深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
18401	2024-09-20	General loss of proteostasis links Huntington disease to Cockayne syndrome 2024-Sep-14, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106668 PMID:39284372	研究论文	本文通过RNA-seq数据和深度学习方法，探讨了Cockayne综合征与亨廷顿病之间的联系，发现两者在蛋白质稳态失调方面存在共同机制	首次揭示了Cockayne综合征与亨廷顿病在蛋白质稳态失调方面的共同机制	研究主要基于细胞系和动物模型，尚未在人体组织中进行验证	探讨Cockayne综合征与亨廷顿病之间的病理联系	Cockayne综合征和亨廷顿病的细胞系及动物模型	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习	转录组数据	两个Cockayne综合征突变细胞系和多个亨廷顿病细胞培养模型
18402	2024-09-20	Automatic generation of diffusion tensor imaging for the lumbar nerve using convolutional neural networks 2024-Sep-13, Magnetic resonance imaging IF:2.1Q2 DOI:10.1016/j.mri.2024.110237 PMID:39278577	研究论文	本研究旨在利用深度学习语义分割技术，自动生成腰椎神经的扩散张量成像（DTI）	首次使用深度学习语义分割模型U-Net自动提取腰椎神经并生成神经束追踪图	研究样本量较小，仅涉及90名患者的数据	开发一种自动化的系统，用于提取腰椎神经并生成神经束追踪图，以提高DTI在临床中的应用	腰椎神经的扩散张量成像及其自动生成	计算机视觉	腰椎退行性疾病	扩散张量成像（DTI）	U-Net	图像	90名患有腰椎退行性疾病的患者，共839张轴向扩散加权图像（DWI）
18403	2024-09-20	Tailoring nonsurgical therapy for elderly patients with head and neck squamous cell carcinoma: A deep learning-based approach 2024-Sep-13, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039659 PMID:39287264	研究论文	评估深度学习模型在为无法手术的老年头颈鳞状细胞癌患者选择个性化化疗方案中的应用，并量化基线特征对治疗效果的影响	使用自归一化平衡个体治疗效果模型进行生存数据分析，超越了其他模型和国家综合癌症网络指南	研究结果需要在临床环境中进一步验证	评估深度学习模型在个性化化疗选择中的应用，并分析基线特征对治疗效果的影响	无法手术的老年头颈鳞状细胞癌患者	机器学习	头颈鳞状细胞癌	深度学习	自归一化平衡个体治疗效果模型	生存数据	4276名老年头颈鳞状细胞癌患者
18404	2024-09-20	Virtual Screening and Molecular Docking: Discovering Novel METTL3 Inhibitors 2024-Sep-12, ACS medicinal chemistry letters IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00216 PMID:39291017	研究论文	本文提出了一种结合结构基础方法和几何深度学习算法的混合高吞吐量虚拟筛选协议，用于发现METTL3的新型抑制剂	本文创新性地结合了结构基础方法和几何深度学习算法，提出了一种高效的混合虚拟筛选协议	NA	发现METTL3的新型抑制剂，并评估其在肿瘤治疗中的潜力	METTL3及其抑制剂	生物信息学	肿瘤	虚拟筛选、分子对接、分子动力学模拟	几何深度学习	化合物数据库	自建内部数据库中的化合物
18405	2024-09-20	Single-cell analysis via manifold fitting: A framework for RNA clustering and beyond 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400002121 PMID:39226348	研究论文	本文介绍了一种名为scAMF的框架，通过流形拟合技术提高单细胞RNA测序数据的聚类精度和可视化效果	提出了scAMF框架，通过流形拟合模块有效去噪单细胞RNA测序数据，提高了聚类效率和数据可视化清晰度	NA	提高单细胞RNA测序数据分析的精度和可靠性	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	流形拟合	基因表达数据	25个公开的单细胞RNA测序数据集，涵盖多种测序平台、物种和器官类型
18406	2024-09-20	Automated condylar seating assessment using a deep learning-based three-step approach 2024-Sep-04, Clinical oral investigations IF:3.1Q1 DOI:10.1007/s00784-024-05895-w PMID:39227487	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的三步法自动评估髁突就位情况的方法	本文的创新点在于将多步骤分割、光线投射和前馈神经网络相结合，实现了髁突就位评估的自动化	NA	开发并验证一种基于深度学习算法的工具，自动评估髁突就位情况	髁突就位情况	计算机视觉	NA	深度学习	前馈神经网络	图像	60个CBCT扫描（120个髁突）
18407	2024-09-20	Prediction of Axial Length From Macular Optical Coherence Tomography Using Deep Learning Model 2024-Sep-03, Translational vision science & technology IF:2.6Q2 DOI:10.1167/tvst.13.9.14 PMID:39264604	研究论文	本研究开发了一种深度学习模型，用于从光学相干断层扫描（OCT）图像预测眼睛的轴长（AL）	利用深度学习模型从OCT图像中预测眼睛轴长，并采用双输入模型提高了预测精度	NA	开发一种深度学习模型，用于从OCT图像中预测眼睛的轴长	眼睛的轴长和OCT图像	计算机视觉	NA	深度学习	ResNet-152	图像	9064只眼睛，5349名患者，共18128张图像
18408	2024-09-20	Development of a deep learning-based fully automated segmentation of rotator cuff muscles from clinical MR scans 2024-Sep, Acta radiologica (Stockholm, Sweden : 1987) DOI:10.1177/02841851241262325 PMID:39043149	研究论文	开发了一种基于深度学习的全自动分割方法，用于从临床MRI扫描中分割肩袖肌肉	提出了一个全自动的深度神经网络方法，用于从临床MRI扫描中分割肩袖肌肉和骨骼	在某些情况下，如teres minor的分割，算法表现存在显著误差	开发一种准确可靠的量化方法，用于评估肩袖肌肉的脂肪浸润和萎缩	肩袖肌肉的脂肪浸润和萎缩	计算机视觉	NA	深度学习	深度神经网络	图像	训练和内部验证数据集包含94个肩部MRI扫描，外部验证数据集包含20个来自另一机构的MRI扫描
18409	2024-09-20	Deep learning image reconstruction for low-kiloelectron volt virtual monoenergetic images in abdominal dual-energy CT: medium strength provides higher lesion conspicuity 2024-Sep, Acta radiologica (Stockholm, Sweden : 1987) DOI:10.1177/02841851241262765 PMID:39033390	研究论文	研究了深度学习图像重建算法在腹部低千电子伏特虚拟单能图像中的最佳设置	提出了40千电子伏特作为腹部常规虚拟单能图像重建的新标准，并发现中等强度的深度学习图像重建算法在诊断接受度和病灶显著性方面优于高强度算法	NA	确定深度学习图像重建算法在腹部低千电子伏特虚拟单能图像中的最佳设置	腹部低千电子伏特虚拟单能图像的重建算法设置	计算机视觉	NA	深度学习图像重建	NA	图像	109名参与者和152个病灶
18410	2024-09-20	Development and Multicenter, Multiprotocol Validation of Neural Network for Aberrant Right Subclavian Artery Detection 2024-Sep, Yonsei medical journal IF:2.6Q1 DOI:10.3349/ymj.2023.0590 PMID:39193761	研究论文	本研究开发并验证了一种用于检测异常右锁骨下动脉的卷积神经网络模型	开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于自动检测甲状腺癌评估中的异常右锁骨下动脉	NA	开发并验证一种自动检测异常右锁骨下动脉的卷积神经网络模型	异常右锁骨下动脉的检测	计算机视觉	甲状腺癌	卷积神经网络	CNN	图像	训练集包括556例异常右锁骨下动脉和312例正常主动脉弓的CT图像，验证集包括来自两个机构的112和126例CT图像，独立数据集包括1683例连续颈部CT图像
18411	2024-09-20	Environmental water quality prediction based on COOT-CSO-LSTM deep learning 2024-Sep, Environmental science and pollution research international DOI:10.1007/s11356-024-34750-4 PMID:39196324	研究论文	本文提出了一种基于COOT-CSO-LSTM深度学习模型的环境水质预测方法	本文提出了一种增强的LSTM模型，并结合COOT方法优化参数，以克服水质数据中的非平稳性、不可预测性和非线性问题	NA	预测流域系统中的水质指标，包括溶解氧（DO）	Vaigai河的水质数据	机器学习	NA	LSTM	LSTM	水质数据	印度泰米尔纳德邦马杜赖Vaigai河的原始每周水质数据
18412	2024-09-20	A deep learning model based on magnifying endoscopy with narrow-band imaging to evaluate intestinal metaplasia grading and OLGIM staging: A multicenter study 2024-Sep, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2024.02.001 PMID:38402085	研究论文	本文构建了一个基于放大内镜窄带成像的深度学习模型，用于评估胃肠道化生分级和OLGIM分期	开发了一种基于放大内镜窄带成像的深度学习模型，用于无创评估胃肠道化生分级和OLGIM分期	模型在外部验证集上的表现略低于内部验证集，且未与更多不同经验水平的内镜医师进行比较	构建一个深度学习模型，用于通过放大内镜窄带成像评估OLGIM分期，以筛查胃癌高风险患者	胃肠道化生分级和OLGIM分期	计算机视觉	胃癌	放大内镜窄带成像	Faster Region-Convolutional Neural Network	图像	4473张图像，来自803名患者，涉及三个内镜中心
18413	2024-09-20	Deep learning-based structure segmentation and intramuscular fat annotation on lumbar magnetic resonance imaging 2024-Sep, JOR spine IF:3.4Q1 DOI:10.1002/jsp2.70003 PMID:39291096	研究论文	本研究开发了一种基于深度学习的双模型，用于腰椎磁共振成像中的肌肉分割和肌内脂肪注释，以辅助临床医生全面评估腰椎间盘突出症（LDH）情况	本研究的创新点在于开发了一种双模型，能够自动进行肌肉分割和肌内脂肪注释，相比传统的阈值算法，模型在肌内脂肪测量中的误差更低	模型在外部测试集上的表现有所下降，表明其泛化能力有待提高	本研究的目的是开发一种自动化的方法，用于在腰椎磁共振成像中评估腰椎间盘突出症患者的肌肉状况和肌内脂肪浸润情况	研究对象为腰椎间盘突出症患者，主要关注其腰背部肌肉的萎缩和脂肪浸润情况	计算机视觉	腰椎间盘突出症	深度学习	双模型	磁共振成像	共评估了417名患者，包括216名男性和201名女性，平均年龄为49±15岁
18414	2024-09-20	Development and validation of deep learning models for identifying the brand of pedicle screws on plain spine radiographs 2024-Sep, JOR spine IF:3.4Q1 DOI:10.1002/jsp2.70001 PMID:39291095	研究论文	本研究开发并验证了一种深度学习模型，用于在脊柱X光片上识别椎弓根螺钉的品牌	本研究首次使用深度学习模型来识别脊柱X光片上的椎弓根螺钉品牌，并通过集成方法提高了模型的区分性能	本研究为回顾性研究，样本仅来自七家制造商，未来需在更多样本和制造商上进行验证	开发并验证一种能够准确识别脊柱X光片上椎弓根螺钉品牌的深度学习模型	脊柱X光片上的椎弓根螺钉品牌识别	计算机视觉	NA	深度学习	EfficientNet-b0	图像	529名接受椎弓根螺钉植入的患者
18415	2024-09-20	Optimizing High-Resolution MR Angiography: The Synergistic Effects of 3D Wheel Sampling and Deep Learning-Based Reconstruction 2024 Sep-Oct 01, Journal of computer assisted tomography IF:1.0Q4 DOI:10.1097/RCT.0000000000001590 PMID:38346820	研究论文	本研究评估了3D轮采样和基于深度学习的重建（DLR）在3T高分辨率时间飞跃法磁共振血管造影（HR-TOF-MRA）中的联合应用效果	本研究首次探讨了3D轮采样与深度学习重建相结合在颅内高分辨率TOF-MRA中的应用	本研究样本量较小，仅包括20名患者，可能影响结果的普遍性	评估3D轮采样和深度学习重建在颅内高分辨率TOF-MRA中的应用效果	颅内高分辨率TOF-MRA图像的质量和血管可视化效果	计算机视觉	NA	磁共振成像（MRI）	深度学习	图像	20名接受头部MRI检查的患者
18416	2024-09-20	Deep learning insights into spatial patterns of stable isotopes in Iran's precipitation: a novel approach to climatological mapping 2024-Aug, Isotopes in environmental and health studies IF:1.1Q4 DOI:10.1080/10256016.2024.2396302 PMID:39225427	研究论文	本文利用深度学习模型研究伊朗降水中的稳定同位素空间模式，提出了一种新的气候制图方法	首次应用深度学习模型（LSTM和DNN）模拟伊朗降水中的稳定同位素含量，并使用插值方法生成稳定同位素值的分布图	模拟地图中存在轻微的弱点，模型精度有待进一步提高	研究伊朗降水中的稳定同位素含量变化，并开发一种新的气候制图方法	伊朗降水中的稳定同位素含量及其影响因素	机器学习	NA	稳定同位素技术	LSTM和DNN	降水数据	42个降水采样站
18417	2024-09-20	Two mass-imbalanced atoms in a hard-wall trap: Deep learning integrability of many-body systems 2024-Aug, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.110.024129 PMID:39294995	研究论文	本文通过数值实验分析了质量不平衡的两体系统在硬壁阱中的可积性，利用能量级统计和深度学习波函数的方法	本文设计了一种卷积神经网络，能够通过概率密度图像高精度且快速地识别可积与不可积系统之间的转变点，并成功识别出一个新的可积质量比1/3	NA	研究质量不平衡的两体系统的可积性	质量不平衡的两体系统	机器学习	NA	深度学习	卷积神经网络	图像	NA
18418	2024-09-20	AB067. New drug development for the use of PARP1-E2F1 transcriptional inhibitors in the treatment of glioblastoma 2024-Aug, Chinese clinical oncology IF:2.1Q3 DOI:10.21037/cco-24-ab067 PMID:39295385	研究论文	本文探讨了通过抑制PARP1-E2F1转录活性来开发治疗胶质母细胞瘤的新药物	提出了通过破坏PARP1-E2F1相互作用来抑制细胞周期，从而为不同类型的癌症提供新的治疗策略	缺乏PARP1-E2F1蛋白-蛋白相互作用的完整结构信息，使用BRCA1的同源结构进行替代	开发针对胶质母细胞瘤的新药物	PARP1-E2F1转录抑制剂	NA	脑肿瘤	深度学习神经网络	NA	化合物	83种化合物
18419	2024-09-20	AB093. Pixel-wise classification of glioma using deep learning for accurate tumour mapping on magnetic resonance imaging 2024-Aug, Chinese clinical oncology IF:2.1Q3 DOI:10.21037/cco-24-ab093 PMID:39295411	研究论文	本文研究了使用深度学习进行磁共振成像（MRI）上胶质瘤的像素级分类和肿瘤映射	本文首次将深度学习技术应用于MRI图像上胶质瘤的像素级分类和肿瘤映射	研究样本量较小，仅包括69个低级别胶质瘤（LGG）样本	开发机器学习算法以实现对脑肿瘤的准确诊断和精确映射	胶质瘤患者的脑部MRI图像	计算机视觉	脑肿瘤	深度学习	UNet-based architecture with CNN	图像	69个低级别胶质瘤（LGG）样本
18420	2024-09-20	Structured light for touchless 3D registration in video-based surgical navigation 2024-Jul, International journal of computer assisted radiology and surgery IF:2.3Q2 DOI:10.1007/s11548-024-03180-5 PMID:38816650	研究论文	本文介绍了一种使用激光扫描仪进行无接触3D注册的方法，用于视频辅助手术导航系统	提出了一种基于深度学习的语义分割技术，用于在重建前识别感兴趣的结构，从而减少非刚性结构重建中的异常值	目前的方法在复杂手术中的性能和适用性仍需进一步优化	开发一种无创的3D注册方法，以提高视频辅助手术导航系统的效率和可达区域	膝关节和髋关节的手术导航	计算机视觉	NA	激光扫描	深度学习模型	图像	使用膝关节和髋关节的模型以及离体数据进行实验验证