深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19081	2024-08-22	FDU-Net: Deep Learning-Based Three-Dimensional Diffuse Optical Image Reconstruction 2023-08, IEEE transactions on medical imaging IF:8.9Q1 DOI:10.1109/TMI.2023.3252576 PMID:37028063	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的三维扩散光学图像重建模型FDU-Net，用于提高近红外扩散光学断层成像（DOT）的图像质量和重建速度	FDU-Net通过结合全连接子网、卷积编码器-解码器子网和U-Net，实现了快速、端到端的三维DOT图像重建，显著提高了图像质量和重建速度	FDU-Net目前仅在模拟数据和真实患者测量数据上进行了测试，尚未在临床环境中广泛应用	开发一种新的深度学习模型，以提高扩散光学断层成像的图像质量和重建速度，促进其在乳腺癌临床诊断中的应用	三维扩散光学图像重建	机器学习	乳腺癌	深度学习	FDU-Net	图像	400个模拟案例和真实患者测量数据
19082	2024-08-22	A general optimization protocol for molecular property prediction using a deep learning network 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab367 PMID:34498673	研究论文	本文探讨了使用深度学习网络预测分子性质时，如何通过结合多种优化方法来提高模型性能	本文采用了三种高性能优化方法：动态批次大小策略、贝叶斯优化选择超参数以及通过前馈神经网络学习化学特征，并将这些方法结合起来形成一个通用的优化流程	NA	开发一个通用的优化协议，用于通过深度学习网络预测分子性质	分子性质预测模型	机器学习	NA	深度学习网络	CNN	分子性质数据	七种不同的分子性质
19083	2024-08-22	Evaluation of Automated Measurement of Hair Density Using Deep Neural Networks 2022-Jan-14, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s22020650 PMID:35062611	研究论文	本研究利用深度学习技术评估自动测量头发密度的准确性，并探讨其自动化可行性	采用YOLOv4等对象检测算法进行性能比较，显示出最佳的平均精度	NA	评估深度学习技术在自动测量头发密度中的应用	头发密度测量	计算机视觉	NA	深度学习	YOLOv4	图像	4492张来自男性脱发患者的放大头皮RGB图像
19084	2024-08-22	Integrating Domain Knowledge into Deep Learning for Skin Lesion Risk Prioritization to Assist Teledermatology Referral 2021-Dec-24, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics12010036 PMID:35054203	研究论文	本文通过结合领域知识与深度学习，开发了一种用于皮肤病变风险优先级排序的方法，以辅助远程皮肤科转诊	提出了一种新的优先级排序流程，该流程受领域知识启发，并探索了自动病变分割、层次分类和课程学习等不同学习方案	在大多数实验中，添加患者信息并未带来益处	改进现有的远程皮肤科流程，提高皮肤病变诊断的效率	皮肤病变的风险优先级排序	机器学习	NA	深度学习	CNN	图像	回顾性数据集来自葡萄牙国家卫生系统的转诊请求
19085	2024-08-22	Robustness of convolutional neural networks to physiological electrocardiogram noise 2021-Dec-13, Philosophical transactions. Series A, Mathematical, physical, and engineering sciences DOI:10.1098/rsta.2020.0262 PMID:34689617	研究论文	本研究探讨了卷积神经网络对生理性心电图噪声的鲁棒性	首次系统评估了卷积神经网络在处理含噪声心电图数据时的性能	研究仅限于特定类型的心电图噪声和数据集，可能不适用于所有情况	评估深度学习方法在心电图信号处理中的鲁棒性	心电图信号及其在心血管疾病诊断中的应用	机器学习	心血管疾病	NA	CNN	图像	具体样本数量未在摘要中提及
19086	2024-08-22	Wheat physiology predictor: predicting physiological traits in wheat from hyperspectral reflectance measurements using deep learning 2021-Oct-19, Plant methods IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s13007-021-00806-6 PMID:34666801	研究论文	本文比较了偏最小二乘回归（PLSR）与多种深度学习方法及集成模型在预测小麦叶片光合作用及相关性状方面的准确性	提出的深度学习及集成模型能灵活应用于不同光谱范围，且不显著影响准确性，无需昂贵的高成本叶片光谱仪	NA	提高小麦叶片光合作用及相关性状的预测准确性	小麦叶片的光合作用及相关性状	机器学习	NA	深度学习	集成模型	光谱数据	使用先前发表的数据集进行训练和测试
19087	2024-08-22	Image quality improvement of single-shot turbo spin-echo magnetic resonance imaging of female pelvis using a convolutional neural network 2020-Nov-20, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000023138 PMID:33217817	研究论文	开发了一种基于深度学习的方法，用于提高单次激发涡轮自旋回波（SSTSE）磁共振成像的女性盆腔图像质量	使用卷积神经网络（CNN）生成的DL-SSTSE图像在图像质量上显著优于传统的SSTSE图像，并且在运动伪影鲁棒性和采集时间效率方面保持了SSTSE成像的优势	NA	比较基于深度学习的单次激发涡轮自旋回波（DL-SSTSE）图像与涡轮自旋回波（TSE）和传统SSTSE图像在图像质量上的差异	女性盆腔的SSTSE磁共振成像图像	计算机视觉	NA	磁共振成像（MRI）	卷积神经网络（CNN）	图像	105个训练样本和21个测试样本
19088	2024-08-22	Deep learning COVID-19 detection bias: accuracy through artificial intelligence 2020-08, International orthopaedics IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00264-020-04609-7 PMID:32462314	研究论文	本文开发了一种深度学习模型，通过胸部X光扫描提高COVID-19病例报告的准确性并精确预测疾病	采用卷积神经网络（CNN）和迁移学习方法，自动识别患者胸部X光片中的结构异常，提高检测准确性	NA	提高COVID-19病例检测的准确性	COVID-19病例的胸部X光扫描	机器学习	COVID-19	卷积神经网络（CNN）	CNN	图像	使用来自不同国家的患者公共数据集，包括74个真阴性和32个真阳性病例
19089	2024-08-22	Predicting commercially available antiviral drugs that may act on the novel coronavirus (SARS-CoV-2) through a drug-target interaction deep learning model 2020, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2020.03.025 PMID:32280433	研究论文	本研究利用预训练的基于深度学习的药物-靶点相互作用模型MT-DTI，识别可能作用于SARS-CoV-2病毒蛋白的商业可用抗病毒药物	使用MT-DTI模型预测商业可用药物对SARS-CoV-2的潜在作用，为缺乏有效治疗选项的SARS-CoV-2提供新的治疗策略	NA	识别可能对SARS-CoV-2有效的商业可用抗病毒药物	SARS-CoV-2病毒蛋白及其潜在的抗病毒药物	机器学习	NA	深度学习	Molecule Transformer-Drug Target Interaction (MT-DTI)	药物-靶点相互作用数据	多种抗病毒药物及其对SARS-CoV-2蛋白酶的抑制活性
19090	2024-08-22	Delfos: deep learning model for prediction of solvation free energies in generic organic solvents 2019-Sep-28, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/c9sc02452b PMID:32110289	研究论文	本文介绍了一种名为Delfos的深度学习模型，用于预测通用有机溶剂中的溶剂化自由能	Delfos模型采用了两个独立的溶剂和溶质编码器网络，结合词嵌入和循环层以及注意力机制，从循环神经网络的输出中提取重要子结构	NA	开发一种新的机器学习方法，用于预测有机溶剂中的溶剂化自由能	有机溶质和溶剂系统的溶剂化自由能	机器学习	NA	深度学习	CNN	文本	2495个溶质-溶剂对
19091	2024-08-21	Analyzing pain patterns in the emergency department: Leveraging clinical text deep learning models for real-world insights 2024-Oct, International journal of medical informatics IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.ijmedinf.2024.105544 PMID:39003790	研究论文	本研究利用临床文本深度学习模型分析澳大利亚某大城市的急诊部门中患者的疼痛发生率	采用细调的领域特定转换器基础临床文本深度学习模型，自动识别常规收集的医疗记录中的疼痛情况	NA	确定使用临床文本深度学习算法在大型澳大利亚内城急诊部门中疼痛患者的发生率	分析急诊部门中患者的疼痛模式及其随时间的变化，特别是在新冠疫情开始后的变化	自然语言处理	NA	临床文本深度学习	转换器基础模型	文本	235,789名成年患者
19092	2024-08-21	Integrative deep learning with prior assisted feature selection 2024-Sep-10, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.10148 PMID:38923006	研究论文	本研究将深度学习融入整合分析框架，并引入特征选择层和集成学习方法利用先前研究信息，提出了一种先验辅助的整合深度学习方法（PANDA）	提出了一种先验辅助的整合深度学习方法（PANDA），通过集成学习方法利用先前研究信息，提高了特征选择和结果预测的性能	NA	将深度学习融入整合分析框架，解决生物医学研究中的“小样本和大样本”挑战	基因与疾病之间的复杂关系	机器学习	皮肤恶性黑色素瘤	深度学习	CNN	基因数据	使用了一个皮肤恶性黑色素瘤（SKCM）数据集进行实际应用分析
19093	2024-08-21	Utilizing deep learning algorithms for automated oil spill detection in medium resolution optical imagery 2024-Sep, Marine pollution bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.marpolbul.2024.116777 PMID:39083910	研究论文	本研究评估了三种典型的基于卷积神经网络的深度学习算法在利用中分辨率光学卫星图像进行溢油检测中的性能	研究通过集成注意力机制，包括挤压与激励模块（SE）、卷积块注意力模块（CBAM）和简单无参数注意力模块（SimAM），改进了UNet、BiSeNetV2和DeepLabV3+架构	NA	评估深度学习算法在中分辨率光学卫星图像中自动检测溢油的性能	溢油检测	计算机视觉	NA	深度学习算法	CNN	图像	基于全球报告的慢性和意外溢油案例创建的训练和验证数据集
19094	2024-08-21	Automatic segmentation of knee CT images of tibial plateau fractures based on three-dimensional U-Net: Assisting junior physicians with Schatzker classification 2024-Sep, European journal of radiology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ejrad.2024.111605 PMID:39059081	研究论文	本研究旨在使用基于三维U-Net的方法自动分割膝关节CT图像中的胫骨平台骨折，并构建精确的胫骨平台骨折三维图谱，以辅助Schatzker分类在临床实践中的应用	提出了一种基于三维U-Net的方法，能够快速且准确地分割膝关节CT图像中的胫骨平台骨折，并辅助Schatzker分类	研究是回顾性的，样本来自单一医院，可能存在样本偏倚	开发一种自动分割膝关节CT图像中胫骨平台骨折的方法，以辅助Schatzker分类	膝关节CT图像中的胫骨平台骨折	计算机视觉	骨折	三维U-Net	U-Net	图像	234例胫骨平台骨折病例
19095	2024-08-21	Development of a ship-based camera monitoring system for floating marine debris 2024-Sep, Marine pollution bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.marpolbul.2024.116722 PMID:39033599	研究论文	本研究开发了一种用于监测海洋漂浮垃圾的自动化监控系统	利用YOLOv8架构的深度学习模型和BoT-SORT算法进行海洋漂浮垃圾的跟踪和检测	系统主要针对大于20厘米的海洋漂浮垃圾	旨在减少传统视觉调查的劳动密集性	海洋漂浮垃圾	计算机视觉	NA	YOLOv8, BoT-SORT	深度学习模型	视频, 图像	55.6小时视频和大量标注图像
19096	2024-08-21	Differential diagnostic value of radiomics models in benign versus malignant vertebral compression fractures: A systematic review and meta-analysis 2024-Sep, European journal of radiology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ejrad.2024.111621 PMID:39018646	meta-analysis	本研究通过系统综述和荟萃分析，评估了放射组学模型在区分良性和恶性椎体压缩性骨折中的诊断效能	放射组学模型在区分良性和恶性椎体压缩性骨折中的诊断效能显著，优于传统放射科医生的诊断	已发表的放射组学模型存在较大异质性，需要更多大规模临床试验来验证其普遍适用性	量化放射组学模型在区分良性和恶性椎体压缩性骨折中的诊断效能	良性和恶性椎体压缩性骨折的诊断	digital pathology	NA	放射组学	NA	影像数据	共涉及1,519个经病理诊断的肿瘤浸润椎体
19097	2024-08-21	Enhancing water quality monitoring through the integration of deep learning neural networks and fuzzy method 2024-Sep, Marine pollution bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.marpolbul.2024.116698 PMID:39002215	研究论文	本研究通过整合深度学习神经网络和模糊方法，对伊朗西南部地区的水样进行空间分析，并生成水质地图，同时预测未来水质污染趋势	本研究采用了LSTM模型进行水质预测，并展示了其优越的预测性能	NA	提高水质监测的效率和准确性	伊朗西南部地区的水质	机器学习	NA	深度学习神经网络	LSTM	水质数据	伊朗西南部地区的水样
19098	2024-08-21	BraNet: a mobil application for breast image classification based on deep learning algorithms 2024-Sep, Medical & biological engineering & computing IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11517-024-03084-1 PMID:38693328	研究论文	本研究开发了一款名为BraNet的开源移动应用，用于基于深度学习算法的二维乳腺影像分割和分类	BraNet应用在良性与恶性超声图像分类中表现出比数字乳腺摄影更高的准确性	深度学习算法在训练时需要考虑数据量和异常类型的多样性，特别是在乳腺摄影数据中	开发一款用于乳腺影像分类的移动应用，提高诊断准确性并减少误诊	乳腺影像的分割和分类	计算机视觉	乳腺癌	深度学习算法	SNGAN, SAM, ResNet18	图像	290张原始感兴趣区域(RoI)图像
19099	2024-08-21	SpanSeq: similarity-based sequence data splitting method for improved development and assessment of deep learning projects 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae106 PMID:39157582	研究论文	本文介绍了一种名为SpanSeq的基于相似性的序列数据分割方法，用于改进深度学习项目的开发和评估	SpanSeq方法能够避免数据集之间的数据泄露，适用于大多数生物序列（基因、蛋白质和基因组）	NA	探索深度学习模型在计算生物学中的应用，并改进数据分割方法以提高模型评估的准确性	深度学习模型在生物信息学中的应用	机器学习	NA	深度学习	深度学习模型	序列数据	NA
19100	2024-08-21	BIDSAlign: a library for automatic merging and preprocessing of multiple EEG repositories 2024-Aug-20, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ad6a8c PMID:39094617	研究论文	本研究通过引入一个标准化库BIDSAlign，旨在解决电生理数据分析中与数据驱动相关的挑战，该库能高效处理和合并来自不同来源的异构EEG数据集到一个通用标准模板中	BIDSAlign库能够处理BIDS和非BIDS数据集，通过定义一个通用管道和指定的通道模板来统一不同设置下获取的EEG记录，并提供了一系列可视化功能和一个用户友好的图形用户界面	NA	创建一个环境，允许预处理公共数据集，以便为深度学习架构的有效训练提供数据	EEG数据集	神经科学	NA	电生理数据分析	深度学习	EEG数据	多个公共数据集