深度学习在生物医药领域中的应用

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6841	2025-02-20	Necessity and impact of specialization of large foundation model for medical segmentation tasks 2025-Jan, Medical physics IF:3.2Q1 DOI:10.1002/mp.17470 PMID:39431952	研究论文	本文探讨了大型基础模型在医学图像分割任务中的专业化需求及其影响，评估了MedSAM及其轻量版LiteMedSAM在盆腔MR图像分割中的表现	通过评估现成的医学基础模型MedSAM在特定医学图像分割任务中的表现，揭示了进一步专业化微调的必要性和性能提升	现成的MedSAM和LiteMedSAM在非连续或非凸结构上的表现较差，且不同边界框输入的提示方案影响有限	评估大型基础模型在医学图像分割中的临床效用，并探索通过专业化微调提升性能的潜力	盆腔MR图像中的解剖结构	计算机视觉	NA	深度学习	MedSAM, LiteMedSAM, nnU-Net	图像	589张盆腔MR图像，80%用于训练，20%用于测试
6842	2025-02-20	Investigating the Use of Generative Adversarial Networks-Based Deep Learning for Reducing Motion Artifacts in Cardiac Magnetic Resonance 2025, Journal of multidisciplinary healthcare IF:2.7Q2 DOI:10.2147/JMDH.S492163 PMID:39963324	研究论文	本文评估了基于生成对抗网络（GANs）的深度学习技术在减少心脏磁共振（CMR）电影序列中运动伪影方面的有效性	首次将GANs应用于CMR电影序列中的运动伪影减少，展示了其在临床应用中优化CMR运动伪影管理的潜力	研究主要基于模拟的运动伪影数据，真实世界数据的样本量相对较小	评估GANs在减少CMR电影序列中运动伪影方面的有效性	心脏磁共振（CMR）电影序列中的运动伪影	计算机视觉	心血管疾病	深度学习	GAN	图像	2000对清晰和模糊图像用于训练，200对用于测试，100张模拟运动伪影图像和37张真实世界运动伪影图像用于评估
6843	2025-02-20	Quantitative analysis of the dexamethasone side effect on human-derived young and aged skeletal muscle by myotube and nuclei segmentation using deep learning 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae658 PMID:39752317	研究论文	本文提出了一种使用深度学习和后处理技术对人类来源的年轻和老年骨骼肌中地塞米松副作用进行定量分析的新方法	通过同时进行肌管和细胞核分割，结合后处理技术，提高了分析的准确性和一致性	NA	定量分析地塞米松对人类来源的年轻和老年骨骼肌的副作用	人类来源的年轻和老年骨骼肌细胞	计算机视觉	NA	深度学习	NA	图像	NA
6844	2025-02-20	Development of a deep learning algorithm for Paneth cell density quantification for inflammatory bowel disease 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105440 PMID:39536395	研究论文	本文开发了一种深度学习算法，用于量化炎症性肠病中潘氏细胞密度，以作为疾病预后的生物标志物	创新点在于使用深度学习技术自动量化潘氏细胞密度，显著提高了量化效率和准确性	研究的局限性在于样本量相对较小，且仅基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	研究目的是开发一种深度学习工具，用于量化潘氏细胞密度，作为炎症性肠病的预测生物标志物	研究对象为患有或不患有炎症性肠病的患者的回肠组织样本	数字病理学	炎症性肠病	深度学习	U-net	图像	190例患者（142例克罗恩病患者和48例非炎症性肠病患者）
6845	2025-02-20	Coronary Artery Stenosis and High-Risk Plaque Assessed With an Unsupervised Fully Automated Deep Learning Technique 2024-Sep, JACC. Advances DOI:10.1016/j.jacadv.2024.100861 PMID:39372456	研究论文	本研究开发并验证了一种全自动深度学习系统，用于在冠状动脉CT血管造影（CCTA）上评估狭窄程度和高风险斑块（HRP）	提出了一种全自动无监督的深度学习系统，能够快速评估狭窄程度和HRP，具有很好的诊断性能	需要进一步验证在更大样本和更多中心的应用效果	开发并验证一种全自动深度学习系统，用于评估冠状动脉狭窄和高风险斑块	冠状动脉狭窄和高风险斑块	数字病理	心血管疾病	CCTA	深度学习	图像	570名患者用于训练，769名患者（3,012条血管）用于狭窄程度测试，45名患者（325条血管）用于HRP测试
6846	2025-02-20	CRISPR-Enhanced Photocurrent Polarity Switching for Dual-lncRNA Detection Combining Deep Learning for Cancer Diagnosis 2024-08-13, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c02617 PMID:39092917	研究论文	本文开发了一种新型CRISPR/Cas13a增强的光电流极性转换光电化学（PEC）生物传感器，用于联合检测双长链非编码RNA（lncRNA），并结合深度学习（DL）辅助癌症诊断	结合CRISPR/Cas13a技术和深度学习，开发了一种新型光电化学生物传感器，用于双lncRNA的联合检测和癌症早期智能诊断	未提及具体局限性	开发一种新型生物传感器，用于双lncRNA的联合检测和癌症早期智能诊断	长链非编码RNA（lncRNA）	生物传感器	癌症	CRISPR/Cas13a技术，光电化学（PEC）技术，深度学习（DL）	深度学习模型	光电化学数据	全血样本
6847	2025-02-20	Systematic Assessment of Deep Learning-Based Predictors of Fragmentation Intensity Profiles 2024-06-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.3c00857 PMID:38728051	研究论文	本文对六种基于深度学习的肽段碎片强度预测方法进行了全面评估	首次系统评估了六种深度学习方法在预测肽段碎片强度方面的表现，并考虑了多种实验条件的影响	研究仅限于六种方法，可能未涵盖所有相关的最新方法	评估和比较不同深度学习方法在预测肽段碎片强度方面的准确性和速度	肽段碎片强度预测方法	机器学习	NA	质谱分析	深度学习	质谱数据	近170万前体（包括胰蛋白酶肽和HLA肽）对应的超过1800万实验光谱，来自40个独立的PRIDE库提交
6848	2025-02-20	Vocabulary Matters: An Annotation Pipeline and Four Deep Learning Algorithms for Enzyme Named Entity Recognition 2024-06-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.3c00367 PMID:38733346	研究论文	本研究开发了一个用于酶命名实体识别（NER）的注释管道和四种深度学习算法，旨在提高生物医学文献的自动化处理效率	首次开发了酶NER算法，结合了字典匹配和基于规则的关键词搜索的自动化注释管道，并评估了四种不同词汇和架构的深度学习模型	尽管注释管道在精度上表现优异，但在1-score和召回率上被微调的transformer模型超越，表明其在训练数据之外的泛化能力有限	开发并评估用于酶命名实体识别的自动化注释管道和深度学习模型，以提高生物医学文献的自动化处理效率	酶命名实体识别	自然语言处理	NA	深度学习	BiLSTM, transformer	文本	超过4800篇全文出版物，其中526篇为手动注释
6849	2025-02-20	An investigation into augmentation and preprocessing for optimising X-ray classification in limited datasets: a case study on necrotising enterocolitis 2024-Jun, International journal of computer assisted radiology and surgery IF:2.3Q2 DOI:10.1007/s11548-024-03107-0 PMID:38652416	研究论文	本文探讨了在有限数据集上优化X射线分类的数据增强和预处理技术，以坏死性小肠结肠炎（NEC）为例	提出了两种基于颜色对比和边缘增强的优化管道，以提高在有限数据集上开发可靠计算机辅助诊断模型的性能	研究仅限于NEC数据集，可能不适用于其他疾病或更大规模的数据集	优化X射线分类在有限数据集上的性能，特别是针对坏死性小肠结肠炎的诊断	364名患者的1090张腹部X射线图像	计算机视觉	坏死性小肠结肠炎	数据增强和预处理技术	ResNet-50	图像	1090张腹部X射线图像，来自364名患者
6850	2025-02-20	Deep Learning-based U-Mamba Model to Predict Differentiated Gastric Cancer using Radiomics Features from Spleen Segmentation 2024, Current medical imaging IF:1.1Q3 DOI:10.2174/0115734056349216241118115005 PMID:39710921	研究论文	本研究旨在开发一种基于深度学习的自动化方法，用于分割脾脏CT图像，并构建预测胃癌分化的模型	使用U-Mamba深度学习模型实现脾脏CT图像的自动分割，并结合放射组学特征预测胃癌分化程度	研究仅纳入了262名患者，样本量相对较小	开发自动化脾脏CT图像分割方法并构建胃癌分化预测模型	262名病理确诊的胃癌患者	数字病理	胃癌	CT成像	U-Mamba	图像	262名胃癌患者
6851	2025-02-20	Deep learning and explainable AI for classification of potato leaf diseases 2024, Frontiers in artificial intelligence IF:3.0Q2 DOI:10.3389/frai.2024.1449329 PMID:39963448	研究论文	本研究提出了一种结合可解释人工智能（XAI）和迁移学习的深度学习方法，用于马铃薯叶部病害的准确分类	结合迁移学习和可解释AI技术，提升模型在有限标注数据下的学习能力，并通过Grad-CAM增强模型的可解释性	未提及具体的数据集规模限制或模型在其他作物病害上的泛化能力	提高马铃薯叶部病害分类的准确性和模型的可解释性	马铃薯叶部病害	计算机视觉	NA	迁移学习，可解释AI（XAI）	深度学习模型	图像	使用公开的马铃薯叶部病害数据集，具体样本数量未提及
6852	2025-02-20	Author Correction: Deep learning enables fast, gentle STED microscopy 2023-Aug-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05222-1 PMID:37563357	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6853	2025-02-20	Deep learning enables fast, gentle STED microscopy 2023-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05054-z PMID:37369761	研究论文	本文介绍了利用深度学习恢复STED显微镜图像的方法，以减少光漂白和光损伤，并显著降低像素停留时间	通过深度学习技术，实现了对STED显微镜图像的快速、温和恢复，减少了光漂白和光损伤，并显著降低了像素停留时间	NA	研究目的是通过深度学习技术改进STED显微镜成像，减少光漂白和光损伤，并提高成像效率	STED显微镜图像	计算机视觉	NA	STED显微镜	深度学习	图像	NA
6854	2025-02-20	Accurate Prediction of Transcriptional Activity of Single Missense Variants in HIV Tat with Deep Learning 2023-Mar-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24076138 PMID:37047108	研究论文	本文提出了一种结合GigaAssay和深度学习的方法，用于预测HIV Tat基因中单错义变体的转录活性	首次将深度学习应用于预测HIV Tat基因单错义变体的转录活性，并取得了高精度的预测结果	目前仅适用于单错义变体，尚未扩展到更复杂的Tat等位基因	更好地理解HIV基因组转录的遗传控制，以帮助理解AIDS的病理和治疗	HIV Tat基因的单错义变体	机器学习	AIDS	GigaAssay, 深度学习	深度学习	实验数据	NA
6855	2025-02-19	Bean leaf image dataset annotated with leaf dimensions, segmentation masks, and camera calibration 2025-Apr, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111328 PMID:39959655	研究论文	本文介绍了一个包含6981张普通豆叶图像的数据库，这些图像附有基准标记和已知叶片尺寸的注释	提供了一个包含详细注释的叶片图像数据库，包括图像分割、已知区域、基准标记区域、标记姿态、拍摄条件和相机校准信息	NA	开发用于叶片尺寸测量及相关问题的深度学习算法	普通豆叶	计算机视觉	NA	NA	NA	图像	6981张图像，涉及612片普通豆叶
6856	2025-02-19	Prediction of Visual Acuity After Cataract Surgery by Deep Learning Methods Using Clinical Information and Color Fundus Photography 2025-Mar, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2024.2430212 PMID:39651583	研究论文	本研究探讨了使用术前临床信息和彩色眼底摄影（CFP）通过深度学习方法预测白内障手术后视力的性能	结合了彩色眼底摄影和临床信息的多模态模型，用于预测白内障手术后的视力	多模态输入对预测性能的改善效果不明显，未来研究需要进一步明确多模态输入的影响	预测白内障手术后的视力	接受白内障手术的患者	计算机视觉	白内障	深度学习	Xception和下游神经网络	图像和临床数据	446名患者的673张眼底图像
6857	2025-02-19	DeepPD: A Deep Learning Method for Predicting Peptide Detectability Based on Multi-feature Representation and Information Bottleneck 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00665-4 PMID:39661307	研究论文	本文介绍了一种名为DeepPD的深度学习框架，用于基于多特征表示和信息瓶颈原则预测肽的可检测性	DeepPD结合了多特征表示和信息瓶颈原则，通过进化尺度建模2（ESM-2）提取肽的语义信息，并整合序列和进化信息构建特征空间，有效减少了特征空间的冗余	NA	预测肽的可检测性，以改进蛋白质组学中的基本任务	肽	机器学习	NA	进化尺度建模2（ESM-2）	深度学习	序列数据	多个数据集
6858	2025-02-19	Structural and functional alterations in hypothalamic subregions in male patients with alcohol use disorder 2025-Mar-01, Drug and alcohol dependence IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.drugalcdep.2025.112554 PMID:39848134	研究论文	本研究探讨了酒精使用障碍（AUD）男性患者下丘脑亚区的结构和功能变化	首次使用深度学习算法对下丘脑进行细分，并比较AUD患者与健康对照组在下丘脑亚区体积和功能连接性上的差异	样本量较小，仅包括男性患者，且未考虑其他可能影响下丘脑结构的因素	研究酒精使用障碍对下丘脑亚区结构和功能的影响	24名男性AUD患者和24名健康男性对照	神经影像学	酒精使用障碍	深度学习算法，静息态功能磁共振成像	NA	脑结构图像，功能磁共振成像数据	48名男性（24名AUD患者，24名健康对照）
6859	2025-02-19	Lens-Free Holographic Imaging-Based Immunosensor Using Unpaired Data Set Signal-to-Noise Ratio-Enhanced Modal Transformation for Biosensing 2025-Feb-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c04453 PMID:39901522	研究论文	本研究提出了一种结合便携式无透镜全息成像设备和CuO@SiO纳米颗粒点击反应信号放大策略的免疫传感器，用于准确检测抗生素	通过构建基于非配对数据集的模态转换模型，解决了传统方法需要一对一匹配数据集的复杂性，实现了大视场成像和信噪比增强的全息重建	NA	开发一种高灵敏度和宽线性范围的便携式检测设备，用于食品安全检查和临床诊断	抗生素（如氯霉素）	数字病理	NA	无透镜全息成像，点击反应信号放大	深度学习模态转换模型	图像	NA
6860	2025-02-19	Convolutional Neural Networks Assisted Peak Classification in Targeted LC-HRMS/MS for Equine Doping Control Screening Analyses 2025-Feb-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03608 PMID:39901649	研究论文	本文探讨了在针对马匹兴奋剂控制筛查分析中，使用卷积神经网络（CNN）辅助色谱峰分类的可行性	首次将深度学习策略应用于马匹兴奋剂控制中的色谱图分类，结合CNN评分模型和线性判别分析（LDA）分类器，展示了高准确性和可行性	研究中未明确提及样本的具体数量，且未详细讨论模型在其他类型兴奋剂控制中的适用性	自动化兴奋剂控制筛查分析，提高准确性和处理速度	马匹兴奋剂控制中的色谱图	机器学习	NA	超高压液相色谱-高分辨率串联质谱（UHPLC-HRMS/MS）	卷积神经网络（CNN）结合线性判别分析（LDA）	图像（色谱图）	未明确提及具体样本数量