了一种名为ADMM-DRP的无监督深度学习框架，用于稀疏视图和低剂量CT重建	结合了未经训练的神经网络和ADMM迭代重建算法，减少了对训练数据的依赖	未提及具体样本量或临床验证结果	改进稀疏视图和低剂量CT的图像重建质量	CT图像重建	医学影像	NA	深度学习、ADMM算法、TV正则化	无监督神经网络	CT图像	NA
1839	2025-07-16	Deep residual network-based projection interpolation and post-processing techniques for thoracic patient CBCT reconstruction 2025-Jul, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.17953 PMID:40660879	研究论文	本研究开发了一种基于深度学习的投影插值和后处理技术，用于改善胸部患者CBCT重建的图像质量并降低成像剂量	首次提出结合深度残差U-Net（DRU）模型的CBCT投影插值技术，并在真实患者投影数据上验证了其有效性	研究仅针对特定几何（半扇和全扇）的有限样本量进行了验证	开发深度学习技术以改善稀疏采样CBCT投影重建的图像质量并降低患者成像剂量	胸部患者的CBCT投影数据	数字病理	NA	深度学习、FDK算法	深度残差U-Net（DRU）	CBCT投影图像	76、98和136个从680个投影中提取的稀疏采样投影（半扇几何）
1840	2025-07-16	Denoising pediatric cardiac photon-counting CT data with sparse coding and data-adaptive, self-supervised deep learning 2025-Jul, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.17918 PMID:40660927	研究论文	本文提出了一种结合稀疏编码和数据自适应自监督深度学习的方法，用于降低儿科心脏光子计数CT数据的噪声	改进的Vision Transformer架构结合稀疏编码，通过动态调整训练过程中的数据保真度和表示稀疏性平衡，实现自监督去噪	在已经高度去噪的临床PCCT数据中，对1岁以下患者的数据会出现图像细节平滑的问题	提升儿科心脏CT图像去噪方法，适应不同图像质量	儿科心脏光子计数CT数据	医学影像处理	先天性心脏病	光子计数CT(PCCT)，深度学习	改进的3D Vision Transformer(mViT)	CT图像	20名患者数据用于训练(1-18岁)，3名额外患者数据(2名<1岁)和一组小鼠心脏PCCT数据用于测试